genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  74  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21235736--21235929	50	3.9	49	75	4	140	20	28	22	28	1.98
21243387--21243511	50	2.5	49	77	2	133	20	28	24	27	1.99
21260243--21260523	50	5.5	50	82	6	289	24	29	19	27	1.98
21260451--21260543	48	1.9	48	84	0	123	26	27	20	24	1.99
21264470--21264583	25	4.6	25	86	5	133	32	21	24	21	1.98
21264502--21264586	25	3.4	25	95	0	143	32	20	27	20	1.97
21270169--21270195	14	1.9	14	100	0	54	7	0	33	59	1.25
21271927--21271971	19	2.3	19	81	11	56	73	0	20	6	1.05
21284350--21284399	20	2.4	21	80	12	59	46	0	18	36	1.49
21289886--21290110	111	2.0	110	95	0	405	26	12	21	39	1.90
21291661--21291854	27	7.6	26	78	13	172	26	15	28	28	1.96
21291734--21291854	53	2.3	54	86	1	163	25	16	29	28	1.97
21299715--21299915	53	3.8	52	84	5	242	27	14	28	29	1.96
21299715--21299915	27	7.6	27	85	5	248	27	14	28	29	1.96
21301385--21301424	17	2.4	17	86	0	53	25	20	25	30	1.99
21301402--21301457	17	3.3	17	79	0	58	26	17	21	33	1.96
21304529--21304632	37	2.9	35	74	5	100	32	24	19	24	1.97
21304533--21304690	71	2.2	72	86	1	210	27	25	20	25	1.99
21315032--21315085	20	2.7	20	94	0	90	22	20	3	53	1.61
21316032--21316222	45	4.3	45	80	5	226	22	21	17	38	1.93
21316025--21316222	89	2.2	90	82	6	233	22	21	17	38	1.93
21318503--21318639	54	2.5	54	87	0	202	21	24	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21324986--21325084	20	4.9	20	82	4	119	39	21	30	9	1.84
21334764--21334853	44	2.0	44	100	0	180	35	25	13	25	1.92
21339860--21339901	20	2.0	21	86	4	59	23	26	16	33	1.96
21339950--21339978	13	2.1	14	93	6	51	27	0	13	58	1.36
21346548--21346587	21	1.9	21	85	10	55	12	12	10	65	1.49
21348462--21348797	23	14.5	23	65	11	107	46	14	1	37	1.54
21348493--21349306	92	8.8	90	79	6	776	45	16	1	35	1.57
21348430--21348797	185	2.0	186	92	1	614	45	13	1	38	1.54
21348664--21349306	277	2.3	275	86	0	854	45	17	1	35	1.58
21348732--21349297	185	3.1	184	92	1	904	44	18	1	35	1.59
21350059--21350092	12	2.8	12	100	0	68	61	14	23	0	1.33
21350114--21350149	15	2.3	16	90	4	56	5	27	0	66	1.13
21350405--21350461	2	28.5	2	96	0	105	50	0	49	0	1.00
21350461--21350488	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
21354780--21354978	107	1.9	106	90	3	319	32	25	13	29	1.94
21355761--21355819	17	3.5	17	76	4	57	77	1	1	18	0.93
21359755--21359822	16	4.4	16	80	10	88	35	4	13	47	1.63
21361596--21361626	15	2.1	15	93	0	53	38	6	22	32	1.80
21362058--21362227	85	2.0	85	96	0	313	35	11	8	44	1.71
21363187--21363243	19	2.7	20	82	15	62	50	0	3	45	1.18
21369563--21369594	15	2.1	16	94	5	57	34	0	0	65	0.93
21370444--21370485	12	3.5	12	75	12	50	64	0	21	14	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21370436--21370487	24	2.2	24	100	0	104	61	0	23	15	1.33
21370441--21370487	13	3.7	13	76	23	55	63	0	21	14	1.30
21371230--21371293	32	2.0	33	84	3	85	14	45	6	34	1.70
21387590--21387655	25	2.6	25	81	9	80	28	22	21	27	1.99
21388430--21388508	25	3.2	25	80	7	79	26	21	20	31	1.98
21388446--21388512	25	2.7	25	81	9	82	28	23	20	26	1.99
21391547--21391614	27	2.5	25	79	11	64	26	29	17	26	1.98
21391575--21391698	27	4.6	26	81	6	104	25	25	14	33	1.94
21391580--21391698	54	2.2	55	81	4	143	26	24	15	34	1.94
21394305--21394482	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
21394305--21394482	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
21394326--21394481	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
21402381--21402558	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
21402381--21402558	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
21402402--21402557	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
21405981--21406062	42	2.0	42	85	4	112	23	29	20	26	1.99
21406840--21406887	22	2.2	22	85	7	62	29	20	6	43	1.76
21414268--21414299	14	2.4	13	90	10	55	25	0	0	75	0.81
21420391--21420516	22	5.3	24	83	10	136	38	19	24	16	1.92
21427608--21427736	49	2.7	46	84	10	147	39	20	24	15	1.91
21427611--21427736	22	5.3	24	83	10	145	38	20	24	15	1.92
21428802--21428838	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21428801--21428832	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
21432239--21432283	24	1.9	24	82	13	58	15	11	4	68	1.34
21435197--21435417	25	8.6	26	70	15	147	38	23	13	23	1.91
21435182--21435282	53	1.9	53	91	0	166	40	23	12	22	1.89
21435275--21435393	26	4.6	26	73	12	93	37	25	12	24	1.90
21435192--21435372	50	3.5	50	87	2	200	39	24	13	22	1.90
21435275--21435419	78	1.9	77	85	7	204	37	24	13	25	1.91
21441033--21441107	37	2.0	37	100	0	150	28	10	21	40	1.86
21444051--21444097	21	2.3	21	85	3	60	48	17	0	34	1.47
21445661--21445760	42	2.4	42	86	5	132	27	16	17	40	1.90
21445901--21445946	24	2.0	24	87	12	69	23	17	26	32	1.97
21448890--21448987	39	2.5	39	94	0	169	14	33	18	33	1.91
21448915--21448976	20	3.2	20	73	13	74	14	40	17	27	1.89
21448873--21448987	19	5.9	20	70	12	78	14	33	18	33	1.91
21448890--21449007	39	3.0	39	87	4	150	16	33	16	33	1.92
21450244--21450275	12	2.7	12	100	0	64	34	6	15	43	1.72
21451045--21451093	10	4.8	10	85	11	55	32	0	4	63	1.13
21453952--21453989	8	4.6	8	90	6	58	36	0	0	63	0.95
21453952--21453989	17	2.3	17	90	4	60	36	0	0	63	0.95
21453941--21453999	25	2.3	25	77	11	66	42	0	0	57	0.98
21459292--21459325	18	1.9	18	88	5	52	73	8	5	11	1.24
21471817--21471911	29	3.2	29	65	19	68	36	15	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21471900--21472041	61	2.3	60	82	5	169	34	16	22	26	1.95
21471829--21472004	90	2.0	90	86	4	248	36	15	21	25	1.93
21471907--21472041	60	2.2	61	85	1	173	33	17	22	26	1.96
21481409--21481438	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
21484377--21484424	23	2.1	23	96	0	87	39	14	12	33	1.84
21486904--21487094	50	3.7	49	80	7	193	26	21	29	23	1.99
21487357--21487395	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
21493227--21493255	15	1.9	15	100	0	58	27	13	0	58	1.36
21493536--21493733	50	3.9	50	79	9	204	27	21	28	22	1.99
21493998--21494036	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
21503228--21503346	58	2.1	58	93	0	202	18	15	19	47	1.83
21508815--21509147	105	3.0	108	86	6	449	34	12	14	38	1.83
21509824--21509877	21	2.5	21	77	14	56	35	44	0	20	1.52
21509869--21509933	14	4.5	15	80	7	64	40	29	1	29	1.66
21510343--21510619	41	6.7	41	80	3	252	28	27	19	24	1.99
21510687--21510718	16	2.0	16	100	0	64	12	25	25	37	1.91
21510955--21511008	21	2.5	21	77	14	56	35	44	0	20	1.52
21511018--21511055	7	5.4	7	87	0	58	36	34	0	28	1.58
21511018--21511064	14	3.3	14	96	3	85	36	34	0	29	1.58
21511479--21511746	41	6.5	40	80	6	182	31	25	19	24	1.98
21511547--21511747	82	2.4	83	82	4	228	32	23	18	25	1.97
21511966--21512010	7	6.9	7	82	7	51	31	51	2	15	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21512085--21512131	14	3.4	14	81	0	58	31	44	0	23	1.54
21512148--21512194	14	3.3	14	93	3	76	34	36	0	29	1.58
21512148--21512199	21	2.4	22	87	3	70	36	32	0	30	1.58
21512148--21512185	7	5.4	7	93	0	67	34	36	0	28	1.58
21512601--21512840	123	2.0	123	84	1	320	28	27	21	22	1.99
21512601--21512834	41	5.7	41	83	3	247	29	26	21	23	1.99
21512954--21513057	54	1.9	54	96	0	190	26	22	18	32	1.97
21514814--21514840	12	2.2	12	100	0	54	29	37	0	33	1.58
21517457--21517547	27	3.4	27	83	3	112	23	16	25	35	1.95
21517458--21517562	54	1.9	54	82	0	129	27	13	23	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196