genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  89  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25726388--25726431	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
25728411--25728517	56	1.9	56	84	3	144	26	19	14	40	1.89
25729141--25729195	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
25730083--25730112	16	1.9	15	93	6	51	43	33	3	20	1.68
25731641--25731681	11	3.7	11	96	0	73	14	2	4	78	1.03
25731637--25731684	11	4.0	13	86	10	50	16	4	4	75	1.12
25733238--25733283	20	2.3	20	84	0	65	21	13	34	30	1.91
25734140--25734257	55	2.1	55	83	6	150	26	21	13	38	1.90
25734881--25734935	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
25735562--25735586	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
25737255--25737333	37	2.1	37	83	0	95	25	31	17	25	1.97
25737452--25737939	47	10.1	47	90	4	715	28	29	9	31	1.88
25737452--25737939	98	5.0	94	91	3	724	28	29	9	31	1.88
25737463--25737936	145	3.3	145	94	1	799	28	30	9	31	1.89
25745194--25745233	12	3.4	12	89	3	55	12	5	7	75	1.18
25745212--25745311	31	3.3	29	77	12	103	22	9	4	65	1.38
25745242--25745293	11	4.8	11	76	4	61	19	13	0	67	1.23
25746152--25746196	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
25750632--25750673	11	3.9	11	87	3	59	73	9	0	16	1.08
25750713--25750767	16	3.4	16	97	0	101	65	5	10	18	1.42
25752226--25752262	17	2.2	17	100	0	74	45	24	10	18	1.81
25753599--25753638	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25756245--25756299	27	2.0	27	92	3	92	23	10	0	65	1.24
25756244--25756296	14	3.8	13	90	9	79	20	9	0	69	1.15
25756337--25756382	13	3.5	13	85	11	67	10	2	8	78	1.05
25756337--25756372	14	2.6	14	95	4	65	11	2	5	80	0.98
25759009--25759050	12	3.6	11	84	12	57	80	4	2	11	0.95
25759009--25759050	11	3.5	12	81	9	50	80	4	2	11	0.95
25759073--25759100	14	2.0	14	100	0	56	14	21	35	28	1.92
25765723--25765791	35	1.9	36	91	2	113	57	5	10	26	1.53
25765864--25765917	19	2.6	21	86	13	69	81	3	11	3	0.95
25765864--25765927	22	2.9	22	81	11	69	79	3	12	4	1.00
25765882--25765917	10	3.8	9	89	10	54	86	2	8	2	0.77
25772174--25772226	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
25778015--25778083	35	2.1	34	82	15	83	68	4	2	24	1.22
25783457--25783490	15	2.1	15	89	10	50	8	17	0	73	1.08
25784387--25784420	17	2.0	17	94	0	59	20	8	5	64	1.43
25785604--25785644	12	3.3	13	83	16	52	78	0	0	21	0.76
25786991--25787043	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
25791360--25791398	17	2.4	17	95	4	71	79	0	10	10	0.94
25793621--25793659	16	2.4	17	82	4	53	58	5	20	15	1.55
25808851--25808890	16	2.6	15	80	4	53	25	5	5	65	1.34
25810357--25810421	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
25811667--25811704	19	2.0	19	100	0	76	36	21	21	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25812391--25812436	23	2.0	23	95	0	83	71	4	4	19	1.20
25812394--25812437	12	3.8	12	84	6	63	77	2	4	15	1.04
25812480--25812519	17	2.4	17	100	0	80	65	5	10	20	1.42
25816370--25816435	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
25818499--25818557	18	3.2	18	80	4	73	72	3	16	6	1.20
25820726--25820791	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
25822254--25822305	27	1.9	27	88	0	77	26	3	15	53	1.59
25824869--25824931	33	1.9	33	84	12	85	14	26	4	53	1.60
25824946--25824989	18	2.4	18	84	0	61	13	18	0	68	1.22
25824949--25825063	12	10.6	12	67	23	58	11	17	1	69	1.26
25824949--25825057	33	3.4	32	81	9	125	11	16	1	69	1.26
25824946--25825041	6	15.7	6	71	10	52	9	16	2	71	1.21
25827762--25827827	20	3.3	19	74	16	62	40	16	21	21	1.91
25827753--25827827	30	2.5	30	89	4	107	41	18	20	20	1.91
25830567--25830622	24	2.4	23	72	3	58	23	3	32	41	1.71
25833213--25833265	22	2.4	22	79	17	65	69	1	18	9	1.25
25835444--25835490	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
25837161--25837266	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
25838292--25838390	10	9.8	10	70	13	69	7	10	1	81	0.91
25838285--25838369	22	3.7	22	80	9	89	5	14	1	78	0.99
25838292--25838346	12	4.4	12	77	8	65	1	12	0	85	0.68
25838330--25838390	22	2.8	21	80	7	68	9	6	1	81	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25839858--25839904	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
25842843--25842887	11	4.2	11	82	5	65	71	2	8	17	1.23
25844730--25844795	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
25851220--25851269	23	2.2	23	100	0	100	38	22	10	30	1.86
25851073--25851434	190	1.9	197	92	6	625	31	12	12	43	1.80
25852610--25852645	13	2.6	14	95	4	65	75	0	8	16	1.04
25858696--25858739	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
25859872--25859955	20	4.2	20	84	0	96	27	33	15	23	1.95
25859872--25859955	40	2.1	40	86	4	116	27	33	15	23	1.95
25859872--25859936	10	6.5	10	76	13	53	27	32	15	24	1.95
25865544--25865599	14	4.0	14	93	6	96	21	12	0	66	1.25
25865640--25865683	11	3.9	11	91	5	70	15	0	9	75	1.05
25865642--25865683	12	3.6	12	93	3	68	11	0	9	78	0.96
25871119--25871145	9	3.0	9	100	0	54	11	11	11	66	1.45
25872209--25872261	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
25875670--25875700	11	2.7	11	95	5	53	77	6	3	12	1.08
25875657--25875703	12	3.8	12	83	13	60	72	8	4	14	1.24
25875744--25875783	12	2.9	15	78	21	59	65	0	12	22	1.26
25878853--25878928	11	6.6	11	69	8	53	76	3	7	11	1.14
25878888--25878933	21	2.1	21	92	8	74	76	4	4	15	1.11
25879786--25879856	37	1.9	37	86	11	101	76	1	18	4	1.03
25879796--25879845	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25879906--25879936	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
25879929--25879995	30	2.2	32	76	12	79	61	1	20	16	1.42
25882068--25882163	30	3.2	30	72	10	99	28	26	16	29	1.97
25884264--25884821	21	26.0	22	69	20	133	18	1	3	77	0.96
25884310--25884990	21	29.8	22	68	22	131	17	0	3	78	0.92
25884289--25885053	100	7.6	98	72	19	371	17	0	2	78	0.93
25884280--25885055	84	8.9	86	71	18	417	17	0	2	78	0.93
25884280--25885055	61	13.0	56	72	18	352	17	0	2	78	0.93
25884284--25885053	36	20.7	37	69	20	252	17	0	2	78	0.93
25884688--25884996	1	309.0	1	68	0	141	13	0	3	82	0.80
25889199--25889270	29	2.4	29	84	9	92	11	15	1	72	1.19
25889314--25889351	10	3.7	10	96	3	67	15	2	7	73	1.17
25889314--25889362	20	2.4	19	86	13	62	16	2	6	75	1.09
25901917--25902139	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
25901992--25902174	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
25905914--25905938	12	2.1	12	100	0	50	8	16	40	36	1.77
25906794--25906823	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
25907355--25907437	26	3.2	27	81	8	93	36	9	14	39	1.79
25909481--25910133	325	2.0	324	96	0	1198	24	25	12	37	1.90
25910128--25910241	45	2.5	45	88	0	156	21	20	14	42	1.88
25913270--25913354	42	2.0	40	84	10	109	48	2	43	5	1.40
25915728--25915805	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25915758--25916084	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
25923877--25923954	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
25923907--25924233	173	1.9	174	94	0	575	30	14	24	31	1.94
25926913--25926942	14	2.2	14	94	5	53	66	0	13	20	1.24
25927823--25928035	25	8.6	25	74	8	184	16	27	20	35	1.94
25927830--25928012	49	3.7	50	78	10	164	15	27	21	35	1.94
25927845--25928035	74	2.6	74	81	2	222	16	27	20	35	1.94
25927944--25928069	49	2.5	50	82	3	139	19	24	19	35	1.95
25927978--25928048	25	2.9	25	77	6	74	18	25	18	38	1.93
25940509--25940966	228	2.0	228	98	0	889	27	16	18	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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