genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  5  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1308279--1308336	26	2.2	26	81	9	64	29	5	5	60	1.40
1323694--1323822	63	2.0	63	86	0	177	28	19	17	34	1.94
1324332--1324364	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
1327550--1327579	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
1332461--1332562	41	2.5	41	91	3	161	26	19	25	28	1.99
1367054--1367083	11	2.7	11	89	0	51	46	0	0	53	1.00
1367065--1367099	17	2.1	17	94	0	61	37	0	0	62	0.95
1368748--1368941	105	1.9	103	86	2	280	33	6	22	37	1.80
1370206--1370274	29	2.4	28	83	7	84	30	11	5	52	1.61
1380788--1380907	40	2.9	42	81	14	119	18	31	27	22	1.97
1389370--1389401	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
1389402--1389587	73	2.5	73	98	0	354	29	6	23	40	1.79
1394906--1394944	20	2.0	20	89	0	60	23	0	2	74	0.94
1397815--1397898	44	1.9	43	83	7	107	45	4	1	48	1.31
1413399--1413459	30	2.0	30	90	0	95	40	18	14	26	1.89
1424671--1424792	17	7.7	17	68	18	84	63	0	1	35	1.05
1424673--1424732	18	3.4	18	81	4	86	66	0	1	31	1.01
1424673--1424739	18	3.8	18	71	13	59	68	0	1	29	0.98
1424751--1424793	16	2.6	16	81	3	50	62	0	0	37	0.95
1430301--1430361	30	2.1	29	84	3	77	26	1	4	67	1.20
1430658--1430694	18	2.1	18	90	5	58	78	8	8	5	1.09
1430977--1431010	17	2.0	17	88	11	52	67	17	0	14	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432026--1432064	15	2.6	15	83	0	51	41	5	2	51	1.38
1437613--1437696	39	2.1	41	86	6	120	59	1	0	39	1.05
1438017--1438066	15	3.5	15	78	13	52	28	4	0	68	1.08
1444422--1444452	15	2.1	15	93	0	53	77	0	0	22	0.77
1444420--1444478	21	2.8	21	76	5	66	69	3	3	23	1.19
1445835--1445882	22	2.1	22	85	11	62	22	4	2	70	1.15
1445899--1445928	16	1.9	15	93	6	51	30	3	0	66	1.07
1453556--1453734	46	3.9	45	97	1	331	32	16	22	28	1.95
1454310--1454374	32	2.0	32	100	0	130	27	12	12	47	1.77
1457299--1457375	31	2.5	31	83	8	86	27	5	14	53	1.62
1458388--1458425	10	3.9	10	93	3	60	39	0	0	60	0.97
1468226--1468335	48	2.3	47	79	4	121	20	25	26	28	1.99
1468250--1468332	23	3.5	23	69	18	71	20	25	26	27	1.99
1469002--1469139	54	2.5	54	80	1	168	38	9	18	34	1.83
1470737--1470788	7	7.3	7	75	2	50	28	1	26	42	1.66
1474061--1474168	25	4.4	25	73	15	82	33	21	25	19	1.97
1474063--1474133	25	2.8	25	85	8	83	32	21	26	19	1.97
1480193--1480222	16	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
1481725--1481778	26	2.1	26	96	0	99	38	22	9	29	1.85
1482408--1482458	17	3.1	17	72	13	52	23	19	23	33	1.97
1482451--1482494	18	2.4	18	80	0	52	27	11	25	36	1.90
1493029--1493230	46	4.5	46	94	2	347	32	14	23	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1493029--1493230	91	2.2	92	92	3	347	32	14	23	29	1.94
1494491--1494627	49	2.8	49	84	1	175	27	13	26	32	1.93
1499341--1499493	45	3.4	44	92	3	236	31	13	26	28	1.94
1503051--1503086	18	2.0	18	88	0	54	19	8	19	52	1.70
1503369--1503426	20	2.9	19	82	10	62	36	0	5	58	1.20
1503527--1503587	20	3.2	19	75	13	54	29	3	4	62	1.32
1504148--1504202	21	2.5	22	76	2	67	67	16	9	7	1.40
1504951--1505007	30	1.9	30	85	3	80	19	12	1	66	1.32
1518714--1518752	16	2.4	16	82	0	51	38	2	23	35	1.68
1518930--1519055	58	2.2	58	86	2	173	52	3	0	43	1.22
1518930--1519092	58	2.8	57	81	9	145	53	3	1	41	1.26
1519806--1519998	98	2.0	98	90	0	305	37	24	9	27	1.87
1520262--1520286	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
1520631--1520679	25	2.0	25	84	8	64	73	4	4	18	1.15
1520790--1520814	8	3.1	8	100	0	50	16	36	0	48	1.46
1521785--1521817	14	2.4	14	94	0	57	15	18	30	36	1.91
1524607--1524875	41	6.6	41	91	0	412	28	20	27	22	1.99
1528459--1528488	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
1528531--1528564	16	2.1	16	94	0	59	20	5	20	52	1.67
1528691--1528752	28	2.2	27	83	8	79	56	1	6	35	1.35
1529212--1529506	42	7.0	42	81	4	299	31	21	20	26	1.98
1529405--1529514	44	2.6	44	80	11	122	27	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1529951--1530019	21	3.3	21	89	0	102	2	40	18	37	1.66
1535550--1535595	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
1535557--1535858	25	11.8	27	77	11	257	33	0	19	47	1.53
1535845--1535949	29	3.5	30	70	20	94	33	2	13	50	1.56
1535936--1536088	31	4.9	31	72	13	125	35	3	13	47	1.58
1535918--1535988	9	8.4	9	74	12	53	36	1	14	47	1.52
1535945--1536000	12	5.1	12	73	20	59	32	0	14	53	1.41
1535945--1536024	21	3.8	21	82	9	83	32	2	15	50	1.57
1535557--1535850	9	34.4	9	76	12	257	33	0	19	46	1.53
1536064--1536117	21	2.6	21	85	5	74	38	5	16	38	1.72
1536241--1536278	16	2.4	16	86	4	51	50	5	2	42	1.39
1536275--1536302	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
1536160--1536428	62	4.4	61	83	1	358	50	8	6	35	1.58
1536160--1536428	123	2.2	123	98	0	520	50	8	6	35	1.58
1536364--1536401	16	2.4	16	86	4	51	50	5	2	42	1.39
1536398--1536425	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
1536394--1536443	17	3.2	17	81	18	72	52	6	6	36	1.51
1539687--1539711	7	3.6	7	100	0	50	48	40	0	12	1.40
1540663--1540717	21	2.7	20	75	5	56	40	34	3	21	1.71
1541199--1541413	114	1.9	114	87	3	317	32	19	13	34	1.91
1541976--1542028	17	3.1	18	75	8	56	22	18	22	35	1.95
1544812--1544947	67	2.0	67	91	1	218	50	5	2	42	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1544812--1544911	24	4.3	23	65	26	59	50	7	1	42	1.36
1544821--1544964	67	2.1	68	84	2	182	51	4	2	42	1.33
1545211--1545270	11	5.6	11	74	20	56	35	3	0	61	1.12
1545204--1545271	30	2.2	32	89	7	113	30	2	0	66	1.07
1545205--1545289	31	2.8	31	90	1	127	30	3	0	65	1.09
1555151--1555242	23	4.2	24	70	20	76	57	0	3	39	1.15
1555161--1555242	11	7.7	11	73	18	59	57	0	2	40	1.12
1555163--1555249	40	2.2	39	89	6	138	59	0	2	37	1.10
1555173--1555250	40	1.9	41	97	2	149	61	0	2	35	1.10
1555928--1555971	9	5.1	9	81	10	56	38	0	0	61	0.96
1555930--1555967	16	2.3	17	86	9	60	34	0	0	65	0.93
1557367--1557407	13	3.1	13	86	6	55	68	2	2	26	1.15
1557367--1557407	14	3.0	14	89	3	57	68	2	2	26	1.15
1557362--1557395	13	2.8	12	86	8	50	67	2	0	29	1.05
1557949--1557992	22	2.0	23	95	4	81	52	0	0	47	1.00
1559378--1559407	12	2.4	13	88	11	53	23	0	0	76	0.78
1565731--1565757	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
1567859--1568056	107	1.8	110	83	6	269	27	11	12	48	1.74
1567963--1568153	96	2.0	95	88	1	283	22	10	12	53	1.69
1568178--1568514	108	3.0	115	77	15	410	29	11	12	46	1.77
1569071--1569141	14	4.9	14	77	14	65	35	40	0	23	1.55
1569127--1569166	20	2.0	20	85	9	55	35	45	0	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1569157--1569198	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
1569153--1569199	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
1569385--1569435	15	3.5	15	71	12	52	35	43	0	21	1.53
1569765--1570301	114	4.7	113	85	3	700	26	25	22	25	2.00
1582924--1582961	18	2.2	17	95	4	67	42	15	7	34	1.76
1592325--1592363	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
1592581--1592656	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
1594722--1594775	16	3.4	16	78	0	63	35	27	24	12	1.92
1595490--1595536	24	2.0	23	88	8	69	51	0	0	48	1.00
1595489--1595536	12	3.8	13	78	10	55	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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