genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  82  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23460276--23460420	41	3.5	41	75	7	157	21	16	24	37	1.93
23465498--23465538	13	3.2	13	96	0	73	53	14	7	24	1.66
23465957--23465995	12	3.2	12	85	0	51	17	20	5	56	1.60
23466066--23466113	25	1.9	25	95	0	87	20	14	12	52	1.74
23466247--23466391	49	2.9	50	83	2	202	22	28	20	28	1.99
23466545--23466584	21	1.9	21	85	10	55	52	7	7	32	1.58
23466544--23466591	21	2.3	20	80	16	53	54	6	6	33	1.51
23469128--23469167	14	2.9	14	85	7	55	72	5	0	22	1.04
23470176--23470294	50	2.3	52	86	2	170	34	15	12	37	1.85
23472215--23472304	44	2.0	44	91	0	144	32	17	21	28	1.96
23472228--23472319	44	2.1	44	85	4	123	36	14	16	32	1.88
23476942--23477682	368	2.0	371	92	1	1231	31	21	11	36	1.88
23480071--23480109	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
23482044--23482078	5	6.8	5	93	6	61	60	0	0	40	0.97
23486485--23486536	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
23486494--23486548	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
23486530--23486567	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
23489601--23489641	18	2.1	21	86	13	61	46	14	0	39	1.45
23490458--23490561	22	4.4	23	80	11	97	38	18	27	15	1.91
23490696--23490720	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
23492139--23492267	56	2.4	53	83	8	156	25	31	17	24	1.97
23509403--23509540	27	5.2	27	85	2	172	45	22	14	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23509404--23509547	53	2.7	53	87	5	191	45	22	14	17	1.84
23518005--23518215	38	5.6	38	80	4	165	18	17	18	45	1.86
23518005--23518215	76	2.8	76	81	4	185	18	17	18	45	1.86
23519409--23519478	34	2.1	34	94	0	122	24	5	34	35	1.79
23523878--23524145	38	7.0	38	79	6	256	15	16	24	43	1.86
23523876--23524145	76	3.5	76	82	3	283	15	16	24	43	1.87
23523884--23524145	114	2.3	114	87	2	364	16	16	24	43	1.87
23524627--23524658	15	2.0	17	88	11	50	46	0	25	28	1.53
23528813--23528905	9	10.2	9	69	18	59	30	3	1	65	1.15
23528820--23528905	17	4.8	17	70	18	59	30	3	1	65	1.17
23529253--23529288	15	2.4	15	100	0	72	33	8	11	47	1.69
23535642--23535697	27	2.1	27	100	0	112	46	7	14	32	1.71
23542178--23542328	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
23555487--23555537	11	4.6	11	88	7	77	76	5	3	13	1.11
23563349--23563397	23	2.1	23	96	0	89	38	10	2	48	1.48
23567372--23567417	19	2.4	18	82	10	56	28	23	8	39	1.84
23574790--23574882	42	2.2	42	92	0	150	27	10	27	33	1.90
23576199--23576403	44	4.4	44	66	16	126	31	19	19	29	1.96
23576131--23576607	142	3.4	142	90	0	747	34	17	19	28	1.94
23576463--23576559	44	2.2	44	85	3	124	35	18	19	26	1.95
23576683--23576865	50	3.7	50	88	2	226	34	21	18	25	1.96
23582622--23582704	42	2.0	41	81	9	96	22	36	16	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23586219--23586450	76	3.0	75	86	3	286	15	16	21	45	1.85
23586226--23586469	114	2.1	114	83	3	294	15	16	22	45	1.84
23586243--23586452	76	2.8	76	88	2	289	17	17	20	45	1.86
23586226--23586454	38	6.0	38	81	0	242	16	17	21	45	1.85
23592153--23592189	19	2.1	19	85	10	51	18	5	21	54	1.64
23602203--23602507	38	8.0	38	85	0	403	13	16	25	44	1.85
23602992--23603023	15	2.0	17	88	11	50	46	0	25	28	1.53
23605679--23605731	21	2.4	23	78	9	65	30	0	5	64	1.17
23620047--23620105	17	3.6	17	81	4	59	6	18	35	38	1.78
23620939--23621048	45	2.5	45	86	4	143	31	28	13	26	1.94
23620977--23621065	45	2.0	45	81	0	106	32	25	14	26	1.95
23621386--23621443	30	1.9	30	85	0	80	31	25	5	37	1.78
23623964--23624210	50	4.8	50	79	5	228	27	20	27	24	1.99
23636236--23636274	19	2.0	19	90	5	60	20	0	30	48	1.50
23638177--23638327	28	5.4	28	91	1	223	33	27	11	27	1.92
23642016--23642237	101	2.2	100	82	8	270	25	16	27	30	1.96
23642048--23642234	51	3.7	51	82	4	227	25	17	27	29	1.97
23642158--23642238	26	3.2	26	62	28	64	24	14	27	33	1.95
23642377--23642421	23	2.0	22	83	16	56	40	0	24	35	1.56
23651011--23651188	80	2.2	80	81	5	193	26	27	20	25	1.99
23651044--23651188	40	3.6	39	82	8	159	26	28	21	23	1.99
23661184--23661354	85	2.0	85	100	0	342	26	22	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23662116--23662171	23	2.4	24	84	3	78	21	19	30	28	1.98
23663586--23663668	43	1.9	43	90	0	130	33	22	20	22	1.97
23667297--23667375	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23667504--23667771	47	5.5	47	92	5	437	29	30	8	31	1.88
23667580--23667658	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
23671292--23671585	40	7.5	39	85	4	344	25	28	22	23	1.99
23671298--23671663	79	4.7	79	82	6	365	25	27	22	23	2.00
23671342--23671663	40	8.3	39	82	9	121	25	27	22	24	2.00
23671978--23672080	29	3.6	29	92	2	145	23	33	18	25	1.97
23672062--23672164	43	2.4	43	98	0	197	25	35	16	22	1.94
23674027--23674105	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23674223--23674536	47	6.7	47	98	1	594	29	30	8	31	1.88
23683063--23683247	101	1.8	102	87	5	277	24	17	26	31	1.97
23683055--23683245	51	3.8	52	77	8	198	24	17	27	30	1.97
23683251--23683354	46	2.3	43	77	12	102	25	18	21	34	1.96
23692347--23692393	18	2.6	18	83	6	51	21	2	6	70	1.20
23692479--23692521	6	7.5	6	89	10	72	16	0	0	83	0.64
23692479--23692521	11	3.8	11	88	11	61	16	0	0	83	0.64
23697325--23697383	27	2.1	28	81	9	68	22	3	1	72	1.08
23704555--23704768	29	7.4	29	85	0	275	36	15	27	21	1.93
23704555--23704768	58	3.7	58	89	0	311	36	15	27	21	1.93
23719770--23719852	41	2.0	41	92	0	139	36	18	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23721665--23721759	3	31.3	3	78	10	86	58	2	6	32	1.35
23721674--23721759	18	4.7	18	81	11	104	59	2	5	32	1.34
23723293--23723743	172	2.6	171	87	2	578	27	19	20	31	1.97
23723335--23723571	128	1.8	129	84	2	325	29	19	19	30	1.97
23723325--23723743	44	9.7	44	66	13	163	27	20	20	31	1.97
23733029--23733062	18	1.9	17	88	5	50	8	20	17	52	1.71
23741820--23741873	25	2.2	26	87	12	78	46	24	1	27	1.63
23748453--23748517	3	21.3	3	81	9	78	32	4	1	61	1.26
23757924--23758232	42	7.4	41	73	12	227	35	25	15	23	1.94
23757912--23758232	84	3.8	84	85	3	382	34	25	16	23	1.95
23758207--23758258	26	2.0	26	96	0	95	28	30	21	19	1.97
23762723--23762960	43	5.6	43	74	10	193	34	23	18	23	1.96
23762713--23763008	43	7.0	41	71	11	175	34	23	16	25	1.96
23762685--23763008	85	3.8	85	84	0	389	33	24	16	25	1.96
23762685--23763006	170	1.9	169	85	0	446	33	24	17	24	1.96
23762981--23763031	26	2.0	26	92	0	84	29	27	21	21	1.99
23763369--23763426	30	1.9	30	89	0	89	31	18	6	43	1.77
23767432--23767661	40	5.8	40	92	1	336	25	21	28	24	1.99
23775970--23776196	40	5.7	40	90	1	321	25	21	28	24	1.99
23779737--23779783	24	1.9	25	86	4	69	76	4	0	19	0.95
23779737--23779784	25	1.9	25	83	8	62	77	4	0	18	0.93
23782064--23782152	28	3.2	28	87	4	99	28	31	11	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23804700--23804827	28	4.6	28	78	0	114	28	31	12	28	1.93
23811765--23811796	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
23817446--23817491	22	2.1	21	84	15	58	52	0	4	43	1.21
23819316--23819926	304	2.0	304	93	0	1051	33	14	23	28	1.94
23819861--23819960	43	2.3	45	82	3	132	30	14	20	36	1.91
23821342--23821380	20	1.9	20	84	5	51	35	17	12	33	1.88
23825034--23825089	26	2.1	28	90	6	89	55	0	5	39	1.23
23831889--23832082	51	3.8	51	77	4	158	29	15	23	30	1.96
23835633--23835689	28	2.0	28	90	6	89	56	0	5	38	1.22
23835639--23835697	28	2.1	29	84	9	77	55	1	5	37	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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