genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  8  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376579--2376837	90	2.9	90	92	2	423	23	22	19	34	1.96
2376579--2376837	135	1.9	135	92	3	432	23	22	19	34	1.96
2382222--2382252	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2386176--2386229	27	2.0	27	92	0	90	48	18	11	22	1.79
2390522--2390588	19	3.5	19	69	25	59	58	23	2	14	1.51
2390499--2390586	39	2.3	39	93	0	149	54	25	4	15	1.60
2394100--2394144	18	2.4	20	85	10	60	40	2	4	53	1.33
2396199--2396225	4	6.8	4	100	0	54	25	22	0	51	1.48
2398893--2398934	19	2.2	19	100	0	84	42	21	9	26	1.83
2401205--2401298	23	4.1	23	84	0	125	47	5	25	21	1.71
2405706--2405799	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
2413970--2414220	133	1.9	133	94	0	448	28	8	17	45	1.77
2414382--2414432	6	8.7	6	82	4	59	0	1	27	70	0.98
2414382--2414442	12	5.1	12	78	6	52	1	1	26	70	1.06
2414661--2414709	14	3.5	14	72	10	55	22	0	22	55	1.44
2414661--2414733	28	2.6	28	95	0	128	21	2	21	53	1.59
2416894--2417267	192	1.9	192	92	0	622	21	27	14	36	1.92
2421449--2421474	13	2.0	13	100	0	52	23	7	30	38	1.83
2421636--2421701	28	2.2	30	82	12	84	42	1	1	54	1.18
2421636--2421696	30	2.1	28	85	11	79	42	1	1	54	1.20
2424742--2424810	24	3.0	22	85	8	77	7	20	0	72	1.08
2424761--2424829	21	3.2	21	74	13	52	7	23	0	69	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432138--2432181	20	2.2	20	84	4	54	65	4	2	27	1.23
2432662--2432710	17	2.8	17	93	3	80	42	40	0	16	1.48
2432902--2432932	9	3.4	9	95	0	53	25	3	29	41	1.71
2432902--2432940	9	4.3	9	90	0	51	25	5	28	41	1.77
2434196--2434251	11	5.4	11	76	20	57	51	0	3	44	1.18
2434235--2434279	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
2439130--2439173	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
2448017--2448048	16	2.0	16	93	0	55	59	3	0	37	1.13
2448155--2448194	19	2.1	19	85	0	53	17	0	15	67	1.23
2449220--2449275	15	3.5	16	76	18	55	62	0	1	35	1.06
2454399--2454439	18	2.2	19	87	12	59	56	29	0	14	1.39
2455617--2455651	18	1.9	18	94	0	61	54	2	0	42	1.15
2460496--2460547	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2462417--2462468	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2470248--2470877	152	4.2	149	83	7	677	44	10	3	41	1.57
2472975--2473010	12	3.0	12	91	0	63	33	11	0	55	1.35
2473495--2473872	17	20.9	18	68	15	108	43	10	12	33	1.78
2473487--2473581	36	2.6	36	80	11	122	47	11	10	30	1.74
2473681--2473780	19	5.1	21	75	12	63	41	8	13	38	1.73
2473698--2473791	19	4.8	20	76	12	81	41	8	11	38	1.72
2473736--2473791	22	2.7	22	89	8	82	37	10	12	39	1.78
2473813--2473854	20	2.0	21	86	4	59	35	9	7	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473797--2473873	37	2.1	38	82	7	95	38	9	10	41	1.71
2473857--2473888	16	1.9	16	93	6	55	34	6	12	46	1.67
2473850--2473901	17	3.0	18	80	11	72	36	5	13	44	1.68
2474592--2474638	20	2.3	20	88	0	67	8	29	44	17	1.78
2474895--2474945	6	8.3	6	78	4	57	1	19	1	76	0.98
2475522--2475628	30	3.6	29	77	12	110	43	3	18	33	1.68
2475483--2475628	30	5.0	29	70	12	84	41	3	21	33	1.70
2475520--2475652	59	2.2	60	80	9	148	43	3	18	34	1.68
2478235--2478300	29	2.3	29	81	2	71	22	13	18	45	1.84
2478538--2478645	51	2.1	51	92	0	180	30	26	0	41	1.62
2478646--2478709	31	2.2	31	91	8	107	37	0	0	62	0.95
2480466--2480500	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
2480759--2480808	21	2.4	21	83	6	57	42	32	24	2	1.66
2481021--2481285	29	9.3	29	88	5	407	44	24	0	30	1.54
2481225--2481267	23	2.0	20	95	4	59	48	20	0	30	1.50
2481280--2481405	55	2.3	55	100	0	252	38	11	4	45	1.62
2481389--2481413	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
2481484--2481518	9	4.1	9	85	14	56	54	11	0	34	1.37
2481484--2481518	16	2.1	18	89	10	56	54	11	0	34	1.37
2484529--2484876	124	2.8	124	92	0	554	33	20	15	31	1.93
2500122--2500156	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
2513581--2513707	55	2.2	58	84	4	170	43	3	3	49	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515818--2515850	17	2.0	16	94	5	57	30	21	6	42	1.77
2518885--2518959	36	2.1	36	94	0	132	45	12	9	33	1.73
2519700--2519732	16	2.1	16	88	11	50	36	0	9	54	1.32
2519901--2519954	26	2.1	27	86	6	76	31	11	9	48	1.70
2520166--2520202	13	2.8	13	87	4	56	21	5	5	67	1.31
2529505--2529538	14	2.4	14	90	0	50	47	8	11	32	1.71
2540013--2540052	21	1.9	21	100	0	80	47	15	15	22	1.82
2560370--2560409	19	2.2	18	86	4	53	40	2	0	57	1.12
2560664--2560700	6	6.2	6	100	0	74	35	0	48	16	1.46
2561993--2563191	309	3.9	306	87	3	1512	35	15	18	31	1.92
2563716--2563946	78	3.0	76	81	6	266	28	23	11	36	1.89
2565216--2565280	9	7.2	9	75	13	62	40	1	0	58	1.07
2565220--2565280	18	3.4	18	82	8	70	39	1	0	59	1.08
2565227--2565282	19	2.8	21	76	15	64	39	1	0	58	1.08
2565438--2565462	12	2.1	12	100	0	50	56	28	0	16	1.41
2565603--2565772	84	2.0	84	87	0	241	44	19	14	21	1.86
2573186--2573216	6	5.2	6	100	0	62	35	0	48	16	1.46
2574514--2575350	308	2.7	306	86	2	1133	35	14	19	30	1.92
2577412--2577436	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
2586818--2586873	25	2.2	25	87	6	76	41	19	14	25	1.89
2591645--2591675	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2593730--2593839	56	2.0	56	98	0	211	40	10	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2594553--2594607	23	2.4	24	85	14	80	60	0	7	32	1.24
2595958--2596005	15	3.4	14	77	13	53	33	4	20	41	1.72
2598616--2598777	82	2.0	82	90	0	252	35	16	20	27	1.94
2598612--2598783	41	4.2	41	83	4	213	34	15	22	27	1.95
2598816--2599013	43	4.7	41	79	10	215	22	17	26	33	1.96
2598775--2599013	84	2.8	83	92	1	370	23	17	25	33	1.96
2598819--2599013	41	4.6	43	79	8	222	21	17	26	33	1.96
2604193--2604249	29	2.0	29	82	0	69	29	28	15	26	1.96
2606935--2607137	101	2.0	101	92	0	334	45	15	17	22	1.85
2613043--2613097	23	2.4	24	85	14	80	60	0	7	32	1.24
2613116--2613159	15	3.1	15	81	18	67	31	0	25	43	1.55
2613114--2613180	27	2.4	27	80	2	80	37	0	19	43	1.51
2618409--2618433	12	2.1	12	100	0	50	76	8	8	8	1.18
2624854--2624906	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
2631502--2631543	22	1.9	22	90	0	66	40	14	28	16	1.88
2631532--2631577	20	2.3	20	80	0	56	52	13	21	13	1.73
2635653--2635700	21	2.3	21	78	7	53	6	16	4	72	1.20
2635844--2635890	24	1.9	25	86	4	69	48	4	0	46	1.21
2638585--2638627	23	2.0	23	86	9	63	11	4	39	44	1.62
2640485--2640544	20	3.0	20	73	9	59	35	6	1	56	1.35
2641037--2641099	32	2.0	32	84	6	83	42	9	6	41	1.63
2642630--2642667	16	2.3	17	90	4	60	5	26	5	63	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649277--2649371	47	2.0	47	100	0	190	23	8	18	49	1.75
2651135--2651176	6	6.8	6	81	13	50	76	2	2	19	1.01
2651138--2651176	17	2.2	19	86	9	55	76	2	2	17	1.01
2657520--2657562	14	2.9	15	80	12	54	34	2	0	62	1.08
2659282--2659346	27	2.4	28	82	15	82	38	10	1	49	1.47
2659416--2659467	27	1.9	27	92	0	86	32	23	30	13	1.93
2659541--2659610	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
2659546--2659616	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
2659836--2659905	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
2659841--2659911	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196