genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  61  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17239331--17239504	83	2.1	83	93	0	294	35	10	13	40	1.79
17240725--17240756	3	10.7	3	93	0	55	37	0	31	31	1.58
17266763--17266858	27	3.5	27	68	20	90	13	14	20	51	1.76
17268650--17268721	26	2.7	26	80	2	90	31	11	12	44	1.77
17268960--17269035	33	2.3	33	84	6	93	48	17	7	26	1.74
17269038--17269077	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
17270921--17270975	27	2.1	26	83	10	67	34	1	1	61	1.17
17275064--17275118	22	2.6	21	83	13	69	70	1	3	23	1.12
17275281--17275392	48	2.4	47	85	7	147	63	0	6	30	1.19
17275299--17275366	28	2.4	28	83	11	86	60	0	5	33	1.21
17282334--17282517	51	3.6	51	80	4	212	23	16	28	30	1.97
17282526--17282620	45	2.1	45	90	0	154	27	18	23	30	1.98
17284119--17284174	19	2.7	20	76	21	53	41	1	16	41	1.58
17289372--17289754	46	8.6	46	90	6	574	29	21	15	33	1.94
17289646--17289718	36	2.0	36	94	0	128	26	20	15	38	1.92
17289600--17289754	82	1.9	82	95	0	283	29	21	12	36	1.91
17301751--17301799	24	2.0	24	92	0	80	42	14	2	40	1.57
17304043--17304116	37	2.0	37	100	0	148	40	16	10	32	1.83
17307339--17307436	41	2.4	41	82	0	115	33	25	21	19	1.97
17307414--17307452	16	2.4	16	91	0	60	30	25	25	17	1.97
17312085--17312241	41	3.8	41	81	0	179	20	17	26	36	1.94
17313013--17313049	18	2.1	17	90	5	56	35	0	13	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17313041--17313446	69	5.9	69	92	0	596	25	9	19	45	1.80
17313082--17313290	45	4.6	45	68	12	129	24	8	21	45	1.79
17315167--17315206	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
17315155--17315221	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
17315190--17315229	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
17319704--17319731	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
17323791--17324035	123	2.0	123	91	1	393	36	28	19	16	1.93
17323790--17324038	41	6.1	41	88	0	356	35	28	18	16	1.93
17343782--17343913	64	2.1	64	100	0	264	40	22	5	31	1.76
17348552--17348586	5	7.2	5	93	6	63	20	0	60	20	1.37
17350850--17350883	17	2.0	17	100	0	68	29	11	11	47	1.76
17357034--17357069	18	2.1	18	94	5	65	69	0	2	27	1.02
17358192--17358233	13	3.2	13	96	0	75	52	0	9	38	1.34
17358713--17358752	4	9.8	4	84	15	55	72	0	5	22	1.04
17358715--17358751	13	2.9	13	84	15	51	70	0	5	24	1.08
17360077--17360121	4	10.8	4	86	13	56	71	0	6	22	1.09
17360077--17360121	18	2.7	16	81	18	56	71	0	6	22	1.09
17362046--17362216	48	3.4	48	71	13	164	50	2	1	46	1.22
17362095--17362168	28	2.8	25	76	15	76	50	0	0	50	1.00
17362115--17362159	18	2.3	20	77	18	58	42	0	0	57	0.98
17362123--17362157	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
17362047--17362234	103	1.8	103	98	0	367	49	2	1	47	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17362098--17362175	27	2.8	28	80	5	88	48	0	0	51	1.00
17362085--17362242	48	3.1	49	67	17	126	50	1	0	48	1.13
17363996--17364095	28	3.5	27	76	6	92	19	17	17	47	1.84
17363995--17364109	58	2.1	53	81	13	137	17	17	17	47	1.83
17371360--17371404	18	2.6	17	83	13	56	68	0	2	28	1.01
17388589--17388629	14	2.9	14	85	3	55	73	0	26	0	0.84
17390394--17390453	26	2.3	26	91	0	93	33	13	28	25	1.93
17391923--17391966	22	2.0	22	95	4	81	31	22	4	40	1.74
17392013--17392187	71	2.5	70	80	7	203	34	16	5	42	1.72
17402395--17402440	18	2.5	19	78	7	58	76	0	8	15	1.02
17404705--17404782	40	2.0	40	86	0	111	44	2	21	30	1.66
17408559--17408678	25	4.8	25	74	10	84	27	22	20	30	1.98
17408561--17408674	50	2.3	50	79	8	133	26	21	21	30	1.98
17419200--17419233	12	2.8	12	95	4	59	32	2	0	64	1.08
17420692--17420772	24	3.6	24	69	24	68	17	34	0	48	1.48
17421296--17421342	24	1.9	26	87	12	73	42	2	8	46	1.46
17422585--17422630	20	2.3	20	85	7	58	50	6	0	43	1.28
17426119--17426240	45	2.7	45	87	0	172	26	25	12	36	1.91
17426186--17426339	45	3.5	44	84	1	191	19	25	16	38	1.93
17428727--17428757	6	5.2	6	100	0	62	48	35	0	16	1.46
17429057--17429120	9	7.1	9	81	0	65	25	31	0	43	1.55
17435178--17435217	20	2.0	20	90	0	62	75	2	5	17	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17437067--17437253	51	3.7	51	82	4	227	24	17	27	31	1.97
17437259--17437353	45	2.1	45	90	0	154	25	18	24	31	1.98
17437397--17437440	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
17439767--17439819	17	3.2	17	77	17	58	26	3	1	67	1.17
17439767--17439819	16	3.2	16	79	12	63	26	3	1	67	1.17
17439846--17439907	26	2.3	27	83	2	81	24	4	11	59	1.51
17439893--17439932	15	2.6	15	88	4	53	37	0	0	62	0.95
17440440--17440483	17	2.5	18	88	3	63	25	2	11	61	1.41
17447290--17448047	51	15.7	51	75	12	668	28	16	24	30	1.97
17447290--17448039	97	7.8	96	80	5	800	27	16	24	30	1.97
17447429--17447512	41	2.0	41	81	4	98	27	19	26	27	1.99
17447288--17448051	189	4.0	188	83	5	929	28	16	25	29	1.97
17447817--17447896	41	2.0	41	82	5	99	23	12	28	35	1.91
17448090--17448412	142	2.3	142	87	1	457	29	19	24	26	1.99
17448575--17448614	20	2.0	20	90	0	62	75	2	5	17	1.10
17449948--17450009	26	2.3	28	78	10	76	24	6	8	61	1.48
17449995--17450034	16	2.6	15	88	11	55	35	0	0	65	0.93
17464793--17464825	14	2.2	16	89	10	52	30	0	30	39	1.57
17468830--17468870	22	1.9	21	85	5	55	21	2	24	51	1.60
17484302--17484545	131	1.9	131	86	3	348	38	13	16	30	1.88
17486887--17486939	21	2.3	23	90	9	83	30	0	3	66	1.10
17499200--17499796	132	4.6	132	88	3	915	30	21	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17499195--17499796	255	2.3	260	90	2	935	30	21	23	24	1.99
17501268--17501314	20	2.3	20	81	3	58	34	2	4	59	1.29
17501624--17501663	13	3.0	14	79	20	50	15	5	7	72	1.24
17501669--17501701	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
17505653--17505712	13	4.5	13	74	15	59	51	5	1	41	1.33
17505653--17505712	26	2.2	28	88	11	90	51	5	1	41	1.33
17507582--17507671	42	2.1	42	87	4	137	22	37	21	18	1.94
17509839--17509912	25	3.0	25	75	0	76	31	21	21	25	1.98
17511362--17511415	20	2.6	22	77	14	69	35	11	11	42	1.76
17510748--17512066	664	2.0	664	90	1	2097	25	17	25	31	1.97
17517326--17517408	25	3.3	25	79	0	103	34	22	16	25	1.95
17523290--17523339	17	3.0	17	75	13	59	26	28	6	40	1.79
17529682--17529887	27	7.6	27	83	6	245	26	14	28	30	1.95
17529682--17529887	55	3.8	54	82	7	254	26	14	28	30	1.95
17529683--17529834	82	1.9	82	91	2	252	26	15	28	29	1.96
17529682--17529887	82	2.5	81	83	5	245	26	14	28	30	1.95
17537772--17537948	27	6.5	27	85	5	205	27	14	28	29	1.95
17540386--17540498	55	2.1	55	96	0	208	30	15	12	41	1.83
17542213--17542258	23	2.0	23	82	4	56	47	2	2	47	1.26
17544075--17544136	30	2.1	30	100	0	124	64	12	12	9	1.50
17547102--17547174	37	1.9	39	94	5	132	27	9	16	46	1.78
17547110--17547187	36	2.1	36	81	11	88	33	6	16	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17552256--17552451	39	5.0	39	81	2	223	43	20	5	30	1.74
17552253--17552451	78	2.6	78	86	1	265	42	20	5	31	1.74
17554301--17554344	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
17558530--17558574	23	1.9	24	86	13	67	13	15	6	64	1.47
17562791--17563009	30	7.4	30	81	8	234	26	26	12	35	1.91
17568069--17568096	10	2.8	10	100	0	56	32	10	7	50	1.64
17568530--17568638	29	3.7	29	75	1	110	23	28	10	37	1.87
17583606--17583670	25	2.6	25	85	0	85	27	23	18	30	1.97
17589682--17589755	31	2.4	29	84	10	85	33	17	6	41	1.76
17589695--17589755	31	1.9	32	93	3	106	34	19	6	39	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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