genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  26  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7389825--7389863	19	2.1	18	85	9	51	17	7	5	69	1.32
7390227--7390279	23	2.3	23	83	3	70	32	7	3	56	1.45
7390938--7391132	98	2.0	98	94	0	345	28	10	24	36	1.88
7392670--7392716	19	2.5	20	86	6	71	40	0	0	59	0.97
7392713--7392754	20	2.2	20	86	4	59	38	0	0	61	0.96
7401168--7401199	7	4.7	7	96	3	57	53	0	0	46	1.00
7401725--7401787	19	3.3	19	84	6	74	57	1	0	41	1.08
7401730--7401783	28	1.9	28	85	14	76	53	1	0	44	1.11
7401730--7401786	9	6.1	9	76	15	53	56	1	0	42	1.10
7402175--7402214	21	1.9	21	94	0	71	55	10	12	22	1.67
7402613--7402651	9	4.5	8	84	15	51	0	25	0	74	0.82
7402612--7402652	18	2.3	18	91	8	66	0	24	0	75	0.80
7405014--7405223	91	2.3	90	84	6	275	33	23	11	31	1.90
7405083--7405223	42	3.1	45	69	19	130	35	25	9	29	1.88
7405415--7406390	331	2.9	331	99	0	1925	30	14	15	39	1.88
7413744--7413949	45	5.0	40	86	6	213	39	21	19	19	1.93
7413832--7413916	39	2.4	34	86	11	109	40	22	20	17	1.92
7413729--7413922	45	4.4	45	82	10	258	40	20	19	19	1.92
7426346--7426408	32	2.0	32	100	0	126	50	0	9	39	1.35
7428291--7428322	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
7430705--7430751	20	2.3	21	78	10	53	61	23	4	10	1.46
7431826--7431858	15	2.1	16	94	5	59	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7432616--7432913	109	2.7	111	94	1	519	30	15	19	34	1.92
7436147--7436190	17	2.6	17	96	0	79	40	18	0	40	1.50
7436786--7436842	30	1.9	30	88	0	87	12	31	35	21	1.90
7442379--7442644	135	2.0	135	90	0	424	33	13	27	25	1.93
7442664--7442765	3	34.0	3	89	0	159	61	0	38	0	0.96
7445559--7445620	32	2.0	32	84	9	83	29	3	4	62	1.31
7445656--7445691	19	1.9	19	88	5	56	30	0	2	66	1.06
7445647--7445701	28	2.0	28	89	7	85	30	0	3	65	1.10
7447172--7447202	12	2.5	13	89	10	55	29	32	6	32	1.83
7452396--7452444	26	2.0	24	92	8	80	30	0	8	61	1.25
7456385--7456445	31	2.0	31	87	6	88	47	13	6	32	1.68
7459110--7459226	62	1.9	59	86	5	162	48	3	4	43	1.39
7459202--7459252	20	2.8	17	80	19	59	49	1	3	45	1.32
7463572--7463626	25	2.2	25	90	0	92	23	29	12	34	1.92
7465458--7465521	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
7465465--7465521	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
7488687--7488729	17	2.4	18	76	7	52	30	11	18	39	1.86
7500738--7500830	25	3.8	23	72	13	80	33	22	24	19	1.97
7501163--7501201	22	1.9	20	85	15	53	53	12	0	33	1.39
7508480--7508600	23	5.3	23	85	4	154	21	20	26	31	1.98
7508481--7508600	46	2.6	46	91	0	186	21	20	26	30	1.98
7511923--7511989	21	3.3	21	85	4	84	16	23	16	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7512809--7512879	30	2.4	30	92	0	124	26	28	29	15	1.96
7517536--7517697	51	3.2	51	91	0	270	33	14	20	31	1.92
7518587--7518697	19	5.8	19	88	0	168	40	9	12	37	1.75
7518588--7518697	38	2.9	38	97	0	202	40	9	11	38	1.74
7518600--7518723	19	6.2	21	83	4	111	39	7	14	38	1.74
7525529--7526560	132	7.8	132	93	0	1737	28	18	23	28	1.98
7526885--7526995	19	5.8	19	86	0	168	38	9	14	37	1.78
7526892--7526995	38	2.7	38	96	0	190	39	8	13	38	1.75
7526885--7527021	19	6.9	21	78	13	107	37	8	15	38	1.77
7528957--7529021	27	2.4	27	78	12	64	53	15	6	24	1.64
7531484--7531571	44	2.0	44	91	4	142	31	20	22	25	1.98
7534622--7534654	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
7535028--7535061	16	2.1	16	88	0	50	58	0	2	38	1.13
7535304--7535383	31	2.7	29	82	5	79	33	7	12	46	1.70
7535335--7535398	30	2.1	31	83	11	80	31	10	10	46	1.74
7557296--7557333	15	2.6	15	95	4	69	23	5	10	60	1.50
7565678--7565745	27	2.5	27	92	4	111	39	10	1	48	1.46
7565747--7565789	9	4.7	9	82	5	59	86	2	6	4	0.79
7565747--7565789	19	2.3	19	83	0	59	86	2	6	4	0.79
7565830--7565896	27	2.5	27	92	0	107	23	28	31	16	1.96
7565951--7566066	10	11.2	10	68	18	51	66	0	32	0	0.98
7565951--7566074	38	3.4	38	86	7	170	67	0	31	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7565949--7566109	38	4.5	32	82	15	110	67	0	31	0	0.95
7566792--7566843	19	2.7	19	87	0	68	25	1	5	67	1.23
7566880--7566950	27	2.7	26	80	10	90	43	11	0	45	1.40
7566949--7566987	10	3.9	10	83	9	53	82	7	7	2	0.94
7568044--7568072	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
7568280--7568395	10	11.9	10	71	17	84	0	31	0	67	0.97
7568302--7568412	18	6.1	18	74	15	95	0	32	0	66	0.98
7568295--7568403	38	2.9	38	90	2	157	0	33	0	65	0.99
7568339--7568412	14	5.1	14	72	22	55	0	31	0	68	0.89
7568333--7568412	34	2.8	28	75	24	85	0	32	0	67	0.91
7568344--7568415	10	6.6	10	73	17	54	0	31	0	68	0.90
7568335--7568416	28	2.7	30	75	19	89	0	32	0	67	0.91
7568314--7568429	42	2.9	40	80	10	105	0	36	0	63	0.94
7568464--7568530	27	2.5	27	92	0	107	16	31	28	23	1.96
7568464--7568540	27	2.9	27	86	3	93	14	33	25	25	1.94
7568570--7568607	18	2.2	17	90	4	58	0	2	7	89	0.57
7568569--7568607	12	3.5	11	89	10	53	0	2	10	87	0.65
7568609--7568672	27	2.4	28	92	5	105	48	1	9	40	1.45
7568759--7568844	28	3.1	28	93	3	147	40	8	0	51	1.32
7568832--7568872	20	2.0	20	90	4	64	80	9	0	9	0.91
7568911--7568979	27	2.6	27	88	0	102	24	28	26	20	1.99
7570020--7570065	18	2.6	18	85	0	65	26	4	47	21	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7572443--7572471	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
7574765--7574797	17	2.0	17	88	5	50	6	6	6	81	0.97
7574798--7574866	27	2.5	27	86	6	95	46	1	10	42	1.46
7574798--7574866	28	2.5	28	88	6	106	46	1	10	42	1.46
7574901--7574941	19	2.2	19	86	8	57	68	4	0	26	1.10
7575659--7575826	10	17.0	10	64	23	54	1	29	0	69	0.96
7575689--7575778	5	18.6	5	72	19	57	2	32	0	65	1.05
7575664--7575820	38	4.5	36	83	12	161	1	28	0	70	0.96
7575689--7575775	38	2.3	38	100	0	174	2	32	0	65	1.05
7575727--7575782	28	2.0	28	82	6	69	1	32	0	66	1.03
7575875--7575937	27	2.3	27	86	5	83	19	26	26	26	1.99
7576009--7576054	23	2.0	23	91	0	74	60	0	6	32	1.22
7577858--7577897	1	40.0	1	100	0	80	0	0	0	100	0.00
7577978--7578015	20	1.9	20	88	0	58	31	13	7	47	1.71
7578633--7578665	16	2.1	16	94	0	57	45	9	12	33	1.73
7583052--7583077	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
7584540--7584660	24	4.8	25	76	7	86	33	22	23	19	1.97
7584618--7584685	24	2.8	25	82	8	77	35	23	25	16	1.95
7594127--7594163	19	2.1	18	90	10	58	27	21	16	35	1.94
7598964--7599009	11	4.1	11	80	5	56	2	15	0	82	0.76
7619328--7619419	34	2.6	35	84	3	123	19	9	28	42	1.83
7620871--7620900	11	2.7	11	89	0	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7621948--7621984	9	4.1	9	96	0	65	35	8	43	13	1.74
7626875--7626902	12	2.3	12	100	0	56	46	25	28	0	1.53
7637131--7637201	30	2.3	30	88	9	108	32	2	0	64	1.08
7637139--7637198	11	5.6	11	73	26	58	35	3	0	61	1.12
7637119--7637204	38	2.1	39	87	10	120	34	2	0	62	1.08
7638322--7638378	19	3.0	19	94	0	96	31	26	10	31	1.90
7639794--7639835	21	2.0	21	100	0	84	38	19	4	38	1.73
7643024--7643078	22	2.6	21	74	5	56	12	10	16	60	1.60
7648362--7648554	41	4.7	41	89	1	271	27	22	21	28	1.99
7648871--7648914	20	2.1	21	91	4	72	27	0	25	47	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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