genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  52  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14566949--14567088	44	3.2	43	67	16	115	47	2	2	47	1.29
14570587--14570627	17	2.4	17	88	8	57	70	0	7	21	1.11
14578054--14578096	21	2.0	21	100	0	86	16	27	18	37	1.92
14585585--14585628	21	2.1	21	86	0	61	18	25	20	36	1.95
14589881--14589941	26	2.4	26	81	13	65	19	1	40	37	1.62
14589892--14589943	26	2.0	26	96	0	95	15	1	38	44	1.58
14590799--14591044	39	6.3	38	83	5	262	39	17	13	29	1.88
14590798--14591044	117	2.1	117	85	5	331	39	17	14	29	1.89
14592071--14592112	17	2.5	17	88	0	57	38	2	9	50	1.48
14599874--14599906	18	1.9	18	88	11	52	39	0	12	48	1.40
14602760--14602806	25	1.9	24	83	12	60	23	19	23	34	1.97
14602880--14602916	16	2.3	16	95	0	65	45	16	13	24	1.83
14612315--14612556	50	4.9	50	82	4	258	28	20	28	23	1.99
14615231--14615339	24	4.5	23	73	13	85	20	29	19	31	1.97
14624321--14624388	23	2.9	23	88	4	91	30	22	27	19	1.97
14624321--14624398	23	3.3	22	82	13	86	32	21	26	19	1.97
14629337--14629542	40	5.3	40	76	10	178	11	25	22	40	1.87
14629443--14629590	44	3.6	40	75	9	102	15	22	22	38	1.92
14629469--14629600	44	3.1	44	74	7	128	17	24	22	35	1.95
14630636--14630673	19	2.0	19	89	0	58	7	18	5	68	1.34
14631447--14631508	3	20.7	3	86	0	88	35	1	1	61	1.16
14632089--14632128	20	2.1	18	86	13	53	25	15	2	57	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14632163--14632698	109	4.9	109	93	0	840	30	16	18	33	1.94
14635339--14635387	25	1.9	27	84	12	68	20	16	8	55	1.66
14636061--14636088	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
14638392--14638679	50	5.8	50	75	0	243	35	20	18	25	1.95
14638383--14638756	100	3.8	100	85	2	475	35	20	19	25	1.96
14638385--14638756	200	1.9	199	88	1	566	35	20	19	25	1.96
14638648--14638883	125	1.9	125	90	1	375	35	20	18	26	1.95
14638918--14639906	44	22.9	43	68	11	362	31	21	21	26	1.98
14638966--14639428	218	2.1	217	83	4	576	30	19	22	26	1.98
14639273--14639984	129	5.5	129	91	0	1109	31	21	20	26	1.98
14641705--14641760	3	18.7	3	84	0	76	35	1	1	60	1.17
14642336--14642375	20	2.1	18	86	13	53	25	15	2	57	1.50
14642414--14642714	109	2.8	109	94	0	521	31	16	19	31	1.95
14644776--14644833	31	1.9	31	85	3	82	20	18	27	32	1.97
14647280--14647325	14	3.4	14	70	11	51	26	28	26	19	1.99
14647261--14647326	26	2.5	26	95	0	114	27	25	25	21	1.99
14651227--14651270	20	2.2	21	80	19	58	68	0	2	29	1.02
14651232--14651270	20	2.0	20	90	9	64	66	0	2	30	1.05
14652096--14652145	22	2.2	23	85	3	75	46	18	6	30	1.73
14667302--14667359	26	2.2	26	81	6	73	29	12	25	32	1.92
14667504--14667579	27	2.8	27	73	0	80	35	9	27	27	1.87
14667505--14667591	27	3.2	27	68	18	63	36	9	27	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14674764--14674812	25	2.0	25	84	8	64	38	18	8	34	1.80
14676071--14676120	18	2.8	18	87	3	75	12	44	30	14	1.81
14678406--14678445	21	1.9	21	94	0	71	27	22	25	25	2.00
14692388--14692519	9	13.9	9	73	15	70	56	3	0	40	1.20
14692388--14692520	10	13.9	10	71	17	59	56	3	0	39	1.20
14692386--14692477	37	2.4	38	75	12	100	57	4	0	38	1.19
14692392--14692459	28	2.4	28	78	4	75	64	4	0	30	1.13
14696354--14696446	38	2.4	39	85	7	127	66	9	7	16	1.42
14699369--14699466	40	2.6	38	77	8	101	28	25	20	25	1.99
14700333--14700399	22	3.0	22	74	20	68	1	22	4	71	1.12
14705626--14705652	14	1.9	14	100	0	54	55	14	0	29	1.40
14712817--14712892	40	1.9	40	83	5	100	30	25	28	15	1.96
14712972--14713183	41	5.2	41	82	2	228	15	26	25	33	1.95
14712972--14713251	82	3.4	82	78	2	206	17	25	23	33	1.96
14715109--14715182	37	2.0	38	89	7	116	21	1	39	37	1.62
14715490--14715558	35	2.0	36	86	11	99	55	7	0	37	1.28
14718339--14718414	7	11.0	7	73	14	52	61	3	3	30	1.32
14718447--14718856	56	7.2	56	93	3	669	46	11	1	40	1.51
14718605--14718649	22	2.0	22	95	0	81	46	11	0	42	1.39
14718660--14718705	22	2.1	22	95	0	83	47	10	0	41	1.38
14718717--14718823	22	5.0	22	69	22	86	48	11	0	39	1.45
14718844--14718990	16	8.8	16	72	16	104	42	19	1	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14718844--14719060	9	25.3	9	67	19	108	42	18	1	36	1.59
14718844--14718970	25	5.1	25	67	17	77	42	18	0	38	1.56
14718413--14718939	112	4.5	117	89	6	665	45	11	1	40	1.52
14718844--14718990	34	4.4	33	71	17	115	42	19	1	37	1.60
14718994--14719049	25	2.2	25	90	0	85	44	17	0	37	1.49
14719028--14719060	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
14724486--14724656	66	2.6	65	83	4	209	42	19	25	12	1.87
14725072--14725319	43	5.8	43	76	7	211	25	17	29	27	1.97
14725072--14725319	85	2.9	85	82	5	288	25	17	29	27	1.97
14729188--14729360	30	5.7	30	86	1	211	33	9	15	41	1.80
14732011--14732043	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
14732328--14732384	29	2.1	26	83	9	69	36	7	15	40	1.75
14734982--14735050	29	2.4	29	85	2	86	33	4	13	49	1.61
14737267--14737305	19	2.1	19	85	9	53	33	0	7	58	1.26
14737391--14737446	19	2.8	19	70	17	51	33	0	1	64	1.04
14737400--14737446	20	2.3	20	79	13	60	36	0	2	61	1.08
14742972--14743000	11	2.6	11	100	0	58	41	0	0	58	0.98
14753884--14753932	9	5.4	9	80	7	55	51	0	0	48	1.00
14753882--14753932	26	1.9	27	88	4	77	50	0	0	49	1.00
14762952--14763255	115	2.7	111	79	11	307	26	8	17	48	1.75
14763551--14763597	15	2.9	16	78	6	51	27	4	4	63	1.31
14770942--14770984	23	1.9	23	85	4	61	46	2	0	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14773329--14773361	14	2.4	14	85	14	50	24	12	36	27	1.91
14777309--14777426	31	3.9	31	77	14	138	44	9	20	25	1.81
14777234--14777426	90	2.1	89	81	9	223	45	11	17	25	1.83
14777423--14777448	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
14778394--14778450	30	1.9	29	89	10	89	31	0	28	40	1.57
14778736--14778998	49	5.4	49	94	1	438	24	1	12	61	1.41
14778779--14778946	16	10.3	16	65	17	78	25	1	11	61	1.40
14778669--14778971	147	2.1	142	76	10	304	27	2	12	57	1.49
14778735--14779036	147	2.1	148	87	5	443	24	1	11	61	1.40
14779056--14779108	26	2.0	27	88	3	81	33	3	28	33	1.75
14780615--14780649	14	2.5	14	100	0	70	34	14	5	45	1.68
14781263--14781327	24	2.7	24	74	11	62	26	35	26	12	1.91
14781459--14781532	33	2.2	33	87	0	103	18	45	9	25	1.80
14781473--14781538	33	2.0	33	93	0	114	18	42	10	28	1.83
14781792--14781998	49	4.3	49	87	2	269	44	13	11	30	1.79
14785464--14785648	101	1.8	102	91	3	311	23	17	27	30	1.97
14785461--14785646	51	3.7	49	81	6	205	23	17	27	30	1.97
14785652--14785736	46	1.9	45	86	11	122	22	16	27	34	1.95
14785875--14785910	16	2.3	16	90	4	56	58	0	16	25	1.38
14806628--14806658	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14806711--14806747	9	4.1	9	89	0	56	48	10	10	29	1.72
14812681--14812722	16	2.8	15	79	10	50	38	7	16	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14820963--14820994	13	2.4	14	90	10	50	21	18	6	53	1.67
14826210--14826329	50	2.4	49	80	4	134	25	23	18	32	1.97
14826262--14826431	50	3.4	50	78	3	173	21	29	20	28	1.98
14830482--14830611	48	2.7	49	82	7	176	21	17	26	34	1.96
14842321--14842361	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
14842571--14842623	23	2.3	23	93	0	88	26	20	24	28	1.99
14851868--14851915	22	2.3	22	89	7	73	43	0	0	56	0.99
14851870--14851927	22	2.6	22	84	13	66	44	0	0	55	0.99
14851919--14851949	12	2.6	12	94	0	53	41	0	6	51	1.27
14856037--14856130	42	2.2	42	96	0	170	24	13	10	51	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196