genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  25  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7151882--7151937	18	3.1	18	78	17	53	67	3	3	25	1.22
7152200--7152277	25	3.1	26	75	12	81	43	3	1	51	1.28
7154033--7154065	17	1.9	17	88	11	50	30	3	0	66	1.06
7154033--7154065	16	2.0	17	88	5	50	30	3	0	66	1.06
7155215--7155295	11	7.9	11	70	23	61	58	0	2	39	1.12
7155239--7155325	17	4.8	17	69	15	57	62	0	1	36	1.03
7155221--7155313	40	2.3	40	87	8	154	63	0	2	34	1.07
7161675--7161705	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
7163610--7163688	20	3.8	19	70	18	59	62	3	1	32	1.21
7163650--7163690	19	2.2	18	87	12	57	68	2	0	29	1.03
7165057--7165108	23	2.3	23	96	0	95	36	0	13	50	1.42
7165066--7165108	13	3.5	13	75	18	56	37	0	13	48	1.43
7165925--7165978	17	3.0	17	81	8	54	35	7	0	57	1.27
7171152--7171195	23	1.9	23	100	0	88	34	18	27	20	1.96
7172704--7172778	23	3.3	23	90	0	123	40	1	10	48	1.46
7173581--7173624	17	2.4	19	88	11	65	29	4	2	63	1.26
7177310--7177403	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
7184798--7184843	25	1.9	24	82	8	58	19	2	10	67	1.31
7185606--7185659	26	2.1	26	100	0	108	46	14	20	18	1.84
7190613--7190642	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
7191016--7191049	6	5.7	6	100	0	68	52	0	47	0	1.00
7193143--7193239	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7194439--7194476	20	2.0	20	89	5	60	34	0	39	26	1.57
7194509--7194545	20	1.9	18	89	10	56	43	0	32	24	1.55
7194462--7194597	54	2.6	54	83	5	161	43	0	31	25	1.55
7194567--7194620	19	2.8	19	80	11	65	46	0	24	29	1.53
7212301--7212467	81	2.1	81	98	0	325	43	19	10	25	1.83
7216165--7216194	14	2.1	15	93	6	53	20	6	20	53	1.67
7216330--7216397	25	2.7	25	81	0	82	44	1	14	39	1.55
7222875--7222931	22	2.6	23	80	8	73	40	19	26	14	1.89
7222875--7222955	22	3.5	22	75	8	65	39	19	25	14	1.90
7222923--7222978	25	2.2	25	87	0	76	37	21	25	16	1.93
7223940--7223968	5	5.8	5	100	0	58	41	17	0	41	1.49
7225013--7225052	19	2.1	19	86	9	55	55	2	0	42	1.13
7227952--7227998	15	3.1	15	76	11	51	38	4	0	57	1.18
7230590--7230633	22	2.0	22	81	0	52	4	15	25	54	1.60
7233957--7233995	14	2.7	15	84	8	53	20	10	15	53	1.70
7240208--7240247	21	1.9	21	100	0	80	30	20	17	32	1.95
7244857--7244907	4	12.8	4	79	8	59	23	5	27	43	1.77
7244859--7244905	12	3.9	12	88	0	76	23	6	27	42	1.78
7246117--7246241	62	2.0	62	100	0	250	16	24	23	36	1.94
7249160--7249249	34	2.5	37	77	8	98	42	15	17	24	1.88
7249193--7249356	36	4.5	35	70	14	100	40	15	19	25	1.90
7248984--7249608	218	2.9	216	84	2	774	41	12	20	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7249092--7249389	39	8.1	36	70	11	117	40	13	19	25	1.89
7248984--7249571	109	5.4	109	83	0	683	41	12	19	26	1.88
7249522--7249636	36	3.2	36	74	4	126	40	13	19	26	1.88
7249578--7249691	55	2.1	55	91	0	183	38	11	21	28	1.88
7259318--7259346	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
7274877--7275015	68	2.0	68	84	7	179	42	3	6	47	1.46
7277569--7277630	22	2.9	22	83	4	74	27	0	9	62	1.26
7283540--7283583	24	1.9	22	95	4	70	18	20	13	47	1.82
7283547--7283601	24	2.3	24	84	6	67	21	20	14	43	1.87
7284861--7284949	23	4.0	22	73	17	78	17	7	22	51	1.71
7284899--7285056	34	4.5	35	63	18	85	21	7	24	46	1.77
7284855--7285084	107	2.1	107	99	0	451	24	6	24	43	1.78
7289113--7289251	44	3.1	44	71	17	149	46	2	2	47	1.32
7289064--7289215	47	3.3	47	72	15	172	45	2	3	48	1.32
7289049--7289364	47	7.3	44	66	24	147	46	3	2	47	1.33
7289172--7289326	75	2.0	78	92	3	262	47	2	2	47	1.29
7289252--7289305	15	3.9	15	72	16	53	48	0	1	50	1.11
7289049--7289255	91	2.3	91	97	0	389	45	2	3	47	1.34
7289049--7289297	91	2.7	91	90	4	353	46	2	3	48	1.31
7289172--7289358	75	2.5	74	86	7	227	46	2	2	48	1.28
7289357--7289765	61	6.9	57	66	20	214	44	2	5	47	1.40
7289416--7289726	61	5.2	61	69	12	264	43	2	6	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7289587--7289621	18	2.0	17	88	5	52	48	2	0	48	1.16
7289707--7289741	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7289346--7289765	120	3.5	120	97	0	761	44	2	5	47	1.39
7300097--7300146	22	2.5	22	87	12	72	74	0	8	18	1.06
7307205--7307264	29	2.0	32	83	9	81	16	25	8	50	1.73
7316047--7316244	90	2.2	93	85	4	260	39	21	9	30	1.84
7316314--7316421	10	11.8	9	66	17	53	55	0	0	42	1.12
7316315--7316354	10	4.1	10	83	3	55	57	0	0	42	0.98
7316299--7316420	46	2.7	43	75	13	120	57	0	1	40	1.14
7316363--7316431	35	1.9	36	85	2	95	59	2	1	36	1.21
7316690--7316716	10	2.7	10	100	0	54	44	0	0	55	0.99
7316743--7316806	29	2.2	29	84	13	80	34	3	1	60	1.22
7316858--7317037	86	2.1	87	86	5	249	32	8	21	36	1.85
7320306--7320351	19	2.3	20	82	17	60	73	6	0	19	1.04
7320886--7320918	10	3.3	10	84	16	50	24	0	3	72	0.98
7328333--7328383	26	1.9	26	88	4	75	45	9	9	35	1.71
7329918--7329966	25	1.9	25	87	4	71	32	2	16	48	1.57
7335492--7335524	16	2.1	16	94	0	57	6	15	15	63	1.49
7337777--7337845	33	2.1	33	88	0	102	34	1	13	50	1.50
7337871--7337905	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
7338071--7338160	45	2.0	45	86	2	128	34	27	5	32	1.80
7338139--7338198	16	3.8	16	93	0	102	26	36	1	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7338139--7338201	32	2.0	32	96	0	117	26	36	1	34	1.67
7340372--7340424	16	3.3	16	76	10	63	35	24	5	33	1.79
7340614--7340697	41	2.1	41	88	2	125	34	22	17	25	1.96
7341622--7341656	12	2.9	12	84	16	54	0	17	0	82	0.66
7341621--7341689	33	2.3	28	82	12	75	1	15	7	75	1.09
7341714--7341752	20	2.0	20	85	10	53	33	2	0	64	1.08
7348931--7348997	12	5.6	13	73	16	56	44	0	4	50	1.22
7348928--7348972	17	2.6	17	86	10	56	44	0	2	53	1.13
7352459--7352485	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7362204--7362241	19	2.0	19	89	0	58	68	15	10	5	1.36
7362806--7362854	21	2.3	21	83	13	57	34	0	4	61	1.15
7364489--7364579	24	3.6	25	79	7	87	58	2	1	38	1.18
7364643--7364697	24	2.2	25	84	9	69	1	65	1	30	1.13
7367515--7367565	3	16.7	3	91	4	84	31	0	1	66	1.03
7370033--7370078	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
7370876--7370900	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
7372551--7372712	41	4.0	41	91	1	245	28	20	27	22	1.99
7372548--7372747	41	4.9	41	88	1	240	30	20	26	23	1.99
7375627--7375696	20	3.1	22	82	14	81	34	2	0	62	1.10
7375651--7375718	26	2.3	30	85	14	90	41	1	0	57	1.08
7375640--7375696	10	5.5	10	79	8	60	33	1	0	64	1.04
7375613--7375725	11	9.6	11	70	18	77	37	3	0	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7376052--7376080	10	2.7	11	89	10	51	86	0	13	0	0.58
7377313--7378633	661	2.0	658	93	1	2279	28	18	23	29	1.98
7377313--7378579	132	9.6	132	95	0	2241	28	18	23	29	1.98
7379823--7379858	3	11.7	3	88	5	54	30	0	5	63	1.17
7382421--7382459	19	2.1	19	100	0	78	41	25	5	28	1.77
7388787--7388879	35	2.6	35	79	1	114	15	9	30	45	1.78
7389557--7389631	19	3.8	19	91	6	123	37	9	16	37	1.80
7389558--7389620	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
7389622--7389664	22	1.9	23	85	4	61	37	4	11	46	1.61
7389756--7389788	13	2.5	14	90	9	52	63	0	36	0	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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