genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  97  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28676587--28676656	32	2.2	33	81	2	79	24	24	22	28	1.99
28697686--28697738	20	2.7	20	75	0	61	13	22	16	47	1.82
28704778--28704928	43	3.6	43	73	10	112	29	17	25	27	1.98
28714717--28714762	5	9.8	5	84	11	62	41	2	15	41	1.59
28716853--28716890	18	2.1	18	85	9	51	28	0	5	65	1.14
28719910--28719936	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28732329--28732401	27	2.6	26	79	12	65	57	5	4	32	1.41
28732349--28732405	30	1.9	30	89	7	89	57	3	3	35	1.33
28732558--28732601	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
28732554--28732605	27	1.9	27	84	0	68	53	0	9	36	1.34
28732514--28732642	61	2.1	61	84	2	161	53	2	10	33	1.49
28732721--28732754	12	2.8	12	90	0	50	61	5	2	29	1.34
28732783--28732807	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28733064--28733121	22	2.6	22	81	7	64	41	17	3	37	1.66
28733091--28733147	21	3.0	20	82	17	68	38	14	7	40	1.73
28733134--28733159	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
28735863--28735972	32	3.4	32	82	6	123	42	9	10	38	1.70
28737707--28737772	21	3.0	22	84	4	71	28	4	31	34	1.78
28739833--28739931	50	2.0	50	88	4	146	19	26	25	29	1.98
28742657--28742707	13	4.0	13	82	2	68	64	0	1	33	1.05
28743222--28743246	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28751893--28751926	16	2.1	16	94	0	59	41	5	26	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28752032--28752078	7	6.9	7	90	2	51	36	6	25	31	1.81
28752040--28752078	7	5.6	7	93	0	60	30	7	28	33	1.85
28752032--28752078	21	2.3	21	85	3	60	36	6	25	31	1.81
28758672--28758787	50	2.3	50	82	2	135	29	25	25	19	1.99
28759148--28761446	472	4.9	472	91	1	3617	32	12	19	35	1.88
28759148--28761446	943	2.4	943	91	1	3678	32	12	19	35	1.88
28765631--28765687	13	4.4	13	80	8	53	26	3	15	54	1.57
28766926--28766989	25	2.6	23	72	13	56	21	14	17	46	1.83
28772585--28772628	22	2.0	22	100	0	88	40	9	22	27	1.84
28773350--28773446	43	2.3	43	85	3	115	26	23	16	32	1.96
28773571--28773961	31	12.7	31	86	3	477	43	16	8	30	1.78
28773571--28773961	92	4.2	92	86	1	507	43	16	8	30	1.78
28773571--28773961	123	3.2	122	87	2	509	43	16	8	30	1.78
28780664--28780732	26	2.7	26	97	0	129	15	18	24	40	1.90
28783167--28783193	11	2.5	11	100	0	54	18	11	22	48	1.79
28783235--28783268	17	2.0	17	88	0	50	5	23	8	61	1.47
28784937--28784964	10	2.8	10	100	0	56	60	7	0	32	1.24
28793570--28793619	24	2.1	23	88	3	73	38	14	14	34	1.85
28798662--28798745	40	2.1	41	84	2	107	29	7	19	44	1.77
28798952--28799049	45	2.2	45	87	5	144	22	16	18	42	1.88
28801790--28801866	22	3.2	22	67	22	64	54	2	7	35	1.43
28805059--28805300	50	4.7	50	77	6	193	25	28	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28817375--28817433	25	2.4	25	79	0	64	33	15	23	27	1.95
28824880--28824935	26	2.2	26	93	3	96	23	23	23	30	1.99
28825300--28825530	27	8.6	27	81	6	265	24	16	19	40	1.90
28826287--28826331	23	1.9	23	82	13	56	48	17	20	13	1.80
28826698--28826751	25	2.2	25	86	6	74	18	46	11	24	1.81
28830004--28830071	34	2.0	35	88	2	102	35	7	13	44	1.71
28830038--28830075	15	2.6	15	83	4	51	31	7	15	44	1.75
28830449--28830490	21	2.0	21	85	0	57	35	21	9	33	1.86
28832320--28832374	26	2.1	26	93	0	92	38	25	18	18	1.93
28832536--28832810	27	10.3	27	85	1	329	16	15	23	44	1.86
28832536--28832810	80	3.4	79	88	2	388	16	15	23	44	1.86
28832537--28832810	107	2.6	108	84	5	349	16	15	23	44	1.86
28840566--28840831	40	6.7	40	92	4	441	21	26	20	31	1.98
28847966--28847992	14	1.9	14	100	0	54	22	3	22	51	1.63
28849160--28849426	40	6.7	40	93	3	450	21	26	20	31	1.98
28853282--28853315	16	2.2	15	89	5	50	47	0	0	52	1.00
28854877--28854911	3	11.7	3	100	0	70	65	0	34	0	0.93
28856578--28856756	43	4.2	42	78	2	160	29	27	17	25	1.98
28856722--28856813	43	2.1	43	82	4	105	21	26	18	33	1.96
28862469--28862497	15	1.9	15	100	0	58	65	6	6	20	1.40
28866427--28866554	48	2.7	48	76	4	141	44	8	28	18	1.79
28877238--28877288	20	2.5	20	87	6	68	33	25	33	7	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28877251--28877336	20	4.3	20	76	5	75	39	19	30	10	1.85
28888847--28888938	19	4.8	19	89	0	148	38	15	10	35	1.82
28888840--28888938	38	2.7	38	92	3	166	37	16	10	36	1.82
28890324--28890377	16	3.4	16	86	0	72	40	3	24	31	1.72
28892325--28892356	15	2.1	15	100	0	64	43	6	12	37	1.68
28904644--28904674	15	2.1	15	100	0	62	51	16	0	32	1.44
28905156--28905325	59	2.9	59	97	0	313	44	9	5	40	1.61
28905336--28905377	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
28908351--28908392	19	2.2	19	86	0	57	47	19	14	19	1.82
28916676--28916709	16	2.1	16	100	0	68	29	5	17	47	1.71
28919007--28921135	531	4.0	531	97	0	4015	40	16	19	24	1.91
28924404--28924559	82	1.9	82	93	0	267	42	21	12	24	1.87
28933138--28933193	26	2.1	28	86	6	80	53	0	21	25	1.46
28935113--28935200	42	2.1	42	93	0	149	21	12	11	54	1.69
28935890--28935997	24	4.6	24	86	6	150	47	2	29	20	1.64
28941289--28941318	14	2.2	14	94	5	53	76	0	0	23	0.78
28944909--28944951	21	2.0	21	81	0	50	25	37	4	32	1.77
28957829--28957934	40	2.7	39	80	4	115	35	20	20	22	1.96
28957993--28958343	41	8.6	41	86	0	441	21	19	26	32	1.97
28963831--28963861	5	6.2	5	100	0	62	80	0	0	19	0.71
28963978--28964180	43	4.7	43	78	1	210	21	19	29	29	1.97
28964023--28964180	85	1.9	85	84	5	212	20	18	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28965706--28965829	9	13.3	9	70	16	65	27	5	2	64	1.28
28968227--28968923	138	5.0	138	89	2	1006	40	8	5	45	1.58
28968227--28968923	278	2.5	276	88	3	1008	40	8	5	45	1.58
28968989--28969021	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
28976300--28976363	27	2.4	27	86	2	85	29	10	17	42	1.83
28980348--28980396	23	2.1	23	92	0	80	48	6	10	34	1.62
28982300--28982347	24	2.0	24	91	0	78	41	12	25	20	1.87
28983393--28983482	33	2.7	33	89	0	117	25	25	17	31	1.97
28986915--28987026	43	2.6	43	77	1	118	30	25	17	25	1.98
28994784--28994925	41	3.5	41	83	1	178	32	19	17	30	1.95
28994784--28994944	82	2.0	82	82	7	202	32	19	18	29	1.95
28997068--28997136	29	2.4	29	95	4	122	34	21	11	31	1.89
28997597--28997675	31	2.5	31	97	0	149	45	22	8	22	1.80
29000615--29000663	24	2.0	24	88	0	71	24	20	18	36	1.94
29000639--29000818	43	4.2	43	86	1	227	31	25	16	26	1.96
29005268--29005315	21	2.3	21	92	0	78	45	10	29	14	1.78
29005398--29005435	19	2.0	19	94	0	67	36	13	36	13	1.83
29007096--29007208	7	15.7	7	72	15	52	44	31	1	22	1.63
29007094--29007164	29	2.4	29	81	4	81	43	35	0	21	1.53
29007112--29007159	15	3.3	15	82	11	55	43	37	0	18	1.51
29007096--29007208	22	5.2	22	74	17	94	44	31	1	22	1.63
29007089--29007208	14	8.4	14	71	15	66	45	30	1	21	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29007308--29007404	14	6.9	14	75	8	81	47	32	0	19	1.50
29007329--29007404	21	3.6	21	73	7	73	51	30	0	18	1.47
29007308--29007404	7	13.7	7	75	10	54	47	32	0	19	1.50
29007420--29007453	17	2.0	17	100	0	68	29	17	23	29	1.97
29007515--29008055	40	13.9	40	67	8	155	27	20	21	30	1.98
29007897--29008066	80	2.1	80	83	3	216	25	18	22	32	1.97
29007897--29008066	40	4.2	40	78	3	180	25	18	22	32	1.97
29010651--29010689	11	3.5	11	82	0	51	38	53	0	7	1.30
29010640--29010689	22	2.3	22	85	0	64	36	54	0	10	1.34
29014079--29014112	11	3.1	11	100	0	68	61	8	0	29	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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