genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  51  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14280844--14280869	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
14282926--14283036	42	2.6	42	80	8	109	34	34	3	27	1.75
14286808--14286902	25	3.8	25	90	0	136	33	21	24	21	1.97
14298428--14298462	17	2.1	17	89	10	54	20	14	5	60	1.54
14299000--14299024	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
14299292--14300542	625	2.0	626	98	0	2414	29	15	19	34	1.93
14307112--14307154	10	4.2	10	80	13	52	72	0	6	20	1.08
14308883--14308908	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
14320988--14321216	28	8.2	28	73	7	162	31	15	24	27	1.96
14320985--14321207	83	2.7	85	78	8	217	32	15	24	27	1.95
14321199--14321262	27	2.4	27	86	5	94	39	15	20	25	1.92
14322923--14322981	31	1.9	31	89	6	93	45	11	6	35	1.67
14338467--14338522	18	3.3	18	65	14	55	53	8	3	33	1.49
14349119--14349283	47	3.6	46	73	17	146	35	8	0	55	1.35
14349120--14349284	45	3.6	46	78	11	169	35	7	0	56	1.33
14349238--14349262	10	2.5	10	100	0	50	48	8	0	44	1.32
14351865--14351906	21	2.0	22	90	4	68	45	2	0	52	1.13
14352786--14352826	19	2.2	19	90	0	64	56	7	19	17	1.64
14354916--14354975	27	2.3	26	80	11	68	28	35	8	28	1.86
14354927--14354991	27	2.4	27	92	0	103	26	27	9	36	1.87
14364898--14365001	47	2.1	49	81	10	124	34	29	13	22	1.92
14366236--14366290	22	2.5	22	87	0	83	43	16	25	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14366292--14366412	25	4.8	25	92	0	206	32	19	25	22	1.98
14384038--14384147	45	2.6	41	77	9	107	31	5	29	33	1.80
14384291--14384324	16	2.2	16	90	10	54	55	0	0	44	0.99
14384485--14384542	26	2.3	25	85	8	73	50	3	0	46	1.18
14384460--14384659	88	2.3	89	86	8	275	45	4	4	47	1.40
14387697--14387773	33	2.3	33	100	0	154	33	5	18	42	1.72
14387750--14387791	18	2.3	18	100	0	84	23	0	26	50	1.50
14387717--14387820	51	2.0	51	98	0	199	30	3	20	45	1.69
14387866--14387952	37	2.4	37	88	3	122	34	11	14	39	1.83
14389071--14389209	71	2.0	69	84	5	181	43	23	7	25	1.80
14390226--14390357	36	3.6	37	84	6	169	53	12	27	6	1.62
14391412--14391456	20	2.3	19	81	7	54	73	6	4	15	1.21
14391794--14391831	10	4.0	10	80	13	53	57	2	0	39	1.12
14393365--14393474	44	2.7	40	79	12	114	29	21	22	26	1.99
14393541--14394131	132	4.5	132	93	0	984	23	23	21	31	1.98
14393633--14394078	44	10.1	44	63	14	159	23	22	21	32	1.98
14406063--14406107	20	2.3	19	80	3	54	75	6	4	13	1.15
14406444--14406477	12	2.8	12	90	0	59	55	2	0	41	1.15
14410820--14410908	45	2.0	45	95	0	160	39	15	13	31	1.86
14430917--14430942	11	2.4	11	100	0	52	80	0	0	19	0.71
14436492--14436535	22	2.0	21	83	12	54	38	4	15	40	1.68
14437102--14437319	39	5.7	40	83	12	228	24	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14437102--14437319	114	1.9	116	83	7	284	24	22	28	24	1.99
14437154--14437352	75	2.6	75	81	10	201	26	21	28	24	1.99
14444758--14444801	22	2.0	21	83	12	54	38	4	15	40	1.68
14445366--14445589	40	5.7	40	87	7	282	25	22	27	25	2.00
14445366--14445589	79	2.8	81	86	8	291	25	22	27	25	2.00
14445366--14445622	79	3.3	79	82	9	233	26	21	27	24	1.99
14447910--14447954	23	2.0	23	95	0	81	51	6	13	28	1.66
14449349--14449419	36	2.0	36	100	0	142	18	16	14	50	1.78
14458313--14458441	43	3.0	43	76	15	133	30	30	17	21	1.97
14460312--14460450	41	3.3	43	82	5	185	29	30	16	23	1.96
14464125--14464169	19	2.4	18	85	14	56	15	2	4	77	1.02
14464141--14464165	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
14464543--14464648	21	4.9	22	71	11	69	34	39	0	25	1.56
14464597--14464643	15	3.3	15	88	8	71	40	31	0	27	1.57
14464975--14465012	20	2.0	19	90	10	60	65	5	2	26	1.27
14464979--14465020	20	2.2	19	86	4	57	66	4	4	23	1.30
14465030--14465225	41	4.8	41	87	3	261	27	32	21	18	1.97
14479099--14479147	19	2.6	19	86	0	80	22	30	30	16	1.96
14480288--14480416	33	4.1	31	75	11	95	51	6	0	41	1.34
14482428--14482526	29	3.5	29	84	13	134	38	10	0	51	1.36
14483096--14483156	19	3.3	18	76	4	59	42	8	0	49	1.32
14483104--14483156	18	2.9	18	75	11	54	41	9	0	49	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14483647--14483730	27	3.1	27	93	1	143	16	26	30	26	1.97
14483765--14483865	29	3.5	29	95	2	177	48	0	13	37	1.43
14483750--14483893	58	2.5	58	69	5	141	40	0	11	48	1.39
14486883--14486939	28	1.9	30	86	10	82	63	7	0	29	1.21
14493733--14493779	20	2.3	20	89	7	69	57	0	6	36	1.24
14493743--14493785	14	2.9	14	80	16	50	60	2	2	34	1.22
14493800--14493845	24	2.0	23	86	4	65	43	8	15	32	1.77
14495455--14495637	44	4.3	44	74	10	155	25	18	22	33	1.97
14495290--14495726	127	3.4	127	90	0	676	23	20	23	32	1.98
14495378--14495689	43	7.3	42	70	15	167	23	19	23	33	1.97
14495627--14496645	131	7.8	129	81	6	826	23	23	22	30	1.99
14495826--14496554	175	4.2	175	89	1	1016	23	25	21	29	1.99
14495654--14496645	306	3.3	305	88	2	1325	23	24	21	30	1.99
14495655--14496594	175	5.4	173	84	5	869	23	24	21	30	1.99
14503123--14503169	20	2.3	20	86	13	62	55	0	8	36	1.31
14503188--14503233	24	2.0	23	86	4	65	43	8	15	32	1.77
14519169--14519203	5	7.2	5	87	6	54	0	57	0	42	0.99
14520805--14520857	26	2.0	26	82	13	65	28	3	13	54	1.56
14522395--14522432	18	2.1	19	85	5	51	39	7	0	52	1.31
14522793--14522817	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14523330--14523356	10	2.7	10	100	0	54	0	0	7	92	0.38
14527063--14527108	21	2.2	21	84	0	56	30	6	23	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14529317--14529472	43	3.7	43	77	7	156	29	26	15	28	1.96
14531228--14531319	47	2.0	47	100	0	184	30	10	22	35	1.89
14532260--14532427	44	3.8	44	69	18	148	39	10	7	42	1.67
14532287--14532471	91	2.0	91	95	0	334	37	8	9	44	1.67
14533393--14533438	21	2.2	21	92	0	74	34	6	19	39	1.78
14537608--14537660	21	2.4	22	75	18	56	54	0	7	37	1.29
14539622--14539766	32	4.7	32	80	12	160	27	1	16	54	1.50
14539621--14539768	59	2.4	60	80	8	158	28	1	16	54	1.50
14541020--14541057	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15
14541143--14541186	20	2.3	19	88	7	70	52	11	6	29	1.63
14541310--14541357	24	2.0	24	95	0	87	31	0	12	56	1.37
14541352--14541381	15	2.0	15	93	0	51	10	0	36	53	1.35
14543064--14543104	19	2.2	19	91	8	66	26	9	12	51	1.70
14545889--14545940	23	2.3	23	80	9	54	51	5	17	25	1.67
14545965--14546040	37	2.1	37	100	0	152	57	0	21	21	1.40
14550806--14550846	12	3.7	12	78	15	52	46	2	0	51	1.14
14550814--14550975	68	2.5	61	75	14	155	51	4	2	41	1.35
14551342--14551371	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
14554962--14555025	19	3.3	19	78	4	65	29	31	18	20	1.96
14559550--14559740	41	4.6	41	94	0	328	28	19	27	24	1.98
14560996--14561069	23	3.2	23	75	11	80	63	31	2	2	1.22
14561009--14561069	11	5.4	11	80	7	77	63	32	1	1	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14561008--14561071	12	5.5	12	77	7	78	64	32	1	1	1.13
14561597--14561736	70	2.0	70	94	0	244	33	22	7	36	1.82
14562260--14562307	20	2.5	19	76	6	51	52	0	4	43	1.20
14565738--14565779	10	4.1	10	85	11	50	16	4	0	78	0.91
14565727--14565767	16	2.5	17	84	8	57	12	7	0	80	0.90
14566465--14566516	16	3.2	16	88	0	77	30	0	34	34	1.58
14566497--14566606	45	2.6	43	77	9	120	34	5	28	31	1.80
14566733--14566774	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14566742--14566783	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14566915--14567125	88	2.4	89	83	7	277	47	3	3	45	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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