genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28461566--28461814	50	4.8	50	84	5	302	22	30	22	25	1.99
28465881--28466051	50	3.4	50	83	1	218	21	28	21	28	1.98
28471809--28471987	50	3.6	50	84	4	227	21	27	23	27	1.99
28472729--28472893	50	3.3	50	89	0	231	21	31	22	24	1.98
28473649--28473779	29	4.5	29	74	7	86	23	28	13	34	1.93
28473712--28473780	29	2.4	30	85	9	99	26	23	13	37	1.91
28475172--28475198	12	2.2	12	100	0	54	55	0	0	44	0.99
28478697--28479258	281	2.0	281	100	0	1124	34	15	16	33	1.90
28480285--28480576	50	5.7	50	81	5	250	29	22	26	22	1.99
28488754--28488787	17	1.9	18	88	5	52	20	14	32	32	1.93
28505912--28505940	5	5.8	5	100	0	58	41	17	0	41	1.49
28507039--28507098	26	2.3	26	88	0	84	31	25	6	36	1.82
28513146--28513174	11	2.5	12	88	11	51	24	0	20	55	1.44
28515931--28515987	27	2.2	26	84	12	73	29	1	19	49	1.58
28524936--28524997	24	2.7	23	80	7	63	25	3	1	69	1.13
28527328--28527368	16	2.6	16	88	0	55	34	19	0	46	1.50
28530079--28530112	16	2.1	16	88	0	50	32	2	5	58	1.37
28536026--28536090	28	2.2	31	86	10	93	26	23	23	27	2.00
28538935--28538972	4	9.8	4	94	5	69	0	23	0	76	0.79
28541382--28541481	28	3.4	29	74	16	82	37	1	5	57	1.28
28541444--28541486	18	2.3	19	84	11	54	32	0	4	62	1.15
28541529--28541585	21	2.7	21	83	10	71	42	0	1	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28541547--28541593	24	1.9	25	82	4	60	48	0	0	51	1.00
28558321--28558363	18	2.4	16	82	17	50	41	13	0	44	1.44
28574145--28574429	52	5.4	52	83	4	308	24	16	17	40	1.90
28574144--28574432	26	11.0	26	78	2	242	24	16	18	39	1.91
28581722--28581908	26	7.2	26	77	1	169	24	16	20	39	1.92
28581722--28581906	78	2.4	78	83	5	223	23	16	21	38	1.92
28581740--28581908	52	3.2	52	82	3	189	24	15	20	39	1.91
28593645--28593686	19	2.2	19	86	4	57	40	2	19	38	1.64
28593655--28593695	19	2.3	18	87	8	57	29	2	19	48	1.61
28594448--28594524	27	2.9	27	88	3	111	18	20	19	41	1.90
28594489--28594750	26	10.0	26	81	2	267	24	15	19	40	1.91
28599674--28601179	138	11.0	138	88	3	1942	45	7	7	39	1.60
28599841--28600052	67	3.1	67	63	11	169	41	8	8	41	1.64
28599908--28600122	70	3.1	70	62	14	174	43	7	9	38	1.67
28599674--28601179	675	2.2	680	85	4	2029	45	7	7	39	1.60
28610030--28610080	13	3.9	13	84	0	75	29	7	27	35	1.85
28614440--28614556	27	4.4	27	76	4	94	41	17	20	19	1.90
28614544--28614770	27	8.5	27	84	4	129	33	16	23	25	1.96
28614569--28614953	27	14.4	27	78	4	305	34	18	21	25	1.96
28614519--28614953	54	8.1	54	76	3	317	35	18	20	25	1.95
28614571--28614953	81	4.8	81	81	3	396	34	18	21	25	1.96
28614599--28614904	107	2.9	108	77	5	289	35	18	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28614843--28614900	26	2.2	26	82	8	73	39	17	18	24	1.92
28614976--28615085	24	4.7	23	86	3	85	20	7	24	48	1.74
28615003--28615085	24	3.5	24	90	3	123	18	8	26	46	1.77
28615212--28615265	26	2.1	26	89	0	81	12	25	31	29	1.93
28615256--28615458	32	6.4	32	86	2	248	20	19	19	40	1.92
28618479--28618535	30	1.9	30	96	0	105	22	21	15	40	1.91
28620601--28621010	206	2.0	206	97	0	775	28	17	20	34	1.95
28621541--28621585	19	2.3	20	92	7	83	40	0	15	44	1.47
28623957--28624067	55	2.0	55	85	3	152	22	21	30	25	1.99
28632153--28632221	25	2.8	25	97	0	129	26	21	21	30	1.99
28649478--28649649	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
28649480--28649702	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
28649478--28649702	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
28649634--28649711	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28652438--28652501	25	2.6	25	76	18	62	26	25	23	25	2.00
28652456--28652542	25	3.5	25	80	0	102	26	19	20	33	1.97
28657410--28657463	20	2.8	19	82	2	63	55	1	5	37	1.34
28659429--28659487	6	9.8	6	88	0	64	28	8	1	61	1.35
28659429--28659487	9	6.6	9	80	0	64	28	8	1	61	1.35
28672324--28672351	6	4.7	6	100	0	56	35	0	14	50	1.43
28674210--28674241	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
28680612--28680778	40	4.2	40	76	10	164	31	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28680612--28680778	79	2.1	80	84	5	214	31	22	20	26	1.98
28680685--28681009	154	2.1	152	80	8	372	29	18	20	31	1.96
28681138--28681185	14	3.6	14	72	11	55	52	2	2	43	1.24
28681202--28681247	14	3.4	14	87	6	67	19	0	34	45	1.51
28681264--28681297	15	2.3	15	89	0	50	20	0	35	44	1.52
28681234--28681284	22	2.3	23	70	16	54	27	1	25	45	1.64
28681272--28681302	15	2.1	15	93	0	53	22	0	41	35	1.54
28682507--28682564	16	3.4	17	80	9	73	46	3	3	46	1.36
28682584--28682629	22	2.1	22	83	0	56	56	0	2	41	1.11
28682678--28682712	16	2.1	17	94	5	63	25	0	5	68	1.11
28682832--28682858	14	1.9	14	100	0	54	51	22	11	14	1.73
28691238--28691293	27	2.1	27	100	0	112	28	10	37	23	1.88
28705881--28706120	50	4.8	50	86	2	311	22	30	21	25	1.98
28708044--28708073	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
28708242--28708313	32	2.2	34	82	5	94	30	16	11	41	1.83
28711832--28711879	20	2.4	19	76	10	51	41	20	27	10	1.85
28713025--28713136	56	2.0	56	91	3	181	29	11	33	25	1.91
28713577--28713685	26	4.2	26	83	6	130	42	22	16	19	1.89
28713577--28713685	52	2.1	53	89	5	168	42	22	16	19	1.89
28713586--28713690	27	4.0	27	86	5	142	41	22	18	17	1.89
28713882--28713936	26	2.1	26	86	0	74	21	18	21	38	1.94
28714367--28714415	23	2.1	23	92	0	80	51	2	18	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28725043--28725103	26	2.4	25	86	10	79	40	4	19	34	1.73
28732715--28732937	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	26	2.00
28732715--28732937	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
28736615--28736737	49	2.5	49	78	6	133	30	21	26	21	1.98
28748400--28748779	27	14.1	27	80	4	358	18	16	21	42	1.89
28752325--28752645	27	12.0	27	77	10	270	19	17	21	41	1.90
28752327--28752648	54	6.0	54	80	6	309	19	17	22	41	1.90
28752328--28752646	81	4.0	80	82	6	319	19	17	21	41	1.90
28757678--28757709	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
28764235--28764302	33	2.1	33	97	0	127	67	4	11	16	1.37
28767379--28767556	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28767400--28767555	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28770644--28770740	33	3.0	33	84	4	126	18	29	9	42	1.82
28771711--28771911	27	7.5	27	89	2	298	32	16	14	35	1.89
28775446--28775522	39	2.0	39	92	0	127	45	19	19	15	1.85
28777715--28777870	78	2.0	78	97	0	294	28	33	16	21	1.95
28788189--28788250	31	2.0	31	87	0	88	20	24	12	41	1.87
28790238--28790307	27	2.6	27	93	2	95	32	28	11	27	1.91
28790240--28790335	28	3.4	28	89	2	131	32	28	12	27	1.93
28823254--28823461	28	7.5	28	93	2	332	26	12	28	31	1.93
28823254--28823461	55	3.8	55	92	1	344	26	12	28	31	1.93
28825693--28825897	29	7.1	29	81	6	211	37	14	23	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28825693--28825939	87	2.8	86	77	10	259	36	14	24	23	1.93
28833164--28833345	29	6.3	28	79	12	199	37	13	24	24	1.92
28833164--28833345	87	2.1	87	85	6	244	37	13	24	24	1.92
28833222--28833378	58	2.7	57	85	7	183	36	13	26	23	1.92
28835581--28835622	16	2.8	16	89	7	61	40	4	0	54	1.21
28846227--28846282	10	5.4	10	78	6	58	69	5	8	16	1.32
28846227--28846274	11	4.5	11	76	7	55	66	6	10	16	1.41
28846227--28846282	21	2.7	20	86	2	67	69	5	8	16	1.32
28849435--28849612	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
28849436--28849591	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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