genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  30  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8381964--8382005	17	2.7	16	85	10	52	52	0	0	47	1.00
8381978--8382022	24	2.0	22	91	8	72	51	0	0	48	1.00
8381968--8382021	15	3.7	15	76	14	60	53	0	0	46	1.00
8389424--8389455	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
8389612--8389728	41	2.8	41	81	8	121	32	29	15	23	1.95
8389616--8389771	43	3.7	42	74	14	151	30	28	17	23	1.97
8396128--8396223	37	2.8	33	73	16	86	21	12	1	64	1.33
8396172--8396218	22	2.1	22	88	7	69	21	8	2	68	1.27
8396875--8396918	19	2.4	18	80	3	52	50	4	6	38	1.50
8400220--8400279	29	2.1	29	87	6	86	41	8	3	46	1.50
8400205--8400279	34	2.4	34	84	10	97	42	6	2	48	1.43
8401300--8401324	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8405775--8406004	90	2.5	91	83	3	277	33	11	15	40	1.83
8406539--8406648	29	3.7	29	78	9	105	38	14	14	32	1.87
8411192--8411233	21	2.0	21	86	13	59	54	0	2	42	1.13
8411192--8411243	20	2.5	21	78	9	54	51	0	1	46	1.12
8421425--8421464	20	2.0	21	85	5	55	15	2	32	50	1.57
8423875--8423916	22	1.9	22	95	0	75	64	0	26	9	1.24
8424001--8424025	13	1.9	13	100	0	50	24	8	16	52	1.70
8424032--8424126	44	2.3	39	82	12	118	16	2	28	52	1.55
8426309--8426383	35	2.3	32	78	14	89	29	22	12	36	1.90
8426319--8426389	35	2.0	35	94	0	124	30	21	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8430780--8430810	14	2.2	14	100	0	62	51	6	12	29	1.65
8443498--8443531	18	1.9	18	94	5	61	32	0	14	52	1.42
8450711--8450756	17	2.8	17	86	3	58	71	2	26	0	0.97
8450722--8450755	12	2.8	12	86	0	50	79	0	20	0	0.73
8454783--8454842	30	2.0	30	93	0	102	26	3	13	56	1.52
8455711--8455744	17	2.0	17	88	0	50	0	5	5	88	0.64
8463503--8463671	46	3.5	46	74	13	133	30	27	14	27	1.95
8477115--8477159	16	2.7	18	73	16	51	53	0	2	44	1.13
8483242--8483266	13	1.9	13	100	0	50	16	40	20	24	1.91
8484696--8484744	26	2.0	24	84	8	62	55	6	0	38	1.25
8494747--8494849	53	1.9	53	92	0	170	40	10	19	29	1.85
8496872--8496912	16	2.7	15	85	10	57	48	2	0	48	1.14
8505134--8505215	36	2.3	36	82	4	94	28	7	21	42	1.79
8505136--8505215	18	4.4	18	73	6	72	28	7	21	42	1.80
8505963--8506004	17	2.5	17	88	0	57	30	9	14	45	1.77
8509176--8509215	19	2.0	20	85	4	55	25	0	20	55	1.44
8522868--8522967	37	2.7	37	92	0	155	44	27	13	16	1.84
8524978--8525305	98	3.4	96	90	1	485	38	17	2	41	1.61
8525368--8525514	40	3.7	40	77	3	136	26	23	21	28	1.99
8533757--8533801	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
8533754--8533811	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
8534804--8534847	19	2.5	17	85	7	61	36	9	22	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8534832--8534876	23	2.0	23	83	8	58	33	4	17	44	1.69
8538006--8538051	24	2.0	24	91	4	76	23	28	21	26	1.99
8539641--8539666	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
8541776--8541817	11	3.5	12	77	9	50	71	0	4	23	1.05
8542685--8542738	24	2.2	24	87	12	76	53	1	5	38	1.35
8543487--8543560	19	3.8	19	87	7	112	37	9	16	36	1.81
8543487--8543549	21	3.1	21	93	4	103	36	9	15	38	1.81
8545468--8545519	21	2.6	19	80	11	68	38	17	9	34	1.82
8545475--8545518	21	2.1	21	91	0	70	40	15	6	36	1.74
8545929--8546008	42	1.9	42	92	0	133	30	23	12	33	1.92
8545994--8546429	88	5.0	88	89	0	622	23	26	23	26	2.00
8546019--8546330	44	7.1	43	64	13	143	24	27	23	25	2.00
8551568--8551601	10	3.3	10	87	4	50	67	8	0	23	1.18
8552857--8552920	34	1.9	34	84	9	87	56	0	9	34	1.32
8553011--8553044	18	2.0	17	88	11	52	58	2	2	35	1.28
8553015--8553097	25	3.5	23	76	13	80	48	6	8	37	1.58
8553139--8553174	15	2.3	15	90	4	54	66	5	0	27	1.13
8553146--8553191	18	2.8	16	87	9	58	63	0	4	32	1.14
8553146--8553175	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8554127--8554162	17	2.2	17	90	5	56	8	5	36	50	1.56
8554626--8554854	44	5.2	44	72	8	169	28	23	19	28	1.98
8554598--8556242	132	12.5	132	87	1	2257	27	24	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8555420--8555601	44	4.1	44	67	8	109	26	24	20	28	1.99
8557504--8557536	13	2.3	15	85	15	52	12	15	0	72	1.12
8557504--8557536	7	4.7	7	85	14	50	12	15	0	72	1.12
8562440--8562474	19	1.9	18	88	11	54	57	2	5	34	1.37
8562444--8562529	25	3.5	24	71	21	79	48	4	9	37	1.56
8562569--8562604	15	2.3	15	90	4	54	66	5	0	27	1.13
8562576--8562621	18	2.8	16	87	9	58	63	0	4	32	1.14
8562576--8562605	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8563369--8563406	10	4.0	10	90	6	53	71	10	0	18	1.14
8563576--8563611	17	2.2	17	90	5	56	8	5	36	50	1.56
8563807--8563980	31	5.5	31	70	19	99	50	0	6	43	1.32
8568671--8568733	30	2.1	30	81	0	72	17	30	25	26	1.97
8577594--8577645	24	2.2	24	82	0	59	55	11	1	30	1.46
8581536--8581574	9	4.4	9	87	6	53	79	2	2	15	0.95
8581536--8581574	17	2.2	17	86	4	51	79	2	2	15	0.95
8581585--8581631	18	2.7	18	86	3	69	74	0	23	2	0.93
8581585--8581634	6	8.5	6	88	4	57	72	0	26	2	0.96
8581585--8581634	12	4.2	12	84	5	66	72	0	26	2	0.96
8585917--8585978	32	2.0	31	87	9	90	32	3	1	62	1.20
8586154--8586229	39	1.9	39	81	0	89	30	5	17	47	1.69
8586349--8586414	19	3.4	19	75	8	60	30	7	13	48	1.70
8592040--8592103	31	2.1	31	91	5	103	42	9	3	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8599511--8599568	23	2.5	23	94	0	98	20	18	17	43	1.89
8599527--8599579	23	2.3	23	93	0	88	20	18	20	39	1.92
8619787--8619842	28	2.0	28	92	0	94	25	14	30	30	1.95
8622951--8623058	53	2.0	53	100	0	216	46	22	14	16	1.84
8623237--8623289	19	2.6	21	77	11	58	64	0	0	35	0.94
8623258--8623317	28	2.1	28	84	6	77	60	1	3	35	1.23
8623257--8623325	29	2.4	28	82	2	84	57	1	2	37	1.22
8624657--8624682	11	2.4	11	100	0	52	7	7	7	76	1.15
8625656--8625732	37	2.1	35	83	4	91	40	16	14	28	1.88
8627331--8627376	21	2.2	20	81	7	56	50	8	8	32	1.64
8630266--8630397	46	2.9	47	82	5	153	28	20	21	28	1.98
8638830--8638880	13	3.9	13	75	10	50	68	5	0	25	1.12
8638840--8638893	23	2.3	23	78	9	56	62	5	1	29	1.28
8639243--8639282	20	2.0	21	85	5	55	57	10	2	30	1.45
8656584--8656626	22	2.0	22	95	0	77	32	4	20	41	1.73
8659226--8659284	28	2.1	28	83	0	73	49	3	22	25	1.65
8659890--8659932	18	2.5	17	80	3	50	27	0	9	62	1.25
8661015--8661048	15	2.3	15	95	5	61	32	0	2	64	1.08
8661350--8661399	20	2.5	20	80	6	57	22	4	38	36	1.73
8662048--8662089	21	2.0	21	85	4	57	61	7	7	23	1.47
8665338--8665380	20	2.2	20	86	0	59	65	9	0	25	1.22
8668257--8668334	33	2.4	33	86	0	111	46	16	19	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8681015--8681069	26	2.1	26	100	0	110	41	12	21	23	1.88
8684480--8684542	18	3.7	17	79	8	74	26	0	4	68	1.10
8684491--8684547	8	6.9	8	86	7	78	24	0	3	71	1.01
8696133--8696185	12	4.6	12	74	9	56	66	0	33	0	0.92
8699867--8699919	20	2.6	20	82	17	65	62	0	15	22	1.32
8705704--8705764	29	2.1	29	96	0	113	50	11	6	31	1.64
8708047--8708078	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
8710627--8710668	13	3.0	14	79	6	50	45	14	0	40	1.45
8720123--8720165	23	1.9	23	86	13	63	58	0	0	41	0.98
8720591--8720621	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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