genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  144  ( 17221 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21724098--21724122	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
21724781--21724816	18	2.0	18	94	0	63	22	30	5	41	1.76
21725221--21725310	44	2.0	44	87	4	128	41	1	10	47	1.44
21725318--21726427	29	37.7	29	82	7	1227	44	30	0	24	1.57
21725420--21725507	43	2.0	43	97	0	167	45	29	0	25	1.54
21725452--21725478	14	1.9	14	100	0	54	51	22	0	25	1.48
21725622--21725683	28	2.5	23	77	22	79	45	30	0	24	1.54
21725664--21725747	43	2.0	43	97	0	159	48	25	0	26	1.51
21725636--21725776	72	2.0	71	86	6	196	47	26	0	25	1.57
21726436--21726565	19	7.0	19	72	23	116	40	9	3	47	1.51
21726423--21726565	37	3.9	37	98	0	268	40	8	2	48	1.48
21726680--21726711	16	2.0	16	93	0	55	15	18	25	40	1.90
21726814--21727001	82	2.3	83	81	7	215	23	19	26	30	1.98
21726814--21727002	41	4.6	41	79	5	195	23	19	25	30	1.98
21726765--21727002	123	2.0	121	83	5	300	23	18	26	31	1.97
21727058--21727098	13	2.9	15	78	14	50	0	34	0	65	0.93
21728436--21728467	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
21729130--21730494	686	2.0	683	98	0	2660	32	13	17	36	1.89
21731920--21731977	18	3.3	18	66	9	57	43	6	10	39	1.66
21732223--21732334	43	2.6	43	89	0	170	22	18	30	28	1.97
21732415--21732550	37	3.7	37	96	0	245	38	8	3	50	1.50
21736533--21736567	17	2.1	17	89	10	54	48	0	5	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21736510--21736557	20	2.4	20	79	6	53	45	4	4	45	1.41
21749296--21749337	18	2.3	18	88	8	59	40	0	2	57	1.12
21750855--21750987	62	2.2	61	83	4	160	25	27	21	24	1.99
21751540--21751579	21	1.9	21	84	0	53	75	0	25	0	0.81
21756089--21756154	31	2.1	31	94	0	114	21	13	25	39	1.90
21756541--21756579	20	1.9	21	94	5	71	30	23	33	12	1.92
21757551--21757598	23	2.1	23	84	7	62	45	4	2	47	1.33
21777413--21777451	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
21779852--21779905	17	3.1	17	86	5	81	50	3	24	22	1.65
21779852--21779905	18	3.0	18	89	5	74	50	3	24	22	1.65
21787226--21787507	81	3.5	80	87	2	386	45	19	16	19	1.86
21787227--21787507	27	10.4	27	83	2	350	44	19	16	19	1.86
21793756--21793790	17	2.0	18	88	5	54	20	28	5	45	1.73
21810300--21810338	18	2.2	18	95	0	69	20	25	20	33	1.97
21811560--21811593	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
21822378--21822412	18	1.9	18	88	0	52	77	11	2	8	1.10
21823554--21823585	14	2.1	16	88	11	50	46	28	3	21	1.66
21834994--21835108	40	2.9	40	82	1	151	34	19	22	23	1.96
21835164--21835416	41	6.2	41	82	7	273	19	20	29	30	1.97
21835167--21835408	123	2.0	123	85	3	326	19	20	28	30	1.97
21836089--21836142	22	2.5	23	85	11	62	20	1	48	29	1.60
21836103--21836139	7	5.1	7	87	6	56	18	0	51	29	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21836052--21836146	14	6.7	14	69	11	59	21	1	38	38	1.60
21836056--21836194	71	2.0	71	83	8	176	20	0	38	39	1.58
21837393--21837613	74	3.0	73	80	7	218	28	20	23	28	1.99
21837624--21837783	73	2.2	74	88	1	232	26	20	23	30	1.98
21838450--21838500	14	3.7	14	77	12	52	19	0	45	35	1.51
21839315--21840297	336	2.9	333	80	5	978	30	18	17	33	1.95
21841096--21841129	12	2.9	12	86	4	52	29	17	11	41	1.85
21841802--21841858	20	2.9	20	72	12	55	40	35	8	15	1.79
21841769--21841839	26	2.7	26	77	2	79	40	32	5	21	1.76
21841878--21841926	20	2.5	20	79	0	53	18	10	32	38	1.84
21842428--21842461	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
21842595--21842700	9	11.8	9	90	0	167	49	18	0	32	1.48
21847722--21847770	21	2.3	21	92	0	80	34	16	42	6	1.73
21847830--21847878	21	2.3	21	92	0	80	34	16	42	6	1.73
21847659--21847928	108	2.5	108	99	0	531	39	17	30	12	1.87
21848248--21848516	42	6.3	43	80	3	233	25	20	21	31	1.98
21848310--21848517	42	5.0	41	83	6	256	25	21	20	31	1.98
21848248--21848517	85	3.2	84	81	4	283	25	20	21	32	1.98
21849133--21849187	13	4.3	12	73	26	51	40	0	1	58	1.09
21849119--21849176	25	2.3	25	96	0	107	41	0	1	56	1.09
21850676--21851074	136	3.0	133	88	2	586	40	14	13	31	1.85
21852043--21852469	154	2.8	152	87	3	586	44	5	8	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21852249--21852291	18	2.3	18	84	11	52	65	4	4	25	1.32
21852249--21852291	19	2.3	20	84	11	56	65	4	4	25	1.32
21853638--21853686	24	2.0	25	84	4	64	46	0	4	48	1.20
21857638--21857912	43	6.4	43	78	3	270	27	29	16	26	1.97
21857647--21857877	85	2.7	85	83	4	277	28	28	17	26	1.97
21857634--21857912	128	2.2	128	81	3	321	27	29	17	25	1.97
21859113--21859139	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
21860837--21860916	31	2.6	31	94	4	135	45	18	15	21	1.86
21862439--21862479	21	2.0	21	85	0	55	51	24	2	21	1.60
21862551--21862610	7	8.7	7	73	10	52	43	41	0	15	1.46
21862724--21863000	41	6.8	41	80	4	265	32	28	17	21	1.96
21863069--21863175	39	2.7	40	75	13	103	18	20	18	42	1.90
21864224--21864267	21	2.0	23	82	8	56	68	0	2	29	1.02
21864559--21864669	34	3.3	32	74	16	109	35	4	18	42	1.70
21864575--21864667	34	2.7	34	83	6	125	33	4	21	40	1.73
21864696--21864761	29	2.3	28	80	12	80	31	6	18	43	1.74
21868317--21868357	20	2.0	20	95	0	73	21	9	31	36	1.86
21873795--21873879	32	2.6	32	88	3	116	30	4	21	43	1.73
21879450--21879508	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
21881123--21881158	18	2.0	18	89	10	56	5	19	5	69	1.29
21891515--21891578	25	2.6	25	82	0	83	21	20	7	50	1.73
21894792--21894835	19	2.3	19	84	4	61	61	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21897386--21897455	25	2.8	25	78	8	79	18	20	12	48	1.80
21905110--21905292	26	7.0	26	80	3	181	27	16	16	39	1.90
21905101--21905292	78	2.4	78	76	5	201	27	17	16	39	1.91
21905549--21905598	9	5.6	9	100	0	100	12	32	0	56	1.36
21912102--21912151	26	1.9	26	91	0	82	34	22	22	22	1.97
21912383--21912503	26	4.7	26	78	0	125	25	15	17	41	1.89
21912383--21912505	52	2.4	52	84	4	167	26	16	17	40	1.89
21916638--21916674	19	1.9	19	94	0	65	32	0	0	67	0.91
21916643--21916684	19	2.3	19	87	4	59	28	2	2	66	1.16
21928848--21928933	23	3.7	23	82	4	102	34	9	12	43	1.75
21930684--21930716	14	2.2	16	89	10	52	27	0	0	72	0.85
21930684--21930724	15	2.9	15	83	16	52	29	0	0	70	0.87
21930679--21930725	22	2.2	21	88	3	67	31	0	0	68	0.90
21931121--21931175	11	5.0	11	90	0	92	9	14	10	65	1.47
21931121--21931182	22	2.8	22	92	0	97	8	12	11	67	1.41
21931129--21931200	33	2.2	33	82	5	83	11	12	12	63	1.52
21933435--21933486	27	1.9	27	100	0	104	32	15	17	34	1.91
21937384--21937441	30	2.0	30	82	3	73	53	6	3	36	1.45
21942716--21942851	25	5.7	22	71	19	87	33	5	2	57	1.38
21948810--21949086	91	3.1	91	80	3	326	26	14	23	35	1.93
21955105--21955481	126	3.0	126	92	4	638	29	16	22	32	1.95
21959945--21960204	116	2.2	116	96	0	486	42	9	9	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21960226--21960323	29	3.3	29	92	2	151	29	0	27	42	1.56
21960261--21960452	23	7.7	23	70	20	127	28	0	26	45	1.54
21960329--21960383	22	2.5	22	85	8	69	32	0	21	45	1.52
21960362--21960432	29	2.4	29	95	2	124	23	0	30	45	1.54
21960455--21960567	35	3.2	35	66	14	106	44	13	0	41	1.49
21960528--21960613	43	2.0	45	90	4	140	50	12	0	37	1.41
21963134--21963200	29	2.3	29	75	7	66	44	13	16	25	1.84
21963922--21963969	22	2.1	23	84	3	62	35	0	4	60	1.16
21963963--21964007	15	2.9	16	84	12	51	48	2	0	48	1.13
21965138--21965177	19	2.1	19	86	9	55	60	7	0	32	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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