genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20981141--20981166	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
20981953--20982015	30	2.1	31	90	3	101	25	3	12	58	1.49
20982768--20982834	13	5.6	13	73	20	74	49	16	0	34	1.46
20982769--20982843	23	3.3	23	92	0	123	49	16	0	34	1.46
20984747--20984783	19	2.0	18	89	5	56	35	8	0	56	1.29
20984934--20984963	10	3.0	10	95	0	51	50	13	0	36	1.42
20985438--20985644	72	2.9	72	91	0	342	29	19	16	34	1.94
20993848--20994317	89	5.3	90	76	8	412	25	23	20	30	1.98
20993848--20994317	45	10.6	45	77	7	435	25	23	20	30	1.98
20994329--20994445	44	2.7	43	77	13	114	30	22	16	30	1.95
20995338--20995386	25	1.9	26	91	4	82	59	10	16	14	1.61
21008683--21009224	50	10.9	50	73	4	378	33	21	18	26	1.96
21008678--21009226	100	5.5	100	86	0	713	33	21	18	26	1.96
21010912--21010948	19	2.0	18	89	5	56	35	8	0	56	1.29
21012318--21012347	10	3.0	10	95	0	51	50	13	0	36	1.42
21012819--21013172	73	4.9	73	98	0	674	26	19	18	35	1.94
21017232--21017269	11	3.5	11	85	0	58	52	2	0	44	1.14
21023047--21023094	19	2.6	19	81	12	55	77	4	6	12	1.11
21023312--21023458	54	2.6	54	87	8	188	46	14	14	24	1.82
21023953--21023992	12	3.2	12	96	3	71	50	0	10	40	1.36
21026292--21026470	89	2.0	89	94	0	313	34	11	7	46	1.68
21026541--21026872	166	2.0	166	96	1	612	35	14	10	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21037184--21037239	27	2.1	27	89	0	85	30	14	17	37	1.90
21037217--21037416	27	7.3	27	78	3	186	19	14	21	44	1.86
21043448--21043491	11	4.4	11	75	21	51	61	0	2	36	1.09
21043752--21043847	39	2.3	41	77	10	106	22	25	23	28	2.00
21043767--21043843	39	2.0	39	86	0	109	23	20	23	32	1.98
21048126--21048198	38	1.9	38	97	0	137	34	16	15	34	1.90
21048354--21049200	63	13.4	63	99	0	1667	45	15	17	20	1.85
21056648--21056703	28	2.0	28	100	0	112	32	28	10	28	1.90
21062446--21062475	15	2.0	15	93	0	51	50	20	23	6	1.71
21063945--21064033	38	2.4	35	80	14	97	34	14	8	41	1.77
21067181--21068141	92	10.4	92	96	0	1591	32	5	16	45	1.70
21071185--21071257	37	1.9	38	88	2	112	39	20	12	27	1.88
21072117--21072209	47	2.0	48	87	10	138	18	13	26	40	1.88
21075676--21075719	21	2.1	21	86	0	61	15	47	20	15	1.82
21078955--21078993	19	2.0	20	90	5	62	41	2	0	56	1.13
21084086--21084123	18	2.1	18	85	9	51	0	52	0	47	1.00
21084586--21084659	3	24.3	3	75	8	69	31	1	5	62	1.26
21084604--21084670	23	3.0	23	80	8	59	31	2	8	56	1.45
21084759--21084791	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
21097310--21097485	71	2.5	70	84	1	210	28	14	22	34	1.94
21097503--21097833	76	4.5	74	81	8	374	32	15	20	31	1.94
21097489--21097828	148	2.3	145	81	8	388	31	15	20	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21098234--21098486	73	3.5	72	91	3	391	32	17	18	30	1.95
21118037--21118162	63	2.0	63	87	3	182	39	14	4	41	1.67
21118641--21118703	21	3.0	21	81	6	74	31	30	9	28	1.89
21118642--21118721	42	1.9	42	81	0	97	36	32	7	23	1.83
21122049--21122091	18	2.3	18	81	18	61	20	6	2	69	1.23
21127092--21127405	51	6.5	50	68	15	176	27	20	20	31	1.97
21127092--21127405	145	2.2	145	93	0	529	27	20	20	31	1.97
21127092--21127364	50	5.6	49	69	16	163	27	19	20	32	1.97
21127270--21127535	94	2.9	91	78	6	284	28	21	18	31	1.96
21127139--21127601	237	1.9	239	81	6	555	28	20	19	31	1.97
21133881--21134065	79	2.3	81	81	7	209	24	26	22	25	2.00
21133862--21134065	40	5.1	40	79	8	211	24	26	22	26	2.00
21158153--21158239	19	4.7	19	70	23	78	45	13	10	29	1.77
21158138--21158259	54	2.3	55	89	2	194	41	16	9	31	1.81
21158587--21158675	30	2.9	29	76	14	99	30	4	8	56	1.50
21159078--21159123	24	2.0	23	86	4	65	65	2	4	28	1.23
21159317--21159395	31	2.5	31	84	8	106	45	11	15	27	1.80
21164825--21164856	16	2.0	16	100	0	64	31	43	0	25	1.55
21165934--21165975	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
21166655--21166707	13	4.1	13	75	18	56	35	24	5	33	1.79
21166641--21166806	91	1.8	91	85	5	237	40	23	4	31	1.74
21169910--21170003	49	1.9	49	93	0	161	24	24	7	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21171424--21171509	43	2.0	43	86	0	118	24	19	0	55	1.43
21173782--21173812	15	2.1	15	100	0	62	58	0	0	41	0.98
21174452--21174510	30	1.9	31	86	6	84	61	0	0	38	0.96
21174451--21174501	15	3.4	14	75	21	50	64	0	0	35	0.94
21174452--21174518	30	2.1	30	83	8	80	62	0	0	37	0.95
21175608--21175633	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
21181732--21181769	16	2.2	18	86	9	53	63	2	5	28	1.30
21183586--21183687	40	2.6	38	73	14	98	63	0	1	33	1.12
21183590--21183664	30	2.5	28	76	18	71	62	1	2	33	1.17
21183654--21183700	7	6.7	7	92	0	76	76	0	0	23	0.78
21184868--21184915	25	2.0	23	84	11	62	50	2	0	47	1.12
21184985--21185067	29	2.9	28	81	18	84	46	2	1	49	1.22
21190316--21190452	67	2.1	65	93	2	229	37	16	19	26	1.93
21191487--21191675	91	2.1	92	86	5	267	31	10	12	45	1.76
21192238--21192403	91	1.8	91	84	0	224	42	13	10	33	1.79
21192265--21192440	91	1.9	91	82	4	221	44	15	9	31	1.77
21194893--21194926	18	1.9	18	88	5	52	23	5	0	70	1.09
21195895--21195949	9	6.2	9	95	2	85	21	10	25	41	1.86
21196110--21196134	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
21198082--21198262	90	2.0	90	98	1	355	24	22	12	40	1.88
21199850--21199892	13	3.3	13	80	0	50	34	4	2	58	1.32
21206046--21206071	10	2.6	10	100	0	52	80	7	0	11	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21207426--21207460	16	2.1	17	89	5	54	62	0	2	34	1.10
21218377--21218516	40	3.5	40	78	6	133	29	22	19	29	1.98
21225929--21226068	40	3.5	40	73	10	126	27	23	18	30	1.98
21226516--21226556	19	2.1	20	86	4	57	29	12	2	56	1.49
21229008--21229047	5	8.0	5	100	0	80	80	0	20	0	0.72
21234474--21234718	27	9.1	27	77	11	159	43	17	15	22	1.87
21234474--21234611	54	2.6	53	83	3	179	44	18	16	21	1.87
21234671--21234748	27	2.9	26	83	5	93	38	17	17	25	1.92
21234729--21234828	24	4.0	25	84	5	80	25	15	23	37	1.93
21234764--21234829	24	2.8	24	92	0	105	25	7	22	43	1.79
21234766--21234874	48	2.3	48	84	6	132	23	7	22	45	1.77
21234766--21234874	24	4.6	23	85	4	101	23	7	22	45	1.77
21234943--21234999	27	2.1	27	81	12	64	26	26	15	31	1.96
21234990--21235040	26	2.0	26	88	0	75	19	23	23	33	1.97
21235048--21235184	32	4.3	32	84	0	168	18	20	21	38	1.93
21239374--21239502	62	2.1	62	94	0	231	32	13	17	36	1.89
21239886--21239951	25	2.6	27	76	11	66	53	4	3	39	1.37
21241598--21241627	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
21245793--21245827	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
21259481--21259528	3	16.0	3	91	0	78	33	62	4	0	1.14
21259275--21259836	281	2.0	281	98	0	1097	31	33	11	23	1.90
21259762--21259809	3	16.0	3	91	0	78	33	62	4	0	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21260654--21260683	14	2.1	14	100	0	60	50	6	13	30	1.67
21265339--21265413	20	3.5	20	72	19	69	62	6	5	25	1.41
21265472--21265508	15	2.5	15	81	0	56	59	5	8	27	1.48
21266984--21267187	44	4.7	42	75	8	153	25	20	22	31	1.98
21267440--21267995	88	6.3	88	81	0	599	24	23	24	27	2.00
21267511--21267649	45	3.1	45	69	6	111	25	25	20	28	1.99
21267437--21267995	177	3.2	174	85	1	704	24	23	24	27	2.00
21267477--21267990	265	1.9	265	84	1	690	24	23	24	27	2.00
21269232--21269284	7	7.6	7	84	16	74	15	15	0	69	1.19
21269232--21269291	21	2.7	22	82	12	79	15	15	0	70	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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