genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  144  ( 17221 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27680085--27680117	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
27681033--27681088	21	2.5	22	80	11	69	25	26	10	37	1.88
27681046--27681089	21	2.1	21	91	0	70	20	27	9	43	1.82
27682832--27683389	185	3.0	184	89	2	836	33	8	16	41	1.79
27683889--27683931	22	2.0	22	86	9	61	48	11	16	23	1.78
27693618--27693970	51	6.7	51	85	8	492	23	16	28	31	1.96
27693654--27693734	25	3.2	25	63	27	62	23	13	30	32	1.93
27693622--27693933	165	1.9	165	93	1	536	22	17	28	31	1.97
27693894--27693974	26	3.2	26	62	28	64	22	14	29	33	1.94
27693976--27694070	45	2.1	45	96	0	172	27	18	23	30	1.98
27696901--27696945	3	15.0	3	81	9	56	33	4	0	62	1.15
27696908--27696943	16	2.3	16	95	4	65	36	5	0	58	1.22
27700389--27700422	10	3.3	10	91	4	50	47	5	0	47	1.26
27709551--27709590	20	2.0	20	100	0	80	25	5	10	60	1.49
27711523--27711634	29	3.9	29	78	4	109	44	20	10	24	1.83
27721657--27721724	34	2.0	34	97	0	127	25	25	20	29	1.99
27728500--27728527	12	2.3	12	100	0	56	57	14	14	14	1.66
27730537--27730589	27	2.0	28	85	7	74	20	18	28	32	1.97
27734809--27734858	21	2.3	22	86	3	66	26	12	22	40	1.88
27735064--27735108	22	2.0	22	87	8	65	28	0	20	51	1.48
27739850--27739882	17	1.9	17	93	0	57	66	0	9	24	1.20
27742822--27742944	29	4.2	29	76	10	90	26	26	9	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27742880--27743034	58	2.6	57	72	18	149	23	26	11	38	1.89
27742903--27742998	29	3.3	29	86	2	131	19	28	11	40	1.86
27742990--27743059	29	2.4	29	85	4	88	25	25	10	38	1.87
27745439--27745479	22	1.9	22	90	5	66	65	7	0	26	1.18
27755399--27755449	26	1.9	27	92	4	86	25	21	21	31	1.98
27761247--27761308	29	2.1	30	85	11	85	54	12	9	22	1.67
27761630--27761765	49	2.8	49	82	2	175	32	21	16	29	1.95
27765087--27765199	57	2.0	57	98	0	217	44	7	7	40	1.61
27787039--27787099	25	2.4	25	81	10	72	37	3	3	55	1.32
27788834--27788942	43	2.6	42	80	10	125	20	20	26	33	1.97
27803090--27803188	28	3.5	28	90	0	153	29	12	27	31	1.92
27818243--27818293	19	2.8	17	75	18	50	58	0	9	31	1.30
27818783--27819300	89	5.8	89	86	2	666	22	23	25	27	2.00
27818787--27819300	44	11.6	45	72	10	362	22	23	25	28	2.00
27818793--27819300	177	2.9	178	87	2	718	22	23	25	28	1.99
27819572--27819628	24	2.4	24	82	5	71	31	24	10	33	1.89
27826927--27827024	44	2.2	45	85	5	128	35	28	5	30	1.79
27828579--27828623	14	3.4	14	75	12	58	57	0	6	35	1.25
27828579--27828648	24	2.9	24	87	6	97	58	1	7	32	1.34
27828699--27828753	14	4.1	13	84	9	74	63	5	1	29	1.27
27828699--27828753	27	2.0	27	89	6	85	63	5	1	29	1.27
27829440--27829470	9	3.3	9	95	4	53	87	3	0	9	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27833075--27833204	50	2.6	50	76	3	136	25	18	27	28	1.98
27833067--27833267	51	4.0	52	73	7	180	24	16	29	29	1.96
27833462--27833534	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
27839240--27839287	21	2.3	21	78	7	53	25	27	22	25	2.00
27842899--27843145	50	4.8	50	79	6	221	27	20	28	23	1.99
27851186--27851540	175	2.0	176	87	1	507	40	18	14	26	1.89
27852143--27852202	28	2.1	28	87	0	84	31	15	23	30	1.95
27852418--27852561	52	2.8	52	81	2	173	39	20	9	30	1.84
27860152--27860208	20	2.8	20	86	5	80	28	14	29	28	1.95
27861689--27861744	13	4.2	13	76	10	51	42	3	0	53	1.18
27861780--27861844	30	2.2	29	83	8	78	44	0	3	52	1.16
27863709--27863758	4	12.5	4	100	0	100	50	24	0	26	1.50
27863975--27864004	4	7.5	4	92	0	51	46	26	3	23	1.68
27874172--27874196	13	1.9	13	100	0	50	28	0	16	56	1.41
27877403--27877430	13	2.2	13	100	0	56	46	0	0	53	1.00
27878703--27878793	41	2.5	34	75	24	103	67	13	7	12	1.43
27878724--27878808	41	2.1	41	95	2	154	68	17	7	7	1.36
27881030--27881061	14	2.3	15	89	10	50	46	0	6	46	1.27
27893602--27893827	113	2.0	113	95	0	407	42	16	13	27	1.85
27909253--27909300	21	2.3	23	76	23	61	66	4	8	20	1.35
27910075--27910136	30	2.1	29	82	8	72	45	11	17	25	1.82
27910123--27910382	30	8.7	30	79	10	196	36	12	27	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27910071--27910436	60	6.1	60	73	8	253	37	12	25	24	1.91
27910310--27910382	29	2.5	30	90	2	112	39	10	31	17	1.85
27910071--27910436	179	2.0	179	87	1	518	37	12	25	24	1.91
27918311--27918405	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
27918336--27918419	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
27923513--27923551	20	1.9	21	84	5	53	74	17	0	7	1.05
27924895--27924950	15	3.5	15	73	23	51	78	1	1	17	0.92
27927710--27927734	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
27928852--27928973	44	2.8	43	73	9	115	26	18	25	29	1.98
27929831--27929855	13	1.9	13	100	0	50	16	0	28	56	1.41
27935267--27935365	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
27938877--27938901	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
27940999--27941024	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
27945383--27945482	50	2.0	50	88	0	146	29	18	17	36	1.93
27954079--27954115	18	2.0	19	89	5	58	45	29	0	24	1.53
27963986--27964163	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27964007--27964162	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27968245--27968380	32	4.3	32	81	4	168	38	19	19	21	1.93
27968260--27968380	64	1.9	64	89	0	188	38	19	19	22	1.94
27968382--27968432	26	2.1	24	85	10	68	35	27	21	15	1.94
27968555--27968637	24	3.5	23	80	4	76	46	25	7	20	1.76
27968680--27968853	27	6.4	27	81	2	188	25	18	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27968680--27968853	81	2.1	81	86	2	233	25	18	18	37	1.94
27977606--27977734	62	2.2	56	80	16	163	41	13	13	32	1.82
27981387--27981419	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
27981337--27981553	51	4.3	50	76	6	163	25	13	28	32	1.94
27981383--27981505	48	2.5	50	82	4	142	22	15	28	33	1.95
27988785--27988826	9	4.7	9	82	8	50	47	16	7	28	1.73
27988961--27988985	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
27988959--27988998	18	2.2	18	86	0	53	12	2	47	37	1.55
27989177--27989228	18	2.7	19	82	5	61	21	15	17	46	1.84
27993747--27993777	16	1.9	16	93	0	53	29	12	3	54	1.53
28015361--28015419	30	2.0	29	83	9	75	23	11	6	57	1.58
28017538--28017656	20	5.9	20	77	3	105	37	20	30	11	1.88
28024948--28025132	40	4.7	40	77	9	164	23	21	27	27	1.99
28024948--28025127	80	2.3	80	82	4	213	24	21	27	26	1.99
28026664--28026716	21	2.5	21	78	6	63	20	0	3	75	0.96
28034593--28034754	56	2.9	57	86	3	220	32	10	26	30	1.90
28034595--28034775	29	6.5	28	85	5	215	32	11	26	29	1.91
28034596--28034775	85	2.1	85	82	6	224	32	11	26	30	1.91
28037382--28037493	33	3.4	33	88	0	152	22	48	14	15	1.80
28039940--28040016	29	2.6	30	81	6	95	22	28	19	29	1.98
28040054--28040179	28	4.4	29	74	9	116	32	26	15	25	1.96
28040054--28040155	29	3.6	29	74	4	109	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28046572--28046599	12	2.3	12	100	0	56	17	17	7	57	1.62
28046850--28046995	50	2.9	50	78	0	157	22	28	21	27	1.99
28054458--28054503	24	1.9	24	90	0	74	52	2	0	45	1.13
28054622--28054689	29	2.3	31	73	17	72	36	1	2	58	1.22
28064064--28064122	26	2.2	26	79	8	66	59	1	6	32	1.34
28065610--28065804	98	2.0	98	92	0	327	35	24	9	29	1.88
28066083--28066107	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
28067095--28067171	19	3.7	21	80	13	77	41	16	5	36	1.71
28067095--28067152	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
28067131--28067203	19	3.8	19	94	0	128	35	16	10	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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