genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  28  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7906113--7906142	16	1.9	16	93	6	53	20	6	13	60	1.55
7906931--7906960	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
7910626--7910660	11	3.1	11	95	4	61	20	34	0	45	1.51
7911288--7911336	21	2.3	21	82	13	64	8	6	12	73	1.24
7911292--7911336	20	2.1	22	88	8	67	6	6	13	73	1.24
7913255--7913280	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
7913349--7913676	111	2.9	111	83	7	378	26	21	25	25	2.00
7913576--7913814	72	3.3	72	79	1	273	27	20	24	28	1.99
7913718--7913939	113	2.0	113	82	1	275	24	20	27	28	1.99
7913939--7913963	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
7914143--7914210	22	3.1	21	77	8	64	17	5	41	35	1.74
7914236--7914295	8	7.9	8	80	10	63	23	1	33	41	1.64
7914230--7914298	15	4.6	15	83	3	86	23	1	31	43	1.63
7914230--7914286	8	7.6	7	79	13	60	26	1	28	43	1.65
7914290--7914468	21	8.6	21	68	12	66	20	2	30	47	1.62
7914388--7914469	14	5.9	14	76	0	65	20	1	32	45	1.59
7914451--7914669	103	2.1	103	93	3	395	27	4	29	38	1.77
7914483--7914647	49	3.3	49	63	17	120	27	4	31	35	1.78
7914586--7914644	24	2.4	24	78	10	66	25	5	37	32	1.78
7914490--7914693	103	2.0	102	83	3	259	30	4	28	35	1.78
7914911--7915221	116	2.7	113	81	9	337	22	15	19	42	1.88
7917569--7917826	9	27.2	9	74	12	196	48	15	1	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7923315--7923368	21	2.6	21	88	5	74	35	18	42	3	1.68
7923915--7923958	22	2.0	22	90	0	70	45	27	18	9	1.79
7927316--7927435	44	2.7	44	76	2	125	23	25	21	30	1.99
7927646--7928056	87	4.7	87	89	1	601	25	23	21	29	1.99
7927773--7927909	43	3.2	42	63	17	100	24	23	24	27	2.00
7929283--7929320	7	5.4	7	81	12	51	13	15	0	71	1.16
7929695--7929762	28	2.3	30	75	7	77	11	11	7	69	1.37
7943839--7943881	13	3.3	13	76	0	50	34	20	18	25	1.96
7949150--7949196	14	3.3	14	85	5	58	42	4	10	42	1.59
7950010--7950049	14	2.9	14	88	0	53	35	7	17	40	1.78
7950033--7950071	20	2.0	20	100	0	78	30	10	15	43	1.80
7951301--7951326	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
7956169--7956262	34	2.8	34	81	0	116	37	28	10	23	1.88
7959815--7959956	73	1.9	77	81	8	177	19	27	19	33	1.96
7965215--7965406	102	1.9	102	88	4	289	26	14	26	33	1.94
7965211--7965400	51	3.7	50	80	4	211	25	14	26	33	1.94
7971294--7971384	47	1.9	47	82	8	114	38	27	14	19	1.91
7978487--7978541	27	2.0	27	89	0	83	38	18	20	23	1.93
7982242--7982287	20	2.3	20	88	7	67	15	23	4	56	1.57
7983959--7984012	6	9.0	6	84	8	56	14	3	9	72	1.24
7983949--7983991	18	2.5	17	88	7	68	11	6	9	72	1.29
7983949--7984010	18	3.5	18	84	6	65	12	6	6	74	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7983977--7984027	6	8.0	6	81	12	57	17	3	3	74	1.12
7985841--7985904	30	2.1	30	88	0	92	23	29	29	17	1.97
7986016--7986111	45	2.1	45	88	0	138	44	23	19	11	1.83
7996454--7996548	46	2.1	44	84	5	127	37	4	22	35	1.73
8002533--8002696	59	2.8	59	80	0	184	32	10	30	26	1.90
8013946--8014033	45	2.0	44	86	2	122	40	12	20	26	1.88
8014869--8015080	105	2.0	105	99	0	415	44	21	8	25	1.80
8027408--8027734	163	2.0	161	89	2	503	36	13	14	35	1.85
8030925--8031041	39	3.0	39	94	1	200	17	3	28	50	1.62
8031678--8031714	13	2.8	13	91	0	65	35	0	8	56	1.29
8031664--8031712	13	3.5	14	83	13	57	36	2	6	55	1.37
8037127--8037468	171	2.0	171	94	1	596	26	22	10	40	1.86
8041628--8041723	43	2.3	42	88	1	138	28	30	18	22	1.98
8041784--8041872	42	2.1	42	83	8	110	34	28	14	22	1.93
8043363--8043435	23	3.2	23	88	7	121	31	24	20	23	1.98
8046801--8046942	43	3.3	43	86	2	187	30	32	14	22	1.94
8047210--8047296	43	2.0	43	88	0	129	44	10	11	33	1.74
8051884--8051921	7	5.4	7	84	12	51	31	36	0	31	1.58
8051884--8051944	21	2.9	21	87	0	77	36	36	0	27	1.57
8052018--8052069	21	2.7	18	85	8	59	53	19	13	13	1.72
8052553--8052837	41	6.9	40	83	6	331	28	28	21	22	1.99
8052553--8052837	82	3.5	82	87	2	394	28	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8052557--8052837	123	2.3	122	86	3	377	28	27	21	22	1.99
8052902--8053011	40	2.8	40	84	4	134	20	23	23	32	1.98
8052920--8053011	40	2.3	40	88	0	139	21	23	22	31	1.98
8053018--8053043	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
8054909--8054968	10	5.7	11	81	15	65	46	5	0	48	1.24
8054904--8054974	20	3.5	20	77	11	74	49	4	1	45	1.30
8054937--8054969	12	2.9	12	86	13	52	42	6	0	51	1.26
8054903--8054974	30	2.4	28	80	17	83	48	4	1	45	1.30
8056486--8056767	41	6.8	41	88	2	402	28	30	20	20	1.98
8056486--8056767	124	2.3	123	88	2	411	28	30	20	20	1.98
8058117--8058199	30	2.7	31	92	5	143	26	14	20	38	1.91
8059051--8059235	95	1.9	95	92	0	307	29	5	25	38	1.78
8064462--8064516	27	2.0	27	100	0	110	21	18	25	34	1.96
8070476--8070519	19	2.4	19	80	3	54	27	6	6	59	1.49
8070692--8070750	18	3.3	18	92	0	100	25	5	23	45	1.73
8070684--8070750	9	7.4	9	84	0	89	25	5	23	44	1.76
8073418--8073522	42	2.5	43	79	4	133	47	16	20	16	1.82
8081521--8081722	51	4.0	51	79	8	205	26	14	25	34	1.94
8087202--8087482	46	6.6	46	83	10	309	28	22	14	34	1.93
8087338--8087444	36	3.0	36	91	0	178	27	19	14	38	1.91
8097237--8097703	229	2.0	229	85	2	623	23	16	19	40	1.91
8098227--8098998	386	2.0	384	95	1	1375	29	14	17	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8104800--8104835	16	2.1	18	90	10	58	55	0	0	44	0.99
8111666--8111769	52	2.0	50	88	3	154	34	13	14	37	1.85
8125593--8125812	44	5.1	44	78	8	209	31	18	21	28	1.97
8134367--8134391	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
8134522--8134583	2	31.0	2	100	0	124	0	50	0	50	1.00
8140492--8140635	31	5.0	31	72	16	121	61	0	1	36	1.05
8140492--8140676	40	4.4	42	85	6	243	62	0	2	35	1.10
8140527--8140571	16	2.8	17	80	10	58	57	0	0	42	0.98
8140529--8140576	15	3.1	15	85	14	62	64	0	0	35	0.94
8140492--8140586	11	8.9	11	68	23	53	58	0	1	40	1.05
8140492--8140676	83	2.2	82	89	2	271	62	0	2	35	1.10
8140610--8140643	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
8144954--8144992	20	2.0	20	84	0	51	84	0	10	5	0.76
8145143--8145177	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
8146195--8146317	57	2.2	57	95	0	219	35	15	26	21	1.94
8147511--8147551	19	2.2	19	86	0	55	31	2	0	65	1.05
8150365--8150423	24	2.6	23	84	7	68	55	3	6	33	1.43
8150377--8150423	24	1.9	25	91	4	78	55	2	6	36	1.37
8154111--8154172	29	2.2	28	82	2	70	24	12	16	46	1.81
8154334--8154688	126	2.8	126	91	2	606	29	16	21	32	1.95
8157802--8157826	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
8157818--8158146	56	5.9	55	86	6	459	47	5	10	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8157809--8158145	110	3.0	110	95	1	584	48	5	10	35	1.62
8158150--8158198	6	8.5	6	84	10	59	18	0	42	38	1.50
8158146--8158939	29	26.6	29	82	12	782	22	0	31	45	1.55
8158146--8158939	58	13.3	58	84	10	906	22	0	31	45	1.55
8158144--8158939	87	8.9	87	83	9	881	22	0	31	45	1.56
8158602--8158662	6	10.5	6	81	8	56	19	0	40	39	1.52
8158584--8158642	18	3.3	18	65	13	50	23	0	33	42	1.55
8158902--8158954	23	2.3	23	90	3	79	26	1	28	43	1.65
8159003--8159051	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
8160138--8160162	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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