genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  83  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23836577--23836695	44	2.7	43	82	6	150	23	16	30	29	1.96
23839951--23840011	20	3.0	21	70	18	58	8	19	0	72	1.10
23839949--23840007	16	3.8	15	72	16	57	5	18	0	76	0.97
23839927--23839995	26	2.7	25	81	16	79	5	18	1	73	1.10
23841754--23841944	96	2.0	96	92	0	319	22	26	16	35	1.95
23843265--23843307	23	1.9	23	95	4	79	48	11	4	34	1.60
23845249--23845312	32	2.0	32	100	0	128	43	28	6	21	1.77
23847052--23847097	14	3.2	14	84	3	56	63	0	34	2	1.07
23847248--23847480	19	12.2	19	69	20	121	31	1	12	54	1.45
23847250--23847316	22	3.2	22	85	10	95	28	1	10	59	1.39
23847248--23847480	41	5.5	41	69	18	183	31	1	12	54	1.45
23847179--23847413	102	2.3	100	82	10	264	30	1	12	55	1.45
23847368--23847464	49	2.0	49	91	0	158	30	1	11	56	1.41
23847521--23847642	60	2.0	60	87	3	174	31	0	13	54	1.46
23847676--23847756	37	2.2	37	95	2	144	54	3	2	39	1.32
23847808--23848054	122	2.0	122	96	0	449	34	6	10	48	1.64
23848133--23848183	16	3.3	15	78	8	57	60	5	0	33	1.21
23848218--23848298	37	2.2	38	95	2	146	41	2	1	54	1.21
23848332--23848453	60	2.0	60	87	3	174	54	13	0	31	1.46
23848468--23848634	8	20.4	8	67	20	87	50	14	0	34	1.47
23848494--23848769	19	15.2	19	68	23	109	54	12	0	32	1.40
23848494--23848666	27	6.8	27	87	10	258	53	13	0	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23848441--23848769	49	6.6	49	75	12	303	54	13	0	31	1.43
23848701--23848767	22	3.2	22	87	8	95	59	10	1	28	1.39
23848836--23848861	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
23864350--23864400	19	2.7	18	81	6	57	31	1	0	66	1.03
23866898--23867182	47	6.1	47	92	0	446	32	9	29	28	1.89
23867301--23867379	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23870059--23870119	18	3.4	18	95	0	104	22	24	9	42	1.84
23871425--23871569	10	15.5	10	64	18	55	64	0	2	33	1.10
23871441--23871570	19	6.8	19	71	13	79	61	0	2	35	1.14
23871439--23871494	29	1.9	29	82	7	69	60	0	1	37	1.07
23871426--23871570	9	15.7	9	68	16	91	63	0	2	33	1.11
23871442--23871569	39	3.3	40	79	16	119	62	0	2	34	1.13
23871425--23871580	20	8.3	19	72	14	74	64	1	2	32	1.15
23871844--23871935	19	4.7	19	74	14	73	36	1	1	60	1.11
23871825--23871946	10	12.6	9	70	19	68	33	1	1	63	1.14
23873718--23873743	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
23881786--23881862	40	1.9	40	91	0	127	23	25	27	23	2.00
23883861--23883927	30	2.2	30	82	7	82	26	32	11	28	1.92
23889789--23889846	29	2.0	29	83	6	73	58	6	29	5	1.46
23899079--23899131	27	2.0	27	96	0	97	20	9	7	62	1.50
23899236--23899260	8	3.1	8	100	0	50	60	0	0	40	0.97
23899466--23899501	17	2.1	17	100	0	72	36	5	5	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23902194--23902252	24	2.5	24	94	0	100	42	0	27	30	1.56
23902293--23902401	37	3.0	36	91	1	164	35	4	11	47	1.61
23902302--23902399	17	5.4	17	65	13	52	34	3	12	50	1.55
23902406--23902578	9	18.6	9	83	7	202	23	8	31	35	1.85
23902406--23902578	29	6.2	27	86	5	202	23	8	31	35	1.85
23902641--23902701	28	2.2	28	78	0	68	39	8	16	36	1.78
23903309--23903353	11	4.1	11	85	8	65	28	15	8	46	1.76
23910751--23910890	57	2.5	57	84	3	176	36	19	2	42	1.63
23913563--23913608	5	9.8	5	86	13	55	78	0	21	0	0.76
23913849--23913897	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
23914293--23914420	43	3.0	43	89	3	197	51	3	20	25	1.62
23916113--23916150	18	2.1	19	90	5	60	50	0	2	47	1.15
23921234--23921292	29	2.0	30	86	3	84	50	13	5	30	1.63
23921743--23921777	3	11.7	3	100	0	70	65	0	34	0	0.93
23924430--23924462	17	1.9	17	93	0	57	15	3	3	78	0.99
23929128--23929262	68	2.0	69	88	1	200	49	5	3	41	1.43
23932007--23932104	49	2.0	49	92	4	162	30	19	7	42	1.78
23935058--23935108	25	2.0	25	100	0	102	37	23	11	27	1.90
23936010--23936051	17	2.5	17	84	3	50	26	21	14	38	1.91
23940745--23941259	47	11.0	47	97	0	899	32	8	29	29	1.87
23941429--23941507	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23943388--23943461	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23947246--23947724	48	10.1	47	89	7	675	32	8	30	29	1.87
23947246--23947724	143	3.4	141	88	8	711	32	8	30	29	1.87
23947912--23947985	36	2.0	37	89	2	114	22	18	32	25	1.97
23953871--23954469	47	13.0	47	88	10	839	31	8	30	29	1.87
23953981--23954054	23	3.2	23	64	21	64	32	5	31	31	1.80
23953871--23954468	93	6.5	92	89	9	834	31	8	30	29	1.87
23953871--23954468	140	4.3	139	89	7	850	31	8	30	29	1.87
23956708--23956781	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
23957091--23957247	40	3.9	40	78	7	140	26	22	26	24	2.00
23960638--23961297	47	14.1	47	96	0	1099	31	8	31	28	1.88
23961416--23961494	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
23963298--23963392	46	2.1	45	84	9	122	38	18	17	24	1.92
23963309--23963392	22	3.8	22	69	16	57	38	19	17	25	1.93
23989853--23989946	47	2.0	47	83	4	118	39	12	8	39	1.74
23992032--23992086	25	2.2	25	84	9	69	12	30	18	38	1.88
23992148--23992272	26	5.0	26	78	11	102	18	24	21	36	1.95
23992222--23992269	23	2.1	23	88	0	69	16	29	22	31	1.96
23992208--23992345	73	1.9	73	85	5	190	19	26	22	31	1.98
23997929--23998213	29	10.1	29	73	11	139	24	16	20	38	1.93
24004366--24004409	18	2.3	19	85	14	56	61	2	4	31	1.28
24006877--24007118	121	2.0	121	99	0	475	30	18	23	26	1.98
24014215--24014254	21	2.0	19	85	9	53	27	0	17	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24027446--24027531	40	2.2	40	85	4	111	31	18	27	22	1.97
24027469--24027551	20	4.2	20	67	11	62	25	19	32	22	1.97
24034049--24034199	40	3.8	40	83	0	185	32	15	30	21	1.95
24034127--24034185	20	3.0	19	68	7	55	33	15	28	22	1.94
24038027--24038273	56	4.6	54	82	7	240	25	18	29	26	1.98
24038075--24038275	50	3.9	50	83	3	222	25	19	29	24	1.99
24038075--24038275	100	2.0	100	84	5	258	25	19	29	24	1.99
24048994--24049026	17	1.9	17	93	0	57	21	30	36	12	1.90
24055265--24055311	17	2.8	17	87	3	60	51	14	14	19	1.77
24057598--24057631	14	2.3	15	90	5	52	50	5	0	44	1.26
24068683--24068737	25	2.2	24	83	3	65	32	18	27	21	1.96
24075125--24075883	376	2.0	375	98	0	1482	26	22	13	37	1.92
24078169--24078222	25	2.2	24	83	3	63	33	14	25	25	1.95
24081942--24082071	51	2.5	51	94	0	224	23	19	25	31	1.98
24082097--24082146	26	1.9	26	95	0	91	16	22	32	30	1.95
24082125--24082403	33	7.8	33	67	25	113	21	18	26	33	1.96
24082094--24082321	102	2.2	102	94	0	395	20	17	28	34	1.95
24082260--24082372	42	2.7	43	90	2	167	23	17	26	31	1.97
24086796--24087035	49	4.7	49	75	12	166	22	26	22	28	1.99
24094192--24094221	15	2.0	15	100	0	60	46	20	6	26	1.75
24095820--24095897	39	2.0	39	100	0	156	35	15	23	25	1.94
24098378--24098426	24	1.9	26	88	12	75	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24106975--24107010	15	2.4	15	90	0	54	52	33	11	2	1.51
24108869--24109067	27	7.4	27	79	5	181	34	17	20	27	1.95
24108869--24109073	54	3.8	54	79	6	227	35	17	19	28	1.94
24108869--24109094	27	8.4	27	77	5	145	34	17	19	27	1.95
24108869--24109129	81	3.2	80	78	3	249	34	18	19	27	1.95
24109163--24109211	24	2.0	24	92	0	80	20	4	28	46	1.68
24109296--24109348	27	2.0	27	82	14	65	15	26	24	33	1.95
24109341--24109394	26	2.1	26	89	0	81	14	22	27	35	1.93
24109355--24109406	26	2.0	26	84	0	68	13	23	30	32	1.93
24109396--24109500	32	3.3	31	75	10	104	19	20	23	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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