genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  3  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672073--672099	13	2.1	13	100	0	54	70	7	7	14	1.32
674589--674688	50	2.0	47	80	14	105	54	9	7	30	1.58
681575--681618	13	3.1	14	80	9	54	47	0	0	52	1.00
684904--684956	27	2.0	27	96	0	97	7	35	15	41	1.75
685703--685806	41	2.5	41	86	6	147	0	32	0	67	0.91
685736--685832	4	24.0	4	74	19	69	1	30	0	68	0.97
685682--685827	77	1.9	76	82	9	181	0	32	0	66	0.97
686003--686043	22	1.9	21	100	0	73	51	0	9	39	1.35
690887--690927	21	1.9	22	85	5	57	7	46	4	41	1.53
707491--707518	10	2.8	10	100	0	56	67	0	0	32	0.91
713206--713408	46	4.3	48	87	7	256	35	14	21	28	1.93
713140--713408	98	2.7	98	92	0	448	34	14	22	28	1.94
713372--713517	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
715134--715172	19	2.1	19	85	0	51	61	0	0	38	0.96
719753--719846	32	3.0	31	69	13	84	42	3	5	48	1.41
719717--719846	68	2.0	67	86	6	185	42	4	4	48	1.44
722075--722153	31	2.6	30	79	15	90	51	6	17	24	1.68
729835--729883	25	2.0	25	87	0	71	42	2	0	55	1.11
730184--730232	26	2.0	24	84	8	62	55	2	8	34	1.41
731688--731741	26	2.1	25	96	3	99	29	0	0	70	0.88
731688--731748	26	2.4	26	89	8	90	34	1	0	63	1.04
731934--731989	26	2.1	27	96	3	105	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731899--731990	38	2.4	39	72	7	98	31	1	0	67	0.98
731934--731996	26	2.4	27	89	7	94	34	1	0	63	1.04
731609--732370	238	3.1	248	93	2	1284	25	17	18	38	1.93
732157--732228	27	2.7	26	89	10	110	27	0	0	72	0.85
733244--733305	32	2.0	31	81	15	74	29	0	3	67	1.06
737947--738111	89	1.9	89	85	0	231	33	16	15	33	1.91
750511--750553	4	10.8	4	100	0	86	51	25	0	23	1.49
755018--755049	12	2.8	12	95	4	57	62	0	0	37	0.95
755075--755128	26	2.0	28	89	7	85	55	7	0	37	1.28
764028--764114	32	2.8	32	79	8	83	41	4	5	48	1.48
766321--766438	51	2.3	51	86	0	164	44	5	14	35	1.67
769494--769582	45	2.0	45	82	4	108	21	31	5	41	1.76
791082--791108	12	2.2	12	100	0	54	40	44	7	7	1.60
797785--797811	12	2.2	12	100	0	54	40	44	7	7	1.60
803162--803187	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
803148--803213	30	2.2	31	83	2	80	65	0	0	34	0.93
808133--808200	30	2.3	31	82	12	81	29	2	8	58	1.43
808150--808192	23	1.9	22	85	4	59	23	2	6	67	1.27
818085--818119	11	3.1	11	88	8	52	45	25	0	28	1.54
819904--819929	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
821070--821134	32	2.0	32	100	0	130	27	12	9	50	1.70
828809--828849	20	2.2	19	86	8	57	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830627--830761	69	2.0	69	86	2	191	37	19	13	29	1.90
834726--834765	21	1.9	21	85	10	55	37	0	2	60	1.11
836789--836813	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
836774--836832	30	2.0	30	83	3	75	28	5	0	66	1.13
837397--837446	9	5.1	10	80	7	50	66	2	2	30	1.14
837436--837503	28	2.4	29	74	16	72	58	4	2	33	1.33
837465--837523	21	2.9	21	73	14	61	59	1	1	37	1.18
838192--838285	17	5.1	18	72	16	59	37	1	3	58	1.21
838188--838336	30	5.2	29	69	22	93	36	0	3	59	1.19
838218--838268	18	2.7	19	80	17	54	39	1	1	56	1.22
838240--838300	20	3.0	20	79	9	59	34	0	4	60	1.18
838267--838308	20	2.0	21	86	4	59	28	0	7	64	1.20
838333--838364	11	3.1	11	91	8	50	31	0	0	68	0.90
838333--838391	20	3.0	20	78	12	59	27	1	1	69	1.07
846383--846425	20	2.2	20	95	0	77	44	0	11	44	1.40
850293--850335	22	2.0	22	90	0	68	37	25	18	18	1.94
852144--852179	17	2.0	18	89	10	56	22	0	2	75	0.94
854512--854550	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
855946--855979	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
855929--855988	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
861404--861428	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
867211--867297	30	2.8	31	81	6	88	43	12	11	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870462--870495	18	1.9	17	88	5	50	58	0	17	23	1.38
871751--871782	7	4.6	7	92	0	55	31	0	25	43	1.55
878602--878649	24	2.0	25	83	4	62	39	0	0	60	0.97
879118--879236	60	2.0	60	93	0	202	33	0	12	52	1.45
879956--879996	21	1.9	22	85	5	57	21	14	2	60	1.45
882493--882530	15	2.5	15	87	8	51	63	2	0	34	1.09
884145--884178	12	2.9	12	86	4	52	29	23	0	47	1.52
884701--884743	6	6.8	6	84	10	50	13	0	51	34	1.42
884997--885047	22	2.4	21	78	15	52	54	17	0	27	1.43
886661--886731	29	2.3	29	83	9	88	35	9	2	52	1.49
903940--903997	30	2.0	28	86	6	80	43	6	1	48	1.40
912095--912129	14	2.5	15	86	13	56	40	5	2	51	1.40
916029--916272	122	2.0	122	95	0	434	24	19	17	38	1.93
918673--918793	44	2.7	45	87	2	181	27	19	17	36	1.94
918867--918906	21	1.9	21	89	0	62	35	20	17	27	1.95
922738--922807	28	2.5	28	78	17	74	38	1	0	60	1.06
924498--924525	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
928790--928906	44	2.6	45	85	8	166	29	19	15	35	1.93
928978--929017	21	1.9	21	89	0	62	35	20	17	27	1.95
929803--929832	4	7.5	4	100	0	60	53	0	0	46	1.00
935472--935574	41	2.5	41	93	0	170	49	5	22	22	1.71
935541--935612	24	3.0	24	91	2	108	52	6	23	16	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936872--937037	55	3.0	55	84	0	224	27	24	22	25	2.00
936888--937056	55	3.1	55	83	0	167	26	24	24	24	2.00
938537--938698	46	3.6	46	92	2	258	33	14	23	28	1.94
940400--940642	48	5.1	48	87	0	288	34	17	20	27	1.95
940398--940642	96	2.5	95	84	1	319	34	17	20	26	1.95
944758--944783	3	8.7	3	100	0	52	0	34	30	34	1.58
946482--946515	17	2.1	17	94	5	61	38	0	0	61	0.96
947425--947472	22	2.2	22	84	0	60	72	4	0	22	1.01
974779--974842	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
974797--974850	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
974780--974850	36	2.0	36	97	0	133	46	15	12	25	1.81
979607--979699	48	1.9	48	91	0	150	43	20	11	24	1.85
979895--979958	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
979913--979966	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
979896--979966	36	2.0	36	97	0	133	46	15	12	25	1.81
982267--982424	43	3.7	42	76	10	153	25	17	26	30	1.97
986244--986276	4	8.2	4	87	12	50	72	0	0	27	0.85
986265--986490	76	2.9	76	86	6	71	60	1	1	36	1.16
986208--986593	154	2.6	150	85	8	507	59	1	2	37	1.18
986244--986593	78	4.6	77	84	7	423	59	1	2	36	1.20
986208--986559	18	18.8	18	71	20	165	59	1	1	37	1.16
986833--986871	4	9.8	4	88	0	51	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986829--986872	12	3.3	12	80	20	52	0	22	0	77	0.77
989416--989505	27	3.2	27	76	11	90	42	6	13	37	1.70
989417--989507	31	3.3	26	75	15	83	42	6	13	37	1.70
989855--989915	12	5.4	12	73	21	53	49	0	1	49	1.10
989836--989928	34	2.5	38	75	21	106	50	1	1	47	1.15
989847--989939	34	2.6	37	80	16	115	50	0	2	47	1.13
990290--990327	19	2.0	19	85	10	51	21	5	0	73	1.02
990746--990786	21	2.0	21	85	9	57	68	0	19	12	1.21
991295--991336	16	2.7	16	81	3	50	66	2	14	16	1.35
1003549--1003613	32	2.0	32	100	0	130	27	18	10	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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