genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  68  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19463855--19464050	85	2.3	84	78	12	231	28	22	20	28	1.99
19463727--19464009	128	2.2	125	84	5	309	28	20	22	27	1.99
19463893--19464051	85	1.9	84	87	6	232	28	20	22	29	1.98
19464106--19464717	50	12.2	50	71	1	384	26	22	20	29	1.98
19464106--19464717	100	6.1	100	87	1	825	26	22	20	29	1.98
19464857--19465030	88	2.0	88	89	0	267	25	25	21	28	1.99
19469667--19469730	26	2.4	26	84	7	76	62	9	10	17	1.53
19475300--19475358	30	2.0	29	86	6	82	40	0	38	20	1.53
19475573--19475609	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19478289--19478356	34	2.0	34	97	0	127	26	13	8	51	1.70
19478679--19478712	17	2.0	17	94	0	59	61	5	2	29	1.34
19478972--19479008	4	8.8	4	91	8	56	78	0	0	21	0.75
19480395--19481349	132	7.2	132	90	0	1387	28	24	18	27	1.98
19480499--19481718	44	28.3	44	68	11	259	26	23	20	28	1.99
19481320--19481764	82	5.4	82	94	0	755	22	21	24	30	1.99
19481771--19481916	50	2.9	49	77	3	130	25	23	21	29	1.99
19482007--19482353	44	7.9	43	80	5	329	30	25	16	27	1.97
19481996--19482326	132	2.5	131	83	5	375	29	24	16	29	1.97
19482007--19482353	87	4.0	84	78	7	334	30	25	16	27	1.97
19491633--19491673	13	3.3	13	83	10	59	2	19	0	78	0.87
19495243--19495310	34	2.0	34	97	0	127	26	13	8	51	1.70
19495633--19495666	17	2.0	17	94	0	59	61	5	2	29	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19495914--19495960	20	2.3	20	88	3	67	80	0	4	14	0.85
19495925--19495956	15	2.1	16	94	5	57	84	0	0	15	0.63
19495926--19495960	12	2.8	13	87	12	56	82	0	0	17	0.66
19497318--19497342	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
19497914--19497977	28	2.3	28	75	0	74	50	4	3	42	1.39
19498217--19498243	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
19498218--19498250	11	3.1	11	91	4	50	24	0	3	72	0.98
19498295--19498319	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
19499328--19499366	15	2.5	17	88	12	57	66	0	10	23	1.22
19500194--19500294	29	3.4	29	88	1	148	44	13	25	15	1.84
19500186--19500447	30	8.7	30	81	5	185	41	13	24	20	1.89
19500278--19500500	30	7.4	30	79	8	168	39	13	22	23	1.90
19500375--19500446	29	2.4	30	86	2	101	43	12	27	16	1.84
19500134--19500500	30	12.2	30	74	10	152	40	14	23	22	1.90
19507837--19508136	30	10.1	29	76	7	187	39	12	24	23	1.90
19507837--19508117	119	2.4	118	81	6	302	38	12	24	23	1.90
19512792--19512886	25	3.8	25	85	0	118	30	17	25	26	1.98
19515498--19515531	17	2.0	17	88	0	50	64	5	23	5	1.38
19515769--19515828	27	2.3	27	91	2	95	13	23	16	46	1.82
19522047--19522071	11	2.3	11	100	0	50	48	8	0	44	1.32
19526249--19526279	7	4.3	7	95	4	53	41	16	0	41	1.48
19526718--19526793	38	2.0	38	92	0	125	35	18	18	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19533659--19533693	14	2.6	13	86	8	52	8	17	0	74	1.06
19534277--19534333	19	3.0	19	84	0	78	45	0	17	36	1.49
19552160--19552506	27	12.9	27	85	4	425	41	22	18	17	1.91
19553963--19554147	101	1.8	102	85	3	266	24	18	28	28	1.98
19553959--19554145	51	3.7	50	75	7	171	24	18	28	27	1.98
19554156--19554243	45	2.0	45	83	0	113	27	18	21	32	1.96
19559475--19559560	45	1.9	45	90	0	136	27	16	23	32	1.96
19581192--19581236	23	2.0	22	82	4	54	33	8	20	37	1.83
19587105--19587146	22	2.0	21	85	4	57	33	4	23	38	1.76
19596130--19596220	35	2.6	35	82	3	103	26	25	20	27	1.99
19600386--19600410	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
19607121--19607165	10	4.3	11	81	16	51	22	6	6	64	1.41
19609911--19609972	24	2.7	22	70	18	63	32	0	22	45	1.53
19610872--19610901	15	2.0	15	100	0	60	60	13	0	26	1.34
19610976--19611009	15	2.3	15	94	0	59	5	41	17	35	1.74
19612433--19612545	27	4.2	27	77	0	109	24	26	13	35	1.92
19612683--19612862	45	4.0	45	80	1	191	23	18	12	45	1.84
19612787--19612856	23	3.1	23	69	19	65	22	21	12	42	1.87
19612691--19612863	90	1.9	90	85	2	240	23	17	12	45	1.83
19619170--19619349	94	1.9	95	82	4	229	44	10	10	35	1.72
19621816--19621849	5	7.0	5	93	6	61	58	0	0	41	0.98
19621816--19621854	15	2.6	14	88	11	60	56	2	0	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19625967--19626007	19	2.2	19	100	0	82	26	14	0	58	1.37
19627710--19627762	27	2.0	27	92	0	88	43	3	1	50	1.30
19632770--19632813	23	2.0	22	86	4	61	52	13	4	29	1.60
19635897--19635936	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
19635883--19635948	35	1.9	34	90	6	107	31	7	13	46	1.71
19636040--19636086	18	2.5	19	75	10	51	42	2	0	55	1.12
19646413--19646559	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	1.99
19646459--19646639	80	2.3	80	83	9	219	27	28	20	23	1.99
19646456--19646639	40	4.6	40	81	7	187	27	27	20	23	1.99
19653116--19653193	39	2.0	39	100	0	156	41	17	17	23	1.91
19659172--19659215	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
19659237--19659325	45	2.0	45	91	4	144	33	24	17	23	1.96
19659332--19659468	51	2.7	51	88	2	195	32	27	16	22	1.96
19662153--19662189	17	2.2	17	90	0	56	70	2	2	24	1.14
19663264--19663310	24	1.9	25	86	4	69	21	21	14	42	1.88
19670011--19670073	30	2.1	30	82	11	76	57	1	14	26	1.47
19671062--19671131	26	2.7	26	75	14	72	17	31	20	31	1.95
19671123--19671242	25	4.9	24	71	7	71	19	26	20	33	1.97
19672918--19672955	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
19690084--19690159	11	6.8	11	71	21	52	52	1	1	44	1.17
19690047--19690145	17	5.8	18	70	21	63	50	4	2	43	1.32
19694170--19694209	20	2.1	20	86	9	57	17	2	15	65	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19701497--19701524	10	2.8	10	100	0	56	50	7	0	42	1.30
19706761--19706909	53	2.8	53	83	6	174	36	0	32	29	1.63
19706761--19706920	54	3.0	52	83	9	171	38	0	33	28	1.62
19706902--19706939	19	2.0	19	85	10	51	39	0	34	26	1.57
19706782--19707010	126	1.8	128	83	9	308	38	0	34	26	1.60
19706901--19707052	48	3.1	47	78	13	171	40	0	32	26	1.56
19706996--19707040	20	2.2	20	84	0	54	44	0	31	24	1.54
19710901--19711655	23	32.4	23	71	12	263	40	17	14	27	1.88
19710864--19711658	93	8.5	92	87	4	799	40	17	14	27	1.89
19710947--19711635	255	2.7	254	88	3	963	40	17	14	27	1.89
19710947--19711657	209	3.4	207	82	6	742	40	17	14	27	1.89
19712348--19712473	28	4.5	28	89	2	173	30	23	12	32	1.92
19714173--19714351	28	6.4	28	94	1	288	26	11	27	34	1.91
19722193--19722376	40	4.6	41	81	11	197	25	21	27	25	1.99
19722193--19722376	79	2.3	80	83	6	214	25	21	27	25	1.99
19724631--19725411	186	4.2	186	89	3	1062	39	17	14	27	1.89
19724631--19725318	93	7.4	93	92	1	1087	39	17	15	27	1.89
19725274--19725451	93	1.9	94	94	2	313	42	16	11	29	1.84
19725053--19725439	209	1.9	209	96	1	713	40	17	14	27	1.88
19726139--19726264	28	4.5	28	89	2	173	30	24	12	32	1.92
19729244--19729998	23	32.4	23	71	11	261	40	17	14	27	1.88
19729207--19730001	93	8.5	93	88	4	839	39	17	14	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19729290--19729978	255	2.7	254	88	3	963	40	17	14	27	1.89
19729290--19730000	209	3.4	207	82	6	742	40	17	14	27	1.89
19730691--19730816	28	4.5	28	87	2	173	30	24	12	32	1.92
19745076--19745236	41	3.9	41	94	0	259	27	20	22	29	1.98
19752428--19752521	41	2.3	41	94	0	161	26	20	23	29	1.99
19754551--19754595	16	2.9	16	87	6	58	48	0	8	42	1.34
19763625--19763660	5	7.2	5	87	12	56	44	0	0	55	0.99
19764752--19764791	19	2.1	19	85	0	53	62	12	2	22	1.42
19765340--19765374	17	2.1	17	89	10	54	80	11	0	8	0.92
19765340--19765374	18	2.0	17	94	5	61	80	11	0	8	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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