genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  110  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33176308--33176356	9	6.0	9	88	11	63	53	0	0	46	1.00
33176540--33176606	23	3.0	22	78	18	77	49	4	0	46	1.22
33176540--33176606	22	3.0	21	81	14	82	49	4	0	46	1.22
33178459--33178603	73	2.0	73	81	9	170	42	0	31	26	1.56
33181628--33181818	41	4.7	41	84	0	265	19	27	17	35	1.94
33181628--33181818	82	2.3	82	92	0	310	19	27	17	35	1.94
33189216--33189400	51	3.7	50	73	7	167	31	26	17	24	1.97
33199236--33199262	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
33201599--33201734	67	2.0	67	95	0	245	32	17	25	25	1.97
33203659--33203698	21	1.9	21	85	10	55	40	12	25	22	1.89
33207845--33207901	25	2.2	26	87	3	80	29	14	10	45	1.78
33207845--33207901	26	2.2	25	84	9	71	29	14	10	45	1.78
33217585--33217639	25	2.2	25	80	6	67	38	9	20	32	1.84
33218716--33218809	41	2.3	41	87	5	129	42	22	3	31	1.69
33218782--33218878	17	5.4	17	71	18	70	43	21	2	32	1.64
33218735--33218905	39	4.4	39	79	10	156	43	21	3	32	1.69
33221042--33221081	17	2.4	17	87	4	55	50	7	17	25	1.72
33231248--33231377	28	4.7	28	84	1	163	33	25	13	27	1.93
33231248--33231384	55	2.5	55	84	3	168	33	24	13	27	1.94
33236622--33236806	50	3.7	51	79	7	173	24	18	25	31	1.98
33236622--33236805	101	1.8	101	84	4	255	24	19	25	30	1.98
33239672--33239775	49	2.1	51	84	10	135	26	16	6	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33254105--33254274	27	6.3	26	82	4	160	42	20	16	20	1.89
33254105--33254274	81	2.1	81	84	4	218	42	20	16	20	1.89
33254436--33254516	26	3.1	26	85	0	117	23	17	19	39	1.92
33254633--33254712	28	2.6	33	81	15	91	23	26	26	23	2.00
33264942--33264984	6	6.8	6	79	10	50	27	0	0	72	0.85
33268089--33268139	22	2.3	22	100	0	102	19	27	21	31	1.97
33269992--33270034	4	10.0	4	80	14	50	20	2	2	74	1.04
33274410--33274522	59	1.9	59	83	5	149	28	16	6	48	1.70
33282283--33282545	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
33282322--33282580	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
33285461--33285527	33	2.0	33	100	0	134	22	14	26	35	1.93
33290270--33290532	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
33290309--33290567	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
33294473--33294595	25	4.9	25	71	7	88	30	21	17	30	1.97
33296129--33296311	101	1.8	102	89	3	289	25	19	26	29	1.98
33296133--33296310	51	3.5	52	74	9	179	25	18	26	29	1.98
33296538--33296569	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
33298575--33298604	15	2.0	15	93	0	51	50	0	20	30	1.49
33316292--33316346	10	5.3	10	80	8	56	30	1	9	58	1.40
33351260--33351292	15	2.2	15	94	0	57	24	27	15	33	1.95
33353231--33353361	65	2.0	65	92	0	217	25	16	28	29	1.97
33357283--33358227	44	21.6	44	67	10	196	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33357373--33357669	129	2.3	129	83	4	341	25	21	21	30	1.98
33357417--33357705	129	2.2	129	82	3	341	27	22	21	29	1.99
33357211--33357921	348	2.0	347	86	2	998	27	22	20	29	1.98
33357211--33358138	348	2.7	345	80	6	804	26	23	20	29	1.99
33357542--33358327	218	3.6	217	85	2	961	26	23	20	29	1.99
33357890--33358231	44	7.8	44	71	9	198	24	26	21	28	1.99
33357558--33358382	437	1.9	437	80	5	986	26	24	20	29	1.99
33360812--33360863	18	2.9	18	81	16	63	11	3	7	76	1.12
33360811--33360867	14	4.2	14	77	18	50	10	3	7	78	1.05
33361012--33361191	90	2.0	90	98	0	351	36	17	19	26	1.94
33365628--33365655	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
33379670--33379736	27	2.5	26	72	11	64	43	4	0	52	1.21
33379677--33379738	27	2.3	27	75	8	65	40	4	0	54	1.22
33381085--33381204	58	2.1	58	98	0	231	36	5	22	35	1.78
33387492--33387525	16	2.2	15	94	5	59	47	0	0	52	1.00
33392253--33393002	383	2.0	378	84	4	968	35	17	11	35	1.86
33407068--33407140	29	2.5	28	86	10	103	27	15	30	27	1.96
33407098--33407424	173	1.9	174	92	0	557	30	14	23	31	1.94
33408841--33408886	16	2.8	17	80	6	67	30	19	8	41	1.82
33410032--33410099	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
33410201--33410279	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
33421708--33421756	21	2.5	20	83	6	55	40	10	12	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33427260--33427510	40	6.3	40	86	0	340	15	29	17	37	1.91
33427296--33427358	20	3.2	20	71	8	65	11	33	17	38	1.85
33427396--33427459	20	3.2	20	68	0	56	12	35	20	31	1.90
33433957--33434171	40	5.4	40	77	3	218	16	31	14	38	1.88
33433964--33434171	79	2.6	79	80	3	213	16	30	14	37	1.90
33434563--33434593	13	2.4	13	94	0	53	32	38	16	12	1.86
33441130--33441230	28	3.6	28	78	2	105	27	20	11	39	1.88
33451612--33451679	29	2.3	29	89	0	109	16	10	26	47	1.78
33451773--33451961	29	6.6	29	80	1	182	25	15	24	33	1.95
33451754--33451977	58	3.9	58	81	2	229	26	15	22	35	1.94
33451838--33451977	29	4.9	29	83	0	156	25	15	23	35	1.94
33451884--33452004	58	2.1	58	81	7	140	34	12	19	33	1.89
33458293--33458323	12	2.6	12	100	0	62	35	0	41	22	1.54
33460106--33460132	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
33460185--33460275	43	2.1	43	100	0	182	49	16	0	34	1.46
33460242--33460302	27	2.3	27	97	0	113	47	14	1	36	1.55
33466343--33466485	43	3.4	42	81	4	155	25	16	27	30	1.97
33469951--33469988	6	6.0	6	88	11	58	18	0	2	78	0.86
33472114--33472154	17	2.4	18	80	12	50	14	24	0	60	1.34
33477836--33477875	19	2.2	19	86	8	57	12	27	45	15	1.82
33481839--33481874	16	2.2	17	90	5	56	11	52	0	36	1.37
33492699--33492728	7	4.3	7	91	0	51	13	53	0	33	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33493427--33493795	185	2.0	185	98	0	711	33	8	15	42	1.77
33497267--33497459	67	3.0	65	72	19	186	43	3	4	49	1.39
33497331--33497431	29	3.4	29	65	22	73	41	4	2	50	1.39
33497336--33497451	61	1.9	58	86	5	160	43	3	3	50	1.36
33497338--33497472	58	2.3	60	83	8	161	44	3	3	48	1.38
33497449--33497510	32	1.9	32	96	0	115	43	3	8	45	1.49
33500711--33500746	18	1.9	19	94	5	65	52	0	2	44	1.15
33505539--33505577	20	1.9	21	84	5	53	58	7	5	28	1.47
33506843--33506914	26	2.8	26	87	6	76	15	6	38	38	1.74
33506855--33506914	26	2.3	26	91	5	95	16	5	36	41	1.70
33507266--33507387	44	2.8	43	79	2	136	31	25	16	27	1.96
33507355--33507474	44	2.7	44	75	7	127	22	26	22	28	1.99
33507556--33507969	129	3.2	128	89	2	614	23	23	19	33	1.97
33509242--33509272	13	2.3	13	94	5	53	12	12	0	74	1.08
33509242--33509272	7	4.6	7	92	8	55	12	12	0	74	1.08
33514279--33514327	23	2.1	23	100	0	98	34	14	24	26	1.94
33519757--33519810	21	2.6	21	87	0	81	24	9	35	31	1.87
33520394--33520621	113	2.0	113	99	0	447	35	17	14	32	1.90
33527242--33527280	17	2.4	17	86	4	53	23	2	2	71	1.10
33529403--33529588	50	3.7	50	82	2	205	27	23	26	22	1.99
33534315--33534497	40	4.6	40	81	7	187	24	20	27	28	1.99
33534315--33534494	80	2.3	81	83	10	212	23	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33542246--33542428	40	4.6	40	81	7	187	24	20	27	28	1.99
33542246--33542425	80	2.3	81	83	10	212	23	20	27	27	1.99
33550200--33550327	40	3.2	40	87	2	188	22	20	27	29	1.98
33565593--33565623	16	1.9	16	100	0	62	19	12	3	64	1.41
33565852--33566038	51	3.7	51	77	11	188	29	28	17	23	1.97
33565849--33566037	101	1.9	102	84	3	256	30	29	17	22	1.97
33571678--33571709	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
33571934--33572077	50	2.9	50	81	5	164	31	27	14	26	1.95
33573216--33573755	268	2.0	268	97	0	1026	35	15	18	31	1.91
33577051--33577102	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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