genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  144  ( 17221 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22650648--22650692	19	2.4	18	80	16	56	62	0	0	37	0.96
22650645--22650706	29	2.2	28	83	11	81	61	0	0	38	0.96
22650715--22650801	22	3.7	23	79	11	79	51	2	0	45	1.13
22650747--22650810	22	3.0	22	84	6	69	56	1	0	42	1.09
22650773--22650813	11	3.8	11	78	15	50	63	2	0	34	1.08
22650764--22650830	32	2.1	33	88	8	102	59	1	1	37	1.16
22650874--22650918	9	5.0	9	84	10	56	73	4	0	22	1.01
22650941--22650992	19	2.7	19	80	11	61	75	1	9	13	1.14
22650976--22651005	16	1.9	15	93	6	51	83	0	3	13	0.77
22652018--22652072	7	7.4	7	78	11	56	67	10	18	3	1.35
22652687--22652720	17	1.9	17	88	5	50	32	32	29	5	1.81
22653125--22653180	27	2.2	26	87	6	78	28	37	10	23	1.88
22656337--22656455	41	2.9	41	82	2	141	29	26	17	26	1.98
22658095--22658120	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
22665489--22665542	26	2.1	26	85	0	72	35	12	25	25	1.92
22665744--22665884	20	7.2	20	97	1	259	28	0	0	70	0.92
22665904--22665969	20	3.3	20	81	6	73	37	0	3	59	1.13
22665763--22665959	20	10.2	19	83	3	67	34	0	2	62	1.08
22672670--22672791	54	2.3	54	76	11	124	24	27	28	19	1.99
22698818--22698871	24	2.2	24	83	6	65	29	3	29	37	1.75
22703558--22703597	18	2.2	19	95	4	73	47	10	10	32	1.70
22703581--22703611	14	2.2	14	94	0	53	41	16	6	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22708174--22708240	30	2.2	30	97	0	125	49	4	16	29	1.65
22724889--22724919	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
22725859--22725888	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
22729250--22729280	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
22737415--22737449	16	2.2	16	100	0	70	11	37	20	31	1.88
22740485--22740582	31	3.2	31	95	0	178	34	23	9	32	1.86
22740455--22740586	31	3.9	35	79	17	145	35	23	9	31	1.86
22740798--22740905	41	2.7	39	87	9	155	30	21	19	28	1.97
22753929--22754746	265	3.1	261	83	4	984	30	16	15	37	1.90
22754793--22755331	260	2.0	263	82	3	647	31	17	13	37	1.88
22760678--22760716	12	3.1	12	85	7	51	43	12	0	43	1.42
22761786--22761994	103	2.0	103	87	0	301	21	16	15	46	1.83
22762123--22762199	23	3.2	23	66	20	66	14	10	12	62	1.55
22762097--22762199	50	2.1	50	96	0	188	16	11	13	58	1.64
22769306--22769430	46	2.7	48	87	6	184	21	20	31	27	1.98
22772362--22772441	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
22772353--22772440	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
22774833--22775008	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
22774830--22775000	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
22779876--22779908	5	6.4	5	96	3	57	78	0	0	21	0.75
22780546--22780622	40	2.0	40	82	10	97	35	18	22	24	1.96
22780677--22780999	41	7.9	41	83	2	328	20	19	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22780677--22780999	82	4.0	81	84	2	369	20	19	30	29	1.97
22781227--22781261	15	2.4	15	90	4	54	20	0	40	40	1.52
22781248--22781288	21	2.0	20	85	4	55	19	0	39	41	1.52
22781294--22781334	14	2.9	14	89	7	57	29	2	39	29	1.70
22781518--22781552	15	2.4	15	90	4	54	20	0	40	40	1.52
22781471--22781632	86	1.9	84	96	2	297	29	3	28	38	1.74
22781604--22781650	14	3.3	15	88	8	71	25	0	34	40	1.56
22781661--22781703	15	2.9	15	83	13	61	20	0	41	37	1.53
22781557--22782150	311	1.9	311	99	0	1179	29	2	28	40	1.67
22781915--22781961	14	3.3	15	88	8	71	25	0	34	40	1.56
22781229--22781951	397	1.8	388	90	4	1148	28	2	28	40	1.68
22781972--22782014	15	2.9	15	83	13	61	20	0	41	37	1.53
22786813--22787113	86	3.5	85	81	4	297	24	14	30	29	1.95
22786871--22787114	43	5.7	42	81	2	272	24	15	31	28	1.96
22787466--22787517	18	2.8	18	91	2	77	50	3	0	46	1.20
22796526--22796645	43	2.8	43	81	9	138	34	27	17	20	1.95
22804752--22804869	43	2.7	43	83	5	141	34	26	16	22	1.95
22806771--22806795	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22806704--22807350	84	7.6	84	73	12	401	45	10	12	31	1.77
22806940--22806964	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22807194--22807449	89	2.9	88	86	2	345	41	12	14	31	1.83
22809765--22809833	25	2.7	26	90	4	88	39	7	8	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22809775--22809833	25	2.4	25	97	0	109	37	5	10	47	1.59
22810129--22810199	37	1.9	36	88	2	106	35	12	0	52	1.40
22812885--22812946	30	2.1	30	87	0	88	25	12	20	40	1.89
22815281--22815309	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
22825061--22825091	16	1.9	16	93	0	53	41	0	25	32	1.56
22826409--22826444	18	1.9	19	88	5	56	36	0	13	50	1.43
22834792--22834824	17	2.0	17	88	5	50	60	0	6	33	1.21
22835953--22836000	16	2.9	16	84	12	53	27	0	4	68	1.07
22842158--22842192	18	1.9	18	94	0	61	31	31	22	14	1.94
22844391--22844451	31	2.0	31	83	0	77	19	42	18	19	1.89
22846061--22846085	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22852455--22852497	18	2.7	15	83	16	59	65	4	2	27	1.25
22856384--22856512	44	2.9	44	87	2	170	44	12	20	23	1.85
22859946--22860125	55	3.3	55	70	13	188	50	17	11	21	1.77
22860001--22860180	28	6.5	27	68	16	91	49	15	11	24	1.76
22859944--22860180	111	2.1	111	100	0	474	48	16	11	23	1.78
22862577--22862656	18	4.4	18	77	13	85	7	25	2	65	1.32
22862548--22862651	39	2.8	35	83	12	118	8	25	3	61	1.42
22862548--22862656	36	3.0	37	81	13	104	8	24	3	63	1.39
22862984--22863021	18	2.1	18	95	0	67	0	55	0	44	0.99
22863081--22863130	25	2.0	25	88	0	73	4	30	4	62	1.32
22866460--22866512	15	3.2	15	80	17	52	54	1	1	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22866543--22866581	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
22866680--22866719	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
22866668--22866734	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
22866703--22866742	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
22868616--22868649	11	3.1	11	91	0	50	17	20	20	41	1.91
22871001--22871065	27	2.4	27	80	12	71	55	1	7	35	1.38
22871765--22871838	21	3.7	20	85	8	105	37	14	9	37	1.79
22871765--22871841	19	3.8	19	81	10	82	37	15	9	37	1.79
22874998--22875143	28	5.1	26	78	16	114	40	1	17	41	1.58
22875051--22875115	32	2.0	32	96	0	121	43	0	13	43	1.44
22875023--22875143	60	2.0	60	85	6	165	42	1	14	41	1.56
22875098--22875159	28	2.2	29	82	8	83	32	1	20	45	1.61
22875148--22875177	8	3.6	8	95	4	51	13	0	36	50	1.42
22875247--22875671	126	3.4	125	87	0	598	39	15	17	27	1.90
22875753--22875815	25	2.5	25	89	0	99	52	3	20	23	1.61
22878834--22879013	62	3.0	60	86	7	233	50	7	5	36	1.53
22881839--22881871	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
22881993--22882055	30	2.1	30	87	0	90	55	12	4	26	1.57
22882054--22882395	170	2.0	170	98	0	666	49	12	13	24	1.77
22885341--22885385	16	2.8	16	77	12	56	37	0	24	37	1.56
22885563--22885672	26	4.3	26	73	14	86	44	0	3	50	1.25
22885670--22885734	34	1.9	34	90	0	103	49	1	1	47	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22887642--22887671	12	2.4	12	94	5	51	10	33	13	43	1.77
22893096--22893201	53	2.0	53	96	0	194	34	14	18	32	1.91
22894378--22894424	22	2.1	22	88	7	69	68	0	0	31	0.90
22894378--22894418	18	2.3	18	91	4	66	68	0	0	31	0.90
22897928--22897964	13	2.5	15	87	12	51	43	0	2	54	1.14
22901254--22901305	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
22901267--22901313	19	2.3	20	85	7	60	48	0	0	51	1.00
22901338--22901374	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
22907323--22907362	21	1.9	21	84	0	53	27	0	7	65	1.20
22910669--22910698	12	2.5	12	94	0	51	16	23	50	10	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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