genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  79  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22808320--22808497	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22808341--22808496	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22833511--22833758	40	6.3	40	82	7	294	23	20	28	27	1.99
22833511--22833758	116	2.1	120	87	3	380	23	20	28	27	1.99
22836490--22836538	10	4.8	10	79	20	57	61	6	2	30	1.32
22837549--22837601	26	2.0	26	85	0	70	32	20	7	39	1.81
22843399--22843429	14	2.2	14	94	0	53	45	6	3	45	1.45
22844523--22844563	18	2.3	18	91	0	64	39	4	14	41	1.67
22846500--22846560	28	2.2	28	90	0	95	27	27	22	21	1.99
22846958--22847131	27	6.4	27	83	7	158	19	17	18	44	1.87
22846958--22847131	81	2.2	80	89	4	260	19	17	18	44	1.87
22846976--22847155	27	6.7	27	86	2	220	18	16	20	44	1.87
22846978--22847155	81	2.2	81	87	6	245	18	16	20	44	1.86
22847831--22847873	5	8.4	5	79	5	50	53	0	44	2	1.13
22847833--22847876	10	4.6	10	83	11	65	52	0	45	2	1.13
22859063--22859098	9	4.0	9	88	0	54	47	19	8	25	1.77
22859060--22859097	18	2.1	18	95	0	67	50	15	7	26	1.72
22869693--22869800	30	3.7	28	77	9	108	25	25	25	22	2.00
22869754--22869813	28	2.1	29	87	9	88	28	21	25	25	1.99
22869922--22870017	26	3.7	26	74	4	104	39	21	20	17	1.92
22869914--22870022	52	2.1	52	86	3	148	40	22	19	18	1.92
22870204--22870451	27	9.3	27	82	6	274	22	15	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22870204--22870451	80	3.1	81	83	5	256	22	15	17	44	1.86
22870206--22870451	107	2.3	106	83	5	291	22	15	17	44	1.86
22874609--22874648	20	2.0	21	85	5	55	55	5	0	40	1.22
22874854--22874908	29	1.9	28	85	10	76	45	0	0	54	0.99
22874913--22874952	20	2.0	21	85	5	55	55	5	0	40	1.22
22877269--22877360	45	2.0	45	100	0	184	38	17	8	35	1.81
22877832--22877860	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
22885039--22885078	19	2.0	20	85	4	55	57	5	0	37	1.21
22885406--22885495	20	4.5	20	79	9	94	48	11	6	33	1.65
22885406--22885493	40	2.2	40	84	8	108	48	10	6	34	1.63
22888083--22888134	23	2.3	23	82	0	68	42	28	13	15	1.85
22892322--22892435	30	3.8	30	75	9	106	37	12	26	23	1.90
22909130--22909192	31	2.0	31	82	11	76	42	9	12	34	1.76
22911823--22911889	29	2.3	29	82	7	82	40	17	16	25	1.90
22912860--22912913	22	2.5	22	93	0	99	27	27	0	44	1.55
22912915--22912967	22	2.4	22	84	6	72	33	32	0	33	1.58
22912999--22913056	29	2.0	28	90	9	91	39	0	1	58	1.08
22913002--22913063	29	2.1	29	85	11	83	38	0	1	59	1.07
22913154--22913187	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
22913283--22913314	15	2.1	15	100	0	64	28	25	34	12	1.92
22914160--22914184	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
22915037--22915097	24	2.5	24	97	0	113	27	36	18	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22915096--22915371	125	2.2	126	87	5	400	32	21	15	30	1.95
22916384--22916413	15	2.0	15	100	0	60	26	0	6	66	1.16
22916543--22916577	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
22918305--22918339	16	2.2	16	89	0	52	17	17	22	42	1.88
22918764--22918810	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
22920945--22921077	69	1.9	69	92	0	221	31	27	18	21	1.97
22921058--22921212	33	4.6	33	71	21	133	33	27	18	20	1.96
22920992--22921244	102	2.5	102	97	0	479	32	29	17	20	1.96
22928499--22928552	27	2.0	28	92	3	92	22	24	27	25	2.00
22928427--22928627	102	2.0	102	95	0	366	21	18	27	31	1.97
22928564--22928700	42	3.5	41	71	17	137	22	18	27	32	1.97
22928527--22928729	75	2.7	75	89	1	309	23	18	27	31	1.97
22933131--22933687	45	12.4	45	85	0	745	28	18	24	28	1.98
22934429--22934454	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
22941720--22941755	11	3.4	11	88	3	56	33	0	0	66	0.92
22941845--22941907	29	2.2	29	94	0	108	44	3	0	52	1.17
22942309--22942345	17	2.2	17	90	4	58	45	0	0	54	1.00
22948406--22948456	15	3.3	15	73	10	50	37	1	3	56	1.29
22952013--22952045	15	2.1	16	94	5	59	42	21	0	36	1.53
22952178--22952301	43	2.9	43	80	9	144	31	26	17	24	1.97
22952458--22952499	20	2.1	20	100	0	84	45	14	0	40	1.45
22954769--22954806	18	2.1	19	90	5	60	39	10	10	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22957966--22958334	184	2.0	184	81	6	426	36	12	14	37	1.83
22959900--22959931	16	2.0	16	100	0	64	18	43	6	31	1.75
22966988--22967043	22	2.5	22	80	5	60	33	39	1	25	1.66
22967124--22967173	22	2.3	22	92	0	82	28	42	2	28	1.67
22974399--22974464	34	1.9	34	96	0	123	24	4	12	59	1.52
22976116--22976177	23	2.5	24	85	12	74	50	1	11	37	1.48
22976617--22976673	24	2.4	24	81	0	69	73	1	8	15	1.16
22977407--22977446	12	3.2	12	80	13	53	80	5	15	0	0.88
22980379--22980621	50	4.8	50	90	0	360	21	32	20	24	1.98
22983036--22983274	26	9.6	25	71	17	151	29	3	2	64	1.24
22983036--22983274	49	4.8	48	73	18	195	29	3	2	64	1.24
22983057--22983159	54	1.9	54	84	4	136	30	5	1	62	1.30
22983045--22983272	103	2.3	100	80	11	252	28	3	3	64	1.25
22983177--22983256	24	3.4	22	70	21	56	25	2	6	66	1.28
22986236--22986395	44	3.6	43	76	7	124	28	19	21	30	1.97
22986238--22986588	89	3.9	89	74	10	284	30	18	21	29	1.97
22986599--22987084	44	10.8	44	74	6	264	32	20	19	27	1.97
22986599--22987082	88	5.4	87	72	9	353	32	20	19	27	1.97
22986875--22987115	132	1.8	132	81	7	301	32	20	19	27	1.97
22986869--22987119	88	2.8	85	73	9	209	32	20	19	27	1.97
22988705--22988879	26	6.8	26	75	13	105	29	5	3	61	1.35
22988876--22989001	25	5.0	24	69	21	89	28	0	4	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22988733--22988993	145	1.8	144	82	7	336	27	3	4	64	1.28
22988937--22989041	42	2.4	43	82	7	122	29	1	3	64	1.21
22990054--22990088	6	5.8	6	96	0	61	54	0	28	17	1.43
22990234--22990301	26	2.6	26	86	4	93	47	10	11	30	1.74
22990239--22990301	27	2.4	26	89	2	90	46	11	11	31	1.75
22991675--22991699	7	3.6	7	100	0	50	76	12	0	12	1.04
22994523--22994592	20	3.5	20	74	16	63	25	25	11	37	1.90
22994684--22994741	28	2.1	28	83	0	71	34	5	10	50	1.59
23001371--23001428	28	2.1	28	83	0	71	34	5	10	50	1.59
23003682--23003713	14	2.3	15	89	10	50	37	9	12	40	1.75
23008412--23008497	3	29.0	3	97	2	165	0	33	0	66	0.92
23012424--23012893	235	2.0	235	99	0	922	33	18	17	30	1.94
23013848--23013941	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
23027926--23028087	75	2.2	75	80	6	184	25	12	13	48	1.77
23028205--23028350	75	1.9	75	81	2	177	26	13	13	46	1.80
23027937--23028457	268	1.9	268	99	0	1033	27	12	14	46	1.79
23028952--23028990	19	2.1	19	95	0	69	25	0	25	48	1.51
23035718--23035823	30	3.5	30	89	0	149	23	21	14	40	1.90
23035808--23035917	30	3.7	30	83	9	152	20	25	10	44	1.82
23036890--23036936	23	2.0	23	100	0	94	27	17	12	42	1.85
23038918--23038988	25	2.8	25	76	0	70	32	18	16	32	1.94
23042739--23042969	40	5.8	40	85	4	306	25	29	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23042739--23042969	120	1.9	119	92	0	390	25	29	20	24	1.99
23059426--23059571	75	1.9	75	82	8	181	26	12	9	52	1.69
23068036--23068108	27	2.8	25	78	8	83	21	30	17	30	1.97
23068318--23070180	735	2.5	734	91	1	2964	28	19	16	35	1.93
23071517--23071714	43	4.7	43	74	12	169	34	25	16	23	1.95
23071517--23071721	85	2.4	85	88	1	297	34	24	15	24	1.95
23079045--23079272	42	5.4	41	79	10	228	35	26	15	22	1.94
23079033--23079272	85	2.8	85	91	0	374	34	26	16	22	1.95
23080460--23082277	736	2.5	735	89	1	2755	28	19	15	36	1.93
23083403--23083576	54	3.2	53	82	4	215	26	17	14	41	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196