genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28849432--28849612	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
28852399--28852453	25	2.2	25	86	0	74	32	14	12	40	1.84
28854841--28854875	5	7.0	5	96	0	52	74	0	25	0	0.82
28861347--28861562	51	4.3	51	88	5	312	33	13	23	29	1.93
28863859--28864036	51	3.5	49	84	3	221	24	17	27	30	1.97
28864044--28864301	42	6.1	42	79	6	288	21	17	25	36	1.94
28864043--28864256	84	2.5	84	93	0	374	21	16	24	36	1.94
28866285--28866459	49	3.6	48	90	3	253	24	14	30	30	1.95
28870291--28870402	50	2.2	51	85	1	154	33	15	25	26	1.95
28873910--28873962	27	1.9	28	84	3	72	47	1	7	43	1.42
28875250--28875332	42	2.0	41	92	0	130	39	14	25	19	1.89
28879438--28880146	100	7.1	100	84	2	724	23	19	23	33	1.97
28879408--28880116	50	14.2	50	69	7	416	23	19	23	33	1.97
28880254--28880650	44	8.6	44	70	15	228	28	20	18	32	1.97
28880196--28880621	142	3.0	142	94	0	719	27	20	17	33	1.96
28882027--28882076	7	7.0	7	82	15	59	16	14	0	70	1.18
28882027--28882077	13	3.5	15	82	15	63	15	13	0	70	1.17
28888729--28888758	8	3.8	8	95	0	51	26	0	0	73	0.84
28888729--28888768	16	2.4	17	83	4	55	25	0	2	72	0.97
28889010--28889096	39	2.2	38	87	4	120	22	16	47	13	1.82
28897424--28897524	32	3.3	32	68	20	106	57	7	4	29	1.48
28897425--28897546	60	2.0	60	100	0	244	57	6	4	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28898468--28898503	5	7.0	5	90	3	54	0	22	2	75	0.94
28907290--28907345	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
28908255--28908304	21	2.4	21	83	6	66	40	6	18	36	1.75
28912282--28912336	19	2.9	19	86	10	69	56	5	0	38	1.23
28915863--28915895	2	16.5	2	93	0	57	0	51	0	48	1.00
28917756--28917785	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
28921781--28921812	16	2.0	16	93	0	55	56	15	12	15	1.68
28922621--28922734	60	1.9	60	100	0	228	50	14	7	28	1.70
28929652--28929711	30	2.1	30	87	6	88	35	0	3	61	1.12
28930344--28930459	52	2.2	52	84	4	153	36	18	18	27	1.94
28930401--28930513	47	2.4	47	73	5	120	26	20	23	30	1.98
28934494--28934730	49	4.8	49	82	6	237	24	23	18	33	1.97
28934494--28934730	98	2.4	96	83	6	287	24	23	18	33	1.97
28942389--28942435	18	2.6	18	96	0	85	48	17	6	27	1.71
28942696--28943220	262	2.0	262	99	0	1041	33	20	13	32	1.91
28951242--28951276	18	1.9	18	88	0	52	51	5	34	8	1.56
28953206--28953302	25	3.9	24	74	11	79	24	25	19	29	1.98
28953461--28953522	31	2.1	30	82	17	76	46	8	16	29	1.75
28953789--28954574	392	2.0	392	100	0	1572	24	7	23	44	1.79
28959269--28959316	17	2.8	17	70	0	51	8	16	29	45	1.76
28962598--28962623	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
28972132--28972158	13	2.1	13	100	0	54	62	22	0	14	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28972557--28972621	10	6.2	10	72	13	51	70	3	6	20	1.22
28973240--28973283	20	2.2	20	84	4	54	47	11	0	40	1.39
28973391--28973493	53	1.9	54	80	11	122	45	10	2	40	1.54
28974005--28974050	3	15.3	3	100	0	92	32	0	32	34	1.58
28974506--28974850	42	8.2	42	85	0	465	35	23	18	22	1.95
28974506--28974850	126	2.7	126	90	0	537	35	23	18	22	1.95
28975870--28975902	10	3.4	10	83	8	50	0	12	0	87	0.53
28983584--28983634	8	6.4	8	88	0	75	41	0	35	23	1.55
28983565--28983634	4	17.5	4	81	0	68	42	2	32	21	1.67
28991724--28991768	6	7.3	6	80	5	54	48	15	15	20	1.80
28991751--28991900	45	3.3	45	84	1	167	40	20	18	21	1.91
28991800--28991927	45	3.2	39	79	11	100	37	21	21	20	1.94
28992936--28992975	20	2.0	20	85	9	55	2	15	5	77	1.04
28998637--28998681	6	7.3	6	80	5	54	48	15	15	20	1.80
28998709--28998774	6	10.5	6	74	9	60	46	19	16	16	1.84
28998630--28998816	90	2.0	91	92	6	313	44	21	14	18	1.86
28998756--28998930	45	4.2	38	77	14	127	38	21	20	19	1.93
28998664--28998903	45	5.3	45	76	11	213	41	20	17	19	1.90
28998630--28998903	90	2.9	95	81	12	268	42	21	17	18	1.89
28998664--28998899	90	2.6	89	85	7	284	41	21	17	19	1.90
29013127--29013232	50	2.1	51	82	3	126	48	12	1	37	1.52
29015687--29015725	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29015943--29016064	23	5.3	23	87	2	174	22	19	25	31	1.98
29015943--29016064	46	2.7	46	89	2	192	22	19	25	31	1.98
29018191--29018342	75	2.0	75	96	0	277	32	11	22	33	1.90
29020808--29020856	22	2.2	23	85	3	64	34	4	12	48	1.59
29020815--29020858	22	2.0	22	90	4	70	36	4	9	50	1.55
29021347--29021398	25	2.1	24	89	3	77	57	0	0	42	0.98
29025362--29025400	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
29025663--29025790	50	2.6	50	82	0	139	19	30	25	25	1.98
29032219--29032257	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
29034747--29034802	25	2.2	25	90	0	85	21	19	25	33	1.97
29036026--29036121	22	4.4	22	75	5	70	20	29	15	34	1.94
29036039--29036121	22	3.7	23	77	4	89	21	30	15	32	1.95
29039539--29039571	15	2.2	15	89	10	50	21	18	0	60	1.36
29057419--29057520	48	2.1	48	90	0	159	23	20	12	43	1.86
29060752--29060794	20	2.2	20	100	0	86	18	11	23	46	1.82
29064207--29064310	52	2.0	51	81	1	118	43	6	21	28	1.78
29065895--29065960	13	5.1	13	76	7	62	37	7	19	34	1.80
29066181--29066210	14	2.1	14	100	0	60	50	0	6	43	1.28
29068542--29068593	18	2.9	18	88	0	77	42	11	9	36	1.74
29072597--29072673	37	2.1	37	80	9	86	51	2	5	40	1.38
29073276--29074327	44	23.1	44	78	8	802	30	23	13	31	1.94
29073276--29074327	89	11.6	88	76	11	651	30	23	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29073276--29075106	133	12.7	132	75	14	744	31	23	13	31	1.94
29073536--29073568	14	2.4	14	100	0	66	15	27	15	42	1.86
29073594--29073626	14	2.4	14	100	0	66	15	27	15	42	1.86
29073492--29073655	58	2.8	58	97	1	303	29	23	13	33	1.93
29073608--29074327	221	3.3	220	80	3	705	31	23	13	31	1.93
29074314--29074341	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074372--29074399	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074270--29074882	116	5.4	116	87	7	965	31	22	13	32	1.93
29074430--29074457	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074488--29074515	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074546--29074573	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074270--29074609	58	5.9	58	100	0	680	31	22	13	32	1.93
29074645--29074672	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074428--29074824	215	1.8	215	100	0	794	31	22	13	32	1.92
29074366--29074935	273	2.1	276	97	2	1092	31	22	13	32	1.93
29074703--29074730	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074225--29074882	331	2.0	334	95	2	1200	31	22	13	32	1.93
29074761--29074788	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074819--29074846	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
29074643--29074882	58	4.1	58	100	0	480	31	22	13	32	1.93
29074871--29075109	45	5.4	45	79	3	259	31	24	15	28	1.95
29074916--29075109	89	2.2	89	89	0	316	31	24	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29074833--29075109	134	2.1	133	95	0	491	31	24	14	29	1.95
29076383--29076430	21	2.3	21	89	7	71	14	16	0	68	1.21
29076383--29076430	7	6.9	7	82	17	64	14	16	0	68	1.21
29081283--29081533	125	2.0	125	97	0	475	41	18	9	29	1.83
29081898--29081974	37	2.1	37	80	9	86	51	2	5	40	1.38
29082512--29082540	13	2.1	14	93	6	51	79	0	13	6	0.93
29083451--29084103	44	14.4	44	75	8	472	30	23	13	31	1.94
29083622--29083654	14	2.4	14	100	0	66	15	27	15	42	1.86
29083578--29083691	58	2.0	58	89	3	176	29	23	12	34	1.91
29083489--29083775	147	2.0	147	95	0	511	30	24	13	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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