genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  98  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29023092--29023160	33	2.2	31	87	10	95	20	26	21	31	1.98
29026318--29026363	24	1.9	24	82	8	58	54	10	0	34	1.36
29041584--29041650	23	2.8	24	80	11	75	32	17	25	23	1.97
29046723--29046969	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
29051845--29051923	37	2.1	37	84	9	99	26	29	17	26	1.98
29052042--29052408	47	7.7	47	93	1	565	29	29	8	32	1.87
29052326--29052482	76	2.1	74	97	2	296	33	28	5	33	1.79
29052375--29052435	27	2.3	27	100	0	122	37	26	0	36	1.57
29052237--29052546	172	1.8	171	96	2	577	30	28	8	32	1.86
29052409--29052546	47	2.9	47	98	1	267	29	28	9	31	1.88
29059508--29059754	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
29069050--29069083	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
29088307--29088436	33	3.7	34	70	16	111	23	22	24	30	1.99
29088157--29088427	74	3.7	73	83	8	345	22	20	27	30	1.98
29095040--29095286	33	7.5	33	75	16	185	19	20	27	32	1.97
29103163--29103223	22	2.7	22	73	16	63	63	4	6	24	1.38
29103602--29103630	15	1.9	15	100	0	58	41	20	13	24	1.89
29103647--29103699	21	2.5	21	76	11	54	35	0	0	64	0.94
29103661--29103701	21	2.0	21	85	9	57	31	0	0	68	0.90
29123901--29124040	61	2.3	61	78	2	147	42	14	6	37	1.71
29127570--29127662	45	2.1	45	89	0	141	32	24	17	25	1.97
29127659--29127854	51	3.9	50	76	4	187	30	26	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29127666--29127850	101	1.8	101	87	3	273	30	25	17	25	1.97
29127665--29127884	101	2.2	101	80	5	248	30	26	16	26	1.97
29136792--29136827	16	2.2	16	90	0	54	80	5	2	11	0.98
29137698--29137788	48	1.9	47	81	2	110	43	18	19	17	1.88
29139108--29140127	45	22.7	45	88	1	1425	29	15	23	30	1.96
29149082--29149363	138	2.0	138	98	0	546	43	13	11	31	1.79
29151358--29151395	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
29157743--29157778	7	5.1	7	100	0	72	27	0	44	27	1.55
29159584--29159618	16	2.2	16	89	0	52	37	2	25	34	1.71
29161630--29161757	68	1.9	69	91	1	213	53	3	2	41	1.29
29161700--29161775	37	2.1	36	83	11	93	55	2	1	40	1.22
29171330--29171385	21	2.6	22	78	13	71	44	25	16	14	1.84
29171717--29171766	25	2.0	25	84	11	66	36	22	0	42	1.54
29172012--29172056	22	2.0	22	100	0	90	4	37	4	53	1.41
29188081--29188303	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	25	2.00
29188079--29188303	40	5.7	40	84	6	269	25	28	21	24	1.99
29195723--29195946	40	5.7	40	84	5	269	25	28	21	25	1.99
29195723--29195946	79	2.8	79	82	7	274	25	28	21	25	1.99
29195725--29195939	119	1.8	119	83	6	292	25	27	20	26	1.99
29198145--29198181	16	2.3	16	90	0	56	13	24	2	59	1.47
29200219--29200247	11	2.7	11	94	5	51	13	6	27	51	1.66
29200521--29200563	21	2.0	21	83	16	54	41	23	18	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29206766--29206798	17	1.9	17	93	0	57	45	18	6	30	1.73
29208274--29208328	25	2.2	24	87	3	74	47	3	27	21	1.68
29221246--29221288	18	2.3	19	84	8	61	44	2	0	53	1.13
29224167--29224355	40	4.7	39	85	8	213	25	28	20	25	1.99
29224146--29224355	80	2.6	80	83	9	259	26	27	20	25	1.99
29233751--29233840	23	4.1	23	71	11	98	45	6	26	21	1.76
29238292--29238381	23	4.1	23	71	11	98	45	6	26	21	1.76
29238311--29238394	42	2.0	42	95	0	150	45	8	22	23	1.79
29238563--29238614	23	2.2	24	77	16	56	19	11	0	69	1.18
29238867--29238894	6	4.7	6	100	0	56	0	0	17	82	0.68
29242047--29242109	30	2.1	30	90	0	99	53	17	3	25	1.58
29247779--29247962	37	5.2	36	71	13	141	31	22	19	27	1.97
29247799--29247986	104	1.8	104	94	0	331	30	21	19	29	1.97
29248662--29248692	16	2.0	16	93	6	55	80	0	12	6	0.89
29249170--29249203	9	3.7	9	96	4	59	32	0	2	64	1.08
29251350--29251387	6	6.3	6	100	0	76	0	0	15	84	0.63
29253531--29253605	26	2.9	25	84	4	87	37	24	21	17	1.94
29255203--29255241	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
29255237--29255370	66	2.0	66	100	0	268	46	2	15	35	1.61
29256946--29256985	21	1.9	21	89	0	62	45	17	0	37	1.49
29262021--29262066	12	3.6	12	85	8	56	71	2	26	0	0.97
29263428--29263461	16	2.1	17	88	5	52	26	8	17	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29265807--29265856	26	1.9	26	84	8	66	64	12	6	18	1.47
29275147--29275208	29	2.1	31	82	11	76	3	19	3	74	1.10
29281565--29281603	19	2.2	18	86	9	53	74	2	12	10	1.17
29282610--29282684	16	5.2	15	68	23	54	38	0	24	37	1.55
29291867--29291909	21	2.0	21	86	0	59	46	0	0	53	1.00
29291875--29291906	13	2.4	14	85	15	50	43	0	0	56	0.99
29293943--29294501	72	7.9	70	74	8	330	34	22	17	25	1.96
29293943--29294514	283	2.0	284	82	2	693	34	22	17	25	1.96
29294111--29294514	72	5.7	72	79	4	383	33	22	17	25	1.96
29295895--29296080	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
29297678--29298338	70	9.4	70	78	4	492	33	23	18	24	1.97
29297822--29298155	139	2.4	139	86	1	425	35	22	17	24	1.95
29298847--29298904	27	2.1	27	87	0	80	24	22	22	31	1.99
29298864--29298918	27	2.0	27	82	0	65	27	23	25	23	2.00
29298960--29299015	27	2.1	27	86	0	76	25	23	23	28	1.99
29298850--29299179	110	3.0	110	91	0	525	25	21	21	31	1.98
29301842--29302004	88	1.9	88	81	0	200	30	27	28	14	1.95
29304806--29304857	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
29312487--29312553	21	3.0	21	65	12	53	49	16	11	22	1.78
29312481--29312575	45	2.1	45	84	3	120	45	17	12	24	1.83
29321599--29321875	130	2.2	130	86	3	391	16	12	14	55	1.69
29322172--29322268	30	3.2	30	86	2	140	25	6	34	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29323837--29323939	26	4.0	26	84	0	143	37	24	22	15	1.93
29323838--29323965	52	2.5	52	82	5	125	36	23	22	17	1.94
29324134--29324304	27	6.3	27	88	2	238	25	18	17	39	1.92
29324134--29324304	81	2.1	81	91	2	272	25	18	17	39	1.92
29325735--29325767	4	8.0	4	93	6	57	75	0	0	24	0.80
29327120--29327172	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
29329524--29329551	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
29332623--29332703	39	2.2	37	86	6	110	40	20	13	24	1.89
29332701--29332743	22	2.0	22	85	0	59	48	13	25	11	1.77
29332698--29332773	13	5.8	13	67	22	52	53	13	23	9	1.67
29332699--29332773	36	2.3	31	84	13	89	53	13	24	9	1.68
29333418--29333470	18	3.2	17	71	17	58	47	0	0	52	1.00
29333410--29333470	31	2.0	30	84	12	79	44	1	0	54	1.10
29333421--29333488	31	2.2	32	84	12	88	44	0	0	55	0.99
29334190--29334245	16	3.5	16	78	4	60	30	17	5	46	1.71
29337340--29337386	16	2.9	17	75	12	53	46	17	6	29	1.72
29337339--29337393	16	3.4	16	71	16	51	43	20	7	29	1.78
29344090--29344180	4	23.0	4	93	2	157	25	1	24	49	1.57
29353288--29353316	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
29355112--29355153	22	1.9	22	90	0	66	85	0	9	4	0.72
29355111--29355155	11	4.0	11	82	2	54	84	0	11	4	0.76
29366063--29366212	75	2.0	74	97	1	282	26	9	16	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29372550--29372610	20	3.0	20	73	0	68	21	21	24	32	1.98
29372550--29372645	40	2.4	41	83	1	113	22	21	22	32	1.98
29372581--29372637	20	2.8	20	75	2	60	21	21	24	33	1.97
29381925--29381984	30	2.0	30	90	0	93	35	41	13	10	1.78
29382046--29382088	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
29385448--29385729	126	2.2	126	91	3	469	29	21	17	31	1.96
29385761--29386190	96	4.5	97	89	2	611	39	17	1	41	1.61
29385761--29386190	193	2.2	192	87	4	609	39	17	1	41	1.61
29390359--29390400	4	10.5	4	94	0	75	50	21	0	28	1.49
29400263--29400375	50	2.2	50	85	1	154	38	6	30	25	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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