genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  66  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18789798--18789840	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
18791152--18791533	44	8.7	44	72	9	192	26	24	20	28	1.99
18791674--18792623	129	7.4	129	91	1	1521	25	23	18	32	1.97
18794844--18794922	15	5.8	13	72	17	54	13	3	6	75	1.13
18794856--18794886	16	1.9	16	93	0	53	19	6	6	67	1.35
18794858--18794922	18	3.2	21	80	8	64	13	3	6	76	1.09
18799606--18799652	16	2.8	16	78	12	51	59	4	4	31	1.36
18799669--18799713	3	15.0	3	85	0	63	62	4	2	31	1.27
18800341--18800369	12	2.3	13	94	5	51	68	0	13	17	1.20
18804776--18804815	18	2.2	19	86	4	55	27	7	22	42	1.80
18807510--18807547	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
18807526--18807620	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
18807782--18807816	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18807740--18807812	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
18807929--18807963	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18807701--18807975	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
18807949--18808127	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
18808049--18808083	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
18808159--18808190	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
18807912--18808204	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
18808248--18808304	27	2.2	26	81	9	62	54	3	0	42	1.17
18808220--18808426	90	2.3	91	85	5	258	46	3	4	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18812356--18812385	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
18812648--18812675	14	2.0	14	100	0	56	42	28	7	21	1.79
18822834--18823017	64	2.9	64	82	1	217	42	16	22	17	1.89
18822840--18823086	31	7.8	31	74	8	183	42	17	21	18	1.89
18823104--18823161	28	2.1	28	86	0	80	31	15	36	17	1.91
18836803--18836984	29	6.4	29	77	7	142	32	24	15	26	1.96
18836937--18837036	26	4.0	25	81	8	114	33	20	20	27	1.97
18838222--18838253	16	1.9	17	93	6	57	28	31	0	40	1.57
18839111--18839153	15	2.9	15	89	0	68	30	0	27	41	1.56
18839109--18839151	22	2.0	22	86	9	61	30	0	25	44	1.55
18849541--18849574	18	1.9	18	88	5	52	58	11	8	20	1.59
18865670--18865860	50	3.9	49	74	7	161	22	26	20	29	1.99
18871230--18871297	24	2.8	24	93	0	109	19	16	19	45	1.85
18879680--18879713	18	1.9	18	88	5	52	52	0	2	44	1.16
18880821--18880846	9	2.9	9	100	0	52	69	11	11	7	1.37
18881555--18881642	29	3.1	29	68	3	88	20	18	23	37	1.94
18889156--18889192	10	3.7	10	89	10	58	29	21	8	40	1.82
18890286--18890314	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
18892845--18893093	27	9.2	27	79	3	241	34	12	26	27	1.92
18892835--18893093	81	3.2	81	80	1	304	33	11	26	28	1.92
18895328--18895362	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
18908479--18908560	38	2.1	39	90	2	130	34	18	31	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18908479--18908540	20	3.2	20	69	17	58	32	17	32	17	1.94
18910409--18910434	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
18911808--18913643	100	18.4	100	90	2	2539	21	21	24	32	1.98
18911923--18913584	50	33.2	50	66	14	523	21	21	24	31	1.98
18914995--18915039	12	3.9	12	83	16	60	0	31	0	68	0.89
18915039--18915093	16	3.4	15	78	14	56	5	1	7	85	0.80
18915053--18915096	18	2.4	19	88	3	63	2	2	11	84	0.81
18920050--18920112	25	2.6	23	76	14	63	65	0	6	28	1.17
18928453--18928506	16	3.4	16	92	0	90	35	1	35	27	1.68
18928720--18928761	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18928729--18928770	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18928839--18928890	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
18928980--18929014	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18929100--18929134	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18929199--18929250	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
18928723--18929375	120	5.4	120	97	0	1200	49	5	2	42	1.38
18929391--18929598	91	2.3	90	88	4	299	46	4	4	44	1.42
18929435--18929579	47	3.1	47	66	14	113	49	4	2	43	1.35
18932884--18932915	6	5.3	6	96	0	55	46	0	0	53	1.00
18933293--18933358	20	3.2	20	66	26	57	42	4	9	43	1.56
18933284--18933394	41	2.7	41	98	1	213	45	4	9	40	1.58
18933313--18933379	21	3.2	21	66	26	61	44	4	11	38	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18933407--18933431	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
18936447--18936523	39	2.0	39	89	0	118	33	18	32	15	1.92
18936452--18936512	19	3.2	19	69	4	59	32	18	36	13	1.89
18942915--18942947	11	2.9	12	86	13	52	42	0	6	51	1.26
18950358--18950389	12	2.7	12	100	0	64	59	0	6	34	1.23
18950732--18950822	36	2.5	36	96	0	164	20	26	31	20	1.98
18951096--18951136	19	2.2	19	86	8	57	82	0	9	7	0.83
18951091--18951138	17	2.8	17	81	12	62	81	0	10	8	0.88
18956485--18956512	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
18961176--18961382	104	2.0	103	98	0	396	29	14	25	30	1.95
18966157--18966930	385	2.0	385	96	1	1435	30	19	19	30	1.96
18968957--18968998	21	2.0	22	85	4	59	54	35	0	9	1.33
18975168--18975246	27	2.9	27	81	9	97	37	7	24	30	1.83
18981909--18981942	16	2.2	16	94	5	61	17	11	5	64	1.45
18993432--18993461	15	2.0	15	93	0	51	43	0	23	33	1.54
19006634--19006662	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
19010337--19010809	97	4.9	96	82	6	547	31	23	16	28	1.96
19010349--19010810	51	9.4	51	78	10	426	31	23	16	28	1.96
19010339--19010810	198	2.4	193	83	6	581	31	23	16	28	1.96
19024946--19025001	10	6.1	10	75	23	52	37	1	0	60	1.07
19025368--19025486	41	3.1	41	61	32	100	21	13	10	55	1.67
19025393--19025503	32	3.2	32	64	24	80	20	14	9	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19025370--19025516	73	2.0	73	100	0	294	21	13	9	55	1.67
19029708--19029744	18	2.0	20	85	15	53	40	2	0	56	1.13
19030249--19030292	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
19032927--19033324	90	4.4	90	90	5	602	50	10	9	30	1.68
19032922--19033311	185	2.1	186	90	3	619	50	10	9	30	1.68
19033488--19033540	14	4.0	13	79	13	54	39	1	0	58	1.09
19033481--19033540	18	3.0	20	76	14	61	40	1	0	58	1.08
19033629--19033663	17	2.1	17	94	0	61	37	11	2	48	1.54
19034052--19034111	19	3.1	19	75	13	68	50	15	16	18	1.79
19035177--19035222	17	2.6	17	79	6	56	63	2	0	34	1.07
19037266--19037296	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
19037756--19037847	46	2.0	46	82	4	114	39	19	11	29	1.88
19044026--19044078	25	2.1	25	100	0	106	41	16	15	26	1.88
19048510--19048548	20	2.0	20	85	10	53	53	20	5	20	1.64
19048765--19048916	31	4.7	31	78	10	153	41	16	9	32	1.80
19051005--19051077	38	1.9	38	91	0	119	45	10	9	34	1.72
19058292--19058335	22	2.0	22	82	8	54	70	9	13	6	1.33
19071155--19072203	354	3.0	354	97	0	1956	20	17	20	41	1.90
19074981--19075125	71	2.0	71	93	0	245	29	17	21	31	1.96
19078970--19079002	15	2.1	16	88	5	50	60	0	0	39	0.97
19079570--19079651	41	2.0	41	83	4	103	57	2	2	37	1.25
19088595--19088676	23	3.5	24	78	9	89	32	9	17	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19089571--19089688	13	9.1	13	71	3	67	33	7	22	37	1.82
19089571--19089688	26	4.5	26	80	4	121	33	7	22	37	1.82
19089573--19089689	52	2.2	52	83	3	155	33	7	21	37	1.82
19092204--19092244	20	2.0	20	85	0	55	43	26	19	9	1.82
19092213--19092255	20	2.2	20	86	0	59	46	25	23	4	1.71
19096892--19096932	17	2.5	16	84	7	55	36	0	4	58	1.20
19097923--19097965	21	2.0	21	90	0	68	25	13	25	34	1.93
19101956--19102113	54	2.9	54	86	1	219	31	18	14	35	1.91
19102620--19102655	18	2.0	18	88	0	54	77	0	16	5	0.94
19102620--19102661	13	3.3	13	80	12	52	76	0	19	4	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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