genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  6  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1595277--1595855	241	2.4	242	80	5	626	46	7	9	35	1.65
1603756--1604137	187	2.0	186	92	0	638	29	11	15	43	1.83
1604767--1604850	40	2.1	40	88	4	125	13	16	26	44	1.84
1619511--1619559	22	2.4	21	83	12	66	69	0	6	24	1.11
1623811--1623869	14	4.1	14	71	18	50	42	0	0	57	0.98
1623814--1623881	28	2.4	27	78	9	73	39	0	1	58	1.07
1623823--1623882	29	2.1	28	84	3	75	36	0	1	61	1.06
1638080--1638119	13	2.9	14	82	17	57	55	0	0	45	0.99
1641557--1641599	21	2.1	20	83	12	52	72	0	2	25	0.97
1644015--1644075	11	5.6	11	88	3	97	70	1	0	27	0.97
1644008--1644081	22	3.4	21	82	10	96	67	2	0	29	1.04
1645119--1645156	15	2.4	17	82	13	53	39	18	2	39	1.65
1653458--1653491	14	2.4	14	90	0	50	29	0	5	64	1.17
1657513--1657578	26	2.5	26	90	0	105	42	19	13	24	1.87
1657778--1657977	99	2.0	99	96	0	364	39	7	6	47	1.56
1667606--1667645	20	2.0	20	90	0	62	2	27	0	70	1.01
1669275--1669341	11	6.4	11	75	18	54	35	2	0	61	1.12
1669258--1669349	40	2.3	39	92	3	166	32	2	0	65	1.05
1669284--1669355	29	2.4	31	84	11	96	37	2	0	59	1.12
1669324--1669362	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
1671601--1671631	7	4.4	7	100	0	62	58	0	0	41	0.98
1680030--1680681	216	3.0	216	97	0	1205	40	12	13	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1682021--1682430	206	2.0	205	90	0	640	40	20	15	24	1.90
1692360--1692386	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
1701519--1701553	15	2.2	16	90	5	54	54	0	0	45	0.99
1704862--1704891	10	2.9	10	95	5	51	50	6	3	40	1.45
1708080--1708218	57	2.3	59	85	9	176	30	22	24	22	1.99
1708352--1708547	67	2.9	67	92	1	313	24	19	29	27	1.98
1713636--1713669	7	4.9	7	100	0	68	44	0	0	55	0.99
1713636--1713676	21	2.0	21	90	0	64	48	0	0	51	1.00
1714283--1714312	7	4.3	7	95	0	51	23	0	3	73	0.98
1721310--1721350	19	2.2	18	86	4	55	29	0	4	65	1.13
1730033--1730429	210	1.9	211	88	1	600	37	14	17	30	1.89
1736187--1736247	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
1736474--1736543	26	2.8	25	82	4	95	35	25	7	31	1.83
1736476--1736537	13	4.8	13	78	2	63	37	25	8	29	1.85
1736474--1736543	13	5.5	12	72	11	59	35	25	7	31	1.83
1747747--1747808	30	2.1	29	87	3	88	33	17	17	30	1.94
1761011--1761048	20	1.9	20	88	0	58	55	21	0	23	1.44
1764867--1765201	46	7.6	46	85	8	430	34	14	21	29	1.93
1764903--1765020	36	3.0	36	82	14	128	35	14	21	28	1.92
1769945--1769971	6	4.5	6	100	0	54	62	0	18	18	1.32
1771567--1771634	30	2.3	30	85	10	86	45	14	13	26	1.82
1774928--1775000	30	2.3	31	83	6	94	27	16	34	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1778082--1778117	18	2.0	18	100	0	72	50	11	11	27	1.72
1779280--1779380	29	3.5	29	89	2	132	21	13	20	43	1.87
1783423--1783456	17	2.0	17	94	0	59	41	0	14	44	1.45
1787164--1787202	17	2.3	17	86	8	53	46	35	12	5	1.65
1788919--1788953	17	2.1	17	89	10	54	20	2	5	71	1.19
1793548--1793586	19	2.1	19	85	9	53	43	2	0	53	1.14
1802690--1802753	28	2.3	28	78	7	69	14	9	4	71	1.27
1802760--1802830	22	3.1	23	82	7	74	38	2	0	59	1.12
1802760--1802866	23	4.4	23	75	16	74	42	2	0	54	1.15
1802824--1802892	31	2.2	33	84	5	88	42	5	0	52	1.25
1802824--1802904	31	2.5	31	76	8	72	39	4	1	54	1.30
1802945--1802996	22	2.3	21	81	12	59	42	3	3	50	1.39
1806177--1806225	22	2.2	22	77	0	53	14	12	4	69	1.33
1806533--1806575	22	2.0	22	90	0	68	51	0	0	48	1.00
1806517--1806614	35	2.7	35	90	4	151	51	1	0	47	1.07
1806569--1806643	23	3.4	21	76	10	69	50	2	0	46	1.15
1806696--1806777	21	3.7	22	76	12	78	54	2	1	41	1.21
1806708--1806777	23	3.1	21	80	11	68	57	2	1	38	1.23
1806746--1806771	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
1806783--1806822	17	2.4	17	86	0	53	77	5	5	12	1.09
1807440--1807512	38	1.9	38	82	0	92	57	0	1	41	1.07
1813790--1813891	51	2.0	51	100	0	204	39	13	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1815052--1815805	89	8.5	89	88	1	1039	26	24	18	29	1.98
1816766--1816790	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
1817153--1817197	7	6.3	7	82	12	56	15	17	0	66	1.25
1817162--1817209	21	2.3	21	78	7	53	14	16	2	66	1.34
1822626--1822667	17	2.5	17	100	0	84	40	23	26	9	1.85
1823893--1823931	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
1826965--1827002	20	1.9	20	94	0	67	52	2	0	44	1.14
1826965--1827009	20	2.2	20	88	0	63	55	4	0	40	1.20
1826977--1827053	28	2.6	28	78	11	75	54	2	0	42	1.14
1826955--1827049	20	4.8	20	71	21	58	53	4	1	41	1.27
1829071--1829110	19	2.0	21	85	9	57	7	30	10	52	1.62
1836288--1836415	28	4.6	28	85	5	152	32	21	16	29	1.95
1836310--1836414	55	1.9	55	88	0	156	34	21	17	26	1.95
1842055--1842180	59	2.1	59	98	0	243	53	7	5	32	1.53
1849286--1849642	105	3.4	104	89	4	524	31	19	20	29	1.97
1849630--1849941	106	2.8	109	81	11	368	30	20	18	31	1.96
1857592--1857646	25	2.2	24	90	9	85	56	3	3	36	1.34
1861449--1861521	38	1.9	38	83	5	94	35	1	5	57	1.30
1861449--1861520	37	1.9	39	83	8	96	34	1	5	58	1.30
1865197--1865308	40	2.9	37	73	12	102	27	18	22	31	1.97
1868784--1868968	40	4.7	40	91	1	282	18	31	17	31	1.95
1868784--1868968	79	2.3	80	88	0	282	18	31	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1871779--1871884	42	2.5	42	81	4	115	28	27	18	25	1.98
1872882--1872926	19	2.4	19	100	0	90	40	17	8	33	1.81
1874429--1874475	24	2.0	24	91	0	76	38	19	25	17	1.92
1874496--1874568	26	2.9	24	82	9	83	35	19	26	19	1.95
1877263--1877320	23	2.5	23	77	0	62	60	0	10	29	1.30
1894338--1894382	16	2.8	16	80	12	56	48	0	2	48	1.13
1898668--1898696	8	3.6	8	100	0	58	10	13	24	51	1.72
1907693--1907799	17	5.7	17	70	18	61	37	0	0	61	1.02
1907749--1907797	21	2.3	20	90	10	80	34	0	0	65	0.93
1907709--1907810	32	3.3	32	73	13	122	38	0	0	60	1.03
1912728--1912753	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
1912727--1912798	20	3.6	20	77	17	62	50	1	4	44	1.30
1914264--1914290	11	2.5	11	100	0	54	14	0	22	62	1.31
1914527--1914560	4	8.5	4	100	0	68	26	0	23	50	1.50
1918477--1918549	21	3.5	20	74	10	58	19	21	13	45	1.85
1919200--1919247	12	4.3	12	75	17	50	60	0	2	37	1.09
1919228--1919330	10	10.9	10	68	25	73	63	0	0	36	0.95
1919231--1919338	17	6.5	17	77	21	113	64	0	0	35	0.94
1919207--1919338	28	4.6	28	78	19	139	63	0	0	35	1.00
1919232--1919349	27	4.3	27	71	23	102	66	0	0	33	0.92
1919271--1919388	41	3.1	38	84	11	152	66	0	0	31	1.03
1926762--1926814	21	2.5	22	81	3	63	32	1	5	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1926785--1926830	14	3.2	15	82	14	53	26	0	6	67	1.15
1928584--1928625	22	1.9	22	85	0	57	71	7	7	14	1.29
1928898--1928948	14	3.8	13	75	17	50	49	21	1	27	1.60
1928983--1929027	20	2.1	21	84	8	56	48	2	0	48	1.13
1929577--1929611	5	6.8	5	87	6	52	2	22	0	74	0.95
1934506--1934593	41	2.1	41	91	0	140	34	15	20	29	1.94
1938002--1938067	26	2.5	27	87	9	100	39	21	24	15	1.91
1939913--1939948	14	2.5	14	95	4	63	38	0	0	61	0.96
1946516--1946584	29	2.4	29	83	13	81	42	1	4	52	1.30
1947467--1947505	19	2.1	19	85	9	53	43	2	0	53	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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