genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  88  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25362371--25362430	30	2.0	30	90	0	93	31	26	26	15	1.95
25362321--25362480	80	2.0	80	88	0	239	28	23	28	20	1.98
25362401--25362600	50	4.0	50	79	7	201	27	22	27	23	1.99
25362401--25362600	99	2.0	100	81	2	233	27	22	27	23	1.99
25368837--25369073	50	4.6	50	86	4	287	27	18	28	25	1.98
25376036--25376115	40	2.0	40	97	0	151	51	12	0	36	1.40
25376639--25376669	16	1.9	16	93	0	53	54	3	9	32	1.49
25389384--25389429	12	3.8	12	88	0	56	34	34	10	19	1.87
25398015--25398052	19	2.0	19	85	10	51	21	39	0	39	1.53
25401915--25402020	48	2.2	48	83	9	128	14	23	1	60	1.44
25403066--25403107	14	2.9	15	75	7	50	4	19	4	71	1.22
25403066--25403115	15	3.4	15	77	5	57	6	16	4	74	1.17
25403047--25403127	29	2.8	28	80	9	83	9	16	3	70	1.29
25403076--25403153	38	2.0	39	85	2	104	11	14	1	73	1.17
25403067--25403165	39	2.5	40	80	11	105	10	13	3	73	1.20
25412962--25413027	20	3.3	20	71	12	55	36	21	28	13	1.91
25418560--25418623	30	2.1	30	82	0	74	35	4	26	32	1.77
25418989--25419215	43	5.4	42	76	13	200	22	14	25	36	1.93
25418986--25419223	85	2.8	84	87	1	325	22	15	26	35	1.94
25427856--25428033	27	6.6	27	83	3	196	30	28	15	26	1.96
25427877--25428032	82	1.9	81	86	3	224	30	28	15	26	1.96
25443628--25443667	20	2.0	20	85	0	53	22	17	2	57	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25446326--25446352	12	2.2	12	100	0	54	22	29	11	37	1.89
25456199--25456249	11	4.6	11	90	0	75	15	0	3	80	0.86
25456199--25456249	22	2.3	22	93	0	84	15	0	3	80	0.86
25464454--25464491	19	2.0	19	100	0	76	36	21	21	21	1.95
25465180--25465240	24	2.4	25	94	5	106	73	1	8	16	1.14
25465180--25465236	13	4.7	12	89	10	89	77	1	7	14	1.06
25465276--25465333	16	3.5	17	88	9	93	60	5	13	20	1.53
25465279--25465333	15	3.4	16	92	7	94	61	5	12	20	1.50
25465276--25465336	17	3.7	17	91	8	99	60	4	14	19	1.52
25469140--25469194	11	5.0	11	88	6	85	74	1	5	18	1.10
25469140--25469190	21	2.4	21	96	3	93	78	1	3	15	0.99
25469228--25469277	14	3.7	14	92	7	86	68	0	12	20	1.21
25478801--25478861	27	2.2	27	80	8	70	31	9	8	50	1.65
25483774--25483821	10	4.8	10	77	10	53	22	31	16	29	1.96
25483775--25483821	20	2.3	20	89	7	69	23	31	17	27	1.96
25485895--25486098	27	7.6	27	85	3	250	26	14	27	30	1.95
25485896--25486098	109	1.9	107	88	4	309	26	14	28	30	1.95
25494095--25494299	27	7.6	27	85	4	252	26	15	28	29	1.96
25499081--25499203	28	4.4	28	92	2	185	33	27	12	26	1.92
25504121--25504168	25	1.9	25	87	8	71	22	27	18	31	1.97
25513029--25513091	21	3.0	21	83	2	81	31	3	33	31	1.74
25515431--25515464	11	2.9	12	86	8	52	17	2	2	76	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25518503--25518613	39	2.8	39	87	0	159	36	9	9	44	1.69
25524478--25526599	823	2.6	825	86	4	2884	43	12	20	23	1.85
25527951--25527997	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25533400--25533469	12	5.8	12	86	6	97	15	2	8	72	1.20
25533400--25533469	24	2.9	25	87	8	108	15	2	8	72	1.20
25533400--25533468	35	1.9	36	91	2	113	15	2	8	72	1.21
25533416--25533471	23	2.4	23	91	5	87	14	3	10	71	1.26
25534296--25534342	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25566664--25566694	11	2.8	11	95	0	53	19	3	0	77	0.90
25568211--25568256	22	2.1	22	95	0	83	45	21	6	26	1.76
25571250--25571299	11	4.5	11	89	0	73	76	8	2	14	1.10
25571342--25571396	13	4.0	14	88	11	87	65	0	12	21	1.26
25575812--25575879	27	2.5	27	78	4	75	23	33	17	25	1.96
25575894--25575963	27	2.6	27	88	0	95	24	34	20	21	1.97
25582379--25582449	17	4.3	15	81	13	70	83	2	12	1	0.83
25582397--25582450	11	5.0	10	82	13	63	83	0	16	0	0.65
25582397--25582449	23	2.2	23	78	21	56	84	0	15	0	0.61
25583937--25583975	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
25591986--25592038	24	2.2	24	89	0	79	41	1	41	15	1.57
25591993--25592044	24	2.2	24	96	0	95	40	0	42	17	1.49
25592776--25592812	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
25593024--25593083	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25593131--25593171	21	2.0	21	90	0	64	21	24	0	53	1.46
25595662--25595703	20	2.1	20	100	0	84	30	9	14	45	1.77
25602038--25602092	20	2.8	20	78	10	67	23	30	10	34	1.89
25606764--25606860	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
25608576--25608616	14	2.9	14	92	7	66	78	7	2	12	1.06
25609550--25609620	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
25609560--25609609	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
25609670--25609700	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
25611878--25611974	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
25621975--25622013	20	1.9	21	84	5	53	38	17	23	20	1.93
25623638--25623709	30	2.4	30	80	0	81	30	5	34	29	1.80
25624126--25624167	18	2.3	18	80	8	50	45	9	4	40	1.58
25625518--25625565	20	2.3	20	78	3	60	12	33	4	50	1.59
25626984--25627055	30	2.4	30	83	0	90	29	6	34	29	1.83
25632057--25632099	14	2.9	16	83	10	56	72	2	23	2	1.08
25632055--25632105	15	3.5	15	78	2	52	72	1	23	1	1.05
25642170--25642194	9	2.8	9	100	0	50	16	0	0	84	0.63
25643024--25643095	30	2.4	30	80	0	81	30	8	34	26	1.86
25644804--25644849	20	2.3	20	80	0	56	30	32	13	23	1.93
25656173--25656209	18	2.1	18	89	0	56	8	13	2	75	1.13
25674082--25674122	18	2.2	19	86	4	57	7	12	2	78	1.06
25674091--25674142	20	2.7	19	82	11	54	5	17	1	75	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25677619--25677663	16	2.7	17	89	6	74	13	13	0	73	1.10
25677994--25678056	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
25681610--25681671	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
25681610--25681672	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
25684281--25684318	20	1.9	20	94	0	67	23	28	15	31	1.96
25684281--25684338	20	2.8	20	82	14	66	25	27	13	32	1.94
25685688--25685724	10	3.7	10	96	0	65	75	5	8	10	1.17
25696399--25696457	20	2.9	19	79	16	66	25	28	11	33	1.91
25696925--25696978	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
25696925--25696998	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
25696925--25696989	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
25699704--25699811	6	17.7	6	68	6	65	70	3	19	6	1.25
25699708--25699766	18	3.3	18	80	0	73	71	6	16	5	1.26
25699772--25699809	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
25699773--25699823	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
25699725--25699829	27	3.8	27	71	9	77	68	2	20	8	1.29
25699826--25699888	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
25701663--25701716	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
25701663--25701736	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
25701663--25701727	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
25705085--25705130	20	2.3	20	84	0	65	21	13	34	30	1.91
25706812--25706931	12	10.0	12	69	19	63	8	19	3	69	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25706812--25706848	14	2.7	14	84	15	51	8	16	0	75	1.02
25706855--25706913	18	3.3	18	80	0	73	5	16	6	71	1.26
25706810--25706917	6	17.7	6	68	5	65	6	19	3	70	1.25
25709504--25709549	20	2.3	20	84	0	65	21	13	34	30	1.91
25711403--25711469	28	2.4	27	87	5	89	28	7	11	52	1.65
25720541--25720621	33	2.5	34	82	6	105	38	4	12	44	1.64
25721477--25721520	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
25723826--25723872	21	2.2	22	84	3	60	14	25	2	57	1.49
25726030--25726074	13	3.8	12	83	16	67	17	8	0	73	1.08
25726048--25726075	10	2.8	10	100	0	56	14	10	0	75	1.06

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