genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  73  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20924989--20925347	29	12.4	29	84	2	341	32	12	28	26	1.92
20924989--20925360	87	4.3	87	81	4	403	31	12	28	26	1.93
20937046--20937277	50	4.5	50	80	4	216	25	26	20	28	1.99
20939533--20939565	15	2.1	16	88	5	50	27	15	0	57	1.38
20939784--20939928	50	2.9	50	83	5	193	31	28	14	25	1.95
20943035--20943131	49	2.0	50	87	2	142	31	28	15	23	1.95
20945299--20945334	16	2.3	15	90	4	54	25	16	0	58	1.38
20945553--20945750	51	4.0	51	74	12	194	29	28	17	24	1.97
20945561--20945742	98	1.8	101	87	7	273	30	26	18	24	1.98
20945556--20945778	98	2.2	99	78	9	231	29	27	16	26	1.97
20949017--20949117	50	2.0	50	98	0	193	21	17	14	45	1.85
20961141--20961166	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
20967927--20968056	50	2.6	50	81	0	143	23	27	22	26	1.99
20974288--20974357	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
20974288--20974384	28	3.5	28	88	4	126	31	28	13	25	1.94
20982341--20982410	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
20982341--20982438	28	3.5	28	88	2	126	31	29	13	25	1.93
20984920--20984953	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
20988573--20988623	26	2.0	26	88	0	75	27	27	23	21	1.99
20991440--20991477	6	6.5	6	82	17	53	84	0	13	2	0.73
20991437--20991479	16	2.5	18	88	11	72	81	0	16	2	0.79
20994561--20994598	16	2.5	15	87	8	51	28	2	5	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21005726--21005795	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
21005726--21005823	28	3.5	28	88	2	126	31	29	13	25	1.93
21008106--21008145	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
21019257--21019332	38	2.0	38	89	5	118	28	21	26	23	1.99
21024842--21025073	27	8.6	27	87	3	306	31	27	14	26	1.95
21032658--21032752	48	2.0	48	89	0	145	41	26	7	25	1.81
21036915--21036976	19	3.3	19	65	13	56	62	3	12	20	1.43
21036912--21036988	37	2.1	37	100	0	154	61	5	10	23	1.49
21037066--21037095	6	4.8	6	95	4	51	80	0	0	20	0.72
21037578--21037650	19	3.8	19	96	0	137	36	16	9	36	1.81
21037555--21037650	38	2.4	39	89	6	140	38	16	8	36	1.79
21038196--21039316	44	25.7	45	69	15	186	27	22	19	30	1.98
21038477--21038708	128	1.8	128	93	0	401	29	20	19	29	1.97
21038300--21039099	173	4.6	171	77	9	606	28	22	19	30	1.97
21038772--21039100	84	3.8	84	73	12	283	27	20	20	31	1.97
21038300--21038876	305	1.9	304	87	3	817	28	22	18	30	1.97
21038552--21038976	217	2.0	217	84	2	559	27	22	19	30	1.98
21038605--21039252	217	3.0	214	80	7	625	27	21	19	31	1.98
21038907--21039333	216	2.0	218	88	3	639	27	21	20	30	1.98
21038552--21039316	389	2.0	390	90	0	1228	27	21	20	30	1.98
21039705--21039803	44	2.2	44	82	3	128	31	22	19	27	1.98
21039814--21040379	88	6.4	88	83	4	644	22	22	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21039803--21040380	176	3.3	176	83	4	722	21	22	26	28	1.99
21039803--21040380	264	2.2	262	83	5	727	21	22	26	28	1.99
21042541--21042601	26	2.3	26	86	5	79	59	4	13	22	1.53
21049158--21049256	46	2.2	43	82	12	119	32	25	19	23	1.97
21049262--21049439	51	3.5	51	76	11	195	31	25	16	25	1.97
21049255--21049478	101	2.2	102	80	5	258	31	26	15	26	1.95
21051512--21051579	33	2.1	33	100	0	136	55	11	11	20	1.67
21051523--21051580	19	3.3	19	63	22	54	50	15	10	24	1.75
21058579--21058623	21	2.3	18	85	11	54	17	26	0	55	1.42
21058652--21058745	48	2.0	48	80	4	109	13	25	2	58	1.47
21058732--21058763	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
21059614--21059684	29	2.5	30	86	9	103	11	14	2	71	1.24
21059728--21059760	12	2.7	12	95	4	57	15	0	6	78	0.93
21062201--21062258	30	1.9	30	85	0	80	27	24	6	41	1.80
21064072--21064205	72	1.9	72	87	0	196	24	25	17	32	1.97
21070541--21071059	47	11.1	47	95	0	889	31	9	30	28	1.88
21071177--21071254	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
21073101--21073203	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
21073185--21073258	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
21077140--21077659	47	11.1	47	93	0	826	32	8	30	28	1.87
21078763--21078791	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
21082708--21082795	43	2.0	43	95	0	158	36	27	18	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21083685--21083746	30	2.1	30	87	6	90	50	11	6	32	1.64
21096439--21096487	24	2.0	24	100	0	98	42	4	20	32	1.71
21097017--21097065	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
21097079--21097120	19	2.3	18	84	8	50	54	0	0	45	0.99
21099122--21099364	50	4.7	50	85	3	279	26	20	28	23	1.99
21107064--21107196	67	2.0	68	83	7	173	47	4	3	44	1.41
21110158--21110199	18	2.3	18	80	8	50	59	2	2	35	1.23
21111584--21111648	16	3.9	16	76	15	53	38	1	3	56	1.24
21118830--21118930	27	3.6	27	86	4	139	29	22	10	36	1.89
21125059--21125167	6	18.0	6	75	5	103	73	1	18	6	1.14
21125056--21125130	30	2.5	31	93	4	127	76	1	18	4	1.02
21125046--21125130	24	3.7	23	83	9	93	76	1	17	4	1.02
21125155--21125189	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
21140539--21140582	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
21140722--21140903	51	3.6	50	79	8	163	34	25	15	24	1.95
21144442--21144511	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
21144442--21144538	28	3.5	28	88	4	126	31	28	13	25	1.94
21152471--21152540	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
21152471--21152568	28	3.5	28	88	2	126	31	29	13	25	1.93
21154208--21154254	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
21159588--21159621	15	2.3	15	95	5	61	20	11	5	61	1.50
21159664--21159707	12	3.7	12	100	0	88	13	0	6	79	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21160700--21160746	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
21165689--21165757	35	2.0	35	94	0	120	33	10	13	43	1.77
21165707--21165826	54	2.2	54	93	0	204	31	10	14	43	1.79
21176904--21176970	27	2.5	27	90	4	100	35	14	19	29	1.92
21180469--21180513	20	2.2	20	84	8	54	11	6	11	71	1.31
21184832--21184861	4	7.5	4	92	0	51	73	0	0	26	0.84
21185605--21185651	23	2.1	23	88	4	69	25	4	23	46	1.70
21187878--21187908	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
21188731--21188788	30	1.9	30	89	0	89	13	27	39	18	1.89
21189649--21189685	17	2.2	17	90	9	58	0	13	2	83	0.74
21190653--21190691	6	6.5	6	87	0	60	79	2	0	17	0.84
21192372--21192426	7	7.6	7	75	22	51	74	1	1	21	1.01
21192372--21192427	10	5.5	10	78	18	53	75	1	1	21	0.99
21195534--21195726	50	3.9	50	79	3	185	28	22	27	21	1.99
21195597--21195717	49	2.4	49	81	6	138	30	20	26	22	1.98
21195928--21195955	12	2.3	12	100	0	56	57	7	17	17	1.62
21201990--21202068	37	2.1	37	85	0	104	26	32	17	22	1.96
21202187--21202478	47	6.1	47	96	2	523	29	29	8	32	1.86
21202187--21202484	144	2.1	141	93	5	535	29	29	8	32	1.86
21205957--21206150	40	4.8	40	89	0	262	25	28	22	24	1.99
21205970--21206268	40	7.6	40	81	6	249	24	27	22	25	2.00
21206128--21206266	38	3.6	38	78	9	138	22	28	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21206578--21206656	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21206638--21206742	43	2.4	44	96	3	194	26	35	16	21	1.94
21206638--21206756	43	2.7	44	89	5	143	30	34	15	20	1.93
21208592--21208668	36	2.1	36	85	4	102	27	32	16	23	1.96
21208786--21209261	47	10.1	47	94	3	809	29	30	8	31	1.87
21208786--21209261	95	5.1	94	94	3	809	29	30	8	31	1.87
21213530--21213558	12	2.4	12	100	0	58	27	34	6	31	1.83
21221564--21221594	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
21223567--21223862	50	5.8	50	80	4	274	28	21	26	23	1.99
21228372--21228401	12	2.5	12	94	0	51	83	0	6	10	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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