genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  28  of  144  ( 17221 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8581676--8581732	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
8582423--8582479	18	3.2	18	75	7	53	47	3	0	49	1.18
8582723--8582769	24	1.9	25	95	4	87	34	17	6	42	1.74
8583244--8583273	16	1.9	15	93	6	51	60	16	6	16	1.56
8587787--8587822	18	2.0	18	88	0	54	52	11	5	30	1.59
8587899--8587959	32	1.9	32	83	6	79	40	8	8	42	1.64
8599552--8599609	18	3.2	19	78	11	59	68	1	0	29	0.99
8599568--8599611	23	2.0	22	86	4	61	65	0	0	34	0.93
8605511--8605550	21	2.0	20	85	5	53	10	12	5	72	1.26
8610059--8610106	19	2.5	20	89	3	71	77	8	8	6	1.14
8610059--8610107	20	2.4	21	86	10	75	75	8	8	8	1.19
8610238--8610282	16	2.8	16	83	6	56	75	0	22	2	0.91
8610378--8610436	26	2.2	26	90	3	91	40	8	6	44	1.61
8612596--8612624	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
8612647--8612673	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8612584--8612683	51	2.0	50	84	15	134	41	1	4	54	1.26
8613057--8613118	21	3.0	21	85	0	79	14	22	27	35	1.93
8614269--8614434	47	3.6	47	88	0	217	30	25	16	27	1.97
8614457--8614605	31	4.8	31	92	3	246	24	28	19	26	1.99
8614581--8614709	50	2.5	51	88	5	190	25	21	16	36	1.94
8619453--8619490	17	2.2	17	90	9	60	31	10	10	47	1.72
8619647--8619703	24	2.4	24	93	0	96	59	12	0	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8619937--8620011	33	2.3	33	76	0	78	21	13	42	22	1.87
8620060--8620193	72	1.9	72	90	3	216	37	16	24	21	1.93
8622105--8622135	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
8622141--8622182	13	3.3	13	80	6	59	23	4	4	66	1.30
8622205--8622486	148	1.9	149	91	2	469	28	9	5	57	1.53
8622933--8622978	3	15.7	3	81	4	58	0	32	0	67	0.91
8622933--8622979	23	2.0	23	95	0	85	0	31	0	68	0.90
8623121--8623167	21	2.3	20	86	13	69	4	10	12	72	1.25
8623515--8623639	60	2.1	60	100	0	250	54	6	0	39	1.26
8624275--8624318	24	1.9	24	81	9	56	34	6	2	56	1.38
8627410--8627463	22	2.4	22	84	6	63	38	3	5	51	1.43
8627859--8627922	13	4.9	13	88	0	101	26	9	25	39	1.86
8628556--8628623	22	3.0	23	68	23	72	45	4	10	39	1.58
8629591--8629615	12	2.1	12	100	0	50	64	20	8	8	1.46
8633489--8633549	26	2.5	24	81	7	68	49	3	1	45	1.28
8633616--8633679	28	2.2	28	81	8	76	54	1	0	43	1.09
8633764--8633796	16	2.1	16	88	5	50	39	30	6	24	1.79
8635400--8635458	30	2.0	30	90	6	93	59	5	3	32	1.36
8635742--8635801	27	2.2	27	100	0	120	21	0	11	66	1.23
8635745--8635793	14	3.5	15	72	27	54	22	0	10	67	1.20
8638023--8638136	51	2.2	51	95	0	201	28	23	14	33	1.94
8654911--8654966	17	3.4	16	75	9	60	33	5	0	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8654902--8654972	32	2.2	32	97	0	133	35	4	0	60	1.16
8659230--8659282	25	2.1	26	82	10	65	41	16	1	39	1.60
8659537--8659579	19	2.3	19	80	12	52	11	11	2	74	1.17
8659508--8659572	31	2.1	31	82	5	78	13	10	1	73	1.16
8659538--8659631	18	5.1	18	75	18	54	20	7	2	70	1.22
8659634--8659707	21	3.4	21	76	10	60	41	0	2	55	1.14
8659621--8659709	23	4.0	23	73	12	78	41	0	2	56	1.12
8660062--8660125	27	2.4	27	81	5	76	48	3	1	46	1.27
8660173--8660215	18	2.5	17	88	11	61	16	2	2	79	0.95
8660222--8660267	23	2.1	21	84	11	58	41	0	4	54	1.20
8660252--8660296	21	2.1	21	84	15	58	37	2	0	60	1.09
8664698--8664982	142	2.0	142	99	0	561	34	12	16	37	1.86
8665517--8665639	30	4.1	30	91	0	183	23	22	27	26	2.00
8669135--8669159	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
8669149--8669185	18	2.1	18	90	10	58	45	0	0	54	1.00
8669186--8669243	19	3.1	19	78	9	55	48	1	3	46	1.29
8669192--8669252	19	3.2	19	83	6	79	45	0	3	50	1.17
8669156--8669253	10	10.4	9	77	10	72	45	1	2	51	1.19
8669648--8669757	55	2.0	55	98	0	211	55	6	1	36	1.36
8669985--8670055	37	1.9	36	88	2	106	50	4	1	43	1.30
8670253--8670296	20	2.2	20	95	0	79	79	0	9	11	0.93
8670243--8670295	9	5.8	9	80	12	63	77	0	9	13	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8670261--8670296	11	3.5	11	85	14	58	83	0	8	8	0.82
8670821--8670862	21	2.0	21	95	0	75	52	11	9	26	1.68
8673272--8673330	24	2.5	22	82	15	73	55	0	0	44	0.99
8673290--8673328	12	3.2	12	79	13	53	64	0	0	35	0.94
8675813--8675860	18	2.6	19	80	12	55	66	6	2	25	1.26
8676023--8676060	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
8678515--8678553	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
8679659--8680313	75	8.7	75	85	6	819	32	19	16	31	1.94
8679659--8680582	147	6.2	148	84	9	933	32	20	16	30	1.95
8679659--8680582	294	3.1	295	82	9	1037	32	20	16	30	1.95
8680228--8680402	91	2.0	88	86	5	244	32	20	19	27	1.97
8680152--8680458	165	1.9	164	87	3	454	29	20	17	32	1.96
8680404--8680577	62	2.7	65	84	5	210	29	27	16	27	1.97
8680906--8680939	17	1.9	18	88	5	52	5	20	29	44	1.75
8681521--8681676	78	2.0	78	94	0	276	23	31	18	26	1.98
8684801--8684833	12	2.8	12	95	0	57	9	36	6	48	1.60
8688247--8688318	30	2.4	30	85	0	108	45	2	20	30	1.65
8689247--8689272	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
8690173--8690205	12	2.8	12	95	0	57	9	36	6	48	1.60
8693458--8693507	24	2.1	24	85	7	66	42	14	22	22	1.88
8695454--8695755	150	2.0	150	99	0	595	32	18	17	31	1.94
8696542--8696605	18	3.8	17	72	14	60	4	4	15	75	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8702372--8702414	8	4.9	9	86	8	54	67	0	0	32	0.91
8706330--8706370	20	2.0	20	90	0	64	17	26	24	31	1.97
8741681--8741713	13	2.4	14	85	10	50	33	15	0	51	1.43
8745729--8745770	21	2.0	21	81	9	50	23	28	9	38	1.86
8757285--8757389	41	2.6	41	86	3	131	20	29	20	30	1.97
8757320--8757402	41	2.0	41	90	0	130	20	30	21	27	1.98
8757325--8757417	41	2.3	41	86	0	123	22	27	21	27	1.99
8759641--8759675	16	2.1	17	89	5	54	60	2	0	37	1.12
8765770--8765817	20	2.4	20	82	0	69	39	20	6	33	1.78
8765793--8765861	31	2.2	31	82	10	88	42	20	11	26	1.86
8773365--8773392	7	4.0	7	100	0	56	42	14	14	28	1.84
8775082--8775275	61	3.2	61	71	11	191	43	2	5	48	1.38
8775040--8775306	120	2.2	120	93	0	453	43	1	4	49	1.34
8775250--8775284	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8785941--8785993	21	2.9	17	72	20	52	33	0	7	58	1.26
8788297--8788331	6	5.8	6	100	0	70	65	17	0	17	1.27
8791658--8792661	107	9.3	107	82	5	999	33	17	18	30	1.94
8793698--8794219	107	4.8	106	73	11	360	36	18	15	29	1.92
8793868--8794135	104	2.6	104	84	5	310	37	19	15	27	1.92
8793868--8794136	103	2.6	104	82	7	303	37	19	15	27	1.92
8799175--8799420	50	4.8	50	81	6	210	28	19	26	24	1.99
8804147--8804206	26	2.3	25	85	5	75	20	10	35	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8804697--8804790	47	2.0	47	95	0	170	40	6	11	41	1.67
8809330--8809376	24	2.0	24	100	0	94	34	4	31	29	1.77
8811288--8811380	18	5.2	18	87	5	134	31	21	13	33	1.93
8816724--8816772	24	2.0	24	100	0	98	36	12	12	38	1.80
8816991--8817131	53	2.7	53	78	8	139	19	14	13	52	1.74
8823746--8823793	21	2.3	21	88	0	69	47	2	0	50	1.12
8831732--8831766	17	2.1	17	94	0	61	77	5	14	2	1.07
8834008--8834039	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
8835619--8835669	21	2.5	21	96	3	95	35	0	21	43	1.53
8836189--8836218	15	2.0	15	93	0	51	16	0	10	73	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144