genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  78  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22503560--22503588	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
22523480--22523510	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
22539178--22539287	49	2.2	49	81	0	121	23	17	20	39	1.92
22539699--22539744	19	2.4	20	78	10	51	15	15	23	45	1.84
22539868--22539907	21	2.0	21	95	5	73	32	27	5	35	1.79
22548749--22548880	51	2.6	51	82	2	167	31	25	16	25	1.96
22554380--22554473	6	15.7	6	70	0	71	70	4	19	6	1.26
22554380--22554473	18	5.2	18	78	0	98	70	4	19	6	1.26
22563172--22563208	18	2.1	18	100	0	74	27	21	0	51	1.48
22567759--22567941	40	4.6	40	81	8	187	24	20	27	27	1.99
22567759--22567938	79	2.3	81	83	8	219	23	21	27	27	1.99
22567839--22567988	39	3.8	39	81	7	117	24	22	28	24	1.99
22567812--22567978	79	2.1	79	82	4	194	24	20	28	26	1.99
22571671--22571853	40	4.6	40	81	8	187	24	20	27	27	1.99
22571671--22571850	79	2.3	81	83	8	219	23	21	27	27	1.99
22571751--22571900	39	3.8	39	81	7	117	24	22	28	24	1.99
22571724--22571890	79	2.1	79	82	4	194	24	20	28	26	1.99
22575994--22576119	45	2.8	45	79	5	139	41	16	16	25	1.89
22585958--22585997	21	2.0	21	85	5	55	35	5	2	57	1.34
22592814--22592841	13	2.2	13	100	0	56	28	0	21	50	1.49
22593915--22594067	41	3.7	41	88	0	207	20	18	26	34	1.96
22594834--22595403	69	8.3	69	91	0	888	25	9	20	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22595092--22595201	22	4.9	22	70	6	85	23	11	20	43	1.85
22594931--22595285	45	7.7	45	67	12	152	26	9	19	44	1.80
22601538--22601654	41	2.9	41	88	1	155	22	18	24	34	1.96
22602502--22602601	45	2.2	45	92	0	164	25	8	18	49	1.74
22602547--22602808	69	3.8	69	91	3	402	25	8	19	46	1.79
22602467--22602820	23	15.4	23	65	13	158	25	7	20	46	1.77
22605168--22605216	18	2.7	18	80	0	62	38	6	12	42	1.67
22612954--22613079	45	2.8	45	82	0	153	42	12	20	24	1.87
22613751--22613799	22	2.2	21	82	10	62	69	4	4	22	1.23
22629339--22629383	22	2.1	22	84	12	58	51	6	2	40	1.41
22629371--22629655	146	1.9	147	85	6	391	45	10	4	39	1.58
22630459--22630595	42	3.3	42	81	2	168	40	24	16	19	1.91
22630567--22630624	29	2.0	29	93	6	100	34	20	20	24	1.97
22630596--22630914	42	7.6	42	87	1	415	37	24	17	20	1.94
22630483--22630708	113	2.0	113	98	0	434	38	23	16	20	1.92
22631312--22631345	14	2.4	14	90	0	50	0	2	11	85	0.71
22644106--22644399	144	2.0	146	85	6	402	44	10	4	40	1.60
22648213--22648253	10	4.0	10	90	3	55	29	21	12	36	1.90
22653265--22653302	14	2.7	14	88	8	51	60	0	2	36	1.11
22656851--22657270	209	2.0	210	91	1	673	29	20	17	32	1.95
22659019--22659207	50	3.8	50	82	4	213	27	22	28	22	1.99
22665661--22665735	35	2.1	35	100	0	150	33	10	16	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22665717--22665754	19	2.0	19	94	0	67	28	5	15	50	1.66
22667042--22667074	11	3.0	11	90	0	57	72	6	0	21	1.05
22670192--22670279	19	4.8	19	71	13	85	30	11	12	45	1.77
22670173--22670279	54	2.0	54	96	0	196	32	11	13	42	1.79
22674166--22674714	275	2.0	275	98	0	1062	33	20	14	31	1.93
22679050--22679109	9	6.4	9	80	3	57	21	40	3	35	1.70
22685052--22685261	112	1.9	113	87	3	316	40	8	11	39	1.72
22685165--22685571	153	2.6	154	86	4	552	43	4	9	42	1.57
22685405--22685460	28	2.0	28	83	13	71	53	0	3	42	1.18
22687252--22687290	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22687554--22687688	50	2.7	49	81	4	146	22	29	21	25	1.99
22693034--22693060	13	2.1	13	100	0	54	29	22	33	14	1.94
22703040--22703095	9	5.9	9	75	19	51	80	8	10	0	0.91
22703043--22703095	20	2.7	20	82	8	65	81	9	9	0	0.89
22703503--22703639	42	3.3	42	89	0	202	21	18	21	38	1.93
22704538--22704708	55	3.1	55	66	10	152	38	4	11	45	1.62
22704503--22704747	109	2.2	110	88	6	365	43	3	13	39	1.62
22704649--22705020	160	2.4	155	85	5	498	43	4	11	41	1.61
22704610--22705030	154	2.7	154	83	6	508	43	4	11	40	1.61
22704985--22705042	21	2.7	21	79	10	64	34	5	13	46	1.66
22712157--22712207	22	2.4	21	87	9	68	23	7	1	66	1.28
22724197--22724410	111	1.9	111	80	3	252	42	10	6	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22725388--22725442	25	2.2	25	83	6	67	60	0	1	38	1.08
22728076--22728110	9	4.0	9	85	7	54	31	0	0	68	0.90
22728075--22728109	17	2.1	17	94	0	61	34	0	0	65	0.93
22730771--22730816	16	2.9	15	87	6	56	32	4	8	54	1.51
22733809--22733861	20	2.6	20	76	8	54	50	9	18	20	1.74
22734597--22734858	20	13.2	20	76	12	188	57	4	16	20	1.57
22734591--22734805	58	3.7	57	73	14	186	58	5	14	21	1.56
22734648--22734840	100	1.9	103	84	9	263	57	5	16	21	1.58
22734774--22734841	21	3.3	21	91	6	95	55	4	19	20	1.59
22734597--22734859	80	3.3	78	72	11	212	57	4	16	20	1.57
22736032--22736073	9	4.7	9	77	11	50	42	2	2	52	1.27
22737311--22737751	125	3.5	124	91	1	695	32	17	20	29	1.96
22740795--22740957	35	4.5	35	67	18	107	38	4	9	47	1.58
22740762--22740974	112	1.9	112	94	0	372	39	7	8	44	1.63
22741021--22741080	15	4.2	15	76	20	74	23	1	30	45	1.63
22741033--22741086	27	2.0	27	96	0	99	22	1	35	40	1.65
22741056--22741292	21	11.2	21	89	2	368	25	0	29	45	1.57
22741033--22741292	43	6.0	42	86	6	353	25	0	29	44	1.59
22741058--22741292	64	3.7	64	93	2	377	25	0	28	45	1.57
22741326--22741365	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
22741323--22741365	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
22741860--22741901	18	2.3	18	87	0	57	45	7	30	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22742536--22742561	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
22743664--22743708	9	4.8	9	86	2	54	68	0	0	31	0.89
22743664--22743710	10	4.9	10	86	2	62	68	0	0	31	0.90
22743714--22743752	11	3.5	11	86	13	53	56	0	17	25	1.41
22743767--22743827	11	5.5	11	88	5	88	45	4	27	21	1.72
22745739--22745884	62	2.3	63	78	2	179	36	14	21	28	1.92
22745867--22745942	21	3.6	21	77	10	66	36	17	21	25	1.94
22746016--22746095	34	2.4	34	81	8	92	45	13	10	31	1.77
22746039--22746178	34	4.1	34	78	9	117	44	12	10	32	1.76
22747373--22747450	34	2.3	34	90	0	129	32	8	14	44	1.76
22747516--22747664	74	2.0	74	93	0	253	24	4	22	48	1.70
22747605--22747631	10	2.7	10	100	0	54	22	0	22	55	1.44
22758027--22758129	43	2.4	43	96	0	197	23	15	34	26	1.94
22758111--22758184	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
22758497--22758638	39	3.5	40	81	12	150	26	23	28	22	1.99
22758613--22758969	40	8.9	40	91	0	543	24	22	27	25	2.00
22769478--22769511	15	2.3	15	90	10	52	38	5	17	38	1.74
22773751--22773927	64	2.8	64	88	6	256	33	8	16	41	1.79
22774047--22774288	41	5.9	41	92	0	394	28	20	28	22	1.98
22778101--22778150	24	2.1	24	85	7	66	18	22	42	18	1.90
22778101--22778163	24	2.7	23	80	9	65	17	25	38	19	1.93
22783128--22783166	18	2.1	19	90	4	62	53	5	2	38	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22784007--22784054	22	2.2	22	77	3	53	58	2	2	37	1.22
22786923--22786978	25	2.2	26	79	17	73	62	1	1	33	1.16
22787087--22787128	21	2.0	20	86	13	59	21	9	47	21	1.79
22787639--22787680	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
22790924--22790969	21	2.1	22	84	4	58	67	0	23	8	1.18
22791003--22791069	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
22795814--22795869	29	1.9	29	88	0	85	16	17	25	41	1.89
22801271--22801300	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
22804234--22804279	11	4.2	11	81	15	51	0	17	2	80	0.81
22804232--22804277	16	2.8	16	86	3	65	0	17	2	80	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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