genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  77  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22179951--22179980	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
22180270--22180323	20	2.4	24	80	20	64	59	1	7	31	1.36
22180250--22180306	20	2.9	20	75	17	57	57	1	5	35	1.31
22181499--22181546	12	4.2	12	76	10	55	12	0	14	72	1.11
22181494--22181535	22	1.9	22	90	9	68	16	0	11	71	1.14
22184592--22184620	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
22188452--22188476	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
22191958--22192250	51	5.8	50	81	7	276	29	15	25	29	1.96
22191962--22192248	102	2.8	102	82	5	343	28	15	25	29	1.96
22196134--22196193	30	2.0	30	93	0	102	45	11	18	25	1.83
22203641--22203834	50	3.9	50	88	0	271	22	30	21	25	1.99
22212165--22212203	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
22213991--22214284	50	5.8	51	91	1	380	20	31	22	25	1.98
22214027--22214106	25	3.2	25	61	22	58	18	25	22	33	1.97
22226195--22226350	67	2.3	68	93	2	262	15	17	3	62	1.46
22226327--22226410	36	2.4	34	79	15	84	7	22	2	67	1.26
22226342--22226404	19	3.4	19	71	20	53	7	19	3	69	1.27
22232547--22232796	40	6.3	40	83	5	292	23	19	28	28	1.98
22240637--22240885	39	6.3	40	85	6	312	23	19	28	28	1.98
22240637--22240885	79	3.2	79	83	5	326	23	19	28	28	1.98
22240637--22240894	118	2.2	118	85	2	374	24	19	28	28	1.98
22243833--22243930	27	3.7	26	70	14	67	32	12	10	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22244159--22244234	32	2.4	31	84	4	98	35	30	10	23	1.89
22245679--22245707	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
22249850--22249902	22	2.4	22	84	6	63	28	0	3	67	1.07
22259032--22259110	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
22259229--22259750	47	11.1	47	94	1	875	28	30	9	31	1.88
22264775--22264805	15	2.1	14	94	5	53	45	0	0	54	0.99
22267105--22267253	50	2.9	51	78	7	178	31	24	14	29	1.94
22270615--22271087	107	4.5	106	92	2	747	34	17	15	32	1.92
22270615--22271087	213	2.2	214	91	2	758	34	17	15	32	1.92
22275663--22275694	16	2.0	16	100	0	64	50	6	25	18	1.70
22280878--22281150	96	2.9	95	81	6	284	38	3	17	40	1.67
22280948--22281150	94	2.1	97	86	6	281	38	3	19	38	1.70
22280878--22281157	94	2.9	94	81	6	280	37	3	18	41	1.68
22281190--22281604	126	3.3	125	92	0	650	32	18	21	27	1.97
22282612--22282712	52	1.9	52	97	0	193	32	22	18	25	1.97
22290208--22290275	34	2.0	35	88	2	102	45	8	5	39	1.60
22292496--22292552	11	5.2	11	85	8	80	40	1	31	26	1.66
22292496--22292569	22	3.3	22	78	12	80	43	1	28	27	1.63
22298737--22298873	50	2.7	50	81	13	156	21	18	28	31	1.97
22299097--22299128	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
22306165--22306198	18	1.9	18	88	5	52	20	29	38	11	1.88
22315030--22315089	29	2.1	29	87	0	84	30	18	15	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22319365--22319433	20	3.4	20	75	11	68	36	18	31	13	1.89
22319358--22319469	21	5.4	21	77	6	122	33	16	29	19	1.94
22319213--22319452	41	5.9	41	81	2	223	37	15	27	19	1.92
22324465--22324525	20	3.0	20	66	4	59	36	14	29	19	1.92
22324380--22324575	82	2.4	82	86	1	268	34	15	27	22	1.94
22324507--22324572	20	3.2	20	65	12	53	34	13	33	18	1.90
22324354--22324590	41	5.8	41	80	4	228	34	15	27	22	1.94
22324517--22324581	20	3.2	20	66	12	51	36	13	29	20	1.91
22328123--22328165	3	14.3	3	90	0	68	67	2	27	2	1.15
22331668--22331827	71	2.3	71	83	2	187	40	26	12	21	1.89
22331722--22331876	71	2.2	70	80	6	161	36	24	13	25	1.92
22333909--22333952	11	3.9	11	82	5	52	34	0	2	63	1.07
22340026--22340172	30	4.8	30	80	5	161	23	17	19	39	1.92
22340711--22340815	40	2.4	43	87	9	144	30	10	12	46	1.75
22340915--22340961	9	4.9	9	82	12	58	23	0	19	57	1.41
22340930--22340962	11	3.2	11	91	8	52	18	0	18	63	1.31
22347140--22347173	9	3.4	10	92	8	52	23	0	20	55	1.43
22350602--22350636	17	2.0	18	88	5	54	54	11	17	17	1.71
22350840--22350887	20	2.5	18	83	6	51	68	4	2	25	1.18
22353676--22353868	98	2.0	98	89	0	296	28	10	23	37	1.88
22356834--22357366	267	2.0	267	99	0	1057	30	12	20	37	1.89
22365533--22365963	45	9.7	44	70	15	174	29	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22365724--22365915	95	2.0	95	94	0	339	29	20	23	26	1.99
22365931--22366098	67	2.5	67	95	0	293	30	21	24	23	1.99
22367982--22368176	98	2.0	98	92	0	327	27	11	24	36	1.90
22374717--22374745	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
22375519--22375730	29	7.3	29	83	2	230	38	16	25	19	1.92
22375519--22375730	58	3.6	58	83	3	257	38	16	25	19	1.92
22375519--22375731	88	2.4	87	86	2	275	38	16	25	19	1.92
22385284--22385309	9	2.9	9	100	0	52	0	0	34	65	0.93
22385428--22385678	125	2.0	127	88	3	373	31	16	20	30	1.95
22386403--22386459	29	2.0	29	96	0	105	49	8	7	35	1.61
22387557--22387615	30	1.9	30	86	10	84	55	1	3	38	1.26
22388941--22388970	7	4.3	7	91	0	51	16	0	36	46	1.47
22389368--22389409	21	2.0	21	85	0	57	2	23	45	28	1.66
22389665--22389707	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
22390782--22390806	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
22390842--22390926	11	8.0	11	69	20	56	43	2	30	23	1.66
22390826--22390925	51	2.0	51	92	4	166	45	2	28	25	1.65
22392255--22392311	30	1.9	30	85	7	80	38	12	1	47	1.51
22393666--22393690	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
22393925--22393984	30	2.0	30	83	3	77	58	8	6	26	1.52
22397668--22397708	21	1.9	21	85	5	55	65	0	0	34	0.93
22400631--22400673	21	2.0	21	83	16	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22403094--22403380	70	4.1	70	84	1	380	22	20	27	28	1.99
22403094--22403420	70	4.7	70	83	3	347	23	21	25	29	1.99
22403397--22403846	71	6.4	71	81	3	395	24	20	23	32	1.98
22403520--22403846	143	2.3	139	84	4	397	23	19	23	33	1.97
22420261--22420298	18	2.2	17	86	13	51	31	7	2	57	1.41
22428918--22429110	50	3.7	50	79	4	161	24	27	21	26	1.99
22436046--22436234	50	3.8	48	79	5	200	22	26	22	29	1.99
22442087--22442164	30	2.6	30	93	0	129	16	14	32	37	1.89
22442157--22442248	29	3.2	29	84	1	114	20	16	22	40	1.91
22445246--22445324	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22445442--22445894	47	9.7	47	96	2	817	30	29	8	31	1.87
22445442--22445894	233	1.9	234	95	3	815	30	29	8	31	1.87
22445803--22445881	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
22449743--22449934	40	4.8	41	90	2	248	21	22	30	25	1.99
22451767--22452107	40	8.5	40	83	3	366	25	27	22	24	2.00
22452413--22452491	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
22459781--22459853	37	2.0	37	81	2	85	53	20	8	17	1.69
22463965--22464042	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
22463995--22464321	173	1.9	174	94	0	575	30	14	24	31	1.94
22475842--22475919	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
22475872--22476198	173	1.9	174	94	0	575	30	14	24	31	1.94
22483273--22483302	14	2.1	14	93	0	51	0	23	3	73	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22484901--22485018	30	3.9	30	90	0	173	27	23	26	22	1.99
22485151--22485203	26	2.0	26	85	0	70	37	18	22	20	1.94
22485163--22485213	26	2.0	26	84	0	66	35	19	25	19	1.95
22485447--22485612	27	6.2	26	81	10	183	21	15	19	43	1.88
22485442--22485612	54	3.2	54	85	5	231	20	16	20	42	1.89
22485449--22485611	53	3.1	53	85	6	222	20	15	20	42	1.88
22491656--22491706	27	1.9	26	88	4	75	33	25	27	13	1.94
22491837--22491949	54	2.1	54	83	0	136	30	12	17	38	1.87
22491836--22491961	27	4.7	27	77	3	110	29	11	18	41	1.85
22493639--22493734	34	2.8	34	83	0	111	35	23	19	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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