genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  86  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24737652--24737774	61	2.0	61	88	3	185	35	21	15	27	1.93
24738280--24738374	50	2.0	48	87	8	140	29	4	13	52	1.59
24738518--24738559	20	2.1	20	100	0	84	47	14	19	19	1.82
24747219--24747264	15	3.1	14	81	9	56	10	23	0	65	1.24
24750750--24752979	563	4.0	563	94	0	3693	29	17	16	36	1.92
24752979--24763921	561	19.4	561	93	1	18555	29	17	16	35	1.92
24763138--24763207	34	2.1	34	100	0	140	28	17	14	40	1.88
24771122--24771188	28	2.3	29	80	10	84	28	29	13	28	1.94
24771012--24771337	173	1.9	173	90	2	521	30	24	14	30	1.94
24771296--24771368	29	2.5	30	82	13	98	27	30	15	27	1.96
24775440--24775662	40	5.7	40	82	7	233	25	21	27	25	1.99
24775440--24775660	79	2.8	78	82	6	241	25	21	27	25	1.99
24775519--24775695	79	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
24783358--24783580	39	5.7	39	81	7	220	25	20	28	25	1.99
24783438--24783613	79	2.3	79	81	5	189	26	21	28	24	1.99
24797018--24797129	61	1.9	58	83	5	143	49	3	4	42	1.40
24811834--24811875	22	2.0	21	90	4	66	59	11	7	21	1.56
24812596--24812638	20	2.2	20	87	8	61	11	27	2	58	1.46
24812891--24813122	50	4.6	50	92	0	365	21	30	21	27	1.98
24813569--24813605	18	2.1	18	89	0	56	18	13	5	62	1.50
24820784--24820971	45	4.2	45	93	0	304	38	15	20	25	1.92
24821724--24821769	19	2.5	18	78	3	56	73	2	8	15	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24827098--24827240	45	3.2	45	91	0	232	39	15	19	25	1.91
24830421--24830466	22	2.1	22	88	4	67	45	10	0	43	1.39
24834401--24834439	18	2.2	18	90	9	62	23	12	0	64	1.28
24834466--24834523	29	2.0	29	86	0	80	8	13	5	72	1.26
24835307--24835342	14	2.6	14	86	13	56	5	16	8	69	1.33
24845669--24845716	24	2.0	24	95	0	87	27	35	16	20	1.94
24854747--24854917	39	4.3	39	84	6	202	25	21	28	25	1.99
24854694--24854917	79	2.8	79	81	7	222	25	20	28	25	1.99
24854774--24854950	79	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
24865230--24865260	15	2.1	15	93	0	53	35	3	12	48	1.58
24872071--24872118	24	2.0	24	95	0	87	27	35	16	20	1.94
24882761--24882837	24	3.2	24	81	9	93	27	19	20	32	1.97
24882799--24882866	25	2.7	24	81	4	73	27	19	22	30	1.97
24885774--24885949	27	6.5	27	81	3	183	26	14	28	30	1.95
24896471--24896536	20	3.3	20	72	8	71	15	31	18	34	1.92
24896471--24896548	20	3.9	20	73	6	59	15	29	16	38	1.90
24896472--24896550	40	2.0	40	87	0	113	15	30	16	37	1.89
24897082--24897108	12	2.2	12	100	0	54	29	40	22	7	1.81
24898072--24898115	21	2.0	21	86	8	61	40	15	9	34	1.79
24898333--24898425	42	2.2	42	94	0	159	36	12	16	34	1.87
24900622--24900691	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
24900622--24900719	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24903403--24903503	52	1.9	52	93	0	175	32	20	18	27	1.96
24905971--24906422	227	2.0	227	88	0	681	33	13	23	29	1.92
24906538--24906685	29	5.1	29	80	1	147	23	15	22	38	1.92
24907840--24907886	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
24915244--24915276	18	1.9	18	88	11	52	42	12	15	30	1.83
24921793--24921970	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
24935132--24935184	25	2.1	25	100	0	106	28	24	22	24	2.00
24939099--24939282	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
24939099--24939279	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
24939180--24939329	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
24941338--24941457	25	4.8	25	82	4	118	33	20	22	24	1.97
24946489--24946532	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
24953514--24953736	119	1.9	120	82	6	283	25	28	21	24	1.99
24953512--24953736	40	5.7	40	83	6	269	25	28	21	24	1.99
24955293--24955365	22	3.5	22	66	30	61	45	23	1	30	1.61
24955297--24955465	39	4.3	39	89	0	248	46	20	1	31	1.61
24961613--24961651	20	2.0	20	100	0	78	38	20	10	30	1.86
24965513--24965590	38	2.1	38	97	0	147	33	25	16	24	1.96
24969275--24969479	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
24977483--24977687	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
24990229--24990293	32	2.0	32	100	0	130	41	12	6	40	1.67
24999980--25000029	20	2.5	20	81	12	66	12	24	6	58	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25000322--25000477	50	3.1	50	84	1	170	20	30	22	26	1.98
25000878--25001061	90	2.0	90	100	0	368	31	23	4	40	1.74
25005349--25005397	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
25012727--25012847	23	5.3	23	86	2	181	31	25	19	23	1.98
25012727--25012847	45	2.6	45	92	2	197	31	25	19	23	1.98
25015878--25015936	20	3.0	20	80	14	68	33	11	28	25	1.91
25017119--25017173	20	2.8	19	72	25	51	43	18	1	36	1.61
25019239--25019436	50	4.0	50	79	6	213	23	18	28	28	1.98
25019243--25019428	101	1.8	101	89	2	293	23	18	29	29	1.98
25019432--25019526	45	2.1	45	86	0	136	27	17	22	32	1.96
25024649--25024707	26	2.2	26	96	3	109	30	10	8	50	1.66
25025881--25026068	41	4.5	40	75	11	155	32	25	19	23	1.97
25028108--25028327	40	5.7	39	87	7	272	24	28	22	25	1.99
25028108--25028327	77	2.8	80	83	10	267	24	28	22	25	1.99
25036101--25036323	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
25036101--25036323	79	2.8	77	84	7	279	25	27	22	24	2.00
25042626--25042848	40	5.7	40	84	6	244	23	27	21	26	1.99
25042626--25042797	79	2.2	80	86	5	233	24	27	20	27	1.99
25049248--25049471	40	5.6	40	81	10	237	24	27	21	26	2.00
25049248--25049472	79	2.8	78	82	7	265	24	27	21	26	2.00
25049248--25049472	119	1.9	120	82	8	289	24	27	21	26	2.00
25053466--25053653	50	3.8	49	80	4	198	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25053472--25053655	101	1.8	101	86	2	271	25	17	26	30	1.97
25053659--25053753	45	2.1	45	88	0	145	25	17	25	31	1.97
25063338--25063824	100	4.8	100	80	7	517	24	19	22	33	1.97
25063371--25063766	50	7.9	51	69	9	242	25	19	22	32	1.97
25063530--25063814	50	5.7	49	74	8	225	23	20	22	34	1.97
25065227--25065269	7	6.3	7	84	15	63	16	16	0	67	1.24
25065227--25065266	20	2.0	20	90	9	64	15	15	0	70	1.18
25066207--25066262	22	2.7	19	79	17	58	8	3	8	78	1.07
25072456--25072515	23	2.6	23	94	0	111	36	3	10	50	1.53
25081445--25081622	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25081446--25081601	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25081442--25081622	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25089633--25089810	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25089634--25089789	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25089630--25089810	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25091790--25092013	40	5.7	40	91	3	314	25	21	27	25	2.00
25091789--25092013	79	2.8	79	88	4	310	25	21	27	25	2.00
25091803--25092046	79	3.1	79	85	4	262	26	20	27	25	1.99
25096879--25097250	27	13.9	27	77	9	262	44	18	15	20	1.86
25096894--25097250	54	6.7	53	81	7	316	44	18	15	21	1.86
25096947--25097250	108	2.8	108	88	4	420	45	19	14	21	1.86
25097345--25097410	32	2.1	32	97	0	123	36	18	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25097437--25097493	27	2.2	26	83	3	69	21	19	19	40	1.92
25097453--25097531	26	3.0	26	84	1	86	21	20	16	41	1.90
25097640--25097733	28	3.4	28	86	2	127	23	24	24	27	2.00
25098521--25098553	17	2.0	17	88	5	50	42	9	27	21	1.83
25104736--25104918	27	6.8	26	78	6	179	47	18	14	19	1.82
25104747--25104949	54	3.8	54	80	5	225	46	17	15	20	1.84
25104730--25104945	80	2.7	80	83	4	265	45	18	16	20	1.86
25104736--25104945	27	7.8	26	75	9	147	46	17	15	20	1.84
25105295--25105382	28	3.1	28	91	1	140	25	23	22	28	1.99
25108101--25108218	23	5.2	23	86	2	175	30	23	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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