genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26104804--26104901	22	4.6	22	69	21	75	50	11	2	36	1.50
26104782--26104895	53	2.2	51	81	12	124	49	11	1	37	1.49
26104927--26104978	16	3.1	16	88	5	77	46	21	0	32	1.52
26104927--26104978	9	6.2	9	78	17	67	46	21	0	32	1.52
26104959--26105154	34	5.5	34	71	15	114	42	13	2	41	1.57
26104823--26105122	163	1.8	165	85	9	423	46	13	2	38	1.56
26105146--26105262	25	4.4	25	71	17	92	45	17	2	35	1.62
26105142--26105209	9	7.8	9	68	6	50	44	17	1	36	1.58
26110699--26110869	66	2.6	65	84	4	200	39	19	28	13	1.89
26110851--26110952	42	2.4	42	86	3	134	35	16	43	4	1.70
26110841--26110952	21	5.3	21	82	0	116	34	16	42	5	1.71
26111114--26111143	9	3.2	9	90	9	51	30	0	3	66	1.07
26111407--26111851	86	5.2	86	95	0	773	33	28	18	19	1.96
26111418--26111851	43	10.1	43	83	8	544	32	29	18	19	1.96
26111822--26111918	42	2.3	42	80	5	106	21	28	22	26	1.99
26112897--26113057	41	3.9	40	79	6	162	26	25	19	28	1.99
26115160--26115608	227	2.0	227	97	0	853	29	22	16	32	1.95
26115799--26116000	101	2.0	101	91	0	323	28	25	16	29	1.97
26118074--26118313	37	6.5	37	97	0	444	25	20	17	37	1.93
26118277--26118395	52	2.2	52	89	2	175	26	23	14	36	1.93
26124958--26125000	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
26130216--26130377	29	5.6	29	77	5	159	22	28	10	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26130185--26130301	58	2.0	58	85	6	155	23	24	11	39	1.89
26130206--26130377	87	2.0	87	84	2	229	22	27	11	38	1.88
26130308--26130409	29	3.5	29	76	6	91	24	24	9	41	1.85
26132824--26132856	14	2.2	16	89	10	52	42	3	12	42	1.57
26142400--26142465	26	2.5	26	80	4	80	37	19	6	36	1.77
26143142--26143176	18	1.9	18	88	0	52	17	37	0	45	1.48
26143392--26143416	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
26145000--26145187	3	62.3	3	88	5	272	0	29	0	70	0.88
26147930--26148006	21	3.7	21	72	6	75	38	18	24	18	1.92
26147989--26148042	20	2.6	22	75	19	62	42	12	22	22	1.87
26155091--26155182	29	3.2	29	82	3	123	28	17	20	33	1.95
26157384--26157430	12	3.9	12	80	0	58	38	29	10	21	1.87
26157390--26157442	24	2.2	24	86	0	70	35	30	11	22	1.89
26159715--26159898	92	2.0	92	98	0	359	30	28	13	27	1.94
26164536--26164596	24	2.5	24	84	7	79	39	18	24	18	1.92
26164536--26164671	48	2.8	47	75	12	116	37	19	23	19	1.94
26164640--26164717	26	3.0	26	76	12	81	38	21	23	16	1.93
26167526--26167598	38	1.9	38	86	5	103	53	17	5	23	1.65
26171918--26172135	108	2.0	108	99	0	427	40	14	11	33	1.82
26176305--26176338	17	1.9	18	88	5	52	26	55	0	17	1.42
26178985--26179116	59	2.2	59	89	2	203	37	7	13	40	1.73
26179840--26179977	74	1.9	74	90	0	222	36	17	11	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26183106--26183150	17	2.6	17	100	0	90	28	22	6	42	1.79
26184572--26184647	3	25.3	3	86	0	98	63	5	2	28	1.30
26187630--26187699	16	4.4	16	87	0	104	44	5	22	27	1.75
26187630--26187699	32	2.2	32	97	0	131	44	5	22	27	1.75
26187679--26187771	44	2.1	44	90	6	143	34	4	24	36	1.75
26188067--26188122	24	2.3	25	87	9	80	62	3	0	33	1.12
26191874--26191900	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
26199045--26199119	39	1.9	38	88	0	105	33	21	12	32	1.90
26218061--26218185	44	2.8	44	83	0	151	28	15	12	44	1.81
26219270--26219422	41	3.8	39	79	8	155	22	22	26	28	1.99
26219266--26219422	82	1.9	81	82	6	192	22	22	26	28	1.99
26219865--26219905	21	2.0	21	85	0	55	24	0	41	34	1.55
26220358--26220395	13	2.8	14	80	8	51	55	0	5	39	1.23
26223498--26223523	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
26225765--26225811	19	2.5	19	82	6	60	31	2	4	61	1.27
26225780--26225824	22	2.0	22	87	8	65	33	2	4	60	1.29
26227542--26227576	16	2.2	16	89	0	52	22	14	20	42	1.88
26230642--26230743	43	2.4	43	83	3	116	21	14	28	35	1.93
26235511--26235557	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
26239544--26239619	20	3.8	20	82	5	93	44	13	9	32	1.75
26239534--26239630	40	2.4	40	83	10	126	46	12	8	32	1.71
26241732--26241783	25	2.1	25	96	0	95	21	5	34	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26242650--26242681	16	2.0	16	93	0	55	34	12	9	43	1.75
26243909--26243950	12	3.5	12	75	12	50	26	26	28	19	1.98
26243911--26243967	24	2.4	24	94	5	98	28	21	29	21	1.98
26246236--26246296	9	6.6	9	76	10	52	34	1	39	24	1.65
26246236--26246278	10	4.5	10	82	8	54	32	2	41	23	1.67
26246668--26246706	6	6.5	6	93	0	69	17	2	48	30	1.61
26247440--26247480	16	2.6	16	88	7	57	46	2	2	48	1.28
26247839--26247890	22	2.4	22	74	6	61	48	0	13	38	1.43
26248594--26248790	98	2.0	98	96	0	367	37	23	10	28	1.88
26249900--26249974	19	3.8	19	79	6	96	34	14	10	40	1.81
26250103--26250173	33	2.2	31	80	12	79	49	2	4	43	1.36
26256663--26256704	22	1.9	22	100	0	84	33	4	21	40	1.74
26259237--26259442	3	70.7	3	75	14	103	61	0	34	4	1.16
26259984--26260033	26	2.0	25	88	4	73	24	12	30	34	1.91
26260048--26260284	130	1.8	130	87	3	352	37	14	16	31	1.89
26259762--26260251	250	2.0	249	83	3	619	35	11	21	31	1.89
26262018--26262051	16	2.2	16	94	5	61	35	0	17	47	1.48
26268997--26269033	19	1.9	19	100	0	74	35	21	5	37	1.77
26276797--26276870	19	3.8	19	79	12	62	27	4	1	67	1.16
26276723--26276881	87	1.8	87	80	8	189	28	4	2	64	1.26
26280909--26280937	9	3.3	9	95	4	51	93	0	6	0	0.36
26287444--26287691	120	2.1	120	96	0	460	42	1	4	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26287457--26287647	61	3.2	61	74	11	230	42	1	4	51	1.30
26287829--26287918	45	2.0	45	87	10	132	36	25	4	33	1.76
26287904--26287934	16	1.9	16	93	0	53	25	32	0	41	1.56
26292707--26292733	14	1.9	14	100	0	54	37	11	29	22	1.89
26293884--26293976	25	3.6	25	72	16	82	58	1	9	31	1.38
26293886--26293990	53	2.0	52	87	8	153	59	0	9	30	1.36
26294145--26294191	19	2.5	19	79	10	51	51	2	6	40	1.39
26294181--26294260	35	2.3	35	82	6	92	51	1	11	36	1.46
26294317--26294378	22	2.8	22	90	0	88	56	1	9	32	1.41
26294328--26294381	22	2.5	22	93	0	90	57	1	7	33	1.37
26294435--26294489	14	4.1	13	79	9	56	63	3	3	29	1.28
26295554--26295627	23	3.3	21	83	7	67	18	12	52	16	1.74
26295589--26295641	23	2.3	23	93	0	88	15	18	54	11	1.70
26296140--26296176	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
26296604--26296636	18	1.9	17	88	11	50	51	0	0	48	1.00
26297713--26297745	17	2.0	16	94	5	57	54	0	0	45	0.99
26298970--26299012	22	2.0	22	85	0	59	65	4	0	30	1.13
26304396--26305298	44	21.0	44	69	11	291	25	21	22	31	1.98
26304360--26304644	85	3.3	85	79	9	317	28	21	21	29	1.98
26304445--26305245	129	6.2	128	73	12	568	24	21	22	31	1.98
26304360--26304697	173	2.0	173	89	2	518	26	21	21	30	1.98
26304529--26305122	209	2.8	210	86	5	845	24	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26304814--26305247	88	5.0	88	76	9	406	23	21	22	32	1.98
26304488--26305198	209	3.3	215	84	5	725	24	21	22	31	1.98
26304488--26305287	209	3.7	214	82	6	693	24	21	22	31	1.98
26306139--26306188	26	1.9	26	95	0	91	54	10	16	20	1.70
26312638--26312722	44	1.9	44	85	0	116	35	10	11	42	1.76
26321416--26321519	44	2.3	47	83	5	133	34	10	9	45	1.72
26325594--26325650	20	2.7	22	71	20	59	61	8	10	19	1.54
26326181--26326270	18	5.1	18	72	10	69	55	4	5	34	1.43
26326179--26326268	3	30.3	3	70	10	51	57	4	5	32	1.42
26326953--26327002	6	8.5	6	76	12	50	80	2	2	16	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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