genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  1  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115--448	13	22.1	15	69	24	101	43	42	0	14	1.48
602--635	18	1.9	17	88	5	50	50	38	0	11	1.39
5280--5356	33	2.3	33	82	8	86	46	42	0	10	1.38
5723--5916	8	24.1	9	75	15	73	45	40	0	13	1.47
12--7232	7	1049.1	7	75	19	4992	41	41	1	14	1.55
6861--6901	15	2.7	16	77	11	50	26	56	4	12	1.56
6967--7037	37	2.0	35	86	10	99	32	57	5	4	1.41
7067--7250	15	12.8	14	70	15	99	42	45	0	11	1.40
7068--7129	23	2.7	23	77	2	63	40	48	0	11	1.39
7141--7229	8	12.1	8	73	15	59	47	40	0	12	1.41
7736--7788	18	3.1	18	81	10	65	52	0	0	47	1.00
22273--22321	18	2.7	18	80	3	53	59	4	0	36	1.17
22379--22440	31	2.0	30	87	3	88	25	11	12	50	1.74
22827--22868	13	3.2	13	80	12	59	47	4	0	47	1.23
26648--26685	17	2.2	18	86	9	53	31	10	2	55	1.48
32174--32232	29	2.0	29	90	0	91	11	45	32	10	1.74
43031--43069	20	2.0	20	85	14	55	33	2	2	61	1.23
44560--44616	16	3.6	16	72	13	64	26	22	28	22	1.99
44552--44616	31	2.1	31	94	0	112	26	27	26	20	1.99
45647--45713	24	2.9	23	76	12	57	50	0	1	47	1.10
48402--48489	43	2.0	43	93	0	149	36	12	17	34	1.87
56920--56974	25	2.2	25	90	6	85	36	12	5	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60884--61060	64	2.8	64	87	10	249	31	8	17	42	1.79
61179--61462	41	6.9	41	95	0	444	20	19	27	33	1.96
61180--61501	123	2.6	123	88	1	414	19	18	28	32	1.96
61190--61501	41	7.6	41	93	1	197	19	18	28	32	1.96
61179--61501	82	3.9	82	90	1	443	19	18	28	33	1.96
62169--62203	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
63014--63047	17	2.1	17	88	5	52	20	0	23	55	1.43
63994--64058	33	2.0	33	82	11	80	43	1	4	50	1.32
65161--65198	18	2.1	18	100	0	76	21	5	47	26	1.71
65911--65936	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
68846--68921	24	3.4	24	63	17	63	50	11	3	34	1.58
68836--68924	43	2.1	43	100	0	178	49	11	4	34	1.59
79675--79763	44	2.0	44	95	0	160	30	13	14	41	1.84
80627--80722	45	2.1	44	86	5	138	23	18	29	28	1.98
87386--87547	44	3.8	43	72	16	113	27	17	25	29	1.98
88266--88309	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
88265--88320	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
88309--88353	23	2.0	23	91	4	74	35	4	13	46	1.63
88775--88817	3	14.3	3	90	9	70	34	0	0	65	0.93
88759--88817	18	3.3	18	77	17	61	32	0	1	66	1.02
89057--89088	17	1.9	16	93	6	55	28	0	6	65	1.16
96539--97251	44	16.2	44	62	14	166	30	19	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96489--97299	132	6.1	132	93	1	1365	30	20	23	25	1.98
97325--97486	44	3.7	44	81	5	170	29	20	21	29	1.98
97876--97919	21	2.1	21	95	0	79	38	9	11	40	1.73
97882--97953	21	3.5	19	80	16	72	37	6	15	40	1.74
97888--97953	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
97919--97963	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
98393--98423	15	2.1	14	94	5	53	38	0	0	61	0.96
98662--98693	17	1.9	16	93	6	55	28	0	6	65	1.16
98758--98795	10	3.9	10	86	3	51	34	2	0	63	1.09
99189--99230	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
108531--108587	29	2.0	29	86	6	80	64	0	1	33	1.04
108534--108608	18	3.9	19	79	19	68	62	1	2	33	1.17
108906--108994	44	2.0	44	97	0	169	41	6	21	30	1.79
109507--109557	17	3.0	17	77	11	68	68	0	3	27	1.07
111133--111182	26	1.9	26	95	0	91	32	18	10	40	1.83
119704--119742	15	2.6	14	80	11	51	46	0	0	53	1.00
129277--129322	24	1.9	23	83	16	58	30	0	8	60	1.26
130604--130669	24	2.8	24	83	4	71	31	4	0	63	1.14
130614--130717	6	17.3	6	75	4	84	32	6	0	59	1.30
130602--130717	15	8.1	15	72	14	75	32	6	0	59	1.30
131218--131267	24	2.0	25	84	3	66	20	6	10	64	1.45
131394--131912	110	4.8	110	93	1	832	29	14	19	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140066--140097	14	2.3	14	100	0	64	31	6	9	53	1.58
141267--141306	8	4.6	8	82	17	53	22	2	0	75	0.93
141270--141313	5	8.4	5	85	5	52	20	2	0	77	0.88
144278--144308	10	3.1	10	100	0	62	29	22	0	48	1.51
158957--159038	41	2.0	41	100	0	164	29	7	14	48	1.71
168979--169019	19	2.2	19	90	0	64	36	4	14	43	1.67
172966--173005	18	2.2	18	90	0	62	57	2	2	37	1.26
173584--173650	35	1.9	35	90	0	107	58	8	2	29	1.44
175482--175534	5	10.8	5	78	17	58	35	1	20	41	1.64
175487--175535	9	5.2	9	87	7	71	36	0	20	42	1.52
179556--179613	28	2.1	28	96	0	107	27	18	15	37	1.92
180981--181009	14	2.0	15	93	6	51	75	0	6	17	1.01
181211--181261	22	2.3	22	86	6	68	54	15	5	23	1.63
181547--181633	28	3.1	28	81	6	88	54	4	0	41	1.21
185159--185274	56	2.0	59	85	5	157	27	19	5	47	1.71
186755--187626	444	2.0	444	99	0	1708	33	20	16	28	1.95
192757--192792	18	2.1	17	94	5	63	38	0	11	50	1.38
197282--197328	17	2.8	17	83	6	51	59	2	2	36	1.21
197847--197906	17	3.4	17	77	8	75	46	15	5	33	1.67
198469--198511	22	2.0	21	82	13	52	41	6	11	39	1.68
201072--201138	5	13.4	5	80	14	68	44	1	1	52	1.19
202106--202186	25	3.2	25	85	0	117	17	23	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204247--204298	27	1.9	27	96	0	95	36	17	25	21	1.94
215248--215303	23	2.6	21	78	10	67	44	5	8	41	1.58
222333--222658	71	4.9	63	67	15	190	29	17	14	38	1.89
222337--222658	134	2.4	134	88	1	484	29	17	13	39	1.88
223949--224287	134	2.5	134	83	2	423	28	20	15	34	1.94
224687--224727	18	2.2	18	86	4	55	48	0	14	36	1.44
241168--241201	17	2.0	17	88	0	50	76	8	2	11	1.12
243199--243678	44	11.1	43	72	11	290	25	23	20	30	1.98
243199--243575	46	8.7	44	74	11	280	25	22	21	29	1.99
243199--243575	87	4.3	87	74	9	306	25	22	21	29	1.99
243241--243659	174	2.4	170	85	6	551	26	22	20	30	1.98
243619--243929	86	3.6	85	78	10	299	22	22	23	31	1.98
243664--243929	86	3.1	88	81	5	308	22	22	22	31	1.98
243786--243928	44	3.2	45	63	11	105	21	21	22	34	1.97
245165--245194	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
263816--263936	59	2.1	58	95	1	215	23	19	28	28	1.98
269606--269723	26	4.6	27	73	16	90	26	15	25	33	1.95
272900--272932	15	2.1	16	88	5	50	39	3	0	57	1.14
281721--281748	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
284976--285034	27	2.2	27	84	6	75	27	27	11	33	1.92
286724--286842	40	2.9	41	78	12	95	23	26	29	20	1.99
289751--289814	33	1.9	33	96	0	119	14	15	18	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297694--297744	24	2.1	25	85	3	68	39	0	3	56	1.18
298100--298149	19	2.6	19	84	12	66	42	0	0	58	0.98
298211--298246	19	1.9	19	94	5	65	61	11	13	13	1.58
298663--298747	27	3.2	26	75	12	84	62	10	4	22	1.46
298708--298758	14	3.7	14	75	12	52	68	9	3	17	1.33
303607--303648	22	1.9	22	85	0	57	21	16	11	50	1.77
303664--303704	17	2.2	19	83	12	50	21	2	9	65	1.34
304512--304536	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
310789--310872	41	2.0	41	100	0	168	30	5	26	36	1.80
323682--323738	30	1.9	30	85	7	80	22	17	3	56	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196