genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  27  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7649005--7649070	21	3.1	22	71	6	64	19	0	42	37	1.52
7649058--7649257	89	2.2	89	87	1	276	23	2	32	42	1.65
7651200--7651310	19	5.8	19	90	0	159	40	8	12	38	1.73
7651207--7651310	38	2.7	38	95	0	181	41	7	11	39	1.70
7651200--7651336	19	6.9	21	87	4	114	39	7	13	39	1.73
7651299--7651343	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
7651847--7651892	17	2.5	17	86	10	56	28	0	2	69	1.00
7651859--7651894	17	2.1	18	94	5	65	25	0	0	75	0.81
7651841--7651895	15	3.5	15	77	15	58	27	0	1	70	0.97
7651935--7651997	21	2.9	21	78	4	63	28	1	4	65	1.22
7651952--7652013	23	2.6	23	80	14	72	30	1	3	64	1.19
7652054--7652107	21	2.4	23	79	17	69	37	3	3	55	1.35
7656795--7656850	1	56.0	1	78	0	58	89	1	7	1	0.63
7656795--7656856	20	3.1	20	86	4	72	87	3	8	1	0.72
7656816--7656857	6	7.0	6	86	10	59	83	2	14	0	0.75
7656803--7656856	19	2.8	18	88	8	72	87	1	9	1	0.71
7658179--7658300	23	5.3	23	86	0	181	31	26	20	22	1.98
7658179--7658298	46	2.6	46	94	0	204	30	26	20	21	1.98
7660919--7661123	44	4.7	44	69	11	132	28	19	22	28	1.98
7660828--7661854	132	7.8	132	93	0	1673	29	18	23	29	1.97
7662183--7662293	19	5.8	19	90	0	168	39	8	13	38	1.74
7662190--7662293	38	2.7	38	96	0	190	40	7	12	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7662183--7662319	19	6.9	21	87	4	123	38	7	14	39	1.74
7662282--7662326	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
7662826--7662877	15	3.3	15	81	5	59	21	1	1	75	1.00
7662916--7662996	25	3.3	25	81	5	85	28	1	4	65	1.21
7663038--7663089	21	2.5	22	75	18	56	36	3	3	55	1.36
7664036--7664151	57	2.0	57	96	0	214	30	21	18	30	1.97
7675677--7676335	335	2.0	335	88	1	982	31	24	13	29	1.94
7683020--7683062	22	2.0	22	90	4	70	46	2	9	41	1.48
7683141--7683168	8	3.5	8	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7684234--7684270	16	2.2	17	90	9	58	24	0	13	62	1.31
7685775--7685815	22	1.9	22	85	5	57	17	7	14	60	1.55
7691056--7691123	16	4.2	16	73	17	52	25	4	0	70	1.05
7691157--7691232	3	25.7	3	80	5	66	36	3	1	57	1.25
7691167--7691232	24	2.7	24	83	6	80	39	4	1	54	1.30
7694909--7694988	41	2.0	41	89	0	124	35	3	17	43	1.67
7695976--7696003	12	2.3	12	100	0	56	46	0	28	25	1.53
7699780--7699829	22	2.3	22	82	6	66	42	16	6	36	1.72
7713715--7713768	21	2.7	20	72	11	56	66	3	0	29	1.09
7714631--7714691	29	2.1	28	81	3	68	26	14	14	44	1.84
7714914--7714964	22	2.3	22	100	0	102	27	31	0	41	1.56
7715002--7715067	31	2.2	31	97	2	125	33	0	0	66	0.92
7715002--7715067	10	6.5	10	77	3	69	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7715160--7715189	15	2.1	15	93	6	53	26	0	0	73	0.84
7716148--7716172	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
7717262--7717330	25	2.7	24	78	10	75	46	4	10	39	1.58
7717326--7717374	18	2.7	17	81	12	53	48	18	0	32	1.48
7717352--7717432	29	2.8	29	96	0	144	44	27	0	28	1.55
7717333--7717633	76	4.1	76	78	14	369	45	25	0	28	1.54
7717380--7717620	47	5.1	47	96	0	437	46	26	0	27	1.53
7717409--7717591	18	11.3	18	67	22	129	46	25	0	27	1.53
7717568--7717630	29	2.2	29	100	0	126	44	31	0	23	1.54
7717628--7717873	55	4.3	56	80	10	273	40	9	5	44	1.60
7717737--7717771	18	1.9	18	88	0	52	40	8	2	48	1.49
7717737--7717881	65	2.2	65	87	7	206	42	7	4	45	1.54
7717792--7717881	10	8.5	10	68	24	51	41	7	4	46	1.53
7720982--7721330	125	2.8	124	90	3	562	32	21	15	30	1.94
7721609--7721675	29	2.3	29	82	2	73	44	19	13	22	1.85
7725493--7725572	30	2.8	29	81	9	101	45	11	2	41	1.53
7730305--7730340	15	2.4	15	100	0	72	41	13	5	38	1.68
7745316--7745356	19	2.2	19	82	4	57	46	2	2	48	1.28
7746366--7746408	5	8.0	5	85	10	50	60	0	0	39	0.97
7748188--7748221	6	5.7	6	96	0	59	17	26	0	55	1.42
7749666--7749705	20	2.0	20	90	9	64	40	0	2	57	1.12
7751744--7751916	84	2.1	84	88	2	258	25	17	15	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7761628--7761670	21	2.0	21	81	0	50	23	13	20	41	1.88
7762785--7762890	53	2.0	53	94	0	185	41	11	14	33	1.81
7772124--7772197	34	2.1	35	85	9	98	37	21	9	31	1.85
7772370--7772474	41	2.6	41	93	3	176	20	29	20	29	1.98
7779499--7779531	13	2.5	14	85	14	52	81	0	6	12	0.85
7783280--7783320	22	1.9	21	85	14	57	24	2	19	53	1.57
7788623--7788681	30	2.0	30	89	0	91	57	8	3	30	1.45
7789653--7789722	19	3.8	18	78	12	79	65	1	0	32	1.01
7789653--7789723	8	8.0	8	75	20	52	66	1	0	32	1.01
7791049--7792800	631	2.7	627	87	4	2394	38	11	19	30	1.87
7796966--7796991	5	5.2	5	100	0	52	57	0	42	0	0.98
7797490--7797747	94	2.8	92	88	7	391	43	5	20	31	1.75
7797493--7797747	88	2.8	90	90	4	381	42	5	20	31	1.75
7799304--7799448	9	14.9	9	69	14	56	62	0	1	36	1.04
7799307--7799372	22	3.2	20	74	16	62	63	0	1	34	1.04
7799338--7799479	39	3.9	39	75	18	162	63	0	2	34	1.06
7799335--7799479	68	2.1	67	89	2	218	62	0	2	35	1.07
7799328--7799430	11	10.4	11	72	20	77	61	0	0	37	1.03
7799408--7799485	19	3.9	19	80	11	95	64	0	2	33	1.08
7799896--7799929	8	4.2	8	100	0	68	52	0	0	47	1.00
7802126--7802204	22	3.6	22	87	1	97	12	31	25	30	1.93
7802135--7802204	22	3.2	22	89	2	106	10	31	27	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7805897--7805948	13	4.0	13	100	0	104	23	30	30	15	1.95
7809097--7809135	17	2.2	18	90	4	62	17	17	43	20	1.88
7815135--7815169	7	5.0	7	89	10	54	14	14	14	57	1.66
7825272--7825400	64	2.0	64	98	0	249	24	11	12	51	1.73
7825911--7826007	48	2.0	48	97	0	185	44	8	11	36	1.70
7825930--7826013	21	3.3	27	66	20	81	44	8	11	35	1.72
7826531--7826612	6	13.7	6	97	0	155	35	0	14	50	1.44
7829774--7829807	16	2.1	16	100	0	68	38	14	17	29	1.90
7830259--7830294	18	2.0	18	88	0	54	72	0	0	27	0.85
7832350--7832410	30	2.0	30	93	0	104	27	34	26	11	1.91
7840741--7840797	28	2.0	28	86	6	80	40	7	24	28	1.81
7866728--7866774	18	2.5	20	72	10	53	25	36	4	34	1.76
7866905--7866967	25	2.4	27	84	10	78	53	12	15	17	1.72
7873236--7873290	23	2.4	23	84	3	76	50	1	5	41	1.36
7873582--7873634	20	2.8	18	75	13	52	45	15	5	33	1.69
7874121--7874176	27	2.1	26	93	3	94	58	3	23	14	1.51
7882565--7882589	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
7886869--7886943	34	2.2	33	84	9	98	24	30	1	44	1.62
7886869--7886946	11	7.0	11	74	21	74	24	29	1	44	1.62
7886869--7886946	22	3.5	22	81	18	99	24	29	1	44	1.62
7888801--7888840	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
7889307--7890266	45	21.5	44	77	9	765	48	25	0	25	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7889670--7889703	17	2.1	17	88	5	52	50	23	0	26	1.50
7889307--7890314	23	45.3	22	75	11	781	48	24	0	26	1.57
7892996--7893026	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
7894842--7894880	15	2.7	15	92	4	62	48	0	0	51	1.00
7894883--7894980	51	1.9	51	85	4	135	45	4	24	25	1.70
7894956--7895011	11	5.2	11	82	2	69	44	1	28	25	1.64
7894946--7895011	33	2.0	33	85	5	89	45	1	28	24	1.62
7897138--7897174	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
7897225--7897255	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
7905034--7905097	13	4.9	13	79	7	67	37	26	4	31	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196