genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  75  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21517467--21517582	54	2.1	54	79	0	124	25	16	25	32	1.96
21519371--21519717	50	6.8	50	81	2	327	23	28	20	27	1.99
21522676--21522759	19	4.4	18	82	8	80	38	8	17	35	1.80
21522678--21522752	19	3.8	19	91	6	123	37	9	16	37	1.80
21522679--21522741	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
21522731--21522776	23	2.0	23	87	8	67	36	4	19	39	1.72
21523190--21523229	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
21523174--21523228	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
21523176--21523227	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
21530510--21530773	88	3.0	88	86	0	357	28	27	23	20	1.99
21530720--21530829	57	1.9	57	90	0	175	31	25	22	20	1.98
21530632--21530918	145	2.0	145	90	1	450	29	27	23	19	1.98
21530777--21531130	88	4.0	88	87	0	492	28	28	24	19	1.98
21530552--21531006	233	2.0	233	87	0	660	29	27	23	20	1.99
21531144--21531331	44	4.3	44	86	2	261	25	19	24	30	1.98
21531656--21531852	44	4.6	44	71	12	124	30	20	20	27	1.98
21531656--21531907	128	2.0	128	82	7	314	30	19	21	28	1.98
21532192--21532235	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
21532191--21532246	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
21532204--21532269	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
21532235--21532279	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
21532441--21532479	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21532683--21532735	15	3.6	15	77	10	56	30	0	1	67	1.01
21541470--21541582	33	3.4	33	93	0	199	16	32	11	38	1.85
21541473--21541603	33	4.2	31	85	5	140	16	32	12	38	1.86
21547932--21548011	30	2.8	28	85	10	101	67	3	2	26	1.20
21547952--21548011	10	6.6	9	77	22	63	68	1	1	28	1.09
21547950--21548060	9	11.7	9	71	18	66	63	2	1	31	1.18
21547950--21548062	19	5.9	19	77	11	79	63	2	1	31	1.18
21548006--21548077	29	2.5	29	84	4	83	61	4	1	33	1.24
21548851--21548903	18	2.9	18	80	0	52	30	9	5	54	1.55
21548861--21548909	18	2.7	18	78	6	55	28	12	6	53	1.62
21549464--21549491	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
21552825--21552867	18	2.4	18	84	7	61	23	4	9	62	1.44
21566353--21566435	27	3.0	26	82	5	76	32	22	12	32	1.91
21566366--21566435	27	2.6	27	88	2	104	31	25	12	30	1.93
21574361--21574457	28	3.5	28	88	5	126	31	26	13	27	1.94
21581769--21581801	13	2.4	14	90	5	50	18	3	0	78	0.87
21587762--21587858	32	3.2	32	65	11	94	32	13	16	37	1.88
21587764--21587884	60	2.0	60	95	0	215	32	14	16	37	1.88
21600146--21600220	27	2.7	27	86	12	100	6	14	42	36	1.72
21601702--21601888	50	3.8	50	79	0	187	27	20	28	23	1.99
21615728--21616020	52	5.7	52	84	2	358	26	11	21	40	1.86
21618263--21618353	34	2.6	36	72	10	100	29	14	23	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21628935--21629152	52	4.2	52	84	2	294	27	11	21	38	1.88
21655080--21655121	22	1.9	23	85	9	61	38	0	21	40	1.53
21661905--21662003	39	2.5	39	88	3	146	44	22	5	28	1.74
21669741--21669785	21	2.1	21	95	0	81	40	4	42	13	1.64
21674710--21674749	18	2.2	18	95	0	71	10	25	30	35	1.88
21675277--21675334	5	11.4	5	85	3	80	0	39	1	58	1.08
21676017--21676158	27	5.3	27	86	0	167	38	26	23	11	1.88
21676508--21676581	28	2.7	28	81	6	89	20	24	22	32	1.98
21678361--21678393	13	2.5	13	95	0	57	54	18	24	3	1.57
21682826--21682888	5	13.0	5	88	6	94	3	34	0	61	1.12
21683586--21683800	27	8.0	27	78	7	177	43	21	19	15	1.87
21683580--21683801	82	2.7	81	79	7	229	43	21	18	16	1.88
21684130--21684236	28	3.8	28	87	2	153	24	24	23	28	2.00
21684127--21684248	56	2.2	56	82	5	149	23	21	22	31	1.98
21684998--21685187	40	4.8	40	88	2	256	19	30	15	34	1.93
21685014--21685119	20	5.3	19	68	20	74	16	33	15	34	1.90
21685948--21686017	30	2.3	31	92	7	126	25	28	20	25	1.99
21687426--21687452	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
21687552--21687837	50	5.7	50	91	0	446	25	22	31	20	1.98
21690783--21690843	21	2.9	21	76	16	63	6	21	0	72	1.07
21690804--21690845	13	3.1	14	83	6	52	4	23	0	71	1.05
21692036--21692180	50	2.9	51	83	4	186	24	15	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21692093--21692175	26	3.2	26	63	27	68	22	14	28	33	1.94
21692177--21692268	45	2.0	45	91	4	150	27	18	22	31	1.97
21692346--21692418	37	1.9	37	84	13	96	42	1	23	32	1.63
21697244--21697277	17	2.0	17	100	0	68	47	0	5	47	1.26
21699265--21699674	213	1.9	213	97	0	775	26	17	18	38	1.92
21701196--21701297	51	2.0	51	100	0	204	43	7	15	33	1.76
21701207--21701288	26	3.2	26	61	22	64	46	7	17	29	1.74
21701894--21701926	16	2.1	16	88	5	50	21	0	3	75	0.93
21701902--21701943	11	3.8	11	84	9	59	21	0	0	78	0.75
21701900--21701942	16	2.6	17	82	14	54	20	0	0	79	0.74
21703352--21703415	33	1.9	34	90	3	103	7	28	6	57	1.51
21703416--21703453	12	3.3	11	89	10	58	2	21	0	76	0.91
21703416--21703464	24	2.1	24	85	11	66	4	22	0	73	1.00
21703433--21703479	23	2.1	22	84	11	60	4	25	0	70	1.05
21705108--21705240	40	3.3	40	84	0	149	33	23	17	25	1.96
21705459--21705535	40	1.9	40	86	0	109	25	18	25	29	1.98
21705265--21705544	154	1.8	154	84	3	384	28	18	22	30	1.97
21705997--21706028	15	2.1	15	94	0	55	21	0	43	34	1.53
21706006--21706074	35	1.9	36	88	2	104	20	0	39	40	1.52
21709318--21709363	17	2.8	17	78	18	53	6	10	6	76	1.16
21710160--21710223	21	2.9	23	77	13	71	39	6	4	50	1.49
21715554--21715597	7	6.4	7	82	12	56	65	0	18	15	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21715558--21715597	13	3.0	13	88	3	53	67	0	17	15	1.23
21715554--21715597	21	2.2	20	91	4	70	65	0	18	15	1.27
21716817--21717061	87	2.8	87	94	0	427	28	24	24	23	2.00
21719189--21719252	21	2.9	23	77	13	71	39	6	4	50	1.49
21719388--21719414	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
21723838--21724022	49	3.8	49	81	7	198	28	22	27	22	1.99
21725046--21725074	10	2.9	10	100	0	58	58	0	10	31	1.31
21725303--21725490	43	4.4	42	78	5	169	28	18	25	28	1.98
21725302--21725462	86	1.9	86	85	2	225	27	17	26	27	1.98
21725310--21725490	86	2.1	86	81	2	202	29	19	24	27	1.98
21725398--21725580	100	1.8	100	83	4	244	27	21	22	28	1.99
21727416--21727493	40	2.0	39	82	12	97	51	12	7	28	1.67
21731918--21732111	51	3.8	50	77	6	176	30	26	17	25	1.97
21731920--21732104	101	1.8	101	87	3	273	30	25	17	26	1.97
21734702--21734828	28	4.5	28	97	0	236	33	27	11	26	1.91
21734704--21734853	28	5.3	28	93	0	147	35	27	10	26	1.89
21737315--21737354	13	3.2	13	96	3	73	22	15	25	37	1.93
21738473--21738527	27	2.0	27	96	0	101	43	0	14	41	1.45
21740303--21740387	16	5.2	16	75	12	75	15	24	2	57	1.50
21740303--21740387	32	2.6	33	81	1	100	15	24	2	57	1.50
21741881--21742552	151	4.3	152	87	5	872	29	11	8	50	1.66
21744002--21744225	40	5.7	40	82	7	233	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21744002--21744226	79	2.8	78	80	6	247	25	28	20	25	1.99
21744157--21744234	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
21752388--21752459	29	2.5	28	86	11	101	27	15	29	27	1.96
21752443--21752747	144	2.1	145	98	0	594	29	15	24	30	1.95
21755202--21755227	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21758310--21758348	20	2.0	20	85	10	53	28	2	2	66	1.18
21760309--21760520	41	5.2	41	88	2	318	28	32	18	20	1.96
21765094--21765269	45	3.9	45	81	0	208	31	18	17	31	1.95
21765088--21765306	90	2.4	90	82	0	267	32	16	17	32	1.93
21772610--21772647	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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