genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  87  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25108105--25108218	45	2.5	46	91	4	187	30	24	21	23	1.99
25108444--25108481	18	2.2	17	86	13	51	47	18	0	34	1.49
25108666--25108727	30	2.1	29	81	3	70	32	24	6	37	1.81
25114050--25114127	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
25114080--25114406	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
25122194--25122271	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
25122224--25122550	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
25124893--25125076	50	3.7	50	81	5	219	23	19	28	28	1.98
25124895--25125078	101	1.8	101	90	2	298	23	19	28	29	1.98
25125082--25125176	45	2.1	45	88	0	145	26	16	24	32	1.96
25130100--25130286	41	4.5	41	77	6	178	32	24	18	25	1.97
25133102--25133294	50	3.8	50	76	6	192	24	17	27	30	1.97
25133100--25133285	101	1.8	101	89	2	293	23	17	28	30	1.97
25133289--25133383	45	2.1	45	88	0	145	26	17	23	32	1.97
25143029--25143393	50	7.3	49	67	10	184	25	19	21	33	1.97
25142983--25143515	100	5.3	100	79	7	476	24	20	21	32	1.97
25143030--25143505	200	2.4	201	83	3	573	25	19	21	33	1.97
25143136--25143495	50	7.2	49	71	8	226	25	19	21	33	1.97
25143512--25143852	142	2.4	142	92	0	565	27	19	19	33	1.96
25146263--25146341	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
25146459--25147047	47	12.5	47	93	1	946	29	29	8	32	1.87
25150003--25150042	20	2.0	20	85	9	55	17	12	0	70	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25150012--25150045	14	2.5	14	90	4	52	17	11	0	70	1.16
25150019--25150045	7	3.9	7	100	0	54	14	14	0	70	1.17
25150980--25151040	31	1.9	31	84	15	81	9	4	6	78	1.07
25150990--25151041	22	2.3	23	78	12	63	9	3	5	80	0.99
25154065--25154267	27	7.6	27	85	4	241	30	27	15	27	1.96
25154086--25154267	82	2.3	79	84	5	231	29	27	15	27	1.96
25164022--25164226	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
25171979--25172183	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
25178643--25179286	324	2.0	324	91	2	1040	24	9	31	34	1.87
25179427--25179495	35	2.0	35	86	11	97	5	26	8	59	1.50
25180178--25180520	54	6.4	52	79	7	298	44	19	15	20	1.87
25180149--25180520	108	3.5	108	85	4	400	44	19	15	20	1.87
25180164--25180520	27	13.3	26	76	8	261	43	18	15	21	1.87
25180615--25180680	32	2.1	32	91	0	105	34	19	16	28	1.94
25180728--25180781	26	2.1	26	96	0	99	16	16	20	46	1.84
25180728--25180798	26	2.7	26	88	0	88	18	16	18	46	1.84
25180915--25181008	28	3.4	28	88	2	136	24	24	23	27	2.00
25181796--25181828	17	2.0	16	94	5	57	42	12	27	18	1.85
25187998--25188185	27	7.0	27	80	1	180	46	19	15	18	1.84
25188016--25188214	54	3.7	54	79	4	197	46	18	15	20	1.84
25187996--25188198	81	2.5	81	81	1	237	45	20	15	18	1.86
25188013--25188213	27	7.4	27	77	9	137	46	18	15	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25188562--25188649	28	3.1	28	91	1	140	25	23	22	28	1.99
25188560--25188678	28	4.0	30	75	20	97	26	23	21	27	1.99
25190355--25190483	64	2.0	64	100	0	258	36	20	7	35	1.81
25191076--25191196	23	5.3	23	89	2	199	30	26	20	22	1.98
25191076--25191196	45	2.6	45	94	2	215	30	26	20	22	1.98
25191414--25191452	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
25193893--25193948	20	2.8	20	73	24	55	46	16	1	35	1.57
25196328--25196531	50	4.1	50	77	6	198	26	17	28	27	1.97
25196339--25196522	101	1.8	101	89	2	289	25	17	27	29	1.98
25196526--25196620	45	2.1	45	90	0	154	26	17	24	31	1.97
25199045--25199158	51	2.2	51	100	0	228	35	12	26	25	1.91
25199397--25199456	14	4.1	14	76	19	68	38	5	18	38	1.73
25200293--25200351	26	2.2	26	96	3	109	30	10	8	50	1.66
25201528--25201725	41	4.8	40	73	12	157	31	25	17	25	1.97
25204769--25204902	51	2.6	51	83	1	162	22	17	29	29	1.97
25205001--25205044	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
25214506--25214726	101	2.2	101	80	0	235	24	19	21	35	1.96
25214657--25214815	50	3.2	49	73	5	149	24	17	21	36	1.95
25214953--25215173	44	4.8	44	69	16	142	28	21	18	31	1.97
25214833--25215173	142	2.4	142	93	0	574	29	20	18	31	1.96
25216555--25216597	7	6.3	7	84	15	63	16	16	0	67	1.24
25216555--25216594	20	2.0	20	90	9	64	15	15	0	70	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25217425--25217468	21	2.0	22	86	4	63	11	9	2	77	1.08
25217530--25217590	30	2.0	30	83	6	77	9	3	8	78	1.06
25217524--25217574	12	4.1	12	76	18	50	9	3	9	76	1.14
25217553--25217590	18	2.2	17	90	4	58	10	0	5	84	0.77
25219555--25219602	15	3.4	14	83	13	62	41	12	20	25	1.87
25224985--25225249	40	6.7	40	87	4	340	26	26	21	24	2.00
25235897--25236244	27	13.0	27	79	8	291	43	19	16	20	1.87
25235915--25236244	108	3.1	107	86	5	400	43	19	16	20	1.88
25236339--25236404	32	2.1	32	94	0	114	36	16	16	30	1.91
25236452--25236525	26	2.8	26	83	0	76	17	18	20	43	1.88
25236634--25236724	28	3.2	28	80	1	110	27	24	19	28	1.99
25237514--25237546	17	2.0	16	94	5	57	42	12	27	18	1.85
25243472--25243649	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25243493--25243648	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25243472--25243686	109	2.0	109	81	5	256	29	28	15	26	1.96
25251645--25251822	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25251666--25251821	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25254060--25254128	35	2.0	35	86	11	97	5	26	8	59	1.50
25254781--25254999	27	8.1	27	81	3	219	43	20	16	18	1.88
25254780--25254999	54	4.1	54	81	4	241	43	20	17	18	1.88
25255344--25255431	28	3.1	28	88	1	131	23	23	23	28	2.00
25258266--25258320	28	2.0	28	100	0	110	25	10	18	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25259556--25259612	15	3.5	15	71	17	51	47	0	3	49	1.18
25259640--25259686	13	3.3	14	80	14	51	48	2	0	48	1.13
25259645--25259685	13	2.8	16	82	17	54	43	2	0	53	1.13
25276138--25276292	71	2.2	70	83	1	184	26	22	22	28	1.99
25278588--25278763	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
25278585--25278756	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
25284534--25284576	17	2.5	17	76	0	50	25	13	20	39	1.90
25289848--25289950	47	2.2	47	84	3	127	27	16	26	30	1.97
25292720--25292902	51	3.6	50	76	6	154	24	17	26	31	1.97
25292913--25292998	45	1.9	45	92	0	145	25	13	23	37	1.92
25302068--25302198	65	2.0	65	95	0	235	38	19	9	32	1.84
25312089--25312121	15	2.3	14	94	5	57	12	0	18	69	1.18
25320391--25320453	23	2.6	23	71	19	56	39	3	0	57	1.15
25323551--25323944	47	8.4	47	98	0	736	30	8	30	29	1.87
25323746--25323820	24	3.2	24	61	21	59	28	10	32	29	1.90
25323551--25323944	187	2.1	188	97	0	745	30	8	30	29	1.87
25324063--25324141	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
25328467--25328526	9	6.2	9	74	14	57	40	5	10	45	1.60
25328449--25328529	40	2.0	40	100	0	162	38	7	9	44	1.66
25334467--25334642	27	6.5	27	82	3	174	29	28	14	27	1.95
25334467--25334642	54	3.2	54	82	3	210	29	28	14	27	1.95
25334486--25334641	81	1.9	82	85	3	217	28	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25342655--25342830	27	6.6	27	83	3	194	29	28	15	26	1.96
25342676--25342829	81	1.9	80	89	1	236	29	28	15	26	1.96
25347287--25347420	51	2.6	50	84	6	173	23	17	27	31	1.97
25347646--25347677	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
25349620--25349842	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
25349700--25349877	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
25357581--25357658	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
25357611--25357939	174	1.9	175	92	1	554	30	14	24	31	1.94
25362226--25362400	50	3.4	51	84	4	183	27	21	27	23	1.99
25362279--25362400	50	2.4	50	91	0	199	26	22	30	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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