genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  64  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18355248--18355294	20	2.5	18	80	13	51	61	10	19	8	1.53
18361056--18361097	16	2.6	17	77	11	52	26	4	2	66	1.23
18364055--18364121	33	2.0	33	97	0	125	20	11	28	38	1.88
18375558--18375800	115	2.1	114	90	3	371	37	16	14	31	1.89
18376051--18376124	20	3.7	20	78	7	87	39	0	14	45	1.45
18376044--18376123	40	2.0	40	97	0	151	38	0	17	43	1.49
18379372--18379461	33	2.6	35	85	5	121	33	18	26	21	1.96
18385763--18385833	13	5.5	13	76	6	72	45	5	18	30	1.72
18385758--18385846	26	3.4	26	87	0	133	41	4	17	35	1.70
18388695--18388719	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
18390459--18390483	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
18390479--18390532	27	2.0	27	82	13	67	48	5	5	40	1.50
18393765--18393808	22	2.0	22	90	0	70	47	43	0	9	1.35
18394456--18394495	20	2.0	20	100	0	80	25	20	20	35	1.96
18396238--18396264	12	2.2	12	100	0	54	33	11	22	33	1.89
18398998--18399040	22	2.0	22	85	0	59	11	18	25	44	1.84
18399112--18399299	86	2.2	85	81	5	216	31	25	20	22	1.98
18399134--18399317	43	4.3	43	88	0	253	33	27	18	21	1.96
18399810--18399852	22	2.0	22	100	0	86	37	13	13	34	1.85
18400109--18400277	88	2.0	85	84	5	223	20	14	24	41	1.89
18400113--18400268	43	3.6	43	82	6	190	20	12	24	42	1.87
18409198--18409230	16	2.1	16	94	5	59	66	6	0	27	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18420015--18420047	12	2.6	13	85	9	50	63	0	24	12	1.28
18430245--18430324	40	2.0	40	85	4	108	45	17	18	18	1.86
18430931--18431047	60	2.0	60	98	0	225	39	17	10	33	1.83
18430936--18431061	60	2.1	60	91	2	200	38	19	11	30	1.86
18433561--18433754	50	3.7	50	78	8	167	26	23	26	23	2.00
18442773--18442805	15	2.2	15	94	0	57	6	30	12	51	1.63
18445931--18445963	15	2.2	15	94	0	57	6	30	12	51	1.63
18452667--18452954	136	2.0	140	91	7	467	40	10	9	39	1.72
18452886--18452917	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18459243--18459359	53	2.2	53	92	1	191	53	1	6	37	1.38
18460844--18460869	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
18460953--18461262	113	2.8	112	81	6	322	25	20	27	26	1.99
18461165--18461335	73	2.4	74	84	4	215	26	20	25	28	1.99
18461052--18461446	185	2.1	188	83	1	490	25	20	26	28	1.99
18461459--18461483	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
18461476--18461506	12	2.6	12	100	0	62	45	0	6	48	1.28
18461676--18461743	22	3.1	22	70	8	59	16	5	41	36	1.72
18461763--18461828	8	8.5	8	76	15	59	22	1	33	42	1.63
18461769--18461832	15	4.3	15	81	13	78	21	1	34	42	1.63
18461755--18461804	23	2.2	22	89	3	73	22	2	30	46	1.63
18461769--18461832	7	8.6	7	77	16	58	21	1	34	42	1.63
18461823--18461905	42	2.0	42	81	9	98	19	4	30	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18461913--18462002	28	3.2	26	72	12	72	21	0	30	48	1.50
18461866--18462003	14	9.9	14	71	12	61	21	0	30	47	1.56
18461985--18462203	103	2.1	103	93	0	384	28	4	28	38	1.77
18462024--18462227	103	2.0	102	85	3	277	31	4	27	35	1.78
18462445--18462743	116	2.6	114	79	6	309	22	14	20	42	1.88
18462862--18462930	25	2.8	25	74	20	74	21	34	0	43	1.53
18465100--18465296	9	20.4	9	69	16	101	47	16	2	34	1.60
18465126--18465296	27	6.3	27	72	18	122	48	15	1	34	1.55
18465056--18465296	128	1.9	128	94	1	430	46	16	2	34	1.62
18467144--18467193	21	2.4	21	90	6	75	34	16	46	4	1.65
18467527--18467683	78	2.0	79	84	1	208	40	19	18	22	1.92
18467529--18467727	42	4.9	43	78	10	204	39	19	20	21	1.93
18467700--18467818	42	2.8	42	87	0	175	23	20	21	34	1.97
18467663--18467818	84	1.9	84	82	2	197	26	19	21	32	1.97
18468248--18468288	19	2.1	19	90	9	64	65	14	0	19	1.26
18470923--18471045	54	2.3	54	83	5	151	30	25	23	21	1.99
18470965--18471069	54	1.9	54	80	3	122	30	27	20	20	1.98
18475956--18475995	20	2.0	21	85	5	55	60	15	15	10	1.60
18476411--18476455	18	2.4	19	77	11	56	35	0	0	64	0.94
18477736--18477798	27	2.3	27	94	5	110	9	28	34	26	1.88
18478697--18478756	27	2.2	28	84	3	77	25	31	30	13	1.93
18478812--18478864	23	2.4	22	84	9	63	20	0	5	73	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18478812--18478864	12	4.4	13	81	11	60	20	0	5	73	1.03
18483254--18483302	5	10.2	5	75	16	50	61	18	20	0	1.35
18486631--18486727	48	2.0	48	91	0	158	43	19	2	35	1.63
18487454--18487483	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
18501484--18501603	50	2.4	50	81	2	143	30	21	26	21	1.99
18502413--18502563	72	2.1	72	96	1	277	48	7	26	17	1.74
18502752--18502789	19	2.0	19	100	0	76	52	5	26	15	1.64
18503989--18504097	57	1.9	57	83	7	141	30	18	26	24	1.98
18509410--18509464	26	2.1	25	83	12	67	69	9	3	18	1.30
18509589--18509657	17	4.2	16	75	17	61	62	8	0	28	1.25
18509621--18509664	23	1.9	23	85	0	61	59	9	0	31	1.29
18511029--18511191	45	3.6	45	75	10	154	26	24	17	31	1.97
18511256--18511567	143	2.2	143	84	2	405	29	20	20	30	1.97
18511256--18511602	143	2.4	143	81	3	378	28	21	19	30	1.97
18513044--18513131	45	2.0	45	93	0	149	13	27	21	37	1.91
18520343--18520389	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
18525306--18525790	240	2.0	240	96	0	889	38	15	22	22	1.92
18528771--18528823	9	5.4	9	77	16	52	67	1	16	13	1.31
18528771--18528833	31	2.0	31	93	0	108	61	4	20	12	1.49
18529818--18529864	19	2.5	19	82	6	51	42	2	6	48	1.40
18530391--18530421	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
18540886--18541326	125	3.5	125	89	1	679	32	17	21	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18545881--18546094	112	1.9	111	87	3	313	37	8	10	42	1.71
18546141--18546169	15	1.9	15	100	0	58	31	0	20	48	1.50
18546149--18546201	27	1.9	28	92	3	90	28	1	30	39	1.67
18546176--18546375	21	9.5	20	84	9	240	25	0	31	44	1.54
18546142--18546383	63	3.7	63	80	16	225	25	0	29	44	1.57
18546176--18546370	42	4.6	42	86	7	270	25	0	30	44	1.55
18546176--18546375	85	2.4	84	87	7	289	25	0	31	44	1.54
18547625--18547650	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
18548799--18548843	21	2.1	22	87	4	65	53	0	20	26	1.46
18548792--18548892	50	2.0	53	82	9	129	50	0	20	27	1.55
18550848--18550901	27	2.0	27	85	7	74	38	3	0	57	1.17
18550858--18550943	43	2.1	42	82	10	106	34	8	2	54	1.43
18559546--18559602	25	2.3	24	79	8	62	1	28	1	68	1.09
18567317--18567356	18	2.2	18	86	8	55	5	0	27	67	1.11
18578263--18578300	17	2.2	18	90	4	60	63	13	2	21	1.42
18578821--18578908	26	3.3	26	79	3	95	63	5	2	28	1.29
18583642--18584531	132	6.8	132	87	2	1290	28	23	19	28	1.98
18583642--18584531	265	3.4	263	89	2	1324	28	23	19	28	1.98
18585169--18585198	14	2.1	14	100	0	60	20	6	13	60	1.55
18585813--18585853	7	5.9	7	86	11	57	12	17	0	70	1.16
18585817--18585865	21	2.3	22	75	10	57	14	20	0	65	1.27
18596398--18596487	39	2.3	40	82	7	112	27	26	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18597174--18597803	322	2.0	311	82	9	774	28	21	22	27	1.99
18598729--18598820	31	2.7	35	74	20	97	53	2	2	42	1.25
18600074--18600112	20	2.0	20	94	0	69	30	5	15	48	1.66
18604649--18604694	20	2.3	20	88	0	65	26	6	15	52	1.67
18606933--18607139	114	1.8	114	81	0	261	34	14	15	35	1.89
18610134--18610180	24	2.0	23	84	12	60	72	10	17	0	1.12
18610610--18610644	3	11.7	3	93	0	61	31	0	2	65	1.07
18617221--18617246	12	2.2	12	100	0	52	38	23	7	30	1.83
18620186--18620223	17	2.2	17	86	9	51	42	2	7	47	1.46
18624865--18624889	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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