genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24627358--24627474	57	2.1	57	81	3	137	43	5	20	29	1.75
24632136--24632302	29	5.8	29	75	8	135	36	22	13	27	1.91
24632143--24632293	58	2.6	58	81	5	155	38	23	12	25	1.90
24632252--24632350	28	3.5	28	79	2	101	37	22	14	26	1.92
24636816--24636869	22	2.6	21	74	8	56	25	27	29	16	1.97
24638518--24638582	26	2.4	26	78	14	62	66	3	4	26	1.26
24651874--24651915	16	2.5	16	82	17	50	16	4	0	78	0.91
24652450--24652492	17	2.5	17	84	0	59	18	18	39	23	1.92
24653042--24653081	13	3.1	13	82	10	55	15	15	15	55	1.71
24658063--24658094	6	5.3	6	96	0	55	53	0	28	18	1.45
24665037--24665098	25	2.5	25	97	0	115	35	3	1	59	1.23
24670906--24670945	16	2.5	16	83	0	53	42	12	5	40	1.64
24679485--24679546	14	4.3	15	78	13	60	56	3	0	40	1.15
24679664--24679698	9	3.9	9	88	0	52	42	0	5	51	1.25
24679664--24679702	9	4.3	9	90	0	51	43	0	7	48	1.31
24696281--24696375	26	3.9	23	78	13	75	31	17	25	25	1.97
24707276--24707628	39	9.1	39	77	2	343	35	32	17	13	1.89
24707284--24707628	117	3.0	117	83	3	410	35	32	17	14	1.90
24709893--24709933	21	2.0	21	85	4	57	46	0	0	53	1.00
24709888--24709937	12	4.1	12	76	23	59	48	0	0	52	1.00
24721045--24721150	41	2.6	41	84	1	124	33	23	15	27	1.94
24722052--24722117	21	3.1	21	74	20	57	53	1	1	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24739041--24739065	11	2.3	11	100	0	50	48	0	36	16	1.46
24752297--24752356	30	2.0	31	86	3	86	20	36	0	43	1.52
24757104--24757167	30	2.1	30	86	11	87	40	3	3	53	1.33
24761416--24761467	21	2.3	23	80	9	63	63	0	34	1	1.06
24767720--24767784	34	1.9	34	87	3	96	33	9	23	33	1.86
24770690--24770721	16	2.0	16	100	0	64	62	6	0	31	1.20
24775394--24775446	20	2.6	20	85	8	63	41	3	1	52	1.30
24786548--24786584	20	2.0	19	85	15	51	29	0	0	70	0.88
24787256--24787391	34	4.0	34	100	0	272	32	14	17	35	1.91
24790444--24790531	10	9.1	9	78	12	61	63	2	0	34	1.07
24790444--24790530	29	2.9	29	79	16	90	64	2	0	33	1.06
24790487--24790530	10	4.2	10	88	11	70	68	0	0	31	0.90
24790487--24790530	22	2.1	20	91	8	70	68	0	0	31	0.90
24790475--24790600	10	13.1	9	70	14	58	58	2	1	37	1.20
24791030--24791212	10	18.9	9	66	18	57	36	2	3	57	1.29
24791087--24791147	21	2.9	21	78	11	61	40	3	1	54	1.27
24791138--24791171	17	2.0	17	88	0	50	32	0	2	64	1.08
24791256--24791309	19	2.8	21	78	18	64	25	0	7	66	1.17
24791597--24791645	20	2.3	21	80	16	57	46	2	4	46	1.33
24791717--24791769	25	2.1	25	82	6	63	47	1	1	49	1.23
24793143--24793192	26	1.9	26	84	8	66	38	20	0	42	1.52
24793227--24793310	42	2.0	42	83	0	105	20	22	10	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24794011--24794055	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
24799132--24799270	73	1.9	72	89	1	215	49	17	5	26	1.69
24799353--24799387	7	4.9	7	93	6	61	14	0	42	42	1.45
24799353--24799387	15	2.4	14	95	4	61	14	0	42	42	1.45
24800437--24800476	19	2.1	19	85	0	53	30	2	7	60	1.38
24800773--24800820	20	2.2	23	75	25	66	33	22	27	16	1.96
24800778--24800820	20	2.2	20	100	0	86	34	23	25	16	1.95
24812368--24812401	17	1.9	18	88	5	52	20	2	2	73	1.09
24821662--24822178	258	2.0	258	92	0	865	36	12	19	30	1.89
24822916--24822972	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
24823218--24823252	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24823352--24823393	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24823105--24823402	154	1.9	156	95	2	546	44	3	5	47	1.41
24823361--24823402	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24824846--24824873	12	2.3	12	100	0	56	35	25	25	14	1.93
24826325--24826375	24	2.1	24	100	0	102	33	7	23	35	1.84
24832352--24832394	20	2.2	20	91	8	70	13	27	2	55	1.51
24832342--24832395	12	4.8	12	76	21	55	14	25	1	57	1.48
24843465--24843502	20	2.0	20	89	5	60	13	7	23	55	1.64
24845451--24845498	7	6.3	7	80	17	51	70	2	0	27	0.98
24845455--24845610	9	17.4	9	67	15	51	62	3	3	30	1.26
24845597--24845645	22	2.3	22	89	6	75	57	4	0	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24845607--24845654	22	2.2	22	92	0	78	56	8	0	35	1.30
24846889--24846926	17	2.2	17	90	9	60	50	5	5	39	1.48
24848701--24848762	27	2.3	27	88	2	90	40	25	17	16	1.90
24856328--24856423	27	3.6	27	80	5	122	41	20	17	19	1.90
24856742--24856805	28	2.3	27	83	5	83	21	21	25	31	1.98
24859268--24859394	29	4.5	30	70	13	99	34	3	3	59	1.29
24859367--24859477	9	12.1	9	66	17	50	32	2	4	60	1.31
24865662--24865704	13	3.3	13	80	0	50	55	4	2	37	1.33
24867204--24867472	43	6.3	43	80	3	247	24	17	28	29	1.97
24867223--24867472	86	2.9	85	80	2	277	25	18	28	28	1.98
24869062--24869165	31	3.4	30	82	15	124	65	0	0	32	1.06
24869062--24869177	61	1.9	61	87	7	173	63	1	0	33	1.10
24869616--24869697	21	4.0	21	75	13	91	36	0	1	62	1.03
24876089--24876141	23	2.3	23	80	6	54	32	16	20	30	1.95
24876283--24876344	19	3.3	18	76	12	63	56	3	0	40	1.15
24876795--24876967	67	2.7	64	85	8	224	56	1	1	40	1.20
24876832--24876967	62	2.2	62	90	4	211	58	2	0	38	1.10
24876948--24876990	21	2.0	21	91	8	70	65	0	0	34	0.93
24881898--24881925	13	2.2	13	100	0	56	46	0	14	39	1.44
24882552--24882592	12	3.4	13	80	16	52	43	4	0	51	1.23
24885221--24885323	38	2.7	38	93	0	179	32	11	18	37	1.87
24885399--24885622	41	5.4	41	74	4	187	27	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24891492--24891592	51	2.0	51	84	3	132	41	2	15	39	1.63
24892565--24892663	31	3.3	31	77	11	105	21	9	20	49	1.76
24896168--24896207	17	2.4	16	84	12	53	35	0	5	60	1.19
24896733--24896793	31	2.0	31	93	0	104	50	9	21	18	1.75
24903426--24903473	25	1.9	25	100	0	96	39	20	12	27	1.89
24905822--24905875	3	17.0	3	80	14	56	33	1	1	62	1.16
24905819--24905875	20	2.8	20	84	15	64	33	1	1	63	1.15
24905822--24905883	22	2.7	22	78	11	63	30	3	3	62	1.26
24914670--24914694	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
24918303--24918362	27	2.1	27	81	6	66	46	0	0	53	1.00
24918301--24918381	29	2.8	28	71	15	60	46	0	0	53	1.00
24923737--24923798	6	10.5	6	74	10	56	16	1	6	75	1.08
24923736--24923777	19	2.2	19	86	0	57	14	2	4	78	1.01
24923820--24923862	17	2.4	19	76	11	54	23	4	4	67	1.28
24927349--24927373	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
24932523--24932566	22	2.0	22	100	0	88	40	27	0	31	1.56
24932933--24932992	18	3.6	17	76	12	54	73	3	8	15	1.20
24934643--24934692	24	2.1	24	81	7	57	62	8	10	20	1.52
24934708--24934738	6	5.3	6	92	7	55	80	0	0	19	0.71
24934691--24934738	11	4.4	11	84	7	62	77	2	0	20	0.88
24938293--24938324	14	2.4	14	90	10	50	65	0	6	28	1.16
24940208--24940232	12	2.1	12	100	0	50	52	32	0	16	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24943263--24943297	4	8.8	4	100	0	70	77	0	22	0	0.78
24947490--24947549	19	3.1	19	74	9	66	43	10	0	46	1.37
24947511--24947980	158	3.0	154	85	6	608	41	11	5	42	1.62
24948560--24948625	13	5.1	13	76	7	62	33	4	24	37	1.76
24949561--24949616	28	2.0	28	100	0	112	21	3	39	35	1.71
24957728--24957779	27	2.0	26	81	11	61	53	13	13	19	1.72
24963727--24963770	11	3.9	11	79	5	52	36	0	4	59	1.18
24965194--24965234	18	2.3	18	87	8	57	46	2	17	34	1.61
24969395--24969635	50	4.8	50	78	7	200	25	16	25	32	1.96
24969452--24969629	51	3.5	50	78	9	175	25	16	24	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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