genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  31  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8724994--8725062	26	2.5	27	75	11	70	75	5	2	15	1.12
8725029--8725092	21	3.0	22	80	13	71	76	6	6	10	1.14
8724994--8725098	55	1.9	55	82	7	133	73	7	4	14	1.22
8725866--8725895	14	2.1	14	93	0	51	40	6	0	53	1.27
8740438--8740483	16	2.9	16	87	9	60	54	0	6	39	1.26
8751075--8751116	19	2.2	19	84	16	52	7	19	7	66	1.39
8752968--8752997	12	2.5	12	94	0	51	40	0	0	60	0.97
8754192--8754235	22	2.0	22	95	0	79	18	15	31	34	1.92
8754982--8755042	30	2.0	30	87	0	86	26	16	31	26	1.96
8759228--8759276	24	2.0	24	88	0	71	40	4	18	36	1.70
8765487--8765834	64	5.3	64	65	17	205	32	14	14	38	1.86
8765395--8765933	131	4.1	131	83	2	627	33	15	13	38	1.87
8766352--8766433	41	2.0	41	95	0	146	36	26	17	19	1.94
8776760--8776806	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
8779317--8779349	17	1.9	17	93	0	57	27	33	30	9	1.88
8780700--8780725	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
8783005--8783121	37	3.2	39	72	21	101	55	0	7	35	1.35
8783018--8783087	28	2.5	28	81	6	79	61	0	5	32	1.20
8783035--8783128	37	2.6	38	80	8	115	58	0	6	35	1.24
8785188--8785349	88	1.8	88	90	0	261	29	25	19	25	1.98
8786289--8786317	15	1.9	15	100	0	58	6	17	0	75	1.01
8792820--8792850	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8792910--8792949	9	4.4	9	96	0	62	47	15	10	27	1.77
8792904--8792949	18	2.6	18	85	0	65	47	15	8	28	1.74
8793162--8793221	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
8796904--8796938	16	2.2	16	94	0	61	42	20	17	20	1.89
8798042--8798073	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
8798072--8798111	16	2.5	16	87	0	53	47	5	7	40	1.54
8798122--8798300	68	2.9	59	84	13	259	40	5	8	45	1.57
8798184--8798209	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
8798100--8798270	68	2.5	68	96	1	310	40	4	8	47	1.52
8799148--8799192	24	1.9	23	86	4	63	62	6	13	17	1.52
8803240--8803516	147	1.9	147	82	1	349	29	20	20	29	1.97
8805055--8805437	188	2.0	188	90	1	608	37	22	9	29	1.86
8808427--8808483	27	2.1	27	100	0	114	61	7	7	24	1.47
8808659--8808850	98	2.0	97	88	3	287	47	13	17	21	1.81
8810157--8810192	18	1.9	19	88	5	56	38	22	16	22	1.93
8815441--8815484	23	1.9	23	86	9	63	47	4	0	47	1.22
8815686--8815733	8	6.1	8	90	4	80	50	0	0	50	1.00
8815680--8815732	15	3.5	15	87	5	70	45	0	0	54	0.99
8818090--8818120	16	1.9	16	100	0	62	29	25	6	38	1.81
8818401--8818426	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
8830568--8830693	64	2.0	63	82	1	153	35	22	18	23	1.95
8832827--8832946	55	2.2	55	90	0	195	22	32	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8835524--8835548	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
8837647--8838278	316	2.0	315	93	0	1084	31	20	19	29	1.97
8840102--8840136	5	7.0	5	93	0	61	0	17	0	82	0.66
8841795--8841917	29	4.2	29	85	7	151	36	18	3	41	1.67
8841795--8841917	58	2.1	59	86	1	167	36	18	3	41	1.67
8842249--8842317	3	23.7	3	77	14	65	73	0	26	0	0.83
8842274--8842320	7	7.1	7	83	9	55	80	0	19	0	0.70
8842248--8842320	6	11.5	6	88	8	74	75	0	24	0	0.81
8842280--8842320	19	2.2	19	91	8	66	82	0	17	0	0.66
8842617--8842672	5	11.8	5	78	17	50	83	0	16	0	0.64
8842614--8842673	11	5.6	11	79	15	72	83	0	16	0	0.65
8842614--8842667	19	2.9	18	81	15	65	83	0	16	0	0.65
8842614--8842673	20	2.8	22	85	14	90	83	0	16	0	0.65
8843033--8843074	21	2.0	20	86	4	57	35	14	7	42	1.73
8843180--8843309	35	3.7	35	81	4	154	33	13	10	43	1.77
8843180--8843308	18	7.3	18	74	10	113	32	13	10	44	1.77
8843192--8843393	71	2.8	72	80	7	200	31	13	10	44	1.78
8843244--8843384	34	4.0	34	75	13	108	32	11	12	43	1.77
8843229--8843393	17	9.2	17	70	16	93	30	13	12	43	1.80
8843359--8843396	20	1.9	20	100	0	76	36	10	10	42	1.74
8849025--8849063	10	3.8	10	87	12	53	89	5	5	0	0.58
8849025--8849070	16	2.8	16	78	21	51	84	6	6	2	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8849919--8850082	79	2.0	81	92	3	278	30	14	16	38	1.89
8849969--8850204	122	2.0	120	91	5	388	26	14	21	37	1.92
8850087--8852099	82	25.2	79	86	6	2074	27	15	19	37	1.92
8850087--8852099	163	12.6	158	84	8	1992	27	15	19	37	1.92
8852302--8852414	29	3.9	29	82	4	138	36	18	4	40	1.71
8852301--8852423	58	2.1	59	86	4	169	37	18	4	39	1.70
8852758--8852836	3	26.7	3	78	14	76	72	0	27	0	0.85
8852786--8852839	7	8.1	7	81	8	51	77	0	22	0	0.76
8852783--8852839	19	3.1	19	80	12	66	77	0	22	0	0.77
8852944--8852992	13	3.5	15	76	18	52	79	8	8	4	1.04
8853109--8853175	11	6.6	11	81	13	65	82	0	17	0	0.68
8853117--8853175	8	7.2	8	76	16	59	83	0	16	0	0.66
8853109--8853175	23	2.8	24	82	15	84	82	0	17	0	0.68
8853530--8853572	21	2.0	21	86	8	61	34	13	11	39	1.82
8853727--8853834	17	6.2	17	74	15	78	29	12	12	45	1.79
8853686--8853765	36	2.3	35	80	6	90	28	15	10	46	1.77
8853800--8853837	20	1.9	20	100	0	76	36	10	10	42	1.74
8864329--8864367	20	2.0	20	90	5	62	51	0	25	23	1.49
8870158--8870200	17	2.7	15	83	13	59	55	9	11	23	1.64
8871540--8871597	27	2.1	27	93	0	98	25	8	29	36	1.86
8871853--8871878	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
8872035--8872064	14	2.1	14	93	0	51	36	10	43	10	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8872087--8872132	24	1.9	24	95	0	83	36	4	45	13	1.63
8872991--8873083	44	2.1	44	84	6	116	34	3	25	36	1.72
8873260--8873369	29	3.6	29	70	20	87	54	2	0	42	1.14
8873222--8873461	112	2.1	116	90	3	380	53	4	0	41	1.23
8873237--8873382	30	5.2	28	73	16	97	55	2	0	41	1.14
8875965--8875998	12	2.8	12	100	0	68	61	26	5	5	1.42
8876437--8876496	20	3.0	20	79	13	61	55	3	30	11	1.52
8879322--8879546	40	5.7	40	81	6	215	25	28	21	25	1.99
8879478--8879555	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
8881441--8881496	17	3.3	17	79	0	67	50	28	7	14	1.69
8883383--8883430	25	1.9	25	82	0	60	25	18	31	25	1.98
8895361--8895419	26	2.3	26	87	0	82	33	10	13	42	1.78
8899685--8899718	17	2.0	17	94	0	59	0	20	17	61	1.34
8904446--8904477	16	2.0	16	100	0	64	25	12	0	62	1.30
8905410--8905450	15	2.9	14	78	7	55	63	0	0	36	0.95
8925807--8925838	16	2.0	16	100	0	64	25	12	0	62	1.30
8926781--8926821	15	2.9	14	78	7	55	63	0	0	36	0.95
8926895--8926934	20	2.0	19	85	9	53	60	0	5	35	1.19
8934639--8934700	26	2.4	26	86	0	88	35	11	14	38	1.82
8937122--8937175	27	2.0	27	100	0	108	18	14	40	25	1.89
8939618--8939651	17	2.0	17	88	0	50	2	14	17	64	1.40
8946605--8946645	15	2.9	14	78	7	55	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8946598--8946655	29	1.9	29	86	6	80	62	1	1	34	1.16
8966890--8966940	26	2.0	24	85	7	66	31	0	1	66	1.03
8969034--8969067	17	2.0	17	88	0	50	2	17	17	61	1.46
8971072--8971107	18	2.1	17	89	5	54	22	2	2	72	1.11
8975430--8975593	86	1.9	86	81	6	199	23	17	26	32	1.96
8978750--8978781	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
8981034--8981060	13	2.1	13	100	0	54	22	0	14	62	1.31
8994480--8994513	17	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
8997501--8997557	18	2.7	21	71	23	57	33	8	1	56	1.41
9000829--9000946	59	2.0	59	89	0	182	30	15	16	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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