genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  96  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28087030--28087065	18	2.0	18	88	0	54	33	13	13	38	1.85
28087128--28087179	20	2.6	20	93	0	86	34	5	15	44	1.70
28087391--28087461	30	2.4	29	83	9	81	36	22	18	22	1.95
28087415--28087473	30	2.0	30	93	0	100	38	23	16	20	1.92
28088905--28088943	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
28090512--28090741	50	4.6	50	92	0	370	17	32	22	27	1.96
28090769--28090856	44	2.0	44	93	0	149	25	19	11	44	1.84
28092366--28092496	50	2.6	50	77	0	145	24	28	20	26	1.99
28093537--28093657	50	2.4	50	77	2	127	25	28	19	27	1.98
28096824--28096921	49	2.0	49	93	0	169	28	25	11	34	1.90
28105218--28105254	18	1.9	18	89	10	56	64	0	35	0	0.94
28114025--28114076	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
28114128--28114179	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
28113947--28114301	102	3.5	102	94	1	604	19	18	30	31	1.96
28114230--28114281	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
28121601--28121649	25	2.0	25	95	0	89	12	24	32	30	1.92
28121522--28121886	101	3.6	104	93	3	609	19	20	29	30	1.97
28129019--28129380	101	3.6	99	84	11	459	19	19	29	30	1.97
28129019--28129380	100	3.6	101	84	10	463	19	19	29	30	1.97
28129297--28129345	25	2.0	25	91	0	80	14	20	36	28	1.92
28131086--28131141	27	2.1	26	86	3	76	26	23	23	26	2.00
28131127--28131220	26	3.6	26	81	2	100	29	25	10	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28137180--28137384	27	7.7	27	83	8	215	30	27	15	26	1.96
28145093--28145296	27	7.6	27	86	3	250	30	27	15	26	1.96
28145093--28145296	82	2.5	81	83	4	250	30	27	15	26	1.96
28147240--28147265	7	3.7	7	100	0	52	11	11	0	76	1.01
28147248--28147327	41	1.9	43	87	10	121	26	20	6	47	1.73
28151588--28151714	43	3.0	42	83	3	139	26	14	25	33	1.94
28151642--28151740	43	2.3	43	82	1	117	28	15	24	32	1.95
28156881--28156922	10	4.3	10	82	17	61	21	19	2	57	1.52
28167441--28167537	42	2.4	41	87	3	151	19	23	27	28	1.98
28167608--28167647	21	1.9	21	89	0	62	27	17	12	42	1.85
28185996--28186061	33	2.0	32	97	2	123	54	18	7	19	1.67
28187675--28189352	557	3.0	558	97	0	3189	33	13	21	31	1.92
28190570--28190689	50	2.4	50	80	0	132	27	25	26	20	1.99
28201445--28201475	12	2.6	12	94	0	53	41	9	25	22	1.84
28202680--28202721	22	1.9	23	85	9	61	66	7	2	23	1.28
28203077--28203112	17	2.1	18	89	5	56	50	2	11	36	1.53
28203318--28203868	88	6.3	88	80	2	552	23	25	23	27	2.00
28203599--28203737	45	3.1	45	68	17	119	20	24	24	30	1.98
28203578--28203803	44	5.1	44	70	15	162	22	23	26	27	1.99
28206064--28206124	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
28209770--28209811	22	1.9	23	85	9	61	66	7	2	23	1.28
28209951--28210033	30	2.7	31	78	14	91	57	6	2	33	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28210371--28210410	10	3.9	10	83	6	53	75	0	0	25	0.81
28210699--28210750	21	2.6	20	93	6	88	36	15	11	36	1.84
28212242--28212279	19	2.1	18	85	9	51	50	5	0	44	1.24
28212648--28212694	19	2.5	19	80	10	60	46	2	2	48	1.25
28246864--28247129	27	9.9	27	80	7	269	43	19	18	18	1.89
28246864--28247129	81	3.3	81	77	8	301	43	19	18	18	1.89
28247464--28247517	28	1.9	28	88	0	81	29	20	18	31	1.96
28253862--28253943	35	2.2	36	75	18	87	9	34	6	50	1.60
28253871--28253950	35	2.3	35	82	10	92	10	32	7	50	1.64
28254040--28254091	19	2.7	19	90	3	77	23	7	25	44	1.79
28254518--28254647	27	4.8	27	87	1	172	43	23	20	13	1.87
28254859--28254912	26	2.1	25	89	3	81	16	24	24	35	1.95
28260493--28260560	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
28260382--28260709	174	1.9	174	93	1	568	31	24	14	30	1.94
28260662--28260740	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
28267993--28268035	22	2.0	22	85	0	59	16	6	48	27	1.71
28272057--28272148	48	1.9	47	86	2	130	41	20	14	23	1.89
28282590--28282633	12	3.7	12	90	0	61	20	36	34	9	1.84
28289458--28289502	21	2.1	21	87	4	63	40	22	11	26	1.87
28289471--28289510	21	1.9	21	85	10	55	45	22	10	22	1.82
28297366--28297393	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
28304087--28304165	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28304283--28304917	47	13.4	47	87	6	802	29	29	9	32	1.88
28304488--28304915	145	2.9	145	94	2	712	29	28	9	32	1.88
28307562--28307837	40	6.9	40	82	2	261	24	27	23	24	2.00
28307576--28307839	120	2.2	120	80	4	291	24	28	23	24	2.00
28310030--28310108	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
28310227--28310870	47	13.4	47	89	3	883	29	29	9	32	1.88
28310286--28310868	145	4.0	145	93	2	922	30	28	8	32	1.87
28442682--28442716	17	2.1	17	88	0	52	68	14	2	14	1.32
28451017--28451186	69	2.4	69	85	5	214	21	18	27	32	1.97
28455695--28455740	23	2.0	23	100	0	92	26	21	13	39	1.90
28466751--28466894	69	2.1	69	90	0	225	46	11	13	28	1.78
28470699--28470741	20	2.2	20	86	0	59	60	4	2	32	1.30
28478266--28478300	15	2.3	15	90	0	52	14	22	8	54	1.67
28487501--28487532	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
28487760--28487946	51	3.7	51	76	8	202	31	27	16	24	1.96
28490365--28490403	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
28490603--28490795	50	3.9	50	76	4	151	24	27	19	28	1.99
28493817--28493844	9	3.1	9	100	0	56	21	25	0	53	1.46
28512106--28512290	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
28512087--28512290	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
28519991--28520174	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
28519972--28520174	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28538487--28538538	5	10.6	5	80	19	65	80	0	19	0	0.71
28545393--28545433	6	7.0	6	84	15	59	82	0	17	0	0.66
28545393--28545424	11	2.9	11	90	0	55	84	0	15	0	0.63
28545393--28545434	21	2.0	22	90	4	68	83	0	16	0	0.65
28547902--28548052	28	5.4	28	89	1	205	33	27	11	27	1.92
28558442--28558513	28	2.6	28	77	0	81	27	26	15	30	1.96
28559994--28560030	9	4.1	9	96	0	65	37	0	10	51	1.37
28563020--28563185	72	2.3	72	94	1	298	36	11	14	37	1.82
28570942--28571022	28	3.0	28	85	7	96	20	20	19	38	1.94
28594529--28594563	15	2.3	15	90	0	52	51	5	0	42	1.25
28597063--28597212	27	5.4	28	91	3	214	26	12	28	34	1.92
28597088--28597212	55	2.3	55	92	2	207	26	12	28	33	1.92
28602644--28602858	40	5.7	40	82	12	240	25	27	22	25	2.00
28610566--28610786	76	2.8	77	78	12	209	25	28	21	24	1.99
28610566--28610786	40	5.6	39	85	8	229	25	28	21	24	1.99
28616243--28616280	20	1.9	20	88	0	58	34	0	23	42	1.55
28623246--28623275	14	2.1	14	100	0	60	50	20	6	23	1.71
28625770--28625805	18	1.9	19	88	5	56	38	16	8	36	1.79
28645408--28645434	14	1.9	14	100	0	54	74	7	7	11	1.23
28655599--28655663	20	3.2	20	82	8	96	15	35	16	32	1.91
28657146--28657363	111	2.0	111	86	0	310	25	19	31	24	1.98
28659265--28659339	26	2.9	25	76	6	78	16	13	38	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28671121--28671190	30	2.3	30	92	0	113	21	35	22	20	1.96
28675552--28675697	27	5.4	27	87	1	186	41	19	19	19	1.90
28675576--28675787	27	7.9	27	80	4	187	41	18	18	20	1.91
28675552--28675801	27	9.3	27	75	11	140	41	18	18	22	1.91
28675849--28675945	24	4.0	24	79	0	95	26	6	21	45	1.75
28675907--28675957	24	2.1	24	88	0	75	21	7	19	50	1.72
28676073--28676130	26	2.2	26	84	0	71	22	18	22	36	1.95
28676129--28676298	32	5.4	32	82	6	195	20	19	21	39	1.93
28676128--28676284	63	2.5	64	84	3	201	20	20	21	38	1.94
28676586--28676647	32	1.9	33	86	3	90	24	25	19	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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