genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  76  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21775415--21775926	277	1.8	277	99	0	1015	31	19	14	34	1.92
21780543--21780672	43	3.1	42	69	14	117	46	18	13	21	1.82
21780560--21780680	38	3.0	39	67	15	102	47	16	13	22	1.81
21780518--21780680	81	2.0	81	90	0	254	48	16	12	22	1.80
21785503--21785744	50	4.7	50	78	4	218	27	21	27	23	1.99
21795426--21795563	50	2.7	50	83	7	152	26	20	29	23	1.99
21802031--21802153	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
21804568--21804601	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
21805846--21806136	50	5.8	51	76	11	239	29	19	27	23	1.98
21805918--21806086	93	1.8	93	88	0	257	27	21	28	21	1.99
21807636--21807689	27	2.0	27	100	0	108	48	18	3	29	1.65
21810506--21810560	20	2.8	20	88	0	83	29	25	12	32	1.93
21812396--21812534	68	2.0	68	95	0	251	48	8	25	17	1.75
21816467--21816592	56	2.2	56	85	4	173	23	28	9	38	1.86
21817644--21817717	36	2.1	36	81	0	85	41	14	18	24	1.89
21830185--21830274	26	3.5	26	100	0	180	45	18	10	25	1.81
21832586--21832754	40	4.2	40	77	4	162	34	17	26	22	1.96
21837607--21837689	41	2.1	37	80	16	112	37	22	6	33	1.79
21837617--21837697	41	2.0	41	100	0	162	40	22	4	32	1.75
21864118--21864142	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21866968--21867006	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
21867255--21867350	50	1.9	51	86	2	140	21	30	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21883933--21883966	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
21888874--21888948	27	2.8	27	86	8	91	52	12	5	30	1.61
21903109--21903137	12	2.5	12	94	5	51	41	20	0	37	1.53
21904406--21905130	243	3.0	242	86	3	958	25	23	11	39	1.88
21908570--21908617	20	2.4	21	89	10	82	25	29	10	35	1.89
21908570--21908630	20	3.1	20	88	6	81	24	27	11	36	1.90
21911020--21911117	6	16.0	6	66	19	51	74	1	17	7	1.09
21911030--21911091	20	3.2	19	78	19	65	75	1	14	8	1.10
21911045--21911116	13	5.7	13	77	20	57	73	1	16	8	1.14
21911038--21911116	38	2.1	38	85	4	106	73	1	17	7	1.13
21911042--21911125	39	2.2	39	82	4	98	73	2	16	7	1.15
21916994--21917023	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
21919337--21919364	10	2.8	10	100	0	56	17	0	42	39	1.50
21920594--21920629	16	2.2	16	90	5	54	77	0	2	19	0.88
21922652--21922798	27	5.5	26	76	14	131	30	16	25	27	1.97
21922611--21922808	53	3.7	52	74	8	148	30	17	25	26	1.97
21923892--21924051	27	5.9	27	92	0	248	25	21	15	38	1.92
21926779--21926933	27	5.7	27	70	9	93	32	13	22	30	1.93
21928436--21928460	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
21930114--21930274	41	4.0	41	90	3	236	29	20	27	22	1.98
21930111--21930309	41	4.9	41	86	2	231	30	20	26	22	1.98
21930096--21930309	81	2.6	81	82	3	216	30	19	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21936084--21936108	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
21937766--21937920	41	3.8	41	91	1	240	28	21	28	21	1.99
21937763--21937962	41	4.9	41	86	1	231	30	20	27	22	1.98
21953708--21953767	28	2.2	28	87	3	86	55	15	5	25	1.60
21957970--21958070	27	3.7	27	79	7	107	34	41	12	10	1.79
21958284--21958360	23	3.1	23	71	16	57	31	3	1	63	1.20
21958564--21958653	31	2.9	31	71	14	87	46	12	16	24	1.81
21959463--21959529	28	2.3	30	77	15	86	32	2	5	58	1.38
21963346--21963439	26	3.1	31	67	27	92	34	11	17	37	1.86
21963354--21963451	34	3.1	34	66	27	97	34	10	16	38	1.82
21973204--21973248	23	1.9	23	90	4	72	55	6	0	37	1.26
21977052--21977098	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
21978214--21978742	140	3.9	139	83	5	588	26	19	21	32	1.97
21979838--21980358	36	14.4	35	75	9	393	25	20	15	38	1.92
21979838--21980358	37	14.4	36	75	12	363	25	20	15	38	1.92
21979900--21980358	73	6.3	72	81	4	435	24	20	16	38	1.93
21979879--21980358	146	3.3	143	80	6	484	24	20	16	38	1.93
21979838--21980362	219	2.4	217	80	8	584	25	20	16	38	1.93
21983193--21983231	20	2.1	17	86	13	51	69	2	5	23	1.21
21983411--21983672	131	2.0	131	93	0	452	34	20	14	29	1.93
22006377--22007057	335	2.0	335	95	0	1209	37	23	11	28	1.89
22014149--22014231	42	2.0	42	97	0	157	33	19	8	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22020627--22020709	42	2.0	42	100	0	166	32	19	9	38	1.84
22027886--22028463	47	12.1	47	91	3	906	31	8	30	28	1.88
22027886--22028463	96	6.0	94	91	4	906	31	8	30	28	1.88
22027886--22028463	145	4.0	143	94	1	955	31	8	30	28	1.88
22028582--22028660	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22049568--22049595	6	4.7	6	100	0	56	32	35	14	17	1.90
22049568--22049602	18	1.9	18	88	0	52	34	31	14	20	1.92
22055593--22055665	37	1.9	37	84	13	96	32	23	1	42	1.63
22055653--22055696	23	1.9	22	82	17	54	38	25	0	36	1.56
22055741--22055834	45	2.1	45	91	0	152	31	24	19	24	1.98
22055831--22056026	51	3.9	50	76	4	187	30	28	16	23	1.97
22066935--22066963	13	2.2	13	100	0	58	34	0	37	27	1.57
22068323--22068368	22	2.0	22	87	4	65	41	0	10	47	1.38
22069380--22069413	17	2.0	17	88	11	52	35	8	8	47	1.66
22070806--22070851	23	2.0	23	100	0	92	34	8	17	39	1.80
22074084--22074417	38	8.7	38	70	13	173	38	30	19	12	1.88
22074192--22074235	22	2.0	22	86	0	61	45	29	13	11	1.79
22074154--22074334	60	3.0	60	79	5	188	41	29	16	12	1.85
22082135--22082201	32	2.1	32	83	5	82	14	22	40	22	1.90
22088661--22088707	23	2.0	23	100	0	94	21	0	36	42	1.53
22106868--22106935	22	3.1	22	86	0	91	38	30	20	10	1.86
22106765--22106965	38	5.2	38	77	8	172	36	28	20	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22106879--22106939	22	2.8	22	89	0	95	39	29	19	11	1.87
22106981--22107130	38	3.9	38	84	0	192	36	28	21	13	1.91
22106984--22107130	76	1.9	76	90	0	231	37	28	20	13	1.91
22110461--22110701	23	10.5	23	85	0	284	41	17	11	30	1.84
22111386--22111600	40	5.3	40	81	7	231	34	27	13	23	1.93
22111391--22111600	80	2.6	80	90	2	314	34	27	13	23	1.93
22118568--22118606	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22124505--22124541	12	3.1	12	96	0	65	45	0	2	51	1.15
22133216--22133527	47	6.6	47	91	2	455	33	8	29	29	1.86
22133216--22133527	96	3.3	96	88	6	476	33	8	29	29	1.86
22139075--22139113	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22139064--22139114	12	4.2	12	78	9	50	17	21	3	56	1.57
22140264--22140288	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
22141103--22141274	23	7.5	23	87	0	236	39	18	13	28	1.88
22141957--22142091	40	3.4	39	84	5	162	33	26	14	25	1.95
22143650--22143707	31	1.9	31	86	6	84	48	1	20	29	1.60
22146256--22146302	14	3.1	15	77	20	53	53	2	17	27	1.55
22151165--22151196	11	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
22154104--22154201	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
22154132--22154214	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
22154104--22154215	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
22162114--22162211	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22162142--22162224	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
22162114--22162225	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
22168292--22168424	50	2.7	51	81	4	155	27	21	30	21	1.98
22170320--22170349	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
22171430--22172123	143	4.9	143	85	2	822	27	21	20	30	1.98
22171430--22172123	285	2.4	285	86	2	908	27	21	20	30	1.98
22172006--22172482	44	10.8	44	69	13	144	27	20	19	32	1.97
22172060--22172482	44	9.5	44	71	12	251	27	21	19	31	1.97
22173722--22173818	43	2.2	45	85	5	126	12	20	19	47	1.81
22174764--22174809	21	2.3	19	92	7	74	26	4	4	65	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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