genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  29  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8160665--8160717	23	2.3	23	96	0	97	16	9	26	47	1.77
8165316--8165921	31	19.8	31	75	7	411	43	16	6	33	1.74
8165332--8165914	184	3.2	184	91	1	900	43	16	6	33	1.75
8165316--8165914	92	6.5	92	85	1	765	43	16	6	33	1.74
8172261--8172294	11	2.8	12	86	13	52	41	5	8	44	1.60
8172709--8172763	10	5.2	10	77	12	56	49	0	3	47	1.19
8172711--8172766	11	5.1	11	73	16	53	46	0	3	50	1.19
8178298--8178341	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
8181663--8181733	25	2.8	25	78	6	72	23	23	23	28	2.00
8191916--8191987	31	2.4	31	86	9	103	11	9	9	69	1.37
8192948--8193004	16	3.4	16	77	17	53	71	5	1	21	1.14
8201362--8201402	21	2.0	21	95	0	73	39	17	12	31	1.86
8203863--8204030	84	2.0	84	90	1	266	36	29	7	26	1.84
8205889--8205927	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
8209084--8209163	31	2.7	30	86	13	112	55	10	0	35	1.34
8213754--8214088	114	2.9	115	80	3	295	32	19	21	25	1.97
8213582--8214018	114	3.9	114	77	5	314	32	20	21	25	1.97
8213580--8214302	115	6.3	114	74	6	405	33	19	21	25	1.97
8213916--8214135	116	1.9	117	81	1	273	34	19	20	26	1.96
8214393--8214425	7	4.7	7	89	10	50	27	0	27	45	1.54
8214393--8214432	14	2.8	13	85	14	53	27	0	25	47	1.52
8214411--8214498	39	2.3	39	89	0	140	26	3	22	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8215822--8215896	29	2.6	29	89	0	114	21	21	10	46	1.81
8217282--8217325	23	2.0	22	82	8	54	25	11	18	45	1.82
8217557--8217689	67	2.0	67	85	7	180	45	6	4	44	1.48
8217568--8217703	67	2.0	67	81	5	159	45	5	5	42	1.52
8217720--8217744	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
8217876--8217908	9	3.7	9	100	0	66	45	21	0	33	1.52
8217970--8218023	25	2.2	25	89	0	81	44	22	1	31	1.63
8217970--8218026	9	6.8	9	74	22	52	45	21	1	31	1.62
8218098--8218193	43	2.2	43	87	3	131	23	19	31	25	1.98
8230554--8230598	23	2.1	21	84	12	56	20	26	11	42	1.85
8232267--8232297	13	2.4	13	88	0	53	35	19	6	38	1.77
8234939--8235001	25	2.6	24	87	5	90	42	3	1	52	1.27
8234940--8235015	25	3.0	24	84	9	89	44	1	1	52	1.17
8235629--8235660	16	2.0	16	100	0	64	50	18	12	18	1.78
8241079--8241191	56	2.0	56	89	0	172	32	7	19	40	1.79
8246499--8246699	44	4.7	44	67	10	119	26	23	20	28	1.99
8246925--8247362	86	5.1	86	88	0	617	23	23	22	30	1.99
8253756--8253806	26	2.1	23	85	10	66	72	9	9	7	1.28
8255231--8255278	18	2.7	17	87	9	69	12	54	31	2	1.49
8255273--8255345	32	2.1	34	82	9	87	32	15	32	19	1.92
8255417--8255543	17	7.7	17	66	28	62	38	1	0	59	1.07
8255445--8255553	11	10.4	11	72	19	81	37	2	0	59	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8255437--8255563	41	3.1	41	88	5	204	35	2	0	62	1.08
8255456--8255514	29	2.0	30	83	3	75	35	3	0	61	1.13
8263978--8264107	45	2.9	43	81	5	143	40	14	20	25	1.90
8268025--8268110	45	1.9	45	85	0	118	47	4	8	39	1.54
8269909--8269961	23	2.3	23	90	0	88	22	20	24	32	1.98
8282674--8282706	15	2.1	16	88	5	50	39	15	18	27	1.90
8284728--8284804	38	2.0	38	97	0	145	41	22	12	23	1.88
8287203--8287245	11	3.7	11	76	11	50	51	27	6	13	1.67
8287193--8287274	24	3.4	24	87	0	110	46	24	7	21	1.77
8287207--8287303	24	4.0	24	88	5	117	43	25	7	23	1.79
8287344--8287499	27	5.7	27	77	6	127	21	17	19	41	1.91
8287344--8287499	54	2.9	53	76	3	159	21	17	19	41	1.91
8294187--8294226	21	1.9	21	84	0	53	37	7	0	55	1.29
8294360--8294392	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
8294383--8294415	9	3.8	9	84	8	50	45	0	3	51	1.16
8296679--8296726	25	1.9	25	83	8	62	25	20	22	31	1.98
8300699--8300750	25	2.1	25	85	7	70	13	25	21	40	1.89
8300712--8300759	25	2.0	25	83	4	62	14	25	20	39	1.91
8300896--8300953	24	2.4	24	79	0	71	18	25	22	32	1.97
8306493--8306533	18	2.3	19	80	16	52	65	12	0	21	1.25
8306615--8306675	29	2.1	30	90	3	97	59	11	3	26	1.48
8308142--8308199	27	2.1	28	84	9	75	48	6	5	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8308333--8308481	41	3.7	41	77	6	151	42	15	24	18	1.88
8313636--8313824	99	1.9	99	86	4	274	35	7	13	42	1.73
8314171--8314215	24	1.9	23	90	4	72	51	4	2	42	1.34
8320133--8320270	66	2.1	66	83	2	170	39	20	26	13	1.90
8320573--8320672	43	2.3	43	80	0	119	26	20	27	27	1.99
8325414--8325476	23	2.7	25	78	16	80	69	3	1	25	1.12
8325438--8325619	9	20.2	9	66	15	58	65	5	2	26	1.26
8325414--8325502	47	2.0	45	84	10	119	66	5	2	25	1.25
8325530--8325755	20	11.7	18	68	26	94	60	4	1	34	1.25
8325473--8325619	54	2.7	55	78	11	149	64	5	2	27	1.29
8325636--8325696	21	2.9	22	83	7	65	54	4	1	39	1.32
8325483--8325765	9	30.6	9	68	17	120	61	5	1	31	1.28
8325482--8325765	19	14.8	19	67	16	97	61	5	1	31	1.28
8326265--8326347	9	9.6	9	85	11	79	30	0	2	67	1.03
8340694--8340734	5	8.2	5	91	0	55	26	12	0	60	1.31
8341163--8341192	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
8342795--8342845	3	17.0	3	76	15	52	33	0	1	64	1.05
8342795--8342845	15	3.4	15	89	5	68	33	0	1	64	1.05
8349164--8349213	22	2.3	22	100	0	100	32	4	30	34	1.76
8355611--8356098	73	6.9	73	85	8	632	28	18	20	32	1.96
8355811--8356534	74	9.5	74	74	12	540	30	17	19	32	1.95
8356082--8356116	14	2.5	14	90	0	52	14	14	5	65	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8356029--8356489	73	5.8	84	77	13	351	29	17	19	34	1.94
8355954--8356628	160	4.3	157	80	9	736	30	16	19	34	1.94
8356281--8356533	73	3.5	72	90	3	373	32	17	18	31	1.95
8358224--8358273	3	17.0	3	76	19	52	34	0	2	64	1.05
8358224--8358273	15	3.4	15	89	8	68	34	0	2	64	1.05
8361942--8362063	60	2.0	59	84	6	156	40	3	15	40	1.64
8362800--8362879	11	7.5	11	75	18	62	40	3	0	56	1.17
8362776--8362943	49	3.8	42	79	14	162	36	1	1	60	1.15
8362811--8362910	22	3.8	28	69	20	88	39	2	0	59	1.09
8362824--8362857	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
8362800--8362910	49	2.2	50	91	4	179	39	2	0	57	1.13
8362852--8362925	38	1.9	37	84	10	96	36	1	1	60	1.13
8364090--8364140	8	6.2	8	95	2	84	45	0	3	50	1.20
8365638--8365665	14	2.0	14	100	0	56	78	0	0	21	0.75
8366179--8366223	19	2.4	19	81	11	56	42	0	2	55	1.12
8369029--8369227	42	4.7	42	85	4	251	24	20	18	37	1.94
8369542--8369567	5	5.2	5	100	0	52	0	38	19	42	1.51
8369626--8369676	21	2.4	21	90	0	75	3	41	17	37	1.68
8375156--8375315	9	17.8	9	73	14	125	31	2	18	46	1.62
8375149--8375382	25	9.3	25	72	13	160	31	2	17	47	1.63
8375184--8375315	34	3.7	34	77	9	138	32	1	18	46	1.59
8375326--8375431	35	2.9	35	73	26	105	34	1	12	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8375548--8375591	15	2.8	16	82	10	54	56	0	4	38	1.20
8375794--8375838	23	2.0	23	81	0	54	40	4	8	46	1.55
8378942--8378980	14	2.7	15	80	15	55	51	43	0	5	1.24
8378955--8378994	21	1.9	21	84	0	53	47	42	0	10	1.37
8379346--8379417	35	2.1	35	86	0	99	37	38	0	23	1.55
8379380--8379413	14	2.4	14	90	0	50	38	47	0	14	1.45
8379458--8379512	20	2.7	20	77	2	56	38	43	0	18	1.50
8379374--8379563	88	2.1	93	80	13	218	43	27	0	29	1.55
8379638--8379670	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
8380211--8380618	114	3.6	113	86	3	491	24	25	18	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196