genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  26  of  144  ( 17221 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7903660--7903726	35	1.9	35	93	0	116	16	17	0	65	1.27
7912278--7912357	39	2.1	39	87	0	115	21	37	18	22	1.94
7913887--7913920	17	2.0	17	94	0	59	61	0	11	26	1.30
7920504--7920733	57	4.0	57	100	0	460	26	6	7	59	1.50
7920707--7920783	38	2.0	38	97	0	145	24	2	7	64	1.33
7922582--7922677	27	3.6	26	76	10	95	25	30	22	21	1.99
7924377--7924469	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
7930963--7931014	25	1.9	28	85	14	74	55	3	0	40	1.18
7931322--7931346	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
7935185--7935247	27	2.3	26	82	17	67	47	7	1	42	1.42
7936088--7936144	12	4.7	12	73	18	55	57	5	0	36	1.21
7936094--7936141	19	2.7	17	78	12	51	56	6	0	37	1.25
7938387--7938441	24	2.3	24	84	3	67	61	3	3	30	1.30
7943426--7943598	45	4.2	39	78	14	152	19	20	21	38	1.93
7943453--7943601	45	3.3	45	91	0	235	18	18	21	40	1.91
7943582--7943630	6	7.8	6	79	6	53	18	20	16	44	1.86
7965120--7965242	19	6.8	17	69	16	61	61	0	2	34	1.15
7965120--7965230	35	3.2	33	73	18	91	62	0	2	34	1.16
7965120--7965349	9	24.6	9	65	21	59	62	2	3	32	1.24
7965204--7965251	11	4.7	11	78	21	52	64	0	0	35	0.94
7965676--7965713	16	2.4	16	90	0	58	34	0	7	57	1.28
7972068--7972097	15	2.0	15	93	0	51	16	6	0	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7977580--7977609	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
7978486--7978735	78	3.1	81	62	16	187	46	3	3	46	1.37
7978489--7978798	157	2.0	157	94	0	539	47	4	3	44	1.40
7978929--7978996	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
7979960--7980004	22	2.0	23	82	4	56	42	8	2	46	1.47
7984171--7984213	18	2.5	17	82	14	52	48	6	4	39	1.51
7989492--7989583	47	2.0	47	100	0	184	25	23	7	43	1.80
7990188--7990223	16	2.2	16	100	0	72	55	0	0	44	0.99
8002419--8002474	27	2.1	27	100	0	112	41	19	14	25	1.89
8004070--8004170	49	2.1	49	96	0	184	44	15	15	23	1.85
8009606--8009757	76	2.0	77	94	1	270	56	9	3	30	1.47
8011426--8011450	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
8011436--8011498	15	4.4	14	72	22	51	31	3	0	65	1.09
8011451--8011515	17	4.0	17	74	9	64	33	1	0	64	1.03
8011417--8011502	42	2.1	42	88	2	129	31	4	0	63	1.14
8011458--8011552	32	3.0	31	85	4	127	33	2	0	64	1.06
8016368--8016483	58	2.0	58	94	0	205	47	20	6	25	1.75
8024502--8024618	61	1.9	61	96	0	216	33	15	17	33	1.92
8029758--8029788	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
8030551--8030589	21	1.9	20	84	5	51	25	5	2	66	1.25
8044939--8045019	27	2.9	28	78	15	78	38	3	2	55	1.31
8048645--8048757	6	18.8	6	86	0	118	29	18	46	5	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8049582--8049716	9	14.4	9	72	13	87	65	0	3	30	1.09
8049596--8049665	29	2.4	31	81	13	85	64	0	4	31	1.13
8049646--8049736	28	3.2	28	80	9	87	65	1	5	27	1.21
8049582--8049716	19	7.2	19	72	9	91	65	0	3	30	1.09
8049582--8049722	10	14.8	10	66	15	68	65	0	3	31	1.10
8049581--8049738	29	5.6	27	72	17	72	64	0	4	30	1.18
8049946--8050119	9	17.6	10	66	18	71	31	4	1	63	1.22
8050025--8050086	27	2.2	27	91	5	97	30	1	0	67	1.00
8050026--8050063	17	2.2	17	86	9	51	28	2	0	68	1.03
8050025--8050107	29	2.9	29	87	7	109	31	3	0	65	1.10
8052689--8052713	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
8053364--8053697	139	2.4	139	82	3	368	26	21	20	31	1.98
8057649--8057713	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
8057656--8057713	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
8060439--8060490	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8061163--8061352	95	2.0	97	90	2	303	31	17	13	36	1.89
8063137--8063184	24	2.0	25	84	12	64	54	10	10	25	1.66
8065498--8065762	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
8066090--8066154	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
8066097--8066154	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
8070346--8070376	15	2.0	16	93	6	55	67	12	0	19	1.22
8071728--8071752	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8080150--8080198	3	16.3	3	100	0	98	32	32	0	34	1.58
8081531--8081555	7	3.6	7	100	0	50	40	12	16	32	1.84
8081568--8081609	14	2.9	15	89	3	59	59	0	2	38	1.10
8089439--8089576	36	3.8	36	96	0	258	26	13	18	41	1.88
8095268--8095303	18	2.0	18	94	0	63	36	0	0	63	0.94
8103798--8103887	45	2.0	45	100	0	180	37	6	33	22	1.80
8105295--8105343	14	3.5	14	79	17	57	73	2	0	24	0.94
8109606--8109645	20	2.0	20	90	0	62	77	2	0	20	0.88
8112531--8112602	37	1.9	37	86	5	101	31	22	1	44	1.61
8112590--8112633	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
8112732--8112807	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
8113256--8113314	30	2.0	30	86	0	82	28	25	8	37	1.85
8121129--8121212	42	2.0	42	100	0	168	33	21	19	26	1.97
8121246--8121290	22	2.0	22	100	0	90	37	13	22	26	1.91
8121874--8121987	52	2.2	51	79	4	122	44	14	10	29	1.79
8135039--8135106	31	2.2	31	83	0	91	33	13	10	42	1.78
8137610--8137661	19	2.8	18	75	18	61	44	1	1	51	1.23
8138557--8138625	34	2.0	34	100	0	138	17	37	5	39	1.74
8143071--8143110	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
8144107--8144244	43	3.2	43	68	15	138	26	24	20	28	1.99
8143955--8144280	88	3.7	88	87	2	394	25	22	22	30	1.99
8144138--8144276	44	3.2	44	64	8	120	25	22	24	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8155058--8155085	12	2.3	12	100	0	56	0	42	35	21	1.53
8155344--8155383	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
8155601--8155629	14	2.1	14	100	0	58	27	20	6	44	1.77
8156176--8156200	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
8168764--8168806	21	2.0	21	82	8	52	37	2	2	58	1.24
8175869--8175997	66	2.0	66	100	0	258	27	37	17	17	1.93
8179067--8179091	9	2.8	9	100	0	50	32	0	12	56	1.36
8182368--8182408	21	1.9	22	85	14	59	39	0	4	56	1.21
8192855--8192926	36	2.0	36	97	0	135	41	15	22	20	1.89
8194410--8194471	2	31.0	2	100	0	124	50	0	50	0	1.00
8198775--8198812	19	2.0	19	89	0	58	52	5	5	36	1.47
8198787--8198868	29	2.7	30	86	3	112	52	4	3	39	1.41
8205452--8205486	18	1.9	18	88	0	52	74	5	0	20	1.02
8206137--8206167	14	2.2	14	94	0	53	51	0	9	38	1.35
8206704--8206733	5	6.0	5	96	0	51	3	20	36	40	1.69
8207410--8207471	29	2.1	29	84	0	79	56	6	12	24	1.60
8215024--8215060	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
8224181--8224234	27	2.0	27	82	3	65	44	7	1	46	1.42
8225921--8225957	19	1.9	19	100	0	74	45	5	0	48	1.25
8226073--8226099	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
8227563--8227615	13	4.1	13	80	0	61	35	24	7	32	1.84
8238352--8238441	44	2.0	44	100	0	180	44	15	11	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8255565--8255598	17	1.9	18	94	5	61	64	0	0	35	0.94
8255569--8255635	25	2.6	25	77	13	66	62	0	0	37	0.95
8272920--8272968	26	2.0	24	88	8	71	44	0	2	53	1.12
8278016--8278080	27	2.3	27	81	5	76	24	6	3	66	1.29
8278236--8278335	44	2.3	43	79	3	112	22	9	13	56	1.64
8283934--8283973	19	2.1	19	86	9	55	47	0	7	45	1.31
8289564--8289606	22	2.0	22	90	4	70	25	6	27	39	1.81
8297708--8297748	20	2.1	19	86	13	57	68	0	0	31	0.90
8297715--8297768	25	2.0	26	86	10	74	64	0	0	35	0.94
8298436--8298460	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144