genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  11  of  144  ( 17221 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599941--2600038	41	2.4	41	82	1	108	51	10	5	33	1.58
2604333--2604367	15	2.3	15	90	5	52	34	2	5	57	1.37
2606796--2606994	69	2.9	69	83	3	283	33	24	18	24	1.97
2606655--2607030	138	2.7	137	76	4	362	31	23	18	26	1.97
2607972--2608212	19	12.7	19	94	0	428	36	8	16	38	1.79
2608204--2608249	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
2608191--2608249	22	2.7	23	79	7	61	37	5	16	40	1.71
2612491--2612601	9	12.2	9	86	5	125	40	26	9	23	1.85
2612562--2612609	20	2.4	20	89	0	78	41	29	6	22	1.78
2613559--2613605	6	7.3	6	83	11	58	80	0	19	0	0.70
2613566--2613595	14	2.1	14	100	0	60	86	0	13	0	0.57
2613558--2613599	20	2.1	20	95	0	75	83	0	16	0	0.65
2614970--2615364	44	9.0	44	96	0	682	27	16	25	30	1.97
2615363--2615675	167	1.9	168	84	0	430	27	18	24	29	1.98
2615417--2615755	167	2.0	167	82	2	412	28	18	25	28	1.98
2615681--2616079	100	4.1	99	80	10	419	31	19	21	27	1.98
2615901--2616066	90	1.8	91	89	1	262	26	19	22	31	1.97
2616689--2617525	38	21.9	38	99	0	1629	36	7	15	39	1.77
2627330--2627367	18	2.2	17	90	9	60	52	5	0	42	1.24
2646359--2646830	136	3.4	141	88	9	747	33	21	20	24	1.97
2648350--2648455	29	3.6	29	71	12	81	45	12	0	41	1.48
2648815--2648853	20	2.0	20	85	9	55	66	17	10	5	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655386--2655433	18	2.5	19	73	6	53	29	6	0	64	1.18
2656010--2656082	21	3.7	20	70	17	53	56	5	8	30	1.51
2656301--2656341	19	2.2	19	87	12	59	39	4	0	56	1.21
2656327--2656369	15	3.1	13	80	12	50	25	6	0	67	1.15
2662178--2662252	34	2.2	34	81	9	82	32	10	13	44	1.78
2662625--2662772	74	2.0	74	90	5	237	29	10	25	35	1.89
2668378--2668418	9	4.6	9	83	16	50	46	9	0	43	1.36
2668391--2668420	15	1.9	16	93	6	53	46	10	0	43	1.37
2676234--2676263	13	2.4	13	94	5	53	70	0	0	30	0.88
2676736--2676789	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
2676713--2676789	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
2678797--2678848	24	2.2	24	85	0	68	30	1	7	59	1.36
2680068--2680121	18	2.9	18	86	2	72	40	46	1	11	1.50
2680237--2680267	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
2682844--2682884	20	2.1	20	86	4	57	41	2	4	51	1.36
2689005--2689033	15	1.9	15	100	0	58	37	13	6	41	1.72
2692841--2692887	21	2.3	21	74	3	51	51	4	2	42	1.33
2693009--2693059	24	2.1	24	81	0	57	41	1	0	56	1.10
2692886--2693207	103	3.1	102	92	3	513	40	1	2	54	1.26
2693796--2693825	16	1.9	15	93	6	51	53	6	3	36	1.44
2693749--2693860	56	2.0	56	98	0	215	49	10	5	34	1.61
2694582--2694610	13	2.2	13	100	0	58	44	24	13	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697565--2697754	50	3.7	50	80	4	209	24	27	21	26	1.99
2698098--2698155	30	1.9	30	89	0	89	31	20	6	41	1.79
2709185--2709230	23	2.0	23	100	0	92	34	0	13	52	1.40
2709430--2709476	21	2.3	21	85	10	62	38	0	6	55	1.26
2709493--2709538	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
2709464--2709585	55	2.2	54	82	7	138	44	0	4	50	1.26
2709726--2709765	16	2.5	16	95	0	71	27	27	7	37	1.84
2710960--2711011	25	2.0	26	85	3	70	44	7	5	42	1.57
2713679--2713719	20	2.0	20	85	0	55	7	19	26	46	1.76
2713700--2713747	23	2.1	23	84	7	62	8	16	25	50	1.73
2715420--2715458	17	2.3	17	100	0	78	51	33	10	5	1.58
2717270--2717362	41	2.3	41	98	0	177	36	24	17	21	1.94
2735962--2736021	29	2.1	29	100	0	120	16	13	10	60	1.59
2739436--2739522	44	2.0	44	97	0	165	45	11	12	29	1.77
2742383--2742426	19	2.3	19	84	0	61	36	0	0	63	0.95
2742949--2742988	18	2.2	19	86	4	55	30	2	2	65	1.19
2749476--2749569	42	2.2	42	83	5	118	30	29	17	22	1.96
2749713--2749803	43	2.1	43	87	2	130	43	9	10	35	1.73
2753231--2753257	14	1.9	14	100	0	54	44	29	0	25	1.54
2753628--2753790	41	4.0	41	90	0	245	27	26	23	22	1.99
2753845--2753977	40	3.3	41	79	7	141	24	22	20	32	1.98
2753966--2753991	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2759727--2760236	116	4.4	113	77	7	397	32	17	18	31	1.95
2764154--2764685	44	12.1	45	78	3	523	30	25	15	28	1.96
2764154--2764685	132	4.0	132	96	0	913	30	25	15	28	1.96
2765598--2765632	1	35.0	1	94	0	61	0	0	2	97	0.19
2765615--2765688	36	2.0	37	97	2	141	16	16	9	58	1.63
2776126--2776331	105	2.0	105	92	1	342	30	19	20	30	1.97
2777706--2777739	13	2.7	12	86	13	50	8	2	2	85	0.80
2780584--2780625	22	1.9	22	90	0	66	61	11	2	23	1.42
2780559--2780622	28	2.3	28	77	17	71	64	10	1	23	1.35
2782771--2782853	32	2.6	32	83	7	98	42	16	20	20	1.90
2786614--2786657	17	2.5	17	81	7	52	68	0	2	29	1.02
2786787--2786829	19	2.3	19	84	4	52	60	4	6	27	1.43
2789782--2789814	9	3.7	9	91	0	57	51	3	0	45	1.16
2791678--2791722	21	2.0	23	87	8	67	62	6	17	13	1.52
2791966--2792006	21	1.9	22	90	5	66	29	21	31	17	1.96
2794061--2794144	42	2.0	42	92	0	141	34	1	14	50	1.51
2794671--2794709	21	1.9	20	89	5	60	43	33	5	17	1.72
2797782--2797973	61	3.1	58	72	22	163	51	4	4	39	1.42
2799144--2799170	13	2.1	13	100	0	54	62	14	0	22	1.31
2800840--2800878	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2801105--2801194	45	2.0	45	95	0	162	18	21	26	33	1.96
2801104--2801198	23	4.2	23	93	2	165	21	21	25	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802590--2802624	18	1.9	18	88	0	52	40	5	14	40	1.69
2803049--2803124	29	2.6	29	81	6	91	48	17	5	28	1.68
2803106--2803183	34	2.3	32	82	8	84	44	19	2	33	1.64
2806776--2806816	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2808793--2808915	23	5.3	23	87	4	176	30	26	20	22	1.98
2808793--2808909	46	2.5	46	94	0	198	31	26	20	21	1.98
2814129--2814266	62	2.2	63	79	11	160	28	15	9	46	1.77
2818842--2818892	22	2.3	22	83	6	68	45	17	21	15	1.86
2821134--2821206	34	2.2	32	74	11	76	54	12	0	32	1.38
2821764--2821818	24	2.4	22	76	11	56	72	0	12	14	1.12
2827125--2827226	43	2.4	43	84	0	141	32	7	14	45	1.74
2827952--2828047	48	2.0	48	93	0	165	30	10	11	47	1.73
2828038--2828094	29	2.0	29	82	0	69	31	8	17	42	1.80
2831138--2831309	86	2.0	86	100	0	344	30	12	13	43	1.82
2833218--2833338	4	30.2	4	88	0	179	23	3	22	50	1.64
2834654--2834805	33	4.5	33	66	22	100	32	26	20	20	1.97
2834609--2834907	102	2.9	102	94	0	499	33	25	20	21	1.97
2834861--2834986	33	3.5	33	74	19	126	36	28	16	18	1.93
2834814--2834988	76	2.3	75	91	1	269	34	28	18	18	1.95
2842394--2842519	33	3.5	33	70	22	101	36	26	16	19	1.93
2842242--2842523	76	3.8	74	82	9	360	32	26	19	21	1.97
2842467--2842548	27	2.7	31	81	10	91	34	30	20	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2843612--2843643	11	2.6	13	90	9	50	37	12	9	40	1.75
2843753--2843792	4	10.0	4	100	0	80	25	0	25	50	1.50
2844191--2844303	56	2.0	56	98	0	217	49	9	8	31	1.66
2854713--2854850	42	3.5	43	70	23	138	30	26	21	21	1.98
2854676--2854887	76	2.8	75	90	2	318	30	26	21	21	1.98
2854676--2854887	75	2.8	76	89	3	313	30	26	21	21	1.98
2854787--2855119	102	3.3	102	96	0	587	33	27	19	20	1.96
2855067--2855119	27	1.9	28	96	3	99	28	30	22	18	1.98
2863547--2863655	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
2863619--2863841	52	4.6	46	85	7	248	27	22	13	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144