genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  23  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6562866--6562908	22	2.0	21	86	4	59	27	9	0	62	1.25
6562902--6562935	6	5.7	6	90	10	52	14	2	0	82	0.79
6562902--6562935	13	2.8	12	87	12	52	14	2	0	82	0.79
6569527--6569621	48	2.0	48	100	0	190	48	10	9	31	1.70
6574535--6574572	15	2.8	13	82	17	51	65	0	0	34	0.93
6594493--6594569	7	11.0	7	74	0	55	28	32	2	36	1.71
6596090--6596196	42	2.5	42	87	0	151	44	16	24	14	1.84
6596093--6596173	21	3.9	21	68	0	63	45	18	22	13	1.84
6596121--6596185	21	3.1	21	75	0	76	44	18	23	13	1.85
6599622--6599651	12	2.5	12	100	0	60	50	0	13	36	1.42
6601796--6601857	22	2.9	22	68	2	54	24	19	16	40	1.91
6601803--6601871	22	3.2	22	66	15	54	24	18	14	42	1.88
6606878--6606906	14	2.1	14	93	6	51	48	13	6	31	1.69
6621058--6621102	18	2.5	18	86	13	58	60	8	4	26	1.46
6621167--6621222	20	2.7	21	83	5	69	71	8	8	10	1.31
6621568--6621626	31	1.9	31	82	0	73	40	8	10	40	1.69
6627379--6627431	13	4.1	13	72	0	52	35	22	7	33	1.83
6628570--6628611	13	3.3	12	81	18	50	42	0	9	47	1.36
6630391--6630415	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
6630927--6630951	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
6629948--6631564	536	3.0	536	96	0	2995	31	20	14	33	1.93
6637699--6637743	22	2.0	23	86	4	65	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6643086--6643177	40	2.3	42	75	11	111	34	19	27	18	1.95
6644917--6645235	146	2.2	141	84	10	407	43	10	3	42	1.57
6645436--6645468	15	2.1	17	88	11	52	81	0	12	6	0.85
6650606--6650664	23	2.6	23	77	0	64	52	3	0	44	1.17
6662220--6662247	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6663160--6663193	17	2.0	17	88	0	50	50	0	11	38	1.39
6666350--6666375	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6668343--6668559	105	2.1	101	85	5	283	30	15	26	28	1.96
6668480--6668557	33	2.4	33	78	8	95	30	16	25	26	1.97
6669994--6670027	5	6.8	5	90	10	52	79	2	0	17	0.86
6679933--6680010	21	3.7	21	74	6	77	50	0	0	50	1.00
6685585--6685701	40	3.0	40	77	3	112	31	21	20	26	1.98
6685771--6685864	41	2.4	41	85	5	122	24	18	21	36	1.95
6686185--6686284	22	4.7	21	71	9	58	23	1	29	47	1.58
6686168--6686284	7	16.4	7	68	10	58	23	0	27	48	1.56
6687019--6687050	13	2.3	15	89	10	50	43	0	0	56	0.99
6690458--6690544	43	2.0	43	86	0	120	32	11	12	43	1.78
6690806--6691240	43	10.2	44	88	2	425	23	15	30	30	1.95
6690809--6691217	171	2.4	168	83	4	500	24	15	30	29	1.95
6693647--6693671	12	2.1	12	100	0	50	76	8	16	0	1.02
6696107--6696137	15	2.1	15	100	0	62	54	12	12	19	1.70
6705251--6705298	24	2.1	22	88	7	69	62	8	2	27	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6705255--6705309	25	2.3	23	84	6	65	61	9	1	27	1.36
6705254--6705309	23	2.3	24	81	12	69	60	8	1	28	1.37
6705726--6705812	26	3.2	28	76	14	83	64	3	0	32	1.10
6705768--6705813	22	2.1	21	84	4	56	65	2	0	32	1.05
6705776--6705814	20	2.0	20	89	0	60	66	2	0	30	1.05
6714729--6714856	64	2.0	64	96	0	238	28	13	13	44	1.81
6726149--6726187	17	2.3	17	91	8	62	20	0	0	79	0.73
6726142--6726187	17	2.6	18	80	16	60	23	0	0	76	0.79
6726147--6726208	33	2.0	30	84	9	79	27	0	1	70	0.96
6728244--6728336	44	2.1	44	87	0	132	44	5	23	26	1.75
6734903--6734931	4	7.5	4	92	7	51	0	0	24	75	0.80
6735377--6735429	16	3.3	16	94	0	97	37	3	35	22	1.72
6735643--6735684	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
6735652--6735693	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
6735758--6735804	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
6735878--6735924	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
6735998--6736044	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
6735641--6736277	120	5.3	120	96	0	1141	50	5	1	42	1.36
6736612--6736786	39	4.5	39	78	15	193	61	0	2	36	1.09
6736611--6736735	11	12.2	11	69	13	61	57	0	1	40	1.08
6736674--6736744	32	2.2	33	89	2	108	61	0	1	36	1.05
6737900--6737951	25	2.1	25	92	0	86	46	15	23	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6738052--6738322	137	2.0	138	91	2	438	46	14	14	25	1.81
6777284--6777429	79	1.8	79	89	5	233	43	10	2	43	1.50
6785026--6785086	32	1.9	32	83	12	81	49	1	4	44	1.33
6785045--6785086	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
6796440--6796497	19	3.2	18	78	7	64	29	22	20	27	1.99
6796533--6796589	18	3.2	18	67	5	53	33	26	15	24	1.95
6798984--6799149	84	2.0	84	96	0	305	43	3	19	33	1.69
6799838--6800168	164	2.0	164	82	2	396	41	17	19	21	1.90
6806943--6806972	14	2.1	15	93	6	53	63	3	0	33	1.11
6807714--6807751	18	2.1	18	85	9	51	26	0	2	71	1.00
6814417--6814452	18	2.0	18	100	0	72	22	5	0	72	1.05
6815349--6815432	34	2.5	34	88	0	132	25	23	14	36	1.92
6816109--6816173	28	2.3	29	81	10	89	38	32	9	20	1.84
6819566--6819602	18	2.1	18	90	10	58	32	0	5	62	1.18
6819595--6819619	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
6824483--6824525	15	2.8	15	82	3	50	44	27	0	27	1.55
6824601--6824816	108	2.0	108	100	0	432	30	21	13	34	1.92
6827367--6827429	21	2.9	21	81	11	56	28	12	3	55	1.52
6829623--6829659	14	2.6	14	91	0	65	45	5	10	37	1.62
6830208--6830268	18	3.3	18	75	18	54	50	0	1	47	1.10
6830214--6830302	42	2.0	46	81	12	107	55	1	1	42	1.14
6833935--6833986	18	2.7	20	74	17	56	36	3	0	59	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6837804--6838097	38	7.4	39	67	18	135	42	1	5	50	1.35
6837827--6837874	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
6837827--6837899	16	4.6	16	73	19	55	45	0	1	53	1.09
6837810--6838136	120	2.7	120	96	0	602	43	1	5	49	1.34
6837973--6838018	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
6838093--6838134	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
6838084--6838125	15	2.9	14	86	10	50	45	0	0	54	0.99
6838800--6838851	24	2.2	23	90	6	86	34	13	1	50	1.53
6839003--6839051	19	2.6	19	84	12	66	28	4	0	67	1.09
6840586--6840624	21	1.9	20	84	5	51	51	17	10	20	1.74
6841958--6841987	15	1.9	16	93	6	53	80	3	0	16	0.85
6845001--6845055	24	2.3	24	100	0	110	25	23	34	16	1.95
6847999--6848354	41	8.7	41	89	0	480	29	19	27	23	1.98
6856459--6856914	44	10.1	44	77	7	360	33	17	19	29	1.95
6856686--6856907	95	2.4	95	81	8	262	31	17	20	31	1.95
6856643--6856904	139	1.9	139	84	4	350	31	17	20	31	1.95
6856773--6856938	44	3.8	43	86	3	181	30	18	21	30	1.97
6857401--6857440	21	1.9	21	84	0	53	60	12	22	5	1.52
6858398--6858442	4	11.8	4	81	9	58	26	2	0	71	0.98
6862199--6862240	20	2.2	19	83	8	50	30	11	0	57	1.35
6862251--6862277	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6866607--6866719	45	2.5	45	80	0	118	17	16	23	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6869187--6869228	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
6869191--6869227	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
6869255--6869305	21	2.4	23	75	18	56	49	5	0	45	1.26
6876871--6876968	25	4.0	25	75	5	67	22	20	20	36	1.95
6890310--6890374	27	2.4	27	94	0	112	66	0	7	26	1.19
6890890--6890932	5	8.6	5	100	0	86	39	0	0	60	0.97
6891215--6891290	37	2.1	37	97	0	143	32	11	26	28	1.92
6893166--6893196	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
6893250--6893286	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
6893481--6893539	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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