genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  7  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947462--1947513	21	2.5	21	76	17	56	48	1	0	50	1.12
1949326--1949352	5	5.4	5	100	0	54	22	0	18	59	1.38
1950964--1951031	21	3.2	21	81	8	75	20	25	38	16	1.92
1954836--1954905	24	2.9	24	97	0	131	8	35	21	34	1.84
1956989--1957125	59	2.4	54	81	7	139	54	11	10	23	1.66
1957596--1957626	14	2.1	15	94	5	55	51	9	6	32	1.60
1971269--1971362	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
1975772--1975865	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
1978227--1978255	12	2.3	13	94	5	51	65	0	0	34	0.93
1978448--1978484	19	1.9	19	88	0	56	59	27	2	10	1.44
1978716--1978740	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
1978721--1978837	39	3.0	39	94	1	209	50	28	2	18	1.60
1978969--1979031	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
1978966--1979040	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
1983812--1983857	7	6.6	7	89	0	56	34	36	8	19	1.83
1989232--1989308	29	2.6	29	79	4	82	49	15	12	22	1.78
1995720--1995757	18	2.1	18	85	9	51	31	15	15	36	1.90
2003769--2003806	20	1.9	20	94	0	67	52	7	5	34	1.53
2005565--2005680	59	2.0	59	84	3	153	46	12	11	30	1.76
2006701--2006989	121	2.4	121	91	3	469	53	4	0	41	1.25
2006734--2006893	31	5.3	31	64	20	88	53	4	0	41	1.25
2006933--2006970	12	3.2	12	79	20	53	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010631--2010825	89	2.2	90	83	4	234	32	17	21	28	1.96
2011665--2011711	22	2.1	22	96	0	85	65	2	8	23	1.31
2039200--2039229	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
2041261--2041301	21	2.0	21	85	9	57	46	12	7	34	1.69
2041885--2041938	27	2.0	27	89	7	83	35	24	22	18	1.96
2042391--2042549	27	5.9	27	74	12	121	30	11	18	38	1.87
2042391--2042543	54	2.8	54	81	7	177	29	11	19	39	1.87
2042555--2042681	63	2.0	63	89	0	191	34	27	18	18	1.95
2045353--2045718	181	2.0	181	92	4	612	36	18	16	28	1.92
2046979--2047024	25	1.9	23	82	8	56	34	8	8	47	1.65
2047604--2047642	16	2.5	16	83	4	53	66	15	2	15	1.36
2057892--2057951	30	2.0	30	83	3	75	41	0	36	21	1.54
2071387--2071444	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2071656--2071687	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2071782--2072023	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
2071782--2072031	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
2078923--2078980	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2079191--2079222	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2079317--2079563	50	4.8	51	83	6	279	25	23	29	20	1.99
2079317--2079564	98	2.4	103	87	6	353	25	23	29	20	1.99
2085361--2085402	21	2.0	21	90	0	66	42	4	2	50	1.36
2087352--2087396	16	3.0	16	75	15	51	46	0	6	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2087376--2087438	33	1.9	33	83	0	81	53	3	3	39	1.33
2089053--2089092	21	1.9	21	100	0	80	27	25	7	40	1.82
2112434--2112551	33	3.7	33	69	17	95	20	13	16	50	1.78
2113227--2113278	27	1.9	27	88	0	77	17	15	25	42	1.88
2116757--2116816	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
2117599--2117633	17	1.9	19	88	11	56	31	17	0	51	1.45
2117919--2117951	17	1.9	17	93	0	57	27	12	0	60	1.32
2125010--2125036	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
2130711--2130765	15	3.5	15	71	9	56	49	1	0	49	1.11
2134582--2134698	45	2.6	45	94	1	198	38	0	21	39	1.59
2134868--2134901	12	2.8	12	90	0	50	52	2	0	44	1.16
2147714--2147795	27	3.0	27	78	3	85	20	23	31	24	1.98
2151143--2151222	27	3.0	27	75	3	72	25	31	22	21	1.98
2154314--2154360	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2154331--2154384	21	2.6	21	75	13	58	37	0	12	50	1.41
2154521--2154626	37	2.7	39	78	10	126	23	16	25	33	1.96
2159944--2160009	6	10.0	6	75	15	51	72	0	18	9	1.10
2159938--2160009	25	2.8	24	73	22	65	70	0	19	9	1.14
2159944--2160009	13	5.0	12	71	18	51	72	0	18	9	1.10
2165898--2166331	214	2.0	214	100	0	868	28	18	20	33	1.96
2167233--2167269	17	2.2	17	100	0	74	45	13	27	13	1.81
2171600--2171634	17	2.0	18	88	5	54	31	2	0	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174581--2174650	17	4.0	17	69	12	52	38	0	4	57	1.19
2184477--2184843	103	3.6	103	86	4	481	18	20	28	31	1.97
2184655--2184709	27	2.0	27	89	6	85	18	20	32	29	1.96
2224211--2224241	16	1.9	16	93	0	53	41	6	6	45	1.55
2239350--2239403	25	2.1	25	83	16	67	42	0	0	57	0.98
2241833--2241866	18	1.9	17	88	5	50	73	0	26	0	0.83
2241832--2241880	25	1.9	26	87	4	73	69	0	28	2	1.00
2246143--2246212	12	5.2	14	71	22	53	30	7	1	61	1.31
2246417--2246453	11	3.5	11	85	14	51	43	2	0	54	1.14
2252526--2252610	34	2.5	35	80	5	102	72	5	12	8	1.25
2252583--2252632	6	8.2	6	88	4	55	72	0	24	4	1.02
2254490--2254626	43	3.2	43	62	20	104	29	24	21	24	1.99
2254264--2254893	87	7.3	87	90	0	931	29	22	23	25	1.99
2256566--2256635	12	5.2	14	71	22	53	30	7	1	61	1.31
2256842--2256884	21	2.1	21	87	8	63	37	2	2	58	1.24
2259580--2259621	22	1.9	22	85	0	57	28	7	7	57	1.52
2260130--2260161	12	2.6	12	95	5	55	71	0	0	28	0.86
2261084--2261119	18	2.0	18	94	0	63	27	0	2	69	1.02
2263412--2263528	41	2.8	42	83	5	141	20	20	28	30	1.98
2264283--2264315	14	2.4	14	85	15	50	54	0	6	39	1.25
2266256--2266295	21	2.0	20	85	5	53	67	5	0	27	1.11
2266268--2266295	10	2.8	10	100	0	56	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267445--2267481	16	2.4	16	86	13	51	0	24	5	70	1.08
2267445--2267494	16	3.2	16	80	8	50	2	26	6	66	1.26
2272390--2272548	78	2.0	78	95	0	282	20	13	20	45	1.84
2273839--2273868	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2278196--2278249	28	1.9	28	85	7	74	64	0	1	33	1.04
2279181--2279206	5	5.2	5	100	0	52	57	0	42	0	0.98
2292021--2292077	21	2.7	21	88	0	87	14	38	22	24	1.91
2294631--2294798	71	2.4	71	85	3	214	35	32	17	13	1.89
2321268--2321325	29	2.0	29	86	6	82	31	10	15	43	1.80
2322679--2322723	23	1.9	24	82	13	58	42	6	0	51	1.28
2322988--2323020	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2323369--2323418	23	2.2	22	86	13	75	58	0	2	40	1.10
2327594--2327626	17	2.0	17	88	5	50	57	6	0	36	1.23
2331090--2331128	14	2.8	14	84	0	51	35	0	12	51	1.40
2331089--2331129	6	6.8	6	85	0	55	36	0	14	48	1.44
2331089--2331128	12	3.3	12	89	0	62	37	0	12	50	1.41
2332045--2332161	60	2.0	60	98	0	225	31	15	10	42	1.80
2334993--2335058	26	2.5	25	70	18	62	56	3	3	37	1.30
2342526--2342561	18	1.9	18	88	5	54	19	5	0	75	1.00
2353161--2353186	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2357959--2358002	19	2.2	20	80	11	56	61	4	2	31	1.28
2358670--2358709	20	1.9	22	90	10	66	52	5	0	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2364463--2364532	29	2.4	28	81	13	79	25	5	0	68	1.11
2364479--2364537	29	2.0	30	90	9	95	23	6	0	69	1.12
2364826--2364872	17	2.7	18	84	12	62	68	0	0	31	0.90
2364826--2364866	18	2.3	19	88	12	61	65	0	0	34	0.93
2368803--2368872	33	2.1	33	100	0	140	25	8	28	37	1.85
2369466--2369546	43	1.9	42	84	2	108	55	13	4	25	1.58
2369728--2369795	25	2.8	23	77	16	66	55	23	4	16	1.58
2372727--2372785	4	14.8	4	100	0	118	50	23	0	25	1.49
2373329--2373384	21	2.8	21	83	5	71	44	19	26	8	1.80
2376549--2376837	45	6.4	44	89	4	373	23	21	19	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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