genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  90  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25943426--25943521	49	2.0	49	95	0	174	33	11	13	41	1.80
25946652--25946712	30	2.0	30	96	0	113	52	9	14	22	1.71
25948763--25949141	50	7.5	50	84	3	233	24	29	19	27	1.98
25948799--25949138	50	6.7	50	84	3	385	23	30	19	26	1.98
25953115--25953193	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25953314--25953439	47	2.7	47	91	0	189	29	31	7	31	1.84
25953521--25953986	47	9.7	47	95	2	790	29	29	8	32	1.86
25953230--25953650	209	2.0	210	96	0	772	29	27	12	30	1.92
25953521--25953965	49	9.3	49	95	3	793	29	29	8	32	1.86
25953521--25953965	145	3.1	145	97	1	835	29	29	8	32	1.86
25957201--25957233	10	3.3	10	91	0	57	33	30	0	36	1.58
25957233--25957362	43	3.0	42	79	4	145	33	16	21	28	1.95
25969948--25970245	29	10.2	29	84	1	380	36	12	27	23	1.90
25969948--25970243	58	5.1	58	91	1	439	37	11	27	23	1.90
25969948--25970243	117	2.5	116	90	1	448	37	11	27	23	1.90
25971840--25971878	20	2.0	20	100	0	78	33	10	35	20	1.86
25983326--25983512	51	3.7	50	72	4	178	25	17	25	32	1.97
25983523--25983610	45	2.0	45	90	0	140	26	18	22	32	1.97
25989329--25989423	45	2.1	45	90	0	154	27	18	23	30	1.98
25993583--25993637	23	2.4	23	96	0	101	30	12	25	30	1.93
25993794--25993854	29	2.1	29	100	0	122	29	16	27	26	1.97
25997506--25997573	33	2.1	33	86	5	93	10	25	5	58	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25997547--25997594	18	2.6	19	84	12	57	8	27	4	60	1.44
26001807--26001984	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	30	1.96
26001808--26001963	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
26001804--26001984	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
26005750--26006103	29	12.2	29	84	0	429	36	14	27	22	1.92
26005745--26006092	116	3.0	116	91	0	543	36	14	27	21	1.92
26012083--26012366	43	6.7	41	77	8	255	34	24	17	23	1.96
26012080--26012366	85	3.4	85	87	0	403	34	24	17	23	1.96
26012340--26012392	26	2.0	26	100	0	106	30	33	18	16	1.94
26019690--26019914	42	5.3	42	72	10	163	36	23	16	24	1.94
26019680--26019912	85	2.8	85	85	0	297	35	22	17	24	1.95
26019892--26019943	26	2.0	26	100	0	104	26	34	23	15	1.94
26024717--26024807	48	1.9	47	90	2	146	37	26	16	19	1.93
26024778--26024829	21	2.4	22	83	3	61	44	26	9	19	1.81
26025701--26025760	30	2.0	30	93	0	102	55	16	6	21	1.64
26034136--26034327	40	4.8	40	90	2	253	25	30	21	21	1.99
26037420--26037489	35	2.0	35	97	0	131	27	17	11	44	1.82
26040768--26040894	49	2.6	50	78	3	132	24	24	22	29	1.99
26040768--26040962	50	3.9	50	79	4	171	23	26	22	27	1.99
26043906--26043939	16	2.3	15	90	10	52	29	20	5	44	1.75
26052590--26052630	11	3.5	12	83	12	50	78	7	2	12	1.06
26052600--26052630	11	2.8	11	90	0	53	83	3	0	12	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26052668--26052705	13	3.0	13	96	3	69	63	0	13	23	1.30
26056829--26056871	11	3.6	12	84	9	52	74	6	4	13	1.19
26059741--26059963	40	5.6	40	86	3	254	26	27	21	25	1.99
26059895--26059972	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
26070925--26071116	40	4.8	40	90	2	253	25	30	21	21	1.99
26074208--26074277	35	2.0	35	97	0	131	27	17	11	44	1.82
26077556--26077682	49	2.6	50	78	3	132	24	24	22	29	1.99
26077556--26077750	50	3.9	50	79	4	171	23	26	22	27	1.99
26080710--26080743	16	2.3	15	90	10	52	29	20	5	44	1.75
26085062--26085098	18	2.0	19	89	5	58	75	2	16	5	1.10
26093083--26093235	50	2.9	50	83	5	171	24	18	30	25	1.98
26093510--26093548	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
26095688--26095736	25	2.0	25	91	0	80	32	18	18	30	1.95
26117044--26117074	7	4.4	7	100	0	62	12	48	0	38	1.42
26117027--26117074	20	2.3	21	85	3	62	12	45	0	41	1.42
26117112--26117165	22	2.5	21	82	14	65	29	3	0	66	1.09
26117119--26117165	23	2.1	22	88	11	69	31	4	0	63	1.13
26117112--26117170	23	2.8	21	78	16	59	30	3	0	66	1.08
26118284--26118460	50	3.5	50	70	4	158	25	19	21	33	1.97
26118730--26119032	44	6.7	44	73	10	250	26	21	20	31	1.98
26118537--26118965	142	3.0	141	91	1	687	27	20	18	32	1.97
26118872--26119032	88	1.8	88	93	0	277	26	21	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26119329--26119504	56	3.1	56	98	0	334	45	9	22	22	1.80
26120632--26120815	39	4.6	39	83	5	210	24	22	28	25	1.99
26120669--26120848	79	2.3	78	81	7	204	27	20	27	25	1.99
26127272--26127446	56	3.1	56	98	0	334	44	9	23	22	1.81
26128575--26128798	79	2.8	80	83	6	278	24	22	28	25	1.99
26128575--26128798	40	5.7	40	84	6	278	24	22	28	25	1.99
26128582--26128831	79	3.2	78	81	7	265	26	21	27	25	1.99
26165340--26165378	20	2.0	20	84	0	51	17	0	35	46	1.49
26178838--26179038	51	4.0	51	76	5	210	30	26	17	24	1.97
26178838--26179033	101	1.9	102	82	3	243	31	26	18	23	1.98
26182195--26182253	30	1.9	31	86	3	84	30	22	1	45	1.62
26185897--26185935	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
26186204--26186373	50	3.4	50	88	4	245	20	29	22	27	1.98
26189598--26189666	29	2.4	29	85	4	86	26	4	10	59	1.48
26189897--26189928	12	2.7	12	90	0	55	75	0	0	25	0.81
26189893--26189926	12	2.7	13	86	9	52	70	0	0	29	0.87
26190012--26190047	10	3.6	10	85	14	56	19	5	0	75	1.00
26190012--26190073	20	3.2	20	80	11	74	25	4	1	67	1.19
26195318--26195364	16	2.9	17	84	6	62	14	10	4	70	1.31
26195341--26195394	20	2.6	20	82	11	56	9	12	1	75	1.11
26200863--26200970	20	5.4	20	75	8	103	12	24	21	41	1.88
26200865--26201000	40	3.4	40	85	2	166	11	25	20	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26212424--26212603	87	2.1	87	87	5	256	42	8	9	39	1.69
26215117--26215194	36	2.1	37	90	2	122	24	32	19	24	1.98
26215314--26215738	46	9.0	46	93	4	672	29	30	8	31	1.88
26215312--26215738	144	3.0	142	93	4	720	29	30	8	31	1.88
26215312--26215738	95	4.5	95	93	4	715	29	30	8	31	1.88
26219096--26219291	40	4.9	40	87	1	259	25	28	21	24	1.99
26219109--26219334	40	5.7	40	84	4	144	25	27	21	25	1.99
26219096--26219327	80	2.9	77	78	8	236	25	28	21	24	1.99
26219699--26219777	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26221667--26221745	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26221864--26222320	49	10.0	49	88	8	600	29	31	9	29	1.89
26221864--26222320	97	5.0	97	82	14	596	29	31	9	29	1.89
26222124--26222234	37	3.0	37	100	0	222	29	35	10	24	1.89
26222198--26222323	47	2.6	48	96	2	227	29	30	9	30	1.89
26227224--26227332	33	3.5	32	81	14	138	32	28	22	16	1.96
26227280--26227486	76	2.8	75	86	5	269	32	27	17	22	1.96
26233368--26233520	40	3.8	40	83	0	180	20	26	16	35	1.94
26233368--26233522	80	1.9	80	88	0	229	21	25	16	36	1.94
26233384--26233548	80	2.1	80	84	2	215	19	29	15	35	1.93
26233368--26233548	40	4.5	40	78	2	157	20	27	16	35	1.93
26242140--26242202	27	2.3	27	84	10	76	46	17	15	20	1.85
26251043--26251233	51	3.8	49	80	5	213	24	16	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26264886--26264920	16	2.2	16	90	10	54	54	2	11	31	1.51
26267140--26267228	45	2.0	45	95	0	160	41	2	13	42	1.56
26268292--26268335	17	2.6	17	92	0	70	47	2	6	43	1.42
26275651--26275689	17	2.5	15	84	12	51	5	0	25	69	1.09
26277503--26277540	19	2.1	18	90	5	58	18	21	13	47	1.82
26278556--26278628	29	2.5	29	93	0	119	43	13	9	32	1.77
26284640--26284814	27	6.4	27	84	3	199	30	27	14	27	1.95
26284658--26284813	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26288069--26288102	18	1.9	17	88	5	50	41	11	17	29	1.85
26298593--26298770	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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