genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660126--2660195	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
2660131--2660201	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
2659473--2660746	288	4.4	288	96	1	2349	32	14	9	44	1.77
2660414--2660483	19	3.7	19	78	3	88	35	10	1	52	1.44
2660419--2660489	37	1.9	37	97	0	133	38	11	1	49	1.48
2660699--2660737	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
2660704--2660746	18	2.3	19	84	4	52	39	11	0	48	1.40
2660759--2660822	18	3.5	18	82	4	92	46	0	12	40	1.42
2660743--2660838	37	2.6	37	100	0	192	48	0	12	38	1.41
2659473--2660746	578	2.2	580	96	2	2348	32	14	9	44	1.77
2660743--2660838	19	5.2	19	79	5	124	48	0	12	38	1.41
2661033--2661103	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
2661039--2661107	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
2661182--2661260	27	2.9	27	94	0	131	17	32	20	29	1.95
2661320--2661381	25	2.4	25	89	5	88	50	1	9	38	1.45
2661749--2661814	19	3.3	20	79	8	64	60	1	1	36	1.15
2673755--2673830	31	2.5	31	77	0	89	48	9	5	36	1.58
2682117--2682292	90	2.0	90	91	0	289	35	17	13	34	1.89
2683277--2683373	33	2.9	34	73	17	94	49	1	3	46	1.24
2684650--2684702	24	2.2	24	86	6	72	52	1	0	45	1.11
2686514--2687074	50	11.5	49	82	4	525	33	18	24	22	1.97
2686514--2687117	99	6.2	98	79	5	523	33	18	24	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2686513--2687117	145	4.2	145	79	9	590	33	18	24	22	1.97
2690066--2690127	21	2.7	23	82	12	74	50	0	17	32	1.47
2690212--2690252	19	2.1	20	90	4	66	65	0	4	29	1.13
2690212--2690268	20	2.8	19	79	12	60	61	0	5	33	1.18
2693267--2693506	50	4.7	50	85	4	293	26	24	29	20	1.99
2693267--2693516	100	2.4	103	87	6	355	26	24	28	20	1.99
2696360--2696560	50	4.1	49	84	3	264	17	24	19	37	1.93
2696346--2696547	47	4.2	47	81	5	226	18	26	21	33	1.96
2696351--2696560	97	2.2	97	86	2	280	18	25	19	36	1.94
2703185--2703255	31	2.2	33	78	14	76	32	1	5	60	1.29
2704247--2704393	60	2.5	59	80	4	161	27	19	16	36	1.93
2706555--2706606	12	4.8	11	77	20	56	65	0	0	34	0.93
2706561--2706606	20	2.3	20	100	0	92	65	0	0	34	0.93
2707042--2707090	23	2.1	23	88	7	73	34	8	18	38	1.80
2712143--2712323	86	2.1	86	97	1	346	40	4	7	46	1.54
2712390--2712606	51	4.0	51	85	15	303	46	18	7	28	1.76
2712480--2712507	12	2.3	12	100	0	56	57	21	0	21	1.41
2712429--2712558	63	2.1	63	100	0	260	47	18	6	27	1.72
2712390--2712606	114	1.9	113	97	2	409	46	18	7	28	1.76
2712552--2712662	33	3.4	34	82	10	115	43	17	8	31	1.78
2716013--2716047	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2715684--2716304	119	5.2	120	97	1	1142	43	2	5	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715684--2716304	240	2.6	239	96	1	1140	43	2	5	47	1.40
2716253--2716287	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2716451--2716541	45	2.0	45	85	6	123	38	28	5	27	1.79
2716522--2716590	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
2716522--2716590	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
2718186--2718230	11	3.7	11	78	21	54	68	0	0	31	0.89
2718675--2718753	28	2.9	27	75	7	79	62	1	1	35	1.12
2718760--2719033	133	2.1	133	99	0	539	18	28	23	29	1.98
2726215--2726240	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2728317--2728434	43	2.7	42	84	6	146	32	7	18	41	1.79
2747943--2748304	46	8.6	44	83	12	371	28	21	14	35	1.93
2748079--2748268	36	5.0	36	84	12	245	28	20	13	37	1.91
2747986--2748304	82	3.9	82	83	13	397	29	21	13	35	1.92
2748032--2748268	118	2.0	118	94	0	411	29	20	13	36	1.91
2758421--2758467	24	2.0	24	87	8	69	19	0	27	53	1.45
2761400--2761490	44	2.1	44	93	0	155	29	12	10	47	1.75
2762497--2762651	49	3.2	49	70	11	156	45	17	12	23	1.83
2762477--2762705	97	2.4	96	94	2	406	47	17	12	22	1.81
2762686--2762740	26	2.1	27	96	3	103	67	3	10	18	1.35
2763207--2763250	22	2.0	22	91	4	72	68	13	18	0	1.22
2763876--2763938	27	2.3	27	81	8	74	53	4	3	38	1.38
2765780--2766094	44	7.2	44	64	11	160	27	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765715--2766570	132	6.5	132	90	2	1151	28	18	24	28	1.98
2765715--2766570	390	2.2	390	85	4	1148	28	18	24	28	1.98
2766440--2766530	44	2.1	44	80	0	101	29	21	23	25	1.99
2770592--2770872	116	2.4	116	94	1	490	12	30	13	43	1.81
2770585--2770872	60	4.9	60	83	5	356	12	30	13	43	1.80
2774595--2774619	9	2.8	9	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2778371--2778417	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
2782450--2782540	44	2.1	44	89	0	137	31	12	9	46	1.74
2783063--2783096	6	5.7	6	92	0	59	17	0	47	35	1.48
2783061--2783101	12	3.4	12	89	0	64	21	0	46	31	1.52
2783539--2783832	98	2.9	102	86	7	420	47	15	12	24	1.80
2784949--2785010	27	2.3	29	75	16	78	54	6	3	35	1.42
2786924--2787102	60	3.0	59	83	7	220	13	31	11	44	1.79
2791362--2791436	31	2.5	30	77	10	82	44	9	10	36	1.72
2792345--2792407	13	4.7	13	75	14	56	46	4	1	47	1.33
2799093--2799166	21	3.5	21	84	0	94	31	24	27	17	1.97
2802601--2802639	18	2.2	18	85	0	51	74	2	2	20	1.06
2802789--2802852	27	2.4	26	86	2	92	40	3	6	50	1.43
2807709--2807755	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2807912--2808051	40	3.5	40	70	8	108	27	17	23	32	1.96
2811435--2811510	30	2.6	30	89	2	109	42	10	17	30	1.82
2814745--2814802	9	6.8	9	77	20	54	67	1	0	31	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2814745--2814789	8	5.6	8	84	7	56	71	0	0	28	0.87
2814746--2814789	23	1.9	23	95	0	79	70	0	0	29	0.88
2814745--2814808	15	3.8	16	78	14	58	68	3	0	28	1.04
2814973--2815026	22	2.5	22	84	0	72	16	0	14	68	1.21
2818230--2818280	21	2.4	22	80	3	59	41	5	15	37	1.72
2818465--2818500	18	1.9	19	88	5	56	63	8	0	27	1.23
2824436--2824461	12	2.2	12	100	0	52	61	30	7	0	1.24
2827442--2827535	27	3.5	27	91	2	145	19	25	34	21	1.96
2827617--2827655	21	1.9	20	94	5	69	74	0	25	0	0.82
2827617--2827658	10	4.0	11	90	9	70	73	0	26	0	0.83
2828654--2828696	18	2.4	18	100	0	86	30	6	51	11	1.65
2833281--2833803	162	3.3	161	73	13	554	29	9	8	52	1.64
2833192--2833968	319	2.4	320	95	1	1387	30	10	8	50	1.66
2834221--2834333	43	2.6	44	80	9	117	0	30	0	69	0.89
2834289--2834368	14	5.7	14	68	21	60	0	27	0	72	0.85
2834290--2834367	4	21.0	4	76	19	64	0	26	0	73	0.84
2834262--2834376	42	2.7	44	82	14	134	0	29	0	70	0.88
2843717--2843789	29	2.6	29	88	2	103	41	4	12	42	1.61
2843717--2843798	29	2.9	28	85	5	101	42	3	12	41	1.60
2848731--2848813	43	1.9	43	85	0	112	24	24	2	49	1.62
2858057--2858090	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
2859135--2859190	16	3.6	16	67	13	53	62	3	3	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2861404--2861431	12	2.3	12	100	0	56	46	14	7	32	1.71
2862024--2862048	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2876007--2876049	19	2.4	18	80	7	52	72	2	2	23	1.08
2876000--2876049	19	2.6	19	70	17	50	68	4	2	26	1.18
2883562--2883654	18	5.2	18	82	0	114	33	13	22	30	1.93
2883562--2883654	36	2.6	36	87	0	132	33	13	22	30	1.93
2886748--2886976	114	2.0	114	100	0	458	22	25	18	33	1.97
2887851--2888079	114	2.0	114	99	0	449	22	25	18	33	1.96
2891798--2891855	24	2.3	26	88	8	84	53	1	5	39	1.33
2899620--2899749	61	2.1	63	82	2	156	45	16	2	35	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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